BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298E13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 188,074,486 - 188,215,261
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik, LOC677785, Lyplal1
Downstream geneTgfb2, Rrp15, LOC666832, LOC100042375, D1Pas1, Spata17, Gpatch2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298E13.bB6Ng01-298E13.g
ACCGA093432GA093433
length1,0961,092
definitionB6Ng01-298E13.b B6Ng01-298E13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(188,074,486 - 188,075,586)(188,214,175 - 188,215,261)
sequence
gaattctcagcaaagttccctcggtgagatttctgggcaggccaggagct
tttttctcaagctaatgttaaaagcagggctaacgggtcaaatgcaatgg
aattcaaacctttggccatactctcatcattcaataaatgacttaaataa
cttatttgatcaacaggacctcagcttcctctttgctaacatgagaacag
aaatgctatttacttcaaaggttgtttgggattaaactaattaggctaga
taagctgtacctggactctattaagattacataaagttagcaactactgt
ttcacctttcctcgaaggatccccccaccgtgtgttcccccatgagataa
ctaattatatattattaggcatggagtttatctggaagggcccctccctt
aaaatcagaagtctgtgaaactaaggattgaaactgcaggactctgctgc
ctggccagaagtgtgggagctgcatctttatctctggctctgggtgggga
caagacattctgaacttcccaaaatatcatatgattattgtgtagctgta
gtttttctggtaaagattaggggattacactgttctctccctaggagtcg
agtttgaggggaatgtcaattacctggatgaaaacccagctcagggaagc
catgtggtctagagacttaagaattagtgtaaaacctgcctgcgctacag
agccagaccatggcccctttgggcatctcccacctttaccctttaaagtg
tctcactttacaataaaccctgtcttctacatggcactctctgccctgtc
tgaactctttcagtggcgatcgcaaggagcaggatgcttgtgggagacct
gaggcagactctgatgaactgcagtgcttagacatccacgagtcatggtc
tgtctgcgggcctagcaactttctatgcctagcactgtggttccttctca
gcacaagagtatctacatctttcacatcacaggacaaatggattaaatgg
atatggattaaagcattagacatttacttctcacagctagaacatcagta
gccagcaagcccaggcttgttctctgaagctgcaagaaactccaac
gaattcaccatgagacctggtacagatccagaggtgggtctgcagggctc
actgacacctcagattcaggatttggctccatgctctgggactccaagag
ccatatacctcctttagaatctgtttggacccagatggccaaaccctttg
gcttctgctttcagggaagggagtctgcaattctgcattgcacttattag
cagaaaggttaaatctgttcagacaatgtagagaaatctaagcaaagtca
tcaatggggaagtgctacaaagtcactaaacatccttggtaggtttgtga
agctagtcaggttcctgaccctctctgccatccacctccctcgatctgcc
ttctctccctgaggaagtgtgtgaaaagtgttaagagccaataaaacatt
ctgtcttactttgtaaagtgccagacattgattctgttcagaacaccgta
ggtggtgacttcttgttccactctctttgccagtcactctgatggaaaac
actggggaagagaaggactggggatgatgaaggaagtacggaaggagggc
attcctgcctgacgtagtctattccatggcacaaaagaagtcaggatggc
agtttttatgtttattgtataaaagaaacacagatgacacagagaactat
aatactcctgtcttcaccaccccatccatttcatttggatctttctaaga
aataccattttatgcccagcccaaatgtcagatcagactcagcttctact
catgtgggaatgaggcaggaaggggcagaccagctgaggctgaaagggga
catgtttgttggaggagaagggcaactacctaaaaatcaattggatgaat
atacacgcaaacaagtaagtccatttctctaaacataagagctctaacaa
acacagtgatttccgttagacatgttatgcttgtacacccagttggaatg
aaaaggcaaacacaattggaaatctcctttctttcccaagtctaatccta
atgtgtgtccaccagtattgagccaatagcttctaatgatgaggattgcc
tcaactgaatctgtataccactattgagttcccctgggtctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_188074486_188075586
seq2: B6Ng01-298E13.b_49_1144

seq1  GAATTCTCAGCAAAGTTCCCTCGGTGAGATTTCTGGGCAGGCCAGGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAAAGTTCCCTCGGTGAGATTTCTGGGCAGGCCAGGAGCT  50

seq1  TTTTTCTCAAGCTAATGTTAAAAGCAGGGCTAACGGGTCAAATGCAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTCAAGCTAATGTTAAAAGCAGGGCTAACGGGTCAAATGCAATGG  100

seq1  AATTCAAACCTTTGGCCATACTCTCATCATTCAATAAATGACTTAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAACCTTTGGCCATACTCTCATCATTCAATAAATGACTTAAATAA  150

seq1  CTTATTTGATCAACAGGACCTCAGCTTCCTCTTTGCTAACATGAGAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTGATCAACAGGACCTCAGCTTCCTCTTTGCTAACATGAGAACAG  200

seq1  AAATGCTATTTACTTCAAAGGTTGTTTGGGATTAAACTAATTAGGCTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTATTTACTTCAAAGGTTGTTTGGGATTAAACTAATTAGGCTAGA  250

seq1  TAAGCTGTACCTGGACTCTATTAAGATTACATAAAGTTAGCAACTACTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGTACCTGGACTCTATTAAGATTACATAAAGTTAGCAACTACTGT  300

seq1  TTCACCTTTCCTCGAAGGATCCCCCCACCGTGTGTTCCCCCATGAGATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTTTCCTCGAAGGATCCCCCCACCGTGTGTTCCCCCATGAGATAA  350

seq1  CTAATTATATATTATTAGGCATGGAGTTTATCTGGAAGGGCCCCTCCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTATATATTATTAGGCATGGAGTTTATCTGGAAGGGCCCCTCCCTT  400

seq1  AAAATCAGAAGTCTGTGAAACTAAGGATTGAAACTGCAGGACTCTGCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGAAGTCTGTGAAACTAAGGATTGAAACTGCAGGACTCTGCTGC  450

seq1  CTGGCCAGAAGTGTGGGAGCTGCATCTTTATCTCTGGCTCTGGGTGGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAGAAGTGTGGGAGCTGCATCTTTATCTCTGGCTCTGGGTGGGGA  500

seq1  CAAGACATTCTGAACTTCCCAAAATATCATATGATTATTGTGTAGCTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACATTCTGAACTTCCCAAAATATCATATGATTATTGTGTAGCTGTA  550

seq1  GTTTTTCTGGTAAAGATTAGGGGATTACACTGTTCTCTCCCTAGGAGTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTGGTAAAGATTAGGGGATTACACTGTTCTCTCCCTAGGAGTCG  600

seq1  AGTTTGAGGGGAATGTCAATTACCTGGATGAAAACCCAGCTCAGGGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAGGGGAATGTCAATTACCTGGATGAAAACCCAGCTCAGGGAAGC  650

seq1  CATGTGGTCTAGAGACTTAAGAATTAGTGTAAAACCTGCCTGCGCTACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTCTAGAGACTTAAGAATTAGTGTAAAACCTGCCTGCGCTACAG  700

seq1  AGCCAGACCATGGCCCCTTTGGGCATCTCCCACCTTTACCCTTTAAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGACCATGGCCCCTTTGGGCATCTCCCACCTTTACCCTTTAAAGTG  750

seq1  TCTCACTTTACAATAAACCCTGTCTTCTACATGGCACTCTCTGCCCTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTTACAATAAACCCTGTCTTCTACATGGCACTCTCTGCCCTGTC  800

seq1  TGAACTCTTTCAGTGGCGATCGCAAGGAGCAGGATGCTTGTGGGAGACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCTTTCAGTGGCGATCGCAAGGAGCAGGATGCTTGTGGGAGACCT  850

seq1  GAGGCAGACTCTGATGAACTGCAGTGCTTAGACATCCACGAGTCATGGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGACTCTGATGAACTGCAGTGCTTAGACATCCACGAGTCATGGTC  900

seq1  TGTCTGCGGGGCCTAGCAACTTTCTATGCCTAGCACTGTGGTTCCTTCTC  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGC-GGGCCTAGCAACTTTCTATGCCTAGCACTGTGGTTCCTTCTC  949

seq1  AGGCACAAGGAGTATCTACATCTTTCACATCACAGGACAAATGGATTAAA  1000
      | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GCACAA-GAGTATCTACATCTTTCACATCACAGGACAAATGGATTAAA  997

seq1  TGGATTAATGGATTAAAGCATTAGACATTTAC-TCTCACAGCTTAGACAT  1049
      |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||
seq2  TGGAT--ATGGATTAAAGCATTAGACATTTACTTCTCACAGCTAGAACAT  1045

seq1  CAGTAGCCAGCAAGGCCAGGCT--GTCTCTGGAAGCTGCAAGGAAAACTC  1097
      |||||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||  ||||||
seq2  CAGTAGCCAGCAAGCCCAGGCTTGTTCTCT-GAAGCTGCAAG--AAACTC  1092

seq1  CAAC  1101
      ||||
seq2  CAAC  1096

seq1: chr1_188214175_188215261
seq2: B6Ng01-298E13.g_66_1157 (reverse)

seq1  CAGACC--AGGGAACTC-ATAGT-GTATACAGA-TCAGTTGAGCAATTCC  45
      ||||||   |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  | |||
seq2  CAGACCCAGGGGAACTCAATAGTGGTATACAGATTCAGTTGAGGCAATCC  50

seq1  TCATCA-TAGAAGCTATTTGCCTCAATACTGGT-GACACACCATTAAGAT  93
      |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||| |||
seq2  TCATCATTAGAAGCTA-TTGGCTCAATACTGGTGGACACA-CATTAGGAT  98

seq1  TAGACTT-GGAAAGAAAGGAGATTTCCAATTGTGTTTGCCTTTTCATTCC  142
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTGGGAAAGAAAGGAGATTTCCAATTGTGTTTGCCTTTTCATTCC  148

seq1  AACTGGGTGTACAAGCATAAACATGTCTAAC-GAAATCACTGTGTTTGTT  191
      |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGTGTACAAGCAT-AACATGTCTAACGGAAATCACTGTGTTTGTT  197

seq1  AGAGCTCTTATGTTTAGAGAAATGGACTTACTTGTTTTGCGTGTATATTC  241
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAGCTCTTATGTTTAGAGAAATGGACTTACTTG-TTTGCGTGTATATTC  246

seq1  ATCCAATTGATTTTTAGGTAGTTGCCCTTCTCCTCCAACAAACATGTCCC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATTGATTTTTAGGTAGTTGCCCTTCTCCTCCAACAAACATGTCCC  296

seq1  CTTTCAGCCTCAGCTGGTCTGCCCCTTCCTGCCTCATTCCCACATGAGTA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGCCTCAGCTGGTCTGCCCCTTCCTGCCTCATTCCCACATGAGTA  346

seq1  GAAGCTGAGTCTGATCTGACATTTGGGCTGGGCATAAAATGGTATTTCTT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGAGTCTGATCTGACATTTGGGCTGGGCATAAAATGGTATTTCTT  396

seq1  AGAAAGATCCAAATGAAATGGATGGGGTGGTGAAGACAGGAGTATTATAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATCCAAATGAAATGGATGGGGTGGTGAAGACAGGAGTATTATAG  446

seq1  TTCTCTGTGTCATCTGTGTTTCTTTTATACAATAAACATAAAAACTGCCA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTGTCATCTGTGTTTCTTTTATACAATAAACATAAAAACTGCCA  496

seq1  TCCTGACTTCTTTTGTGCCATGGAATAGACTACGTCAGGCAGGAATGCCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTTCTTTTGTGCCATGGAATAGACTACGTCAGGCAGGAATGCCC  546

seq1  TCCTTCCGTACTTCCTTCATCATCCCCAGTCCTTCTCTTCCCCAGTGTTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCGTACTTCCTTCATCATCCCCAGTCCTTCTCTTCCCCAGTGTTT  596

seq1  TCCATCAGAGTGACTGGCAAAGAGAGTGGAACAAGAAGTCACCACCTACG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCAGAGTGACTGGCAAAGAGAGTGGAACAAGAAGTCACCACCTACG  646

seq1  GTGTTCTGAACAGAATCAATGTCTGGCACTTTACAAAGTAAGACAGAATG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTGAACAGAATCAATGTCTGGCACTTTACAAAGTAAGACAGAATG  696

seq1  TTTTATTGGCTCTTAACACTTTTCACACACTTCCTCAGGGAGAGAAGGCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGGCTCTTAACACTTTTCACACACTTCCTCAGGGAGAGAAGGCA  746

seq1  GATCGAGGGAGGTGGATGGCAGAGAGGGTCAGGAACCTGACTAGCTTCAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGAGGGAGGTGGATGGCAGAGAGGGTCAGGAACCTGACTAGCTTCAC  796

seq1  AAACCTACCAAGGATGTTTAGTGACTTTGTAGCACTTCCCCATTGATGAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTACCAAGGATGTTTAGTGACTTTGTAGCACTTCCCCATTGATGAC  846

seq1  TTTGCTTAGATTTCTCTACATTGTCTGAACAGATTTAACCTTTCTGCTAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTAGATTTCTCTACATTGTCTGAACAGATTTAACCTTTCTGCTAA  896

seq1  TAAGTGCAATGCAGAATTGCAGACTCCCTTCCCTGAAAGCAGAAGCCAAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCAATGCAGAATTGCAGACTCCCTTCCCTGAAAGCAGAAGCCAAA  946

seq1  GGGTTTGGCCATCTGGGTCCAAACAGATTCTAAAGGAGGTATATGGCTCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGGCCATCTGGGTCCAAACAGATTCTAAAGGAGGTATATGGCTCT  996

seq1  TGGAGTCCCAGAGCATGGAGCCAAATCCTGAATCTGAGGTGTCAGTGAGC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCCAGAGCATGGAGCCAAATCCTGAATCTGAGGTGTCAGTGAGC  1046

seq1  CCTGCAGACCCACCTCTGGATCTGTACCAGGTCTCATGGTGAATTC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGACCCACCTCTGGATCTGTACCAGGTCTCATGGTGAATTC  1092