BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295A13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 32,827,287 - 32,963,406
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041238, Khdrbs2, EG408191
Downstream geneEG633498, LOC213711, LOC100040828, EG666108, Prim2, 1700001G17Rik, Rab23, Bag2, Zfp451, OTTMUSG00000022109, B230209C24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295A13.bB6Ng01-295A13.g
ACCGA091009GA091010
length1,147756
definitionB6Ng01-295A13.b B6Ng01-295A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,827,287 - 32,828,439)(32,962,652 - 32,963,406)
sequence
gaattctggtagcaaacaatggtggcaagttgggagaagaagaaaagccc
tagttagagcagcagacaaaaagaagacagagagagagagagacggagag
agagagagagagagacagagacagagacagagacagacagagagagagag
agagagagagagagagagtcctacgaccccacaaatacaaaaatggattc
ctcataaagatgtaaggcataagactggagttctgcactcagcacaacaa
gctgagctaagtggggtcccctgagtttcctagcttatttgtagaaacca
tgccttcaaagggggtcttgctgtctgagcttgcagatatttctttatct
ccattcaacaaatgtgtctcctcctcactgtaccagtcatcccaggtcca
tataactattcctgatttagacagaagttcatctacatgaatccatgagg
tgtaaaatgtcatgtgcattacaggtgaaagggaaagagtttctatctaa
agtctctgggatgaaatctgagagggacatcataccatgtgcatttggat
tcttgaggataaagtgatgggtggaaaggtaccttggagccgagggttgc
ctgagtaccctgtattcacatactggggtgcagaagcatctggagaagag
gtgctgcttaaacattcccactcaggagcttagttgtgactgaacaagca
ctggattgttcttgggtttaacccgcaatgaccacacacagagtctatac
gcagcaatgcagtccagcagtggacattgtcatgcctcatcttgtgccta
cagatactgcagggcaggactcggtctttgcaatgcctagtctctttgaa
gttttgagtgcttttgaaatgggttaaatcaactgtactctgcctacatc
cctgatgatctcaagaaccagcagctagaaaacagtgatatttctaattc
ttccgaaagggatttaaaaaaaatttcctcatggtttctttagatttttt
taagagtgctattatgtatatgagtatactcttcactgtcttcagacaca
ccagtagagggcattccattacagaatggttgttgacttatcatccatgt
gtggctagggaacagaactcaggagctctagaacagcagccggtgct

gaattcctttacctaagtatgtgaaaaacctgcaaatgtaaatcagcaca
cagtgaaagctaatgctttaaagaactgagttaaaatgtgaggcctaaca
aaccctttcactctgattcttgtgtgtacagtgtggcatgtgtgtgtgga
cgtgtatgtgtgcatgtgagccaatgtgagcatgcagtcagtgtaacatt
ttaaaacattgagaattaggtaaagtattactaagtcatgttgtccttct
ttgtgatttagtgcatattttttcagattctctgactgtcctttgctgtc
tcctggagtcaggctttatactctcttaggaatgagttcctactttggac
tttcagagtccagataacctagactacatttccctccttgagttttgatg
taagttgctttctcatgagatcatatagtcttagaggtcaggagaagact
ttttgctgtaaagttcctcgtggcattttagagtagatccttacaacaaa
caggttattaagccaggaaccctaaggtgttttccatgttactcttctca
caaaacatagaaacatcaggtctctggatcagggtacaaaactgtacttt
tcagagcatattgcagtaaccgctaggtcatctataaatagctcagaaga
ataggtattttatgtctttttctgcatagagagaggggaagggaaggaaa
gaaggaacataagagtaggtaagagacagagtggaagtgagggggggaag
gggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_32827287_32828439
seq2: B6Ng01-295A13.b_48_1194

seq1  GAATTCTGGTAGCAAACAATGGTGGCAAGTTGGGAGAAGAAGAAAAGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTAGCAAACAATGGTGGCAAGTTGGGAGAAGAAGAAAAGCCC  50

seq1  TAGTTAGAGCAGCAGACAAAAAGAAGACAGAGAGAGAGAGAGACGGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGAGCAGCAGACAAAAAGAAGACAGAGAGAGAGAGAGACGGAGAG  100

seq1  AGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGACAGAGAGAGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGACAGAGAGAGAGAG  150

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGTCCTACGACCCCACAAATACAAAAATGGATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGTCCTACGACCCCACAAATACAAAAATGGATTC  200

seq1  CTCATAAAGATGTAAGGCATAAGACTGGAGTTCTGCACTCAGCACAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAAAGATGTAAGGCATAAGACTGGAGTTCTGCACTCAGCACAACAA  250

seq1  GCTGAGCTAAGTGGGGTCCCCTGAGTTTCCTAGCTTATTTGTAGAAACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCTAAGTGGGGTCCCCTGAGTTTCCTAGCTTATTTGTAGAAACCA  300

seq1  TGCCTTCAAAGGGGGTCTTGCTGTCTGAGCTTGCAGATATTTCTTTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCAAAGGGGGTCTTGCTGTCTGAGCTTGCAGATATTTCTTTATCT  350

seq1  CCATTCAACAAATGTGTCTCCTCCTCACTGTACCAGTCATCCCAGGTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCAACAAATGTGTCTCCTCCTCACTGTACCAGTCATCCCAGGTCCA  400

seq1  TATAACTATTCCTGATTTAGACAGAAGTTCATCTACATGAATCCATGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTATTCCTGATTTAGACAGAAGTTCATCTACATGAATCCATGAGG  450

seq1  TGTAAAATGTCATGTGCATTACAGGTGAAAGGGAAAGAGTTTCTATCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATGTCATGTGCATTACAGGTGAAAGGGAAAGAGTTTCTATCTAA  500

seq1  AGTCTCTGGGATGAAATCTGAGAGGGACATCATACCATGTGCATTTGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTGGGATGAAATCTGAGAGGGACATCATACCATGTGCATTTGGAT  550

seq1  TCTTGAGGATAAAGTGATGGGTGGAAAGGTACCTTGGAGCCGAGGGTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGGATAAAGTGATGGGTGGAAAGGTACCTTGGAGCCGAGGGTTGC  600

seq1  CTGAGTACCCTGTATTCACATACTGGGGTGCAGAAGCATCTGGAGAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTACCCTGTATTCACATACTGGGGTGCAGAAGCATCTGGAGAAGAG  650

seq1  GTGCTGCTTAAACATTCCCACTCAGGAGCTTAGTTGTGACTGAACAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCTTAAACATTCCCACTCAGGAGCTTAGTTGTGACTGAACAAGCA  700

seq1  CTGGATTGTTCTTGGGTTTAACCCGCAATGACCACACACAGAGTCTATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTGTTCTTGGGTTTAACCCGCAATGACCACACACAGAGTCTATAC  750

seq1  GCAGCAATGCAGTCCAGCAGTGGACATTGTCATGCCTCATCTTGTGCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAATGCAGTCCAGCAGTGGACATTGTCATGCCTCATCTTGTGCCTA  800

seq1  CAGATACTGCAGGGCAGGACTCGGTCTTTGCAATGCCTAGTCTCTTTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACTGCAGGGCAGGACTCGGTCTTTGCAATGCCTAGTCTCTTTGAA  850

seq1  GTTTTGAGTGCTTTTGAAATGGGTTAAATCAACTGTACTCTGCCTACATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAGTGCTTTTGAAATGGGTTAAATCAACTGTACTCTGCCTACATC  900

seq1  CCTGATGATCTCAAGAACCAGCAGCTAGAAAACAGTGATATTTCTAATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGATCTCAAGAACCAGCAGCTAGAAAACAGTGATATTTCTAATTC  950

seq1  TTCCGAAAAGGGAATTTAAAAAAAAATTTCCTCATGGTTTTCTTTTAGAT  1000
      ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TTCCG-AAAGGGA--TTTAAAAAAAATTTCCTCATGGTTT--CTTTAGAT  995

seq1  TTTTTTAAAGAGTTGTTTATTTTATGTATATGAGTATACTC-TCACTGTC  1049
      |||||| |||||    |  | |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTTTT-AAGAG----TGCTATTATGTATATGAGTATACTCTTCACTGTC  1040

seq1  TTCAGACACACCAGTAGAGGGCATCCCATTACAG-ATGGTTG-TGACTTA  1097
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TTCAGACACACCAGTAGAGGGCATTCCATTACAGAATGGTTGTTGACTTA  1090

seq1  TCAT-CATGTGGTTGCTA-GGAACAGAACTCAGGAGCTCTAGAACAGCAG  1145
      |||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCATGT-GTGGCTAGGGAACAGAACTCAGGAGCTCTAGAACAGCAG  1139

seq1  TCGGTGCT  1153
       |||||||
seq2  CCGGTGCT  1147


seq1: chr1_32962652_32963406
seq2: B6Ng01-295A13.g_68_823 (reverse)

seq1  CCTCCCCTT-CCCCCCTCACTTCCACTCTGTCTCTTACCTACTCTTATGT  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTTCCCCCCCTCACTTCCACTCTGTCTCTTACCTACTCTTATGT  50

seq1  TCCTTCTTTCCTTCCCTTCCCCTCTCTCTATGCAGAAAAAGACATAAAAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTTTCCTTCCCTTCCCCTCTCTCTATGCAGAAAAAGACATAAAAT  100

seq1  ACCTATTCTTCTGAGCTATTTATAGATGACCTAGCGGTTACTGCAATATG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTCTTCTGAGCTATTTATAGATGACCTAGCGGTTACTGCAATATG  150

seq1  CTCTGAAAAGTACAGTTTTGTACCCTGATCCAGAGACCTGATGTTTCTAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAAAGTACAGTTTTGTACCCTGATCCAGAGACCTGATGTTTCTAT  200

seq1  GTTTTGTGAGAAGAGTAACATGGAAAACACCTTAGGGTTCCTGGCTTAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTGAGAAGAGTAACATGGAAAACACCTTAGGGTTCCTGGCTTAAT  250

seq1  AACCTGTTTGTTGTAAGGATCTACTCTAAAATGCCACGAGGAACTTTACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTTTGTTGTAAGGATCTACTCTAAAATGCCACGAGGAACTTTACA  300

seq1  GCAAAAAGTCTTCTCCTGACCTCTAAGACTATATGATCTCATGAGAAAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAGTCTTCTCCTGACCTCTAAGACTATATGATCTCATGAGAAAGC  350

seq1  AACTTACATCAAAACTCAAGGAGGGAAATGTAGTCTAGGTTATCTGGACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACATCAAAACTCAAGGAGGGAAATGTAGTCTAGGTTATCTGGACT  400

seq1  CTGAAAGTCCAAAGTAGGAACTCATTCCTAAGAGAGTATAAAGCCTGACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGTCCAAAGTAGGAACTCATTCCTAAGAGAGTATAAAGCCTGACT  450

seq1  CCAGGAGACAGCAAAGGACAGTCAGAGAATCTGAAAAAATATGCACTAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGACAGCAAAGGACAGTCAGAGAATCTGAAAAAATATGCACTAAA  500

seq1  TCACAAAGAAGGACAACATGACTTAGTAATACTTTACCTAATTCTCAATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAGAAGGACAACATGACTTAGTAATACTTTACCTAATTCTCAATG  550

seq1  TTTTAAAATGTTACACTGACTGCATGCTCACATTGGCTCACATGCACACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATGTTACACTGACTGCATGCTCACATTGGCTCACATGCACACA  600

seq1  TACACGTCCACACACACATGCCACACTGTACACACAAGAATCAGAGTGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTCCACACACACATGCCACACTGTACACACAAGAATCAGAGTGAA  650

seq1  AGGGTTTGTTAGGCCTCACATTTTAACTCAGTTCTTTAAAGCATTAGCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTGTTAGGCCTCACATTTTAACTCAGTTCTTTAAAGCATTAGCTT  700

seq1  TCACTGTGTGCTGATTTACATTTGCAGGTTTTTCACATACTTAGGTAAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGTGCTGATTTACATTTGCAGGTTTTTCACATACTTAGGTAAAG  750

seq1  GAATTC  755
      ||||||
seq2  GAATTC  756


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |