BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291H23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 191,302,928 - 191,461,136
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUsh2a, Kctd3, Kcnk2, LOC100042424, LOC100039307
Downstream geneCenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2, Prox1, LOC100039394
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291H23.bB6Ng01-291H23.g
ACCGA088365GA088366
length1,131277
definitionB6Ng01-291H23.b B6Ng01-291H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(191,460,028 - 191,461,136)(191,302,928 - 191,303,204)
sequence
gaattcccaggttctttcaaaatcacttgagtgccagcaatatgtcataa
aaatattgtcataaaaaataatgtcataaaagataagcaggctagttccc
accagacccaggttcacagcaccgcgttcttcctaacagtgctcttgtag
gactagggtggctatcgtattaaagtgcatgctgacgaccagaagtcagc
tggagctggttgctatctgaggacatttaaattgtgatcttttgcctgtt
attcagataagctatcttccctttggaagaaggggctgaggactgctttg
ctgactaggtcagctcttccaggggtgtgaagcccagtcccaccacagct
gtccatccatgacttacctgagctgtggtgcagacctctgtaggaaggga
agtcatctgaagtcatcattgtgtttgttcaagtcctacactttttcgag
gtctgtgctctgtcttccttttgtggctgagatgaagtagcagggacttg
ggagaactccaactccttgatatgaagaccatgtttaatgttgaatgtgt
ttcctgtcaatcttgtagaatgtgggctattctcatgtgatgaaagatga
cctgtagtagttacttcccgtggccataataaagcaccaaacagaaactt
ttttttaaaaaaatattttttattatgtattttccttaattacatttcca
atgctatcccaaaagtcccccataccctcccccctcactcccctagccac
ccattcccactttttggccctggcgttcccctgtactggggcatataaag
ttttgcatgtccaaatgggcctctctttccagtgatggccgactaggcca
tcttttgatacatatgcaactagagtcaagagctccagggtactggttag
ttcaatattgttgttctgcctatagggttgtagaccccattaagctcctt
gggtacttttctctagctccttccattgggggccctggtgatcaatccaa
tagcctgactgtgagcattccacttctgtgtttggctaggccccggccta
gtctcacaaaagagacaggctaatcaggtctttccaggcaaacctcttgc
cctagtgtatgccaatggtgtcatccttgga

tttcctaaatcggagatagtaagatctgcaaagtgtgtccctgggaacag
cgctttcttttccacccttgtcttcaatacaaagaggaaaccccatgtct
gcaggaaaagctgagtcccagaggcaggaaaacctttcaagggaaaccca
ggttgtggtccccatgggtgagtcacagcccagcaggtgagcagcacaga
tcggtcttagccgcccaaaggacatgaggttgagagggattgggaagagg
ggtgaatctgaggatcttggggagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_191460028_191461136
seq2: B6Ng01-291H23.b_56_1179 (reverse)

seq1  TCCAAATGATGACACCATT-GCATACACTA--GCAAGA-GTTTGC--TGA  44
      ||| || |||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||   ||
seq2  TCC-AAGGATGACACCATTGGCATACACTAGGGCAAGAGGTTTGCCTGGA  49

seq1  AAGAACCCTGATATAGC---TGTCTTTTGTGAGACTAGGCCGGGGCCTAG  91
      ||||  |||||| ||||   | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGA--CCTGAT-TAGCCTGTCTCTTTTGTGAGACTAGGCCGGGGCCTAG  96

seq1  -CAAACACAGAAGTGG-ATGCTCACAGTCA-GCTATTGGATTGATCA-CA  137
       ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  CCAAACACAGAAGTGGAATGCTCACAGTCAGGCTATTGGATTGATCACCA  146

seq1  GGGCCCCCAATGG-AGGAGCTAGAG-AAAGTACCCAAGGAGC-TAATGGG  184
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GGGCCCCCAATGGAAGGAGCTAGAGAAAAGTACCCAAGGAGCTTAATGGG  196

seq1  GTCTACAACCCTATAGGCAGAACAACAATA-TGAACTAACCAGTACCCTG  233
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAACCCTATAGGCAGAACAACAATATTGAACTAACCAGTACCCTG  246

seq1  GAGCTCTTGACTCTAGTTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCA  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTTGACTCTAGTTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCA  296

seq1  TCACTGGAAAGAGAGGCCCA-TTGGACATGC-AAACTTTATATGCCCCAG  331
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGAAAGAGAGGCCCATTTGGACATGCAAAACTTTATATGCCCCAG  346

seq1  TACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAATGGGTGGCTAGGGGAGTG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGTGGGAATGGGTGGCTAGGGGAGTG  396

seq1  AGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAATTAA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAATTAA  446

seq1  GGAAAATACATAATAAAAAATATTTTTTTAAAAAAAAGTTTCTGTTTGGT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATACATAATAAAAAATATTTTTTTAAAAAAAAGTTTCTGTTTGGT  496

seq1  GCTTTATTATGGCCACGGGAAGTAACTACTACAGGTCATCTTTCATCACA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATTATGGCCACGGGAAGTAACTACTACAGGTCATCTTTCATCACA  546

seq1  TGAGAATAGCCCACATTCTACAAGATTGACAGGAAACACATTCAACATTA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATAGCCCACATTCTACAAGATTGACAGGAAACACATTCAACATTA  596

seq1  AACATGGTCTTCATATCAAGGAGTTGGAGTTCTCCCAAGTCCCTGCTACT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGTCTTCATATCAAGGAGTTGGAGTTCTCCCAAGTCCCTGCTACT  646

seq1  TCATCTCAGCCACAAAAGGAAGACAGAGCACAGACCTCGAAAAAGTGTAG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCAGCCACAAAAGGAAGACAGAGCACAGACCTCGAAAAAGTGTAG  696

seq1  GACTTGAACAAACACAATGATGACTTCAGATGACTTCCCTTCCTACAGAG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAACAAACACAATGATGACTTCAGATGACTTCCCTTCCTACAGAG  746

seq1  GTCTGCACCACAGCTCAGGTAAGTCATGGATGGACAGCTGTGGTGGGACT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCACCACAGCTCAGGTAAGTCATGGATGGACAGCTGTGGTGGGACT  796

seq1  GGGCTTCACACCCCTGGAAGAGCTGACCTAGTCAGCAAAGCAGTCCTCAG  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCACACCCCTGGAAGAGCTGACCTAGTCAGCAAAGCAGTCCTCAG  846

seq1  CCCCTTCTTCCAAAGGGAAGATAGCTTATCTGAATAACAGGCAAAAGATC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCTTCCAAAGGGAAGATAGCTTATCTGAATAACAGGCAAAAGATC  896

seq1  ACAATTTAAATGTCCTCAGATAGCAACCAGCTCCAGCTGACTTCTGGTCG  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTAAATGTCCTCAGATAGCAACCAGCTCCAGCTGACTTCTGGTCG  946

seq1  TCAGCATGCACTTTAATACGATAGCCACCCTAGTCCTACAAGAGCACTGT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGCACTTTAATACGATAGCCACCCTAGTCCTACAAGAGCACTGT  996

seq1  TAGGAAGAACGCGGTGCTGTGAACCTGGGTCTGGTGGGAACTAGCCTGCT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGAACGCGGTGCTGTGAACCTGGGTCTGGTGGGAACTAGCCTGCT  1046

seq1  TATCTTTTATGACATTATTTTTTATGACAATATTTTTATGACATATTGCT  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTTATGACATTATTTTTTATGACAATATTTTTATGACATATTGCT  1096

seq1  GGCACTCAAGTGATTTTGAAAGAACCTG  1109
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCAAGTGATTTTGAAAGAACCTG  1124


seq1: chr1_191302928_191303204
seq2: B6Ng01-291H23.g_70_346

seq1  TTTCCTAAATCGGAGATAGTAAGATCTGCAAAGTGTGTCCCTGGGAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAAATCGGAGATAGTAAGATCTGCAAAGTGTGTCCCTGGGAACAG  50

seq1  CGCTTTCTTTTCCACCCTTGTCTTCAATACAAAGAGGAAACCCCATGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTTCTTTTCCACCCTTGTCTTCAATACAAAGAGGAAACCCCATGTCT  100

seq1  GCAGGAAAAGCTGAGTCCCAGAGGCAGGAAAACCTTTCAAGGGAAACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAAAGCTGAGTCCCAGAGGCAGGAAAACCTTTCAAGGGAAACCCA  150

seq1  GGTTGTGGTCCCCATGGGTGAGTCACAGCCCAGCAGGTGAGCAGCACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGGTCCCCATGGGTGAGTCACAGCCCAGCAGGTGAGCAGCACAGA  200

seq1  TCGGTCTTAGCCGCCCAAAGGACATGAGGTTGAGAGGGATTGGGAAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCTTAGCCGCCCAAAGGACATGAGGTTGAGAGGGATTGGGAAGAGG  250

seq1  GGTGAATCTGAGGATCTTGGGGAGAAG  277
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATCTGAGGATCTTGGGGAGAAG  277


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |