BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290E24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 117,761,410 - 117,882,840
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap5a
Upstream geneLOC227506
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290E24.bB6Ng01-290E24.g
ACCGA087484GA087485
length9871,133
definitionB6Ng01-290E24.b B6Ng01-290E24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,761,410 - 117,762,376)(117,881,710 - 117,882,840)
sequence
gaattcacacacatgaacacatattcaacacaaggatgaattcacacaca
tgaacacatattcaaacatacaaaacacacactcattcacacacacacac
acacacacacacaaaacatacactagtacaaatcttataagggatgcaga
tatgaacaatatctagcaatgggtaacttcacatataattttgagggtat
agctgggaatacaagatggccatacaaaatagttatgggatcaagtgtcc
tattttaaaagcaaatattctgtaagtttacaaatggttcattccaagat
gaattaaagctattttttcccaagaacagcacagctcaatcaacagaatc
atggtcttagcaaagagaaatacaaatggaatgtgcttccagtgtttact
tttctcaaccagtctcttcatatttactgagttagactactatggatgac
tgtgctaccatcaaggccattttttattaggtattttcctcatttacatt
ttcaatgctatcctaaaagtcccccatactctcccccccccaccactccc
ctacccactcactcccctttttggctctggctttcccctgtactggggca
tataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttccagtgatggctgacta
gaccatctcttgatacatatgcagctagattcaagagctcaggggtactg
gttagttcataatgttgttccacctatagggttgcagatccctttagctc
cttgggtactttctctagctcctccattggggaccctgtgatccatccaa
tagctgaatgtgagcatccacttctatgtttgctaggccccagcatagtc
tcacaagagagagctctatctgggtcctttcagcaaaatcttgctagtgt
gtgcaatggtgtcagcgattggaagctgattatgggatggatccccggat
atggcagtctctagatggtccatcctttcgtcacagc

gaattcaatgtcttcccaatgaaaacaataactgctgaattagagattaa
taaaagaaaaggctccttaatatagtatgggtctggctctgcctaatgcc
caaggaggattagccataaaagaaaattttgctaacttatatacaactta
ggtttataaatttcacatatgctgtcatccttatatctctctcagattcc
agcctcaggttacacgtgaagaaatttaaacaatgacaagagtctgcgat
gtcagccacttgaggagctgggggatttacacagcaaaattattgccaga
attgcttcttaggcacaccaaagttcttttcaaatagttgttacaggggt
tatcttgcccacctggcagaattatgctttaacagatacaagtactggag
acgtaatggtgatggtgacccagtgctgcccacttgagctgtccctaaag
gacatgttctttgataggggcatgggctaaagggcagtttgtaagtcaag
gttgtctcctcttgtgggattggagcctaattgaaggtcaatcttggttg
aataagcattaacagaaaagttgtcagcaagtctaaatttcaattatggc
accacgtttcctttactgtagtacccaacaagtctcattagacttattaa
aggcagctctcctttaactaaattctactttgtgtaagttcatatttact
aagtaactaagttaatatttattagtaactacttcatagcagcaatttta
ttactaaaaatttctcatgtatcatttagaaccataatcaggtagacaat
gaaggttctaaatctacagatacagaaggcaggaactttgtgtagaacag
atcaaaagtgcaagagatatttattcattcacaaattcacgtgcatatgt
gggaaggatgccagaggtcaactttaggtattatcttctgttgctttcca
ccttattatttggaggcagtttcttcctctgaatcttcataattgaggta
ggctgactgactagacagactccaggatctctttgctgcctctctcaaga
ctggtggttgcaggtatccattaccactctttgtttttcagtggaaacta
agagaacaaccaaggtcttcatagttgtggagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_117761410_117762376
seq2: B6Ng01-290E24.b_43_1009

seq1  GAATTCACACACATGAACACATATTCAACACAAGGATGAATTCACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACACATGAACACATATTCAACACAAGGATGAATTCACACACA  50

seq1  TGAACACATATTCAAACATACAAAACACACACTCATTCACACACACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACATATTCAAACATACAAAACACACACTCATTCACACACACACAC  100

seq1  ACACACACACACAAAACATACACTAGTACAAATCTTATAAGGGATGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAAAACATACACTAGTACAAATCTTATAAGGGATGCAGA  150

seq1  TATGAACAATATCTAGCAATGGGTAACTTCACATATAATTTTGAGGGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAATATCTAGCAATGGGTAACTTCACATATAATTTTGAGGGTAT  200

seq1  AGCTGGGAATACAAGATGGCCATACAAAATAGTTATGGGATCAAGTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGAATACAAGATGGCCATACAAAATAGTTATGGGATCAAGTGTCC  250

seq1  TATTTTAAAAGCAAATATTCTGTAAGTTTACAAATGGTTCATTCCAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAAAGCAAATATTCTGTAAGTTTACAAATGGTTCATTCCAAGAT  300

seq1  GAATTAAAGCTATTTTTTCCCAAGAACAGCACAGCTCAATCAACAGAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAAGCTATTTTTTCCCAAGAACAGCACAGCTCAATCAACAGAATC  350

seq1  ATGGTCTTAGCAAAGAGAAATACAAATGGAATGTGCTTCCAGTGTTTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTTAGCAAAGAGAAATACAAATGGAATGTGCTTCCAGTGTTTACT  400

seq1  TTTCTCAACCAGTCTCTTCATATTTACTGAGTTAGACTACTATGGATGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAACCAGTCTCTTCATATTTACTGAGTTAGACTACTATGGATGAC  450

seq1  TGTGCTACCATCAAGGCCATTTTTTATTAGGTATTTTCCTCATTTACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTACCATCAAGGCCATTTTTTATTAGGTATTTTCCTCATTTACATT  500

seq1  TTCAATGCTATCCTAAAAGTCCCCCATACTCTCCCCCCCCCACCACTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGCTATCCTAAAAGTCCCCCATACTCTCCCCCCCCCACCACTCCC  550

seq1  CTACCCACTCACTCCCCTTTTTGGCTCTGGCTTTCCCCTGTACTGGGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCACTCACTCCCCTTTTTGGCTCTGGCTTTCCCCTGTACTGGGGCA  600

seq1  TATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCTGACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCTGACTA  650

seq1  GACCATCTCTTGATACATATGCAGCTAGATTCAAGAGCTCAGGGGTACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCTCTTGATACATATGCAGCTAGATTCAAGAGCTCAGGGGTACTG  700

seq1  GTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTC  750

seq1  CTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGACCCTGTGATCCATCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGACCCTGTGATCCATCCAA  800

seq1  TAGCTGAATGTGAGCATCCACTTCTATGTTTGCTAGGCCCCAGCATAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGAATGTGAGCATCCACTTCTATGTTTGCTAGGCCCCAGCATAGTC  850

seq1  TCACAAGAGAGAGCTCTATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGAGAGAGCTCTATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGT  900

seq1  GTGCAATGGTGTCAGCGATTGGAAGCTGATTATGGGATGGATCCCCGGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAATGGTGTCAGCGATTGGAAGCTGATTATGGGATGGATCCCCGGAT  950

seq1  ATGGCAGTCTCTAGATG  967
      |||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGTCTCTAGATG  967


seq1: chr1_117881710_117882840
seq2: B6Ng01-290E24.g_63_1195 (reverse)

seq1  GCTCCACAACTATGAGGACCCTGGTTTGTCTTCCTAGTTTCCACTGAAAA  50
      ||||||||||||||| |||| ||| ||||  || ||||||||||||||||
seq2  GCTCCACAACTATGAAGACCTTGG-TTGTTCTCTTAGTTTCCACTGAAAA  49

seq1  --CAAGAGTGGTAATGGATACCTGCAACCA-CAGTCTTGAGGAGAGGCAG  97
         ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| 
seq2  ACAAAGAGTGGTAATGGATACCTGCAACCACCAGTCTTGA-GAGAGGCA-  97

seq1  GCAAGGAGATCCTGGAGTCTGTCTAGTCAGTCAGCCTACCTCAATTATGA  147
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGATCCTGGAGTCTGTCTAGTCAGTCAGCCTACCTCAATTATGA  147

seq1  AGATTCAGAGGAAGAAACTGCCT-CAAATAATAAGGTGGAAAGCAACAGA  196
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCAGAGGAAGAAACTGCCTCCAAATAATAAGGTGGAAAGCAACAGA  197

seq1  AGATAATACCTAAAGTTGACCTCTGGCATCCTT-CCACATATGCACGTGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGATAATACCTAAAGTTGACCTCTGGCATCCTTCCCACATATGCACGTGA  247

seq1  ATTTGTGAATGAATAAATATCTCTTGCACTTTTGATCTGTTCTACACAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGAATGAATAAATATCTCTTGCACTTTTGATCTGTTCTACACAAA  297

seq1  GTTCCTGCCTTCTGTATCTGTAGATTTAGAACCTTCATTGTCTACCTGAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGCCTTCTGTATCTGTAGATTTAGAACCTTCATTGTCTACCTGAT  347

seq1  TATGGTTCTAAATGATACATGAGAAATTTTTAGTAATAAAATTGCTGCTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTCTAAATGATACATGAGAAATTTTTAGTAATAAAATTGCTGCTA  397

seq1  TGAAGTAGTTACTAATAAATATTAACTTAGTTACTTAGTAAATATGAACT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTAGTTACTAATAAATATTAACTTAGTTACTTAGTAAATATGAACT  447

seq1  TACACAAAGTAGAATTTAGTTAAAGGAGAGCTGCCTTTAATAAGTCTAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAGTAGAATTTAGTTAAAGGAGAGCTGCCTTTAATAAGTCTAAT  497

seq1  GAGACTTGTTGGGTACTACAGTAAAGGAAACGTGGTGCCATAATTGAAAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTGTTGGGTACTACAGTAAAGGAAACGTGGTGCCATAATTGAAAT  547

seq1  TTAGACTTGCTGACAACTTTTCTGTTAATGCTTATTCAACCAAGATTGAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTGCTGACAACTTTTCTGTTAATGCTTATTCAACCAAGATTGAC  597

seq1  CTTCAATTAGGCTCCAATCCCACAAGAGGAGACAACCTTGACTTACAAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATTAGGCTCCAATCCCACAAGAGGAGACAACCTTGACTTACAAAC  647

seq1  TGCCCTTTAGCCCATGCCCCTATCAAAGAACATGTCCTTTAGGGACAGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTAGCCCATGCCCCTATCAAAGAACATGTCCTTTAGGGACAGCT  697

seq1  CAAGTGGGCAGCACTGGGTCACCATCACCATTACGTCTCCAGTACTTGTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGGCAGCACTGGGTCACCATCACCATTACGTCTCCAGTACTTGTA  747

seq1  TCTGTTAAAGCATAATTCTGCCAGGTGGGCAAGATAACCCCTGTAACAAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAAAGCATAATTCTGCCAGGTGGGCAAGATAACCCCTGTAACAAC  797

seq1  TATTTGAAAAGAACTTTGGTGTGCCTAAGAAGCAATTCTGGCAATAATTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAAAAGAACTTTGGTGTGCCTAAGAAGCAATTCTGGCAATAATTT  847

seq1  TGCTGTGTAAATCCCCCAGCTCCTCAAGTGGCTGACATCGCAGACTCTTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTAAATCCCCCAGCTCCTCAAGTGGCTGACATCGCAGACTCTTG  897

seq1  TCATTGTTTAAATTTCTTCACGTGTAACCTGAGGCTGGAATCTGAGAGAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTTTAAATTTCTTCACGTGTAACCTGAGGCTGGAATCTGAGAGAG  947

seq1  ATATAAGGATGACAGCATATGTGAAATTTATAAACCTAAGTTGTATATAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGGATGACAGCATATGTGAAATTTATAAACCTAAGTTGTATATAA  997

seq1  GTTAGCAAAATTTTCTTTTATGGCTAATCCTCCTTGGGCATTAGGCAGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCAAAATTTTCTTTTATGGCTAATCCTCCTTGGGCATTAGGCAGAG  1047

seq1  CCAGACCCATACTATATTAAGGAGCCTTTTCTTTTATTAATCTCTAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCCATACTATATTAAGGAGCCTTTTCTTTTATTAATCTCTAATTC  1097

seq1  AGCAGTTATTGTTTTCATTGGGAAGACATTGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTATTGTTTTCATTGGGAAGACATTGAATTC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |