BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293J10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 137,222,383 - 137,376,599
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmod1, Tmem58, Ipo9, Nav1
Upstream genePpfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2, Ppp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a
Downstream geneEG215714, LOC623327, Csrp1, Phlda3, Tnni1, Lad1, Tnnt2, LOC100042477, Pkp1, 9830123M21Rik, Tmem9, Ascl5, Cacna1s, Kif21b, 2310006M14Rik, 5730559C18Rik, LOC100042513, Gpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59, Kif14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293J10.bB6Ng01-293J10.g
ACCGA089932GA089933
length1,053347
definitionB6Ng01-293J10.b B6Ng01-293J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,222,383 - 137,223,431)(137,376,253 - 137,376,599)
sequence
gaattcttaccccatgggcagggtggttatttcttttaaagctttgataa
tgatgaataaatataaatccaggtatgggggcctgtctttgaggggctgg
ggacgcaggacaggaaccagagaaatgaaattcagtcaaggtcttgatgc
ttttgtaacagcatcccccctcttgccctctctctggggcaacacccacc
ccccaaaacattctctctgaagcttggttttgttcctctcttccgtcccc
caggctctgggcccagtggctgacttgcatctgtgacttctggagactga
ggtcaaacagaactgttttcagccctgggaaccaaactcagggcctctca
catgccatgggagggtgccacctttgagctatgcagtcctaaaactcaag
cccttacttaattataaagcaagatgtttaggtcaaagagcacagaggga
ctcttgcactcctgggactttcattctccagtgtttctgctcttagtaaa
tactgtgccccgactctctcctctctctcccccagtttcctggctttgcc
cagggatgtacttatttctccaaatggagccaagtcaagcaatagagggt
gggggagaagacgtctttggtcagaggtgttgccttcaggaccatccttg
cctctcggagatagtctgttacagtcctcccattgcccctcatgcaggta
aagggcgtgtgttagcacagtggcctgctggactgtagaatttatactga
gtagtgggcagaagtgtctgtcagcctgggggagtgtgagcgtcctaaca
agtagcctccttagcatggttattaaggaagatggggaagttagggccta
gtggtaagtatcagaaaaccctgtacgagtgccagccactcttgcggccc
tgtctgtgcgactaagtcactcccaagctacccagatctcaaggataata
gcactgcctcgagggctgttgaggcaactgaaagggtgaatgggagagtg
cctggcacagagcctggcacacaagcactcagtcaggggcagcagatgga
att
aagtccacaagtgagctaagtgcctgctatttcaagataccatacaagca
agatagacgagattcagtcccagccctcagagaagtgggacaactgtgca
agacatggcatttggtcttaaccttgaagaaaggccagatgtccatgtga
gacggacagagcttgtatccactgatgggaaaaccctgggtcaatgcctg
gactccagaatcttcgttaggacccaagtcattgcactgtgagagcagaa
ccagattcccctgcggcgactgcgttccctgtgatccagtgagataactg
gtcatctaggggaaggagagggaaatagaagcgggggcggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_137222383_137223431
seq2: B6Ng01-293J10.b_47_1098

seq1  GAATTCTTACCCCATGGGCAGGGTGGTTATTTCTTTTAAAGCTTTGATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACCCCATGGGCAGGGTGGTTATTTCTTTTAAAGCTTTGATAA  50

seq1  TGATGAATAAATATAAATCCAGGTATGGGGGCCTGTCTTTGAGGGGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAATAAATATAAATCCAGGTATGGGGGCCTGTCTTTGAGGGGCTGG  100

seq1  GGACGCAGGACAGGAACCAGAGAAATGAAATTCAGTCAAGGTCTTGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCAGGACAGGAACCAGAGAAATGAAATTCAGTCAAGGTCTTGATGC  150

seq1  TTTTGTAACAGCATCCCCCCTCTTGCCCTCTCTCTGGGGCAACACCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAACAGCATCCCCCCTCTTGCCCTCTCTCTGGGGCAACACCCACC  200

seq1  CCCCAAAACATTCTCTCTGAAGCTTGGTTTTGTTCCTCTCTTCCGTCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAACATTCTCTCTGAAGCTTGGTTTTGTTCCTCTCTTCCGTCCCC  250

seq1  CAGGCTCTGGGCCCAGTGGCTGACTTGCATCTGTGACTTCTGGAGACTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTGGGCCCAGTGGCTGACTTGCATCTGTGACTTCTGGAGACTGA  300

seq1  GGTCAAACAGAACTGTTTTCAGCCCTGGGAACCAAACTCAGGGCCTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAACAGAACTGTTTTCAGCCCTGGGAACCAAACTCAGGGCCTCTCA  350

seq1  CATGCCATGGGAGGGTGCCACCTTTGAGCTATGCAGTCCTAAAACTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCATGGGAGGGTGCCACCTTTGAGCTATGCAGTCCTAAAACTCAAG  400

seq1  CCCTTACTTAATTATAAAGCAAGATGTTTAGGTCAAAGAGCACAGAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACTTAATTATAAAGCAAGATGTTTAGGTCAAAGAGCACAGAGGGA  450

seq1  CTCTTGCACTCCTGGGACTTTCATTCTCCAGTGTTTCTGCTCTTAGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCACTCCTGGGACTTTCATTCTCCAGTGTTTCTGCTCTTAGTAAA  500

seq1  TACTGTGCCCCGACTCTCTCCTCTCTCTCCCCCAGTTTCCTGGCTTTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGCCCCGACTCTCTCCTCTCTCTCCCCCAGTTTCCTGGCTTTGCC  550

seq1  CAGGGATGTACTTATTTCTCCAAATGGAGCCAAGTCAAGCAATAGAGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATGTACTTATTTCTCCAAATGGAGCCAAGTCAAGCAATAGAGGGT  600

seq1  GGGGGAGAAGACGTCTTTGGTCAGAGGTGTTGCCTTCAGGACCATCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGAAGACGTCTTTGGTCAGAGGTGTTGCCTTCAGGACCATCCTTG  650

seq1  CCTCTCGGAGATAGTCTGTTACAGTCCTCCCATTGCCCCTCATGCAGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCGGAGATAGTCTGTTACAGTCCTCCCATTGCCCCTCATGCAGGTA  700

seq1  AAGGGCGTGTGTTAGCACAGTGGCCTGCTGGACTGTAGAATTTATACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCGTGTGTTAGCACAGTGGCCTGCTGGACTGTAGAATTTATACTGA  750

seq1  GTAGTGGGCAGAAGTGTCTGTCAGCCTGGGGGAGTGTGAGCGTCCTAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGGCAGAAGTGTCTGTCAGCCTGGGGGAGTGTGAGCGTCCTAACA  800

seq1  AGTAGCCTCCTTAGCATGGTTATTAAGGAAGATGGGGAAGTTAGGGCCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCTCCTTAGCATGGTTATTAAGGAAGATGGGGAAGTTAGGGCCTA  850

seq1  GTGGTAAGTATCAGAAAACCCTGTACGAGTGCCAGCCACTCTTGCGGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAAGTATCAGAAAACCCTGTACGAGTGCCAGCCACTCTTGCGGCCC  900

seq1  TGTCTGTGCGACTAAGTCACTCCCAAGCTACCCAGATCTCAAGGATAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGCGACTAAGTCACTCCCAAGCTACCCAGATCTCAAGGATAATA  950

seq1  GCACTGCCTCGAGGGCTGTTGAGGCAACTGAGAGGGTGA--TGGAGAGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||
seq2  GCACTGCCTCGAGGGCTGTTGAGGCAACTGAAAGGGTGAATGGGAGAGTG  1000

seq1  CCTGGCACAGAGCCTGGCACACAAGCACTCAGTCAGTGGCAGCAG-TGGA  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  CCTGGCACAGAGCCTGGCACACAAGCACTCAGTCAGGGGCAGCAGATGGA  1050

seq1  AT  1049
      ||
seq2  AT  1052

seq1: chr1_137376253_137376599
seq2: B6Ng01-293J10.g_72_418 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCGCCCCCGCTTCTATTTCCCTCTCCTTCCCCTAGATGACCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCGCCCCCGCTTCTATTTCCCTCTCCTTCCCCTAGATGACCAG  50

seq1  TTATCTCACTGGATCACAGGGAACGCAGTCGCCGCAGGGGAATCTGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCACTGGATCACAGGGAACGCAGTCGCCGCAGGGGAATCTGGTTC  100

seq1  TGCTCTCACAGTGCAATGACTTGGGTCCTAACGAAGATTCTGGAGTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCACAGTGCAATGACTTGGGTCCTAACGAAGATTCTGGAGTCCAG  150

seq1  GCATTGACCCAGGGTTTTCCCATCAGTGGATACAAGCTCTGTCCGTCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGACCCAGGGTTTTCCCATCAGTGGATACAAGCTCTGTCCGTCTCA  200

seq1  CATGGACATCTGGCCTTTCTTCAAGGTTAAGACCAAATGCCATGTCTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGACATCTGGCCTTTCTTCAAGGTTAAGACCAAATGCCATGTCTTGC  250

seq1  ACAGTTGTCCCACTTCTCTGAGGGCTGGGACTGAATCTCGTCTATCTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGTCCCACTTCTCTGAGGGCTGGGACTGAATCTCGTCTATCTTGC  300

seq1  TTGTATGGTATCTTGAAATAGCAGGCACTTAGCTCACTTGTGGACTT  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGGTATCTTGAAATAGCAGGCACTTAGCTCACTTGTGGACTT  347