BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290M14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 131,068,095 - 131,209,028
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042732, Thsd7b
Upstream geneR3hdm1, Ubxd2, Lct, Mcm6, Dars, LOC620659, Cxcr4
Downstream geneLOC100042745, LOC100042740
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290M14.bB6Ng01-290M14.g
ACCGA087842GA087843
length865712
definitionB6Ng01-290M14.b B6Ng01-290M14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,207,847 - 131,209,028)(131,068,095 - 131,068,806)
sequence
gaattcagtgtcttcttcaatggttggctgggcaaagggtgagtgcttaa
aacagtattaaagaggaaaataatcccaaataaatatgctttggtttaaa
tttttaaatttatttcttttctattacgtttatttattatgagtgtatac
atgtggtatatgcacacagatacactcaaagaaaaattattttttaaaga
gctgaacattccccgctttgtgatccagcaatatattccatataataatt
attgtgaataagtataagcatctgctcacatgagaagccttatatccaca
tgtgcatagaagcattactcataaaaatacaaatgatttcccaggatcaa
gagtaattaaaattccttatgtcagcacagtgataacatagtattaagca
ctgaaaagtaatgagctgctgatttctgcaatggcatgaatgacgcttgc
aaacaccctggaagagaaagaaaccaacataaaacacatcatgaccccat
ttacataactcctttatgacagacagtaaacccatcatcatagggaaaag
atccatggtgggatgggtttgaggtatgctctgttgttttgtttgtttgt
ttttcattacatttctgtattgtgtgtgtacacaaccatgtgttgtgggg
gtgaatgcatgtcaaggtaggtatatgctctgggatgtgtgtgtgtgtgt
gtgtttgtgtgtctgtctgtgtgtctgtgtctgtctgtgtgtctgtcttg
tctgtctgtatgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctgtatgtgtgtgtgtg
tctgtcctgtctgtctgtgtgtctgtctgtttgtctgtctgtgtgtctgt
ctgtctgttgtgtgt

gaattcatgaaagatcaagatagatcaatagaatttactaagtatcaaca
gaagatagaaaacagcttgactacaaaaagagcataacatacggaaaaca
cgagaatgaaaaattaatccctgtcaactgataatcacgatgtatagagg
ttattttgcccataggttttgaggtctcagtgtatgtcagctgtcttatt
gctattgggtttatagtgaggcagtgagtccttactacacttgtggggta
gagtggcgccccactatatatagaagcatgtggggagggaaacctatatc
tcccatggctagatgtcagaccagtgaaaacagcaaggatggtcccccga
atgctcaaaaatgtatactcagtggcctaagaccttccaccagcacctgt
cttgcaatagcaccaaggtaaaagccacacttttaatatatgggcctttg
tggacattccatatataatctatggcaagaatatttccataagagtaaca
taaaggatgatagaagtaagattcctatacttcttttgaaatgctaaatt
gataccaatagaacactttaagttataaatgcatgctgtaacagcaagag
gatcactaagaaagtaaaaaagaaattctgtgaactttatatgccccagt
acaagggaacaccagggccaagaagtgggaatgggtaggtaggggagcag
ggtggggatagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_131207847_131209028
seq2: B6Ng01-290M14.b_50_914 (reverse)

seq1  ACACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAG  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACACAGACACACACAGACACATACACAGACAGACACACAGAAACACAGAC  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACACACACAGACACACAGACACATACACACACACACACACACAGACAGAC  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACATACACACACACACAGACACACACACAAACAGACACACACAGACAGAC  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGACAGACAGACACACAGACAGACACACAGACACATACACAGACAGACAC  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGACACACAGAAACACAGACACACAGACACATACACACACACAGACACAC  300
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACACAGACAGACAGACAGACACACACACAGACAGACAGACACACAGACAG  350
                        ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ------------------ACACACA-ACAGACAGACAGACACACAGACAG  31

seq1  ACAGACAGACAGACACACAGACAGACA-GACAGACACACACACACATACA  399
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAGACAGACACACAGACAGACAGGACAGACACACACACACATACA  81

seq1  GACAGACAGACAGACACACACACATACAGACAGAC-AGACAGACACACAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACAGACAGACAGACACACACACATACAGACAGACAAGACAGACACACAG  131

seq1  ACAGACACAGACACACAGACAGACACACAAACACACACACACACACACAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACAGACACACAGACAGACACACAAACACACACACACACACACAT  181

seq1  CCCAGAGCATATACCTACCTTGACATGCATTCACCCCCACAACACATGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCATATACCTACCTTGACATGCATTCACCCCCACAACACATGGT  231

seq1  TGTGTACACACACAATACAGAAATGTAATGAAAAACAAACAAACAAAACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACACACACAATACAGAAATGTAATGAAAAACAAACAAACAAAACA  281

seq1  ACAGAGCATACCTCAAACCCATCCCACCATGGATCTTTTCCCTATGATGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCATACCTCAAACCCATCCCACCATGGATCTTTTCCCTATGATGA  331

seq1  TGGGTTTACTGTCTGTCATAAAGGAGTTATGTAAATGGGGTCATGATGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTACTGTCTGTCATAAAGGAGTTATGTAAATGGGGTCATGATGTG  381

seq1  TTTTATGTTGGTTTCTTTCTCTTCCAGGGTGTTTGCAAGCGTCATTCATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTGGTTTCTTTCTCTTCCAGGGTGTTTGCAAGCGTCATTCATG  431

seq1  CCATTGCAGAAATCAGCAGCTCATTACTTTTCAGTGCTTAATACTATGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCAGAAATCAGCAGCTCATTACTTTTCAGTGCTTAATACTATGTT  481

seq1  ATCACTGTGCTGACATAAGGAATTTTAATTACTCTTGATCCTGGGAAATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTGCTGACATAAGGAATTTTAATTACTCTTGATCCTGGGAAATC  531

seq1  ATTTGTATTTTTATGAGTAATGCTTCTATGCACATGTGGATATAAGGCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTATTTTTATGAGTAATGCTTCTATGCACATGTGGATATAAGGCTT  581

seq1  CTCATGTGAGCAGATGCTTATACTTATTCACAATAATTATTATATGGAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTGAGCAGATGCTTATACTTATTCACAATAATTATTATATGGAAT  631

seq1  ATATTGCTGGATCACAAAGCGGGGAATGTTCAGCTCTTTAAAAAATAATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCTGGATCACAAAGCGGGGAATGTTCAGCTCTTTAAAAAATAATT  681

seq1  TTTCTTTGAGTGTATCTGTGTGCATATACCACATGTATACACTCATAATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGAGTGTATCTGTGTGCATATACCACATGTATACACTCATAATA  731

seq1  AATAAACGTAATAGAAAAGAAATAAATTTAAAAATTTAAACCAAAGCATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACGTAATAGAAAAGAAATAAATTTAAAAATTTAAACCAAAGCATA  781

seq1  TTTATTTGGGATTATTTTCCTCTTTAATACTGTTTTAAGCACTCACCCTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGGGATTATTTTCCTCTTTAATACTGTTTTAAGCACTCACCCTT  831

seq1  TGCCCAGCCAACCATTGAAGAAGACACTGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCCAACCATTGAAGAAGACACTGAATTC  865


seq1: chr1_131068095_131068806
seq2: B6Ng01-290M14.g_68_779

seq1  GAATTCATGAAAGATCAAGATAGATCAATAGAATTTACTAAGTATCAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAAAGATCAAGATAGATCAATAGAATTTACTAAGTATCAACA  50

seq1  GAAGATAGAAAACAGCTTGACTACAAAAAGAGCATAACATACGGAAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAGAAAACAGCTTGACTACAAAAAGAGCATAACATACGGAAAACA  100

seq1  CGAGAATGAAAAATTAATCCCTGTCAACTGATAATCACGATGTATAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAATGAAAAATTAATCCCTGTCAACTGATAATCACGATGTATAGAGG  150

seq1  TTATTTTGCCCATAGGTTTTGAGGTCTCAGTGTATGTCAGCTGTCTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGCCCATAGGTTTTGAGGTCTCAGTGTATGTCAGCTGTCTTATT  200

seq1  GCTATTGGGTTTATAGTGAGGCAGTGAGTCCTTACTACACTTGTGGGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTGGGTTTATAGTGAGGCAGTGAGTCCTTACTACACTTGTGGGGTA  250

seq1  GAGTGGCGCCCCACTATATATAGAAGCATGTGGGGAGGGAAACCTATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCGCCCCACTATATATAGAAGCATGTGGGGAGGGAAACCTATATC  300

seq1  TCCCATGGCTAGATGTCAGACCAGTGAAAACAGCAAGGATGGTCCCCCGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGGCTAGATGTCAGACCAGTGAAAACAGCAAGGATGGTCCCCCGA  350

seq1  ATGCTCAAAAATGTATACTCAGTGGCCTAAGACCTTCCACCAGCACCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAAAAATGTATACTCAGTGGCCTAAGACCTTCCACCAGCACCTGT  400

seq1  CTTGCAATAGCACCAAGGTAAAAGCCACACTTTTAATATATGGGCCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAATAGCACCAAGGTAAAAGCCACACTTTTAATATATGGGCCTTTG  450

seq1  TGGACATTCCATATATAATCTATGGCAAGAATATTTCCATAAGAGTAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATTCCATATATAATCTATGGCAAGAATATTTCCATAAGAGTAACA  500

seq1  TAAAGGATGATAGAAGTAAGATTCCTATACTTCTTTTGAAATGCTAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGATGATAGAAGTAAGATTCCTATACTTCTTTTGAAATGCTAAATT  550

seq1  GATACCAATAGAACACTTTAAGTTATAAATGCATGCTGTAACAGCAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCAATAGAACACTTTAAGTTATAAATGCATGCTGTAACAGCAAGAG  600

seq1  GATCACTAAGAAAGTAAAAAAGAAATTCTGTGAACTTTATATGCCCCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTAAGAAAGTAAAAAAGAAATTCTGTGAACTTTATATGCCCCAGT  650

seq1  ACAAGGGAACACCAGGGCCAAGAAGTGGGAATGGGTAGGTAGGGGAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGAACACCAGGGCCAAGAAGTGGGAATGGGTAGGTAGGGGAGCAG  700

seq1  GGTGGGGATAGG  712
      ||||||||||||
seq2  GGTGGGGATAGG  712


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |