BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292F21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 152,629,294 - 152,771,227
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG545370
Upstream genePla2g4a, Ptgs2, LOC676712, LOC100043257, LOC100043261, Pdc, BC003331, Tpr, EG625534
Downstream geneLOC668040, LOC676758, EG668050, LOC668055, 3110040M04Rik, LOC100043286, Ivns1abp, 1200016B10Rik, 1190005F20Rik, Rnf2, Niban, Edem3, 1700025G04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292F21.bB6Ng01-292F21.g
ACCGA089027GA089028
length1,0831,060
definitionB6Ng01-292F21.b B6Ng01-292F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,629,294 - 152,630,367)(152,770,167 - 152,771,227)
sequence
gaattccacaggcatcaacttccaaaagaagcccttctaattctatgcag
cattccagggcagaattaaatgctttaggatgccttgatgtagttagttc
acatgttataaattacattatgaccattagtttgctgctgtgtttgcttg
ttttgttttgtttgcttgttttgttttcattgttttaggtgccgagaatg
gagcaagaaaggaggccaggagcatcctgtcatgtgatctacatcccagt
atcccaccatcttgcattccattttggttgaaaaggatgctgcttacttc
cattatatattaacagcaaggggtatatcgtcagatagctaattcttgat
gcacaaatttatgaataactttataaacatataagcagataaccaaataa
aaactgtcactaactcaatccaaggtgaacagtagccccttctcaagcta
ggctagagaagctcacagaactcggagatccaacttgcatgctgacacac
aggtgcccaggcatctagaggctcaggagcctctcttaagccagctgctc
agttatctcccattaataaaatagaaaatgcagaatgtctcccctctatc
agcacttgtcagaattaatcagtgattggaaaataactaaacagtattta
ttacacttacttaatcactaattataagtgaaagtgctttgctgctgatt
tctggagtcatgttagcaaactgctgagtccccaggaagtggccgcaggg
actttcttacgtctatttggttaatgagaagtatgtgaggctttgacagg
cgactagcatccgaggtgagtgcattttctgaaaatgacctcaacctgtg
catccacactaaccagaaacagcatcctccctgagcatgttgctgtgcaa
agagctgggagggtggttggtgggaatagaaaaccctaagtgttttggtg
ttgggaagccgctgtctgcgaaggatcagagggcacgctgttttcccgaa
cattttccagtgctccttagccagtctattatttagttagcttggcatga
ctgcctgaattcctcactgacgctcatctctct
gaattcacagtgatcttcctgtctcagtgtgtcaagtgctgggttacaaa
tacgggctatcagacatggcggagcaactctgcattttgttaattacatc
aagatggattctggctgttttatacggcaaatagggcattgcatccatag
ttggtttgcatgaaactttatactcctaaagtctgatgacaattgaataa
atcccaactgtacgtgtatatctcagatatacacaacatggataagtcct
gaattcttcccataactgtttaaataagaacacatgagagagaagtaaaa
aaaatgtaacagttatattgatcagaaatatcacatacataaattcatta
acagtaaattggtaaattccatttttcagagttcatctgggtggtggttc
catgaaaaagtactcagacgtttcaacattgtttgcttatggaaaacatt
tggcagttgtgttagcaaagagcagtgtcaaaaatctaaacgtttccccc
tcaacatctgcatttgtttattaaaaaacaaatccaccctacacccccat
ctctcaaacaagttttgtcacggaatgtttttcaattcgtgaaatttgat
ctcaaatttttgtatatgtacaagcttagtttatttgtttatttcatttc
cacatgtctgacatctaagactttagataggaatgatcttaaagcattat
ttaaaaaaaaaaaacccacaatctaagggaaaaagaagcactttagaggt
tcagccctaagaatggctattagagaaactgataaccaagagctattaga
gattggctttacagcctataccaagaggcatcgctcctgtcctcttgaaa
gtgctttgtcaattgaactcaatatattttgcatgctgttctctacacct
caatctgcttgaaatggagaagtgtccttttggtagaagtacgtgaatgt
ggggcttataatccaggtgttctcattaaactagaagactgactagaaga
gaaaagacttcttcttttccttccacagaaatgtatacctgcatcatatt
attgtcttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_152629294_152630367
seq2: B6Ng01-292F21.b_45_1127

seq1  GAATTCCACAGGCATCAACTTCCAAAAGAAGCCCTTCTAATTCTATGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGGCATCAACTTCCAAAAGAAGCCCTTCTAATTCTATGCAG  50

seq1  CATTCCAGGGCAGAATTAAATGCTTTAGGATGCCTTGATGTAGTTAGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCAGGGCAGAATTAAATGCTTTAGGATGCCTTGATGTAGTTAGTTC  100

seq1  ACATGTTATAAATTACATTATGACCATTAGTTTGCTGCTGTGTTTGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTATAAATTACATTATGACCATTAGTTTGCTGCTGTGTTTGCTTG  150

seq1  TTTTGTTTTGTTTGCTTGTTTTGTTTTCATTGTTTTAGGTGCCGAGAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGTTTGCTTGTTTTGTTTTCATTGTTTTAGGTGCCGAGAATG  200

seq1  GAGCAAGAAAGGAGGCCAGGAGCATCCTGTCATGTGATCTACATCCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGAAAGGAGGCCAGGAGCATCCTGTCATGTGATCTACATCCCAGT  250

seq1  ATCCCACCATCTTGCATTCCATTTTGGTTGAAAAGGATGCTGCTTACTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACCATCTTGCATTCCATTTTGGTTGAAAAGGATGCTGCTTACTTC  300

seq1  CATTATATATTAACAGCAAGGGGTATATCGTCAGATAGCTAATTCTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATATATTAACAGCAAGGGGTATATCGTCAGATAGCTAATTCTTGAT  350

seq1  GCACAAATTTATGAATAACTTTATAAACATATAAGCAGATAACCAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAATTTATGAATAACTTTATAAACATATAAGCAGATAACCAAATAA  400

seq1  AAACTGTCACTAACTCAATCCAAGGTGAACAGTAGCCCCTTCTCAAGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTCACTAACTCAATCCAAGGTGAACAGTAGCCCCTTCTCAAGCTA  450

seq1  GGCTAGAGAAGCTCACAGAACTCGGAGATCCAACTTGCATGCTGACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAGAAGCTCACAGAACTCGGAGATCCAACTTGCATGCTGACACAC  500

seq1  AGGTGCCCAGGCATCTAGAGGCTCAGGAGCCTCTCTTAAGCCAGCTGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCCAGGCATCTAGAGGCTCAGGAGCCTCTCTTAAGCCAGCTGCTC  550

seq1  AGTTATCTCCCATTAATAAAATAGAAAATGCAGAATGTCTCCCCTCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCTCCCATTAATAAAATAGAAAATGCAGAATGTCTCCCCTCTATC  600

seq1  AGCACTTGTCAGAATTAATCAGTGATTGGAAAATAACTAAACAGTATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGTCAGAATTAATCAGTGATTGGAAAATAACTAAACAGTATTTA  650

seq1  TTACACTTACTTAATCACTAATTATAAGTGAAAGTGCTTTGCTGCTGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTTACTTAATCACTAATTATAAGTGAAAGTGCTTTGCTGCTGATT  700

seq1  TCTGGAGTCATGTTAGCAAACTGCTGAGTCCCCAGGAAGTGGCCGCAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCATGTTAGCAAACTGCTGAGTCCCCAGGAAGTGGCCGCAGGG  750

seq1  ACTTTCTTACGTCTATTTGGTTAATGAGAAGTATGTGAGGCTTTGACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTACGTCTATTTGGTTAATGAGAAGTATGTGAGGCTTTGACAGG  800

seq1  CGACTAGCATCCGAGGTGAGTGCATTTTCTGAAAATGACCTCAACCTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTAGCATCCGAGGTGAGTGCATTTTCTGAAAATGACCTCAACCTGTG  850

seq1  CATCCACACTAACCAGAAACAGCATCCTCCCTGAGCATGTTGCTGTGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACACTAACCAGAAACAGCATCCTCCCTGAGCATGTTGCTGTGCAA  900

seq1  AGAGCTGGGAGGGTGGTTGGTGGGAATAGAAAAACCCTAAGTG-TTTGGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  AGAGCTGGGAGGGTGGTTGGTGGGAATAG-AAAACCCTAAGTGTTTTGGT  949

seq1  GTT-GGAAG-CGCTGTCTGCG-AGGATCAGAGGGCACGCTGTTTCCCCG-  995
      ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  GTTGGGAAGCCGCTGTCTGCGAAGGATCAGAGGGCACGCTGTTTTCCCGA  999

seq1  ACATTTT-CAGTGCTCCTTAGCAGTTCTATTATTTAGTTAGC-TGGCATG  1043
      ||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACATTTTCCAGTGCTCCTTAGCCAGTCTATTATTTAGTTAGCTTGGCATG  1049

seq1  ACTG-CTG-ATTCCTCATCTG-CG-TCATCTCTCT  1074
      |||| ||| |||||||| ||| || ||||||||||
seq2  ACTGCCTGAATTCCTCA-CTGACGCTCATCTCTCT  1083

seq1: chr1_152770167_152771227
seq2: B6Ng01-292F21.g_65_1124 (reverse)

seq1  TAAAGACA--TATATGGATGCAGGTATACATTTCTGTGGAAAGGAAAAGA  48
      ||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAAGACAATAATAT-GATGCAGGTATACATTTCTGTGG-AAGGAAAAGA  48

seq1  --GAGTCTTTTCCTTCTTTCTAGTCAGTCTTCTAGTTTTAATGAGAACAC  96
         |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTTTTC--TC-TTCTAGTCAGTCTTCTAG-TTTAATGAGAACAC  94

seq1  CTGGATTTATAAG-CCCACATTCACGTACTTCTACCAAAAGGACACTTCT  145
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGA-TTATAAGCCCCACATTCACGTACTTCTACCAAAAGGACACTTCT  143

seq1  CCATTTCAAGCAGATTGAGGTGTAGAGAACAGCATGCAAAATATATTGAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCAAGCAGATTGAGGTGTAGAGAACAGCATGCAAAATATATTGAG  193

seq1  TTCAATTGACAAAGCACTTTCAAGAGGACAGGAGCGATGCCTCTTGGTAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTGACAAAGCACTTTCAAGAGGACAGGAGCGATGCCTCTTGGTAT  243

seq1  AGGCTGTAAAGCCAATCTCTAATAGCTCTTGGTTATCAGTTTCTCTAATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTAAAGCCAATCTCTAATAGCTCTTGGTTATCAGTTTCTCTAATA  293

seq1  GCCATTCTTAGGGCTGAACCTCTAAAGTGCTTCTTTTTCCCTTAGATTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCTTAGGGCTGAACCTCTAAAGTGCTTCTTTTTCCCTTAGATTGT  343

seq1  GGG-TTTTTTTTTTTAAATAATGCTTTAAGATCATTCCTATCTAAAGTCT  394
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTTTTTTTTAAATAATGCTTTAAGATCATTCCTATCTAAAGTCT  393

seq1  TAGATGTCAGACATGTGGAAATGAAATAAACAAATAAACTAAGCTTGTAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTCAGACATGTGGAAATGAAATAAACAAATAAACTAAGCTTGTAC  443

seq1  ATATACAAAAATTTGAGATCAAATTTCACGAATTGAAAAACATTCCGTGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAAAAATTTGAGATCAAATTTCACGAATTGAAAAACATTCCGTGA  493

seq1  CAAAACTTGTTTGAGAGATGGGGGTGTAGGGTGGATTTGTTTTTTAATAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTTGTTTGAGAGATGGGGGTGTAGGGTGGATTTGTTTTTTAATAA  543

seq1  ACAAATGCAGATGTTGAGGGGGAAACGTTTAGATTTTTGACACTGCTCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGCAGATGTTGAGGGGGAAACGTTTAGATTTTTGACACTGCTCTT  593

seq1  TGCTAACACAACTGCCAAATGTTTTCCATAAGCAAACAATGTTGAAACGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACACAACTGCCAAATGTTTTCCATAAGCAAACAATGTTGAAACGT  643

seq1  CTGAGTACTTTTTCATGGAACCACCACCCAGATGAACTCTGAAAAATGGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTACTTTTTCATGGAACCACCACCCAGATGAACTCTGAAAAATGGA  693

seq1  ATTTACCAATTTACTGTTAATGAATTTATGTATGTGATATTTCTGATCAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACCAATTTACTGTTAATGAATTTATGTATGTGATATTTCTGATCAA  743

seq1  TATAACTGTTACATTTTTTTTACTTCTCTCTCATGTGTTCTTATTTAAAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTGTTACATTTTTTTTACTTCTCTCTCATGTGTTCTTATTTAAAC  793

seq1  AGTTATGGGAAGAATTCAGGACTTATCCATGTTGTGTATATCTGAGATAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGGGAAGAATTCAGGACTTATCCATGTTGTGTATATCTGAGATAT  843

seq1  ACACGTACAGTTGGGATTTATTCAATTGTCATCAGACTTTAGGAGTATAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTACAGTTGGGATTTATTCAATTGTCATCAGACTTTAGGAGTATAA  893

seq1  AGTTTCATGCAAACCAACTATGGATGCAATGCCCTATTTGCCGTATAAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCATGCAAACCAACTATGGATGCAATGCCCTATTTGCCGTATAAAA  943

seq1  CAGCCAGAATCCATCTTGATGTAATTAACAAAATGCAGAGTTGCTCCGCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGAATCCATCTTGATGTAATTAACAAAATGCAGAGTTGCTCCGCC  993

seq1  ATGTCTGATAGCCCGTATTTGTAACCCAGCACTTGACACACTGAGACAGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGATAGCCCGTATTTGTAACCCAGCACTTGACACACTGAGACAGG  1043

seq1  AAGATCACTGTGAATTC  1061
      |||||||||||||||||
seq2  AAGATCACTGTGAATTC  1060