BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291M05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 165,802,936 - 165,975,341
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik
Upstream geneFmo2, Fmo6, Fmo3, 4921528O07Rik, Prrx1, LOC100039597, Scyl1bp1, LOC665237, Gm207, LOC100039626
Downstream geneSele, Sell, Selp, F5, Slc19a2, 4930455F23Rik, Blzf1, Nme7, Atp1b1, LOC100040065, Dpt, Xcl1, 1700029M03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291M05.bB6Ng01-291M05.g
ACCGA088569GA088570
length592778
definitionB6Ng01-291M05.b B6Ng01-291M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,802,936 - 165,803,533)(165,974,372 - 165,975,341)
sequence
cataaaatgggtagtcaccttttaaaattctctttccctttacctcccac
tagtaagtatatgtatatgtgtatgttacacacatgagcttacatgtatg
tgcatgtatggtgtgtgcatgtgtatgtatctgtgcgcgcgcgagcgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtatgtgtataagtgtacctgtgttggt
tagagtgtagcctaagctgttgatagtcacgttttaccttagttgagaca
ggatatttctgttcactgtgccccacgccacactagctagctggtgagct
ctggttattgtcctgtgtgtgctcccaccttgctctggttattgtcctgt
gtgtgctcccaccttgctctggttattgtcctgtgtgtgctcccaccttg
ctgtggttattgtcctgtgtgtgctcccaccttgctgtgggagtgctgga
agcacagaggcatgcagtggcacccagctttctttcggctctgcaaatct
gtagttggcttctcacactgaaggagtgagcccttacccaccacggcagc
tctccagcccagcgctcacttttactgtgggtgtagacacag
gaattcaattgcctgaggcaggactgccaactcaagaccagtttgggctt
catagtaagttgaaggcctgtcagcgtaagatcatgaggctctcttctct
ctgtgtctcactctctgtctctgtctctttctctgtctctgtctctctca
gtttctttctgtctgtctgtctttctctcacacacacacatacacaaatg
cacatgcatgcacacacaagagttgggtgttatggtaaatatctgtagaa
gttagaaagtggaggcaagaaagatcagaattccaggtcacccatagcta
cgtagtaagtttaagaccagtctgggttacacaggaacacgtcttaaaac
aaagcaaaaccaaaccacacaaaccaaacattcataaaaatcaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaagaaatcccttccttaggtatcagaattttgacgaa
actggagagctgatgggcagagatgccttgtgacagtgctgagcaaatgg
gaaaggtgtttagggtgagctgccatttggaattcttgcatgtggggaga
aggtggcttattcccgaggaaaaaagaaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtctgtctgtctgtctgtctatatgtgtgtgtctgtgtgtgtgtctctgt
atgtgtatcctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctg
tctgtctgtctgtctgtctgtctgtctatgtgtgttttgtcttttgtgtg
tgtctctgttttgtgttttcctctgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_165802936_165803533
seq2: B6Ng01-291M05.b_45_642

seq1  GAATTCCATAAAATGGGTAGTCACCTTTTAAAATTCTCTTTCCCTTTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAAAATGGGTAGTCACCTTTTAAAATTCTCTTTCCCTTTACC  50

seq1  TCCCACTAGTAAGTATATGTATATGTGTATGTTACACACATGAGCTTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTAGTAAGTATATGTATATGTGTATGTTACACACATGAGCTTACA  100

seq1  TGTATGTGCATGTATGGTGTGTGCATGTGTATGTATCTGTGCGCGCGCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGCATGTATGGTGTGTGCATGTGTATGTATCTGTGCGCGCGCGA  150

seq1  GCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTGTATAAGTGTACCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTGTATAAGTGTACCTGT  200

seq1  GTTGGTTAGAGTGTAGCCTAAGCTGTTGATAGTCACGTTTTACCTTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTAGAGTGTAGCCTAAGCTGTTGATAGTCACGTTTTACCTTAGTT  250

seq1  GAGACAGGATATTTCTGTTCACTGTGCCCCACGCCACACTAGCTAGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGATATTTCTGTTCACTGTGCCCCACGCCACACTAGCTAGCTGG  300

seq1  TGAGCTCTGGTTATTGTCCTGTGTGTGCTCCCACCTTGCTCTGGTTATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCTGGTTATTGTCCTGTGTGTGCTCCCACCTTGCTCTGGTTATTG  350

seq1  TCCTGTGTGTGCTCCCACCTTGCTCTGGTTATTGTCCTGTGTGTGCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTGTGCTCCCACCTTGCTCTGGTTATTGTCCTGTGTGTGCTCCC  400

seq1  ACCTTGCTGTGGTTATTGTCCTGTGTGTGCTCCCACCTTGCTGTGGGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCTGTGGTTATTGTCCTGTGTGTGCTCCCACCTTGCTGTGGGAGT  450

seq1  GCTGGAAGCACAGAGGCATGCAGTGGCACCCAGCTTTCTTTCGGCTCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAGCACAGAGGCATGCAGTGGCACCCAGCTTTCTTTCGGCTCTGC  500

seq1  AAATCTGTAGTTGGCTTCTCACACTGAAGGAGTGAGCCCTTACCCACCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGTAGTTGGCTTCTCACACTGAAGGAGTGAGCCCTTACCCACCAC  550

seq1  GGCAGCTCTCCAGCCCAGCGCTCACTTTTACTGTGGGTGTAGACACAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTCTCCAGCCCAGCGCTCACTTTTACTGTGGGTGTAGACACAG  598

seq1: chr1_165974372_165975341
seq2: B6Ng01-291M05.g_68_845 (reverse)

seq1  ACACAGAGGATACACATACAGAGACACACACACAGACACACACACATAGA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TAGACAGACAGACAGACAGACACACACACACACAGATACATTCACTCACA  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CACACAGATACATATACTCACACAGATACACACACACATAGAGAGAGATA  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CATACACCCTCTAAACACACACACACACACACACACACACACACACAGAG  200
                                                ||||||||
seq2  ------------------------------------------ACACAGAG  8

seq1  G-ATACAC-ATACAGAGACACACAC-ACAGAC-ACACACACATAGACAGA  246
      | | |||| | |||||||||||||| | |||| | ||||||||    |||
seq2  GAAAACACAAAACAGAGACACACACAAAAGACAAAACACACAT----AGA  54

seq1  CAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACACACACACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACACACACACA  104

seq1  CACACACACACAGAGGATACACATACAGAGACACACACACAGACACACAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACAGAGGATACACATACAGAGACACACACACAGACACACAC  154

seq1  ATATAGACAGACAGACAGACAGACACACACACACACACACACACATTTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGACAGACAGACAGACAGACACACACACACACACACACACATTTCT  204

seq1  TTTTTCCTCGGGAATAAGCCACCTTCTCCCCACATGCAAGAATTCCAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTCGGGAATAAGCCACCTTCTCCCCACATGCAAGAATTCCAAAT  254

seq1  GGCAGCTCACCCTAAACACCTTTCCCATTTGCTCAGCACTGTCACAAGGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTCACCCTAAACACCTTTCCCATTTGCTCAGCACTGTCACAAGGC  304

seq1  ATCTCTGCCCATCAGCTCTCCAGTTTCGTCAAAATTCTGATACCTAAGGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGCCCATCAGCTCTCCAGTTTCGTCAAAATTCTGATACCTAAGGA  354

seq1  AGGGATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTTTATGAATGTTTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTTTATGAATGTTTG  404

seq1  GTTTGTGTGGTTTGGTTTTGCTTTGTTTTAAGACGTGTTCCTGTGTAACC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTGGTTTGGTTTTGCTTTGTTTTAAGACGTGTTCCTGTGTAACC  454

seq1  CAGACTGGTCTTAAACTTACTACGTAGCTATGGGTGACCTGGAATTCTGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGTCTTAAACTTACTACGTAGCTATGGGTGACCTGGAATTCTGA  504

seq1  TCTTTCTTGCCTCCACTTTCTAACTTCTACAGATATTTACCATAACACCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTGCCTCCACTTTCTAACTTCTACAGATATTTACCATAACACCC  554

seq1  AACTCTTGTGTGTGCATGCATGTGCATTTGTGTATGTGTGTGTGTGAGAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTGTGTGTGCATGCATGTGCATTTGTGTATGTGTGTGTGTGAGAG  604

seq1  AAAGACAGACAGACAGAAAGAAACTGAGAGAGACAGAGACAGAGAAAGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGACAGACAGAAAGAAACTGAGAGAGACAGAGACAGAGAAAGAG  654

seq1  ACAGAGACAGAGAGTGAGACACAGAGAGAAGAGAGCCTCATGATCTTACG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGAGAGTGAGACACAGAGAGAAGAGAGCCTCATGATCTTACG  704

seq1  CTGACAGGCCTTCAACTTACTATGAAGCCCAAACTGGTCTTGAGTTGGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGGCCTTCAACTTACTATGAAGCCCAAACTGGTCTTGAGTTGGCA  754

seq1  GTCCTGCCTCAGGCAATTGAATTC  970
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCCTCAGGCAATTGAATTC  778