BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290L22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 136,100,375 - 136,249,486
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdora1, Myog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a
Upstream genePlekha6, Golt1a, Kiss1, LOC100038824, Ren1, Etnk2, Sox13, LOC667371, Snrpe, Zc3h11a, LOC667118, Lax1, Atp2b4, Optc, Prelp, LOC100042352, LOC100042358, Fmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph
Downstream gene4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2, Ppp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290L22.bB6Ng01-290L22.g
ACCGA087810GA087811
length1,1191,127
definitionB6Ng01-290L22.b B6Ng01-290L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,248,362 - 136,249,486)(136,100,375 - 136,101,499)
sequence
gaattcagcttagctcattggtttccatagtagctgttcccagaagatcc
tgagtggcttgttcctgttatagggctagccctccttgcctgctttgtgg
ccttgttaccatcttgcctgatggctacttgctgcctttatattttaatg
tagagcagtggctgctgaatcagagaaaacgccccacactgtggatatat
atttcagtctttacaggtgagagcattaggggttgatcttcataagctca
gaggttgacttgtatcggtccctcctctccttcctgagtagcactgtgac
tgtcttcatgttgcaccagtgttgagttgggggtctgtgtgccaaaggaa
atcctccgcttcaggactgtagttggctttagagcgctcagataattttg
ctaattaatttttttttgttactttataatacatatcaatgtcactttct
tagtttactttttctttcttacagtgcttacttttctggtgcagaaagat
tgttgggaacagacaagaaccaatgtgggagttcaacttcaagttcaaaa
aacaggcatgtgtccttctctttgtctcatagttttataaattttatttt
taaaggtttgtttatttgggtggttggatggttcagaggatgagagtgaa
tactgcatttgtcagaggagttcgaggacatttaataatagcctcttctg
acctttcagacatcacactcatgtacaaaccactcctacacccataccca
ccttaaaaccaagagactttttattctgtatgaggtttttgtttttgttt
ttgagacagtctgtgtttctacagatccctgactgtcctgaaacttgcca
catagaccaggctggcctcaaactaatagagatctacctgctttctgttt
ctcaagtccttggattaaagacctgcaccaccattatctggcttgtctgt
taagtggttgcctgcactatgcacgtgcactatgtgtattgcctggtgct
tgtgttgcccagaagaagggtcagattcctgatttgagttgtgacagtgt
taccctctaatatgttgcttggtatcaacttttgtcttctcgtaagagta
gcaggctttaactggcaag
gaattccaataaatataatgggagccagataatggtggcacacacatttg
gtctgtttctttgggaaacagaagcaggcacatctatgtgagttcaaggc
cagcccagtctacagagtgagttccaggacagccagagctacacagagaa
acatgtcttagaaaccaaaacaaaacaaaaaagaaaaaacaataaaataa
cagaaactagtagcaagagtcttaagcaaatggcccaagtacagctcatt
gactgtcctcacattgaccttcctggtttctcaccgctggactataacag
tgctagggtggcaatataaggacagccaactagacagaggttgaaaacag
ttctgaaagcctttccaaggccccacagaagctaacagcactgtcccggg
cttcctaacgtgtccccattctcccgaagagccaggtggcgaaaaagcaa
gagtccccagaagcctttcgacaccaggccctgttctgtttccgctatga
gcatctcatctcctgcttcccggcttcccatcaccctcaagcagtcgcac
aggttggcgtcaaggaccagctcagcaatgctcgcctaattgggatgatt
ctcagggaagaaagcctggtgtttgccgagcatctgctagcacttcatac
ttcctcccatccgcgcattggcacacttgcgtggatgctgttctcaacag
acattctggatgcgcggggcactgttctcagtgctgggaacaaaataaaa
attcctgcctctacatagctcatacttgtctatctttttaaaagtatggt
ttatttatgtttgttttatatacattggtttttgcttgcatgtatgtctg
tgtgaggtgttatatccaatgggacaaaagctatagacaaccatgagctg
ctatgtgggtgctgagaaattgaacctgggtcctctgggaagagcagcca
gtgctctaaccactgagccacctctccagtccttattttatcattttttt
atttgtaaggtttactattttattttatgattttgaatgtttcctcttgc
catgtatgtgactctgtgtgtgccctgggtaatcatggagcaagtgttag
aaggactctgaactctctggaaataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_136248362_136249486
seq2: B6Ng01-290L22.b_48_1166 (reverse)

seq1  CTTGCCAGTTAAAAGCCCTTGCTACTCTTAC-AGAAGACAAAGGTTTGAT  49
      |||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||| | |||||
seq2  CTTGCCAGTT-AAAGCC--TGCTACTCTTACGAGAAGACAAAAG-TTGAT  46

seq1  TCCCAGCACCTTTATAGAGGTTAACAACTGTCCACAACTCCAATTCCAGG  99
       || |||| | |  |||||| |||| ||||| |||||||| |||  || |
seq2  ACCAAGCAACATATTAGAGGGTAAC-ACTGT-CACAACTCAAAT--CA-G  91

seq1  GAATCTGACCCCTTCTTCTGGGCAACACAAGCACCAGGC-ATACACATAG  148
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAATCTGA-CCCTTCTTCTGGGCAACACAAGCACCAGGCAATACACATAG  140

seq1  TGCACGTGCATAGTGCAGGCAACCACTTAACAGACAAGCCAGAT-ATGGT  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCACGTGCATAGTGCAGGCAACCACTTAACAGACAAGCCAGATAATGGT  190

seq1  GGTGCAGGTCTTTAATCCAAGGACTTGAGAAACAG-AAGCAGGTAGATCT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTGCAGGTCTTTAATCCAAGGACTTGAGAAACAGAAAGCAGGTAGATCT  240

seq1  CTATTAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTATGTGGCAAGTTTCAGGACAGTCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTATGTGGCAAGTTTCAGGACAGTCA  290

seq1  GGGATCTGTAGAAACACAGACTGTCTCAAAAACAAAAACAAAAACCTCAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTGTAGAAACACAGACTGTCTCAAAAACAAAAACAAAAACCTCAT  340

seq1  ACAGAATAAAAAGTCTCTTGGTTTTAAGGTGGGTATGGGTGTAGGAGTGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATAAAAAGTCTCTTGGTTTTAAGGTGGGTATGGGTGTAGGAGTGG  390

seq1  TTTGTACATGAGTGTGATGTCTGAAAGGTCAGAAGAGGCTATTATTAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACATGAGTGTGATGTCTGAAAGGTCAGAAGAGGCTATTATTAAAT  440

seq1  GTCCTCGAACTCCTCTGACAAATGCAGTATTCACTCTCATCCTCTGAACC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCGAACTCCTCTGACAAATGCAGTATTCACTCTCATCCTCTGAACC  490

seq1  ATCCAACCACCCAAATAAACAAACCTTTAAAAATAAAATTTATAAAACTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAACCACCCAAATAAACAAACCTTTAAAAATAAAATTTATAAAACTA  540

seq1  TGAGACAAAGAGAAGGACACATGCCTGTTTTTTGAACTTGAAGTTGAACT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAAAGAGAAGGACACATGCCTGTTTTTTGAACTTGAAGTTGAACT  590

seq1  CCCACATTGGTTCTTGTCTGTTCCCAACAATCTTTCTGCACCAGAAAAGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTGGTTCTTGTCTGTTCCCAACAATCTTTCTGCACCAGAAAAGT  640

seq1  AAGCACTGTAAGAAAGAAAAAGTAAACTAAGAAAGTGACATTGATATGTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTGTAAGAAAGAAAAAGTAAACTAAGAAAGTGACATTGATATGTA  690

seq1  TTATAAAGTAACAAAAAAAAATTAATTAGCAAAATTATCTGAGCGCTCTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGTAACAAAAAAAAATTAATTAGCAAAATTATCTGAGCGCTCTA  740

seq1  AAGCCAACTACAGTCCTGAAGCGGAGGATTTCCTTTGGCACACAGACCCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAACTACAGTCCTGAAGCGGAGGATTTCCTTTGGCACACAGACCCC  790

seq1  CAACTCAACACTGGTGCAACATGAAGACAGTCACAGTGCTACTCAGGAAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAACACTGGTGCAACATGAAGACAGTCACAGTGCTACTCAGGAAG  840

seq1  GAGAGGAGGGACCGATACAAGTCAACCTCTGAGCTTATGAAGATCAACCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGGGACCGATACAAGTCAACCTCTGAGCTTATGAAGATCAACCC  890

seq1  CTAATGCTCTCACCTGTAAAGACTGAAATATATATCCACAGTGTGGGGCG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTCTCACCTGTAAAGACTGAAATATATATCCACAGTGTGGGGCG  940

seq1  TTTTCTCTGATTCAGCAGCCACTGCTCTACATTAAAATATAAAGGCAGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTGATTCAGCAGCCACTGCTCTACATTAAAATATAAAGGCAGCA  990

seq1  AGTAGCCATCAGGCAAGATGGTAACAAGGCCACAAAGCAGGCAAGGAGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCATCAGGCAAGATGGTAACAAGGCCACAAAGCAGGCAAGGAGGG  1040

seq1  CTAGCCCTATAACAGGAACAAGCCACTCAGGATCTTCTGGGAACAGCTAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCCTATAACAGGAACAAGCCACTCAGGATCTTCTGGGAACAGCTAC  1090

seq1  TATGGAAACCAATGAGCTAAGCTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAACCAATGAGCTAAGCTGAATTC  1119

seq1: chr1_136100375_136101499
seq2: B6Ng01-290L22.g_63_1189

seq1  GAATTCCAATAAATATAATGGGAGCCAGATAATGGTGGCACACACATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATAAATATAATGGGAGCCAGATAATGGTGGCACACACATTTG  50

seq1  GTCTGTTTCTTTGGGAAACAGAAGCAGGCACATCTATGTGAGTTCAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTTCTTTGGGAAACAGAAGCAGGCACATCTATGTGAGTTCAAGGC  100

seq1  CAGCCCAGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAA  150

seq1  ACATGTCTTAGAAACCAAAACAAAACAAAAAAGAAAAAACAATAAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCTTAGAAACCAAAACAAAACAAAAAAGAAAAAACAATAAAATAA  200

seq1  CAGAAACTAGTAGCAAGAGTCTTAAGCAAATGGCCCAAGTACAGCTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTAGTAGCAAGAGTCTTAAGCAAATGGCCCAAGTACAGCTCATT  250

seq1  GACTGTCCTCACATTGACCTTCCTGGTTTCTCACCGCTGGACTATAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCCTCACATTGACCTTCCTGGTTTCTCACCGCTGGACTATAACAG  300

seq1  TGCTAGGGTGGCAATATAAGGACAGCCAACTAGACAGAGGTTGAAAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGGTGGCAATATAAGGACAGCCAACTAGACAGAGGTTGAAAACAG  350

seq1  TTCTGAAAGCCTTTCCAAGGCCCCACAGAAGCTAACAGCACTGTCCCGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAGCCTTTCCAAGGCCCCACAGAAGCTAACAGCACTGTCCCGGG  400

seq1  CTTCCTAACGTGTCCCCATTCTCCCGAAGAGCCAGGTGGCGAAAAAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAACGTGTCCCCATTCTCCCGAAGAGCCAGGTGGCGAAAAAGCAA  450

seq1  GAGTCCCCAGAAGCCTTTCGACACCAGGCCCTGTTCTGTTTCCGCTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCCAGAAGCCTTTCGACACCAGGCCCTGTTCTGTTTCCGCTATGA  500

seq1  GCATCTCATCTCCTGCTTCCCGGCTTCCCATCACCCTCAAGCAGTCGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTCATCTCCTGCTTCCCGGCTTCCCATCACCCTCAAGCAGTCGCAC  550

seq1  AGGTTGGCGTCAAGGACCAGCTCAGCAATGCTCGCCTAATTGGGATGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGCGTCAAGGACCAGCTCAGCAATGCTCGCCTAATTGGGATGATT  600

seq1  CTCAGGGAAGAAAGCCTGGTGTTTGCCGAGCATCTGCTAGCACTTCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGAAGAAAGCCTGGTGTTTGCCGAGCATCTGCTAGCACTTCATAC  650

seq1  TTCCTCCCATCCGCGCATTGGCACACTTGCGTGGATGCTGTTCTCAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCATCCGCGCATTGGCACACTTGCGTGGATGCTGTTCTCAACAG  700

seq1  ACATTCTGGATGCGCGGGGCACTGTTCTCAGTGCTGGGAACAAAATAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTGGATGCGCGGGGCACTGTTCTCAGTGCTGGGAACAAAATAAAA  750

seq1  ATTCCTGCCTCTACATAGCTCATACTTGTCTATCTTTTTAAAAGTATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGCCTCTACATAGCTCATACTTGTCTATCTTTTTAAAAGTATGGT  800

seq1  TTATTTATGTTTGTTTTATATACATTGGTTTTTGCTTGCATGTATGTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATGTTTGTTTTATATACATTGGTTTTTGCTTGCATGTATGTCTG  850

seq1  TGTGAGGGTGTTATATCCAATGGGACAAAAGCTATAGACAACCATGAGCT  900
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGA-GGTGTTATATCCAATGGGACAAAAGCTATAGACAACCATGAGCT  899

seq1  GCTATGTGGGTGCTGAG-AATTGAACCTGGGTCCTCT-GGAAGAGCAGCC  948
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTATGTGGGTGCTGAGAAATTGAACCTGGGTCCTCTGGGAAGAGCAGCC  949

seq1  AGTGCTCTAACCACTGAGCCACCTCTCCAGTCCCTA-TTTATCATTTTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
seq2  AGTGCTCTAACCACTGAGCCACCTCTCCAGTCCTTATTTTATCATTTTTT  999

seq1  TATTTGTAAAGGTTTACTATTTTATTTTTATGATTTTGAATGTTTCCTCT  1047
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGT-AAGGTTTACTATTTTA-TTTTATGATTTTGAATGTTTCCTCT  1047

seq1  --GCATGTATGTGAACTCTGTGTGTGCC--TGGTAATCATGGAGCAGGAA  1093
         |||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| |  
seq2  TGCCATGTATGTG-ACTCTGTGTGTGCCCTGGGTAATCATGGAGCAAG-T  1095

seq1  GGGAAGAGGACATCTG-ACTCTCTGGAAATAGA  1125
      |  |  ||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAGGAC-TCTGAACTCTCTGGAAATAGA  1127