BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296N11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 93,865,990 - 94,039,178
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHdac4
Upstream geneRab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2
Downstream geneLOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos, Gpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12, Kif1a, Agxt
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296N11.bB6Ng01-296N11.g
ACCGA092349GA092350
length1,0411,067
definitionB6Ng01-296N11.b B6Ng01-296N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,038,140 - 94,039,178)(93,865,990 - 93,867,056)
sequence
gaattcatcgcccacacacgcttctctgtggacagcagaactctgggtgc
tttgggctcagataagtctagtcaaactctctacatgtgtggggcttcca
ggccaagcaggcagagattggcatttaggggttgccggcaccttgggaat
ggagtgattcttgccatgtgaaggaataggcagatcatagaagctcccag
aagagctgtatacatttaatggagatgtccccccagaaggcctgcactgg
ctaagtctgaagagcagggcatgatgcttgctgcctggggtacatggcct
ggtagagaggcagtgttcagtatggagggagagagttaggcttgctgttg
caatctgtgtggccaggatcttgtcatctagataaagaggctctgtgtga
ccttaatacacagtgttacctgagccatcctggctcaaccatcctgaaac
ttctgctgtttgcaccattttaggtgtgtgtactgcattttaggtatggt
tcaaaccttctctgagttctcgttgctggtcctggagtgctgaactgaag
gaactgactgggaggctggtgagccatgtaatttgggggtttgggtgaaa
cttagtgcttcacctcagcacctctctgtctgtttattttctgagaacat
aagaaatggacagtgaggaaactgtaatgattaacacagagacgaagtga
gcttcatcaagggctctgagcagcttaggatctgctacaaagcactgctc
ggcaattcagacactcctaactcttgctgttaccatgtacttggaaaaga
aaaacatatttataggtgatgtttgtgtgttttatacataaagtttgtgg
ctaatttacatatttctaaaagttgtatcagatagcatttgtaaagaact
atgaagttggctaaagtatcttggagttcttgtttagtggtcataaacag
gatgaattgctttcatacagtgacattcacattagaccaaatcagctctg
actctgtattttcttttagaatggtgggaattgggttgttg
gaattctccagtgcataagggaaggcaggtgagcccactgagagaaaaca
gaaattactgctgttccatgaggtatttactggcctttgaggttccttgt
gccctaacctatactgatgtgcaggactgaagggatttttctagctgagg
agaagacacaataggttcctgtggcaggtactgcaggcaatcctaggagg
taggtgatgccagccttagggcacagggaaaggaacgaaggctcacccga
ggctaacagctcccaggcacaggaccctggtctctgtctctgccctaccc
aaattcatcctttctcctcagagcttaggactcctgagtacacagggcct
gggaatgcatacctgctgtgtcatgacacaggaacccagagaggcctgac
atgatcttggacagagcccttttctatgtgacctgctctgctgtggccag
gtatggggtgaacactacacccactggcaggtaggccagccctgctgagg
gcaagcatggcacctggggaaactgagtaccaatacccagagtgacaacc
caatgtctgccacacagctccttgggtagagacactggcataaaggaacc
agaggcaaagctaaccaggctgaggggtactttctatactggctactgcc
tcacagaactttccttctgaggaggaaaaggtccagagttctccgcatat
ccccagagcacctttctgatacgtacaacaggagaacacgggctcatgaa
gccgacagggctggtgggacatgtgggctggtcttcactctgggtcttgg
atccttccctcacttcataagcatggatgtacacactggtcagccacagg
gagcagctgagaagtagctaggaagaaggcagggacagccaaggggagtc
ggcctggcatgtgggtttgagaacaagagcagagtggagcatcttctgta
gaaagaccaccgaatcttaagaagcaagtatgtgccctcagagctcatgg
aagaagagctagacaccaattatggtagtgctggcactgcagaatctggc
agaggtgactgggaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_94038140_94039178
seq2: B6Ng01-296N11.b_50_1090 (reverse)

seq1  CAACAACC--AATCCCACCA-TCT-AAAGGAAATACAGAGTCAGAGCTGA  46
      ||||||||  | |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACCCAATTCCCACCATTCTAAAAGAAAATACAGAGTCAGAGCTGA  50

seq1  TTTGGGTCTAATGTGAATGTCACTGTATGAAAACCAATTCATCCTGTTTA  96
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  TTT-GGTCTAATGTGAATGTCACTGTATG-AAAGCAATTCATCCTGTTTA  98

seq1  TGACCACTAAACAAGAACTCCAAGATACTTTAGCCAACTTCATAGTTCTT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACTAAACAAGAACTCCAAGATACTTTAGCCAACTTCATAGTTCTT  148

seq1  TACAAATGCTATCTGATACAACTTTTAGAAATATGTAAATTAGCCACAAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATGCTATCTGATACAACTTTTAGAAATATGTAAATTAGCCACAAA  198

seq1  CTTTATGTATAAAACACACAAACATCACCTATAAATATGTTTTTCTTTTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGTATAAAACACACAAACATCACCTATAAATATGTTTTTCTTTTC  248

seq1  CAAGTACATGGTAACAGCAAGAGTTAGGAGTGTCTGAATTGCCGAGCAGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACATGGTAACAGCAAGAGTTAGGAGTGTCTGAATTGCCGAGCAGT  298

seq1  GCTTTGTAGCAGATCCTAAGCTGCTCAGAGCCCTTGATGAAGCTCACTTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTAGCAGATCCTAAGCTGCTCAGAGCCCTTGATGAAGCTCACTTC  348

seq1  GTCTCTGTGTTAATCATTACAGTTTCCTCACTGTCCATTTCTTATGTTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTGTTAATCATTACAGTTTCCTCACTGTCCATTTCTTATGTTCT  398

seq1  CAGAAAATAAACAGACAGAGAGGTGCTGAGGTGAAGCACTAAGTTTCACC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAATAAACAGACAGAGAGGTGCTGAGGTGAAGCACTAAGTTTCACC  448

seq1  CAAACCCCCAAATTACATGGCTCACCAGCCTCCCAGTCAGTTCCTTCAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCCCAAATTACATGGCTCACCAGCCTCCCAGTCAGTTCCTTCAGT  498

seq1  TCAGCACTCCAGGACCAGCAACGAGAACTCAGAGAAGGTTTGAACCATAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACTCCAGGACCAGCAACGAGAACTCAGAGAAGGTTTGAACCATAC  548

seq1  CTAAAATGCAGTACACACACCTAAAATGGTGCAAACAGCAGAAGTTTCAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATGCAGTACACACACCTAAAATGGTGCAAACAGCAGAAGTTTCAG  598

seq1  GATGGTTGAGCCAGGATGGCTCAGGTAACACTGTGTATTAAGGTCACACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGAGCCAGGATGGCTCAGGTAACACTGTGTATTAAGGTCACACA  648

seq1  GAGCCTCTTTATCTAGATGACAAGATCCTGGCCACACAGATTGCAACAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCTTTATCTAGATGACAAGATCCTGGCCACACAGATTGCAACAGC  698

seq1  AAGCCTAACTCTCTCCCTCCATACTGAACACTGCCTCTCTACCAGGCCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTAACTCTCTCCCTCCATACTGAACACTGCCTCTCTACCAGGCCAT  748

seq1  GTACCCCAGGCAGCAAGCATCATGCCCTGCTCTTCAGACTTAGCCAGTGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCCAGGCAGCAAGCATCATGCCCTGCTCTTCAGACTTAGCCAGTGC  798

seq1  AGGCCTTCTGGGGGGACATCTCCATTAAATGTATACAGCTCTTCTGGGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTCTGGGGGGACATCTCCATTAAATGTATACAGCTCTTCTGGGAG  848

seq1  CTTCTATGATCTGCCTATTCCTTCACATGGCAAGAATCACTCCATTCCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATGATCTGCCTATTCCTTCACATGGCAAGAATCACTCCATTCCCA  898

seq1  AGGTGCCGGCAACCCCTAAATGCCAATCTCTGCCTGCTTGGCCTGGAAGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCGGCAACCCCTAAATGCCAATCTCTGCCTGCTTGGCCTGGAAGC  948

seq1  CCCACACATGTAGAGAGTTTGACTAGACTTATCTGAGCCCAAAGCACCCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACATGTAGAGAGTTTGACTAGACTTATCTGAGCCCAAAGCACCCA  998

seq1  GAGTTCTGCTGTCCACAGAGAAGCGTGTGTGGGCGATGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTGCTGTCCACAGAGAAGCGTGTGTGGGCGATGAATTC  1041

seq1: chr1_93865990_93867056
seq2: B6Ng01-296N11.g_69_1135

seq1  GAATTCTCCAGTGCATAAGGGAAGGCAGGTGAGCCCACTGAGAGAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGTGCATAAGGGAAGGCAGGTGAGCCCACTGAGAGAAAACA  50

seq1  GAAATTACTGCTGTTCCATGAGGTATTTACTGGCCTTTGAGGTTCCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTACTGCTGTTCCATGAGGTATTTACTGGCCTTTGAGGTTCCTTGT  100

seq1  GCCCTAACCTATACTGATGTGCAGGACTGAAGGGATTTTTCTAGCTGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAACCTATACTGATGTGCAGGACTGAAGGGATTTTTCTAGCTGAGG  150

seq1  AGAAGACACAATAGGTTCCTGTGGCAGGTACTGCAGGCAATCCTAGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACACAATAGGTTCCTGTGGCAGGTACTGCAGGCAATCCTAGGAGG  200

seq1  TAGGTGATGCCAGCCTTAGGGCACAGGGAAAGGAACGAAGGCTCACCCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGATGCCAGCCTTAGGGCACAGGGAAAGGAACGAAGGCTCACCCGA  250

seq1  GGCTAACAGCTCCCAGGCACAGGACCCTGGTCTCTGTCTCTGCCCTACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAACAGCTCCCAGGCACAGGACCCTGGTCTCTGTCTCTGCCCTACCC  300

seq1  AAATTCATCCTTTCTCCTCAGAGCTTAGGACTCCTGAGTACACAGGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATCCTTTCTCCTCAGAGCTTAGGACTCCTGAGTACACAGGGCCT  350

seq1  GGGAATGCATACCTGCTGTGTCATGACACAGGAACCCAGAGAGGCCTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGCATACCTGCTGTGTCATGACACAGGAACCCAGAGAGGCCTGAC  400

seq1  ATGATCTTGGACAGAGCCCTTTTCTATGTGACCTGCTCTGCTGTGGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTTGGACAGAGCCCTTTTCTATGTGACCTGCTCTGCTGTGGCCAG  450

seq1  GTATGGGGTGAACACTACACCCACTGGCAGGTAGGCCAGCCCTGCTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGGTGAACACTACACCCACTGGCAGGTAGGCCAGCCCTGCTGAGG  500

seq1  GCAAGCATGGCACCTGGGGAAACTGAGTACCAATACCCAGAGTGACAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATGGCACCTGGGGAAACTGAGTACCAATACCCAGAGTGACAACC  550

seq1  CAATGTCTGCCACACAGCTCCTTGGGTAGAGACACTGGCATAAAGGAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCTGCCACACAGCTCCTTGGGTAGAGACACTGGCATAAAGGAACC  600

seq1  AGAGGCAAAGCTAACCAGGCTGAGGGGTACTTTCTATACTGGCTACTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAAAGCTAACCAGGCTGAGGGGTACTTTCTATACTGGCTACTGCC  650

seq1  TCACAGAACTTTCCTTCTGAGGAGGAAAAGGTCCAGAGTTCTCCGCATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAACTTTCCTTCTGAGGAGGAAAAGGTCCAGAGTTCTCCGCATAT  700

seq1  CCCCAGAGCACCTTTCTGATACGTACAACAGGAGAACACGGGCTCATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGCACCTTTCTGATACGTACAACAGGAGAACACGGGCTCATGAA  750

seq1  GCCGACAGGGCTGGTGGGACATGTGGGCTGGTCTTCACTCTGGGTCTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGACAGGGCTGGTGGGACATGTGGGCTGGTCTTCACTCTGGGTCTTGG  800

seq1  ATCCTTCCCTCACTTCATAAGCATGGATGTACACACTGGTCAGCCACAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCCTCACTTCATAAGCATGGATGTACACACTGGTCAGCCACAGG  850

seq1  GAGCAGCTGAGAAGTAGCTAGGAAGAAGGCAGGGACAGCCAAGGGGAGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTGAGAAGTAGCTAGGAAGAAGGCAGGGACAGCCAAGGGGAGTC  900

seq1  GGCCTGGCATGTGGGTTTGAGAAC-AGAGCAGAGTGGAGCATCTTCTGTA  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGCATGTGGGTTTGAGAACAAGAGCAGAGTGGAGCATCTTCTGTA  950

seq1  G-AAGA-CACCGAATCTTAAGGAAGCAGGTAATGTGCCCTCAAGAGCTCA  997
      | |||| ||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||
seq2  GAAAGACCACCGAATCTTAA-GAAGCAAGT-ATGTGCCCTC-AGAGCTCA  997

seq1  TGG-AGAAGAGGCTAGACACCCAATATGGTAGTGCTGGCACTGCAG-ATC  1045
      ||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGAAGAAGA-GCTAGACACCAATTATGGTAGTGCTGGCACTGCAGAATC  1046

seq1  TGGCAGAAGGTGACTGGGAAAT  1067
      |||||| |||||||||||||||
seq2  TGGCAG-AGGTGACTGGGAAAT  1067