BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293P02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 51,125,348 - 51,268,262
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmeff2
Upstream geneEG666970, LOC100041993
Downstream geneSdpr, LOC383504, Obfc2a, Myo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293P02.bB6Ng01-293P02.g
ACCGA090200GA090201
length1,1401,078
definitionB6Ng01-293P02.b B6Ng01-293P02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,267,123 - 51,268,262)(51,125,348 - 51,126,427)
sequence
gaattctatatgtggtaagagcctgtctccaagtctgtttatctcataca
taaaaggtggtaggtacagatgctatgttttcatcaaaaattaagctgga
tccccatgaatctttgtagtcagcttctcttatatagaattctaattaaa
aatgtttgagaagacagaaattaattgcattttctatttaagagaaagta
agaagtcattatataaaatacaaaacttgaaaagttttgtttcccctatg
agatattgtcttctttaaattttccttccagattaaattagtgggacttt
gtggtacacatttaaaacatttttgatgcttttcctgcttttaaataaat
taatctatattaaagaaattagaataaaatcttcaataaaatcattcagc
agaattcacctctattaacattgtagctaattaggtgttttaatggaata
attttcttcttaaaacaccaggcatggaaacagttttagacaggggttaa
tacgggtcataacccagaggctttgtgttttgctatttaccaaagaccta
gcatacagcataagaactgagcttgaagcagaactaggcccactgtggca
agtcggccatgttgtgagtgactgccctgcatagcagacttcccttacct
actgtggaaccagtaaaactgacattcatatctgctccagttaacaagaa
tcttcactttaaactcattcttgacttcatagtttataaatttgaaaaaa
aaaagtgcaggtgtctaagatgcaagtggaactgaaggacacaaaggttt
tttgtctgttcacatatacaacatgaagacatggctgttggggtgtgctg
aatgaactggcatggaatcaggaagtgctgtggtcatttccagtgaggtc
aaacaagcacactccttgatagacagtgttcctgctgccatctaaactca
attttagatgagtgtccttgagtataaagtaagcgctcttgggttatttg
atgaaatgacttatctacccgccattcacttctggggtttagaagaaaat
actttcagcacattgaaatatgattttatagagatatataatgtatattt
cagattgaataaaggcttagttaaattaacacctcatgaa

gaattcctttcaaccacttgtaaaaaccctgttctattaaataaaatgat
tattctactttacagctcaaatagaagagtttaaaatgtaaatgcactgt
gaaggtaaaacttaggggaaattttgcatttgttcccatgcaatcattat
acggatacaaacaattaagcatttatccttttcattactgtttctagtaa
tgtaggaagaaggcaaaaaagcaaacagtcccgtgtagtgcacatttact
gagcttataacaggtgctaaatcagtggttcgccagcttgtatgtctgtg
acctttattaagaattacagttcctgtcccagcctctgtgtaagtaccta
tgtatgatgagaaaattgttatataatacagcttattcttgctaagtaag
acacactgatgttctctagtctagtgtagactgttacaatagctccagga
atattggctctgactcacttacttttgctgcccactgatagcttgtgcat
tgtgttttgaaatgttgcacggtgctgctctttctcctaaaactgtggtc
tgtgggacagcttcctcagcaccgtgggctgtaagaaatgaagaacatga
agctgctcctcacacctactgaataagaaagactctgtattttaacagca
cctctagatgcccctgtgcatttctggtgccagatgatgaaggtgcttta
tgctgccgatatcttctgggtgttgtggcagatagaatctaactcagcgg
tccagcttgggggctttgtttttgttgtttaattgttagaaaggaaatat
tttctttagttttcttgtggatgactttatgtgttcacattttatttgcc
tgcatttagagtgctatgtcttactctgaattattcctccctgtgagaaa
actgccaaacatggcatttctacccaaaattccctttccatggattatag
tgtagcttcaggtaagagtgccatggccagtcttgccgagtcagcaaatt
gtgcccccgcattttcttcaagagatacctaagcaggatctcagctgttg
aagtcaggtgccttgctcctagtgcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_51267123_51268262
seq2: B6Ng01-293P02.b_46_1185 (reverse)

seq1  TTCATGA-GTGTTATTTTACTAAACCCTTTATTCATTCTGAAATATACAT  49
      ||||||| |||||| ||||   || |||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCATGAGGTGTTAATTTAACTAAGCCTTTATTCAATCTGAAATATACAT  50

seq1  TATATCTCTATA-AAAATCATTATTTCAATGTGCTG-AAGTATTTTCTTC  97
      ||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATATATCTCTATAAAATCA-TATTTCAATGTGCTGAAAGTATTTTCTTC  99

seq1  TAAACCCCAAGAAAGTTGAATGGCGGGTAGATAAGTCATTTCATCAAATA  147
      |||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCC-AGAA--GTGAATGGCGGGTAGATAAGTCATTTCATCAAATA  146

seq1  A-CCAAGAGCGCTTACTTTATACTCAAGGACACTCATCTAAAATTGAGTT  196
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGAGCGCTTACTTTATACTCAAGGACACTCATCTAAAATTGAGTT  196

seq1  TAGATGGCAGCAGGAACACTGTCTATCAAGGAGTGTGCTTGTTTGACCTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGCAGCAGGAACACTGTCTATCAAGGAGTGTGCTTGTTTGACCTC  246

seq1  ACTGGAAATGACCACAGCACTTCCTGATTCCATGCCAGTTCATTCAGCAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAATGACCACAGCACTTCCTGATTCCATGCCAGTTCATTCAGCAC  296

seq1  ACCCCAACAGCCATGTCTTCATGTTGTATATGTGAACAGACAAAAAACCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAACAGCCATGTCTTCATGTTGTATATGTGAACAGACAAAAAACCT  346

seq1  TTGTGTCCTTCAGTTCCACTTGCATCTTAGACACCTGCACTTTTTTTTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCCTTCAGTTCCACTTGCATCTTAGACACCTGCACTTTTTTTTTT  396

seq1  CAAATTTATAAACTATGAAGTCAAGAATGAGTTTAAAGTGAAGATTCTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTATAAACTATGAAGTCAAGAATGAGTTTAAAGTGAAGATTCTTG  446

seq1  TTAACTGGAGCAGATATGAATGTCAGTTTTACTGGTTCCACAGTAGGTAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGGAGCAGATATGAATGTCAGTTTTACTGGTTCCACAGTAGGTAA  496

seq1  GGGAAGTCTGCTATGCAGGGCAGTCACTCACAACATGGCCGACTTGCCAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTCTGCTATGCAGGGCAGTCACTCACAACATGGCCGACTTGCCAC  546

seq1  AGTGGGCCTAGTTCTGCTTCAAGCTCAGTTCTTATGCTGTATGCTAGGTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCCTAGTTCTGCTTCAAGCTCAGTTCTTATGCTGTATGCTAGGTC  596

seq1  TTTGGTAAATAGCAAAACACAAAGCCTCTGGGTTATGACCCGTATTAACC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTAAATAGCAAAACACAAAGCCTCTGGGTTATGACCCGTATTAACC  646

seq1  CCTGTCTAAAACTGTTTCCATGCCTGGTGTTTTAAGAAGAAAATTATTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTAAAACTGTTTCCATGCCTGGTGTTTTAAGAAGAAAATTATTCC  696

seq1  ATTAAAACACCTAATTAGCTACAATGTTAATAGAGGTGAATTCTGCTGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACACCTAATTAGCTACAATGTTAATAGAGGTGAATTCTGCTGAA  746

seq1  TGATTTTATTGAAGATTTTATTCTAATTTCTTTAATATAGATTAATTTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTATTGAAGATTTTATTCTAATTTCTTTAATATAGATTAATTTAT  796

seq1  TTAAAAGCAGGAAAAGCATCAAAAATGTTTTAAATGTGTACCACAAAGTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGCAGGAAAAGCATCAAAAATGTTTTAAATGTGTACCACAAAGTC  846

seq1  CCACTAATTTAATCTGGAAGGAAAATTTAAAGAAGACAATATCTCATAGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAATTTAATCTGGAAGGAAAATTTAAAGAAGACAATATCTCATAGG  896

seq1  GGAAACAAAACTTTTCAAGTTTTGTATTTTATATAATGACTTCTTACTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAAAACTTTTCAAGTTTTGTATTTTATATAATGACTTCTTACTTT  946

seq1  CTCTTAAATAGAAAATGCAATTAATTTCTGTCTTCTCAAACATTTTTAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAATAGAAAATGCAATTAATTTCTGTCTTCTCAAACATTTTTAAT  996

seq1  TAGAATTCTATATAAGAGAAGCTGACTACAAAGATTCATGGGGATCCAGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCTATATAAGAGAAGCTGACTACAAAGATTCATGGGGATCCAGC  1046

seq1  TTAATTTTTGATGAAAACATAGCATCTGTACCTACCACCTTTTATGTATG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTTGATGAAAACATAGCATCTGTACCTACCACCTTTTATGTATG  1096

seq1  AGATAAACAGACTTGGAGACAGGCTCTTACCACATATAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAACAGACTTGGAGACAGGCTCTTACCACATATAGAATTC  1140


seq1: chr1_51125348_51126427
seq2: B6Ng01-293P02.g_66_1143

seq1  GAATTCCTTTCAACCACTTGTAAAAACCCTGTTCTATTAAATAAAATGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTCAACCACTTGTAAAAACCCTGTTCTATTAAATAAAATGAT  50

seq1  TATTCTACTTTACAGCTCAAATAGAAGAGTTTAAAATGTAAATGCACTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTACTTTACAGCTCAAATAGAAGAGTTTAAAATGTAAATGCACTGT  100

seq1  GAAGGTAAAACTTAGGGGAAATTTTGCATTTGTTCCCATGCAATCATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTAAAACTTAGGGGAAATTTTGCATTTGTTCCCATGCAATCATTAT  150

seq1  ACGGATACAAACAATTAAGCATTTATCCTTTTCATTACTGTTTCTAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATACAAACAATTAAGCATTTATCCTTTTCATTACTGTTTCTAGTAA  200

seq1  TGTAGGAAGAAGGCAAAAAAGCAAACAGTCCCGTGTAGTGCACATTTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAAGAAGGCAAAAAAGCAAACAGTCCCGTGTAGTGCACATTTACT  250

seq1  GAGCTTATAACAGGTGCTAAATCAGTGGTTCGCCAGCTTGTATGTCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATAACAGGTGCTAAATCAGTGGTTCGCCAGCTTGTATGTCTGTG  300

seq1  ACCTTTATTAAGAATTACAGTTCCTGTCCCAGCCTCTGTGTAAGTACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTATTAAGAATTACAGTTCCTGTCCCAGCCTCTGTGTAAGTACCTA  350

seq1  TGTATGATGAGAAAATTGTTATATAATACAGCTTATTCTTGCTAAGTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGATGAGAAAATTGTTATATAATACAGCTTATTCTTGCTAAGTAAG  400

seq1  ACACACTGATGTTCTCTAGTCTAGTGTAGACTGTTACAATAGCTCCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGATGTTCTCTAGTCTAGTGTAGACTGTTACAATAGCTCCAGGA  450

seq1  ATATTGGCTCTGACTCACTTACTTTTGCTGCCCACTGATAGCTTGTGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGCTCTGACTCACTTACTTTTGCTGCCCACTGATAGCTTGTGCAT  500

seq1  TGTGTTTTGAAATGTTGCACGGTGCTGCTCTTTCTCCTAAAACTGTGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTGAAATGTTGCACGGTGCTGCTCTTTCTCCTAAAACTGTGGTC  550

seq1  TGTGGGACAGCTTCCTCAGCACCGTGGGCTGTAAGAAATGAAGAACATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGACAGCTTCCTCAGCACCGTGGGCTGTAAGAAATGAAGAACATGA  600

seq1  AGCTGCTCCTCACACCTACTGAATAAGAAAGACTCTGTATTTTAACAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTCCTCACACCTACTGAATAAGAAAGACTCTGTATTTTAACAGCA  650

seq1  CCTCTAGATGCCCCTGTGCATTTCTGGTGCCAGATGATGAAGGTGCTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGATGCCCCTGTGCATTTCTGGTGCCAGATGATGAAGGTGCTTTA  700

seq1  TGCTGCCGATATCTTCTGGGTGTTGTGGCAGATAGAATCTAACTCAGCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCGATATCTTCTGGGTGTTGTGGCAGATAGAATCTAACTCAGCGG  750

seq1  TCCAGCTTGGGGGCTTTGTTTTTGTTGTTTAATTGTTAGAAAGGAAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTTGGGGGCTTTGTTTTTGTTGTTTAATTGTTAGAAAGGAAATAT  800

seq1  TTTCTTTAGTTTTCTTGTGGATGACTTTATGTGTTCACATTTTATTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAGTTTTCTTGTGGATGACTTTATGTGTTCACATTTTATTTGCC  850

seq1  TGCATTTAGAGTGCTATGTCTTACTCTGAATTATTCCTCCCTGTGAGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTAGAGTGCTATGTCTTACTCTGAATTATTCCTCCCTGTGAGAAA  900

seq1  ACTGCCAAACATGGCATTTCTACCCAAAATTCCCTTTCCATGGATTATAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAAACATGGCATTTCTACCCAAAATTCCCTTTCCATGGATTATAG  950

seq1  TGTAGCTTCAGGTAAGAGTGCCATGGCCAGTCTTGCCGAGTCAGCAAAAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTAGCTTCAGGTAAGAGTGCCATGGCCAGTCTTGCCGAGTCAGCAAATT  1000

seq1  GTGCCCCCGCATTTCTTCCAGGAGATACCTAAGCCAGGATCTCAGCTGTT  1050
      ||||||||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCCGCATTTTCTTCAAGAGATACCTAAG-CAGGATCTCAGCTGTT  1049

seq1  GAAGTCAGTGGCCCTGCTCCTAAGTGCTTT  1080
      ||||||||  ||| ||||||| ||||||||
seq2  GAAGTCAGGTGCCTTGCTCCT-AGTGCTTT  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |