BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298M09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 50,362,752 - 50,453,709
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041993
Upstream geneC230029F24Rik, LOC627430, LOC100041981, EG666962, EG666970
Downstream geneTmeff2, Sdpr, LOC383504
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298M09.bB6Ng01-298M09.g
ACCGA093795GA093796
length1,0921,079
definitionB6Ng01-298M09.b B6Ng01-298M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,452,607 - 50,453,709)(50,362,752 - 50,363,838)
sequence
gaattccattcatttggaggatgatattctataaatgtatttatgtctat
ttaagattgtgttttacattttgaaagttataaatctatgtctaacattc
tttgctctattaccaattctctggtgttctacccgctcaatctaacctgc
taatcacagttaggatgttttcttattagttattgtaacatttgtctgtt
tctgcctgttgttgatacatgccttgtctcatttggtttatagatttgct
tttatctacttatgtttgtgaagagatttaatttaactatcataatgatt
ttaataaactcctctgaatttttcagaatttatgtcagttcttgtttgga
acaatagtttgacttgtttgctgttattgtttttcaatgtattgagaagt
ctaaaggatttttcttttattaaatatattttcatacataatattctgat
tatggttccactttccagttctaatggcattctccccatttaccctccca
tccaaaaatactcacttttcatctcttcttagaaaacaaacagcgatcta
aagaatattatgacatataaaaataagaagtctatgtgtatctgtctttc
attcagaaagtcagattattgggtcaggtagcaaggaacatgctgccact
gctgccaatgctgctgaaacgccccctactacagatggtgtccaatatat
tggcaataactaactcttaaaaattaattggaaattccaaaatggaaaac
atttgctatgcctttatgatttggttgtggggagaattggtttgttagca
gagctgcatggtttttgcctaagccttgtgttttctggactaggaaaaat
atgtgctaggttggcctgcataattctgaggttgtgtcataagctagaac
attgggtgtgtaccccagtcatccagacaccctggatggcagtggcagac
tcagattcagcttgagtccttctcaaagtattctaagttgcccagagagc
ttgagctctgctatgccaggagctagctgctcagagggcaaagagttgag
ggtggcctgcctctacaggaaataaggagtaatactatcata

gaattcataacctgtactttgagaataaaaatagaaaatatgatttttca
gccaatgctcattaagtttaatattttgctatcactagggaactgagctc
aggcaagcccttgtgtaaggttagagaatgaatagtaacaacaggatagt
tataattctctggattaataattctttgcatctaacaagcaataatatat
taatgtattaattccacatattgattaatgtacttttatatttatgccac
atttccatatataatctacttataaaacatataaataatcaaattcatat
gcgtattgaataaaagtcagaggactatgacataattatgataagagctg
agttttctactgtgttatattttagtttgattttgctcatttggataatg
ttgtacatagcaattatatgaactagaatttataggtattaattatgaaa
tatgattgtttaggttttgtctgatgtctaaaatatggatttgccattaa
taatactctcttcaacaacaccaacctgtatgtataagaactgtggaact
tactatatattctaccaatgggagagttgtgaagaaaaacataaatataa
taaggtgagtctgctgtgcaggagagagtgcagactgcagaagctacaca
gcttctgggacagacagaagcaacacagcttttgggacagatccccattt
cgggctccagacatccaggcaccttccccgccagagaagaggtgactgcc
tggtagggctatgactgcctgagcaggtgagagagccatcttgtgtccca
ggtccattgggagaccagtctgcgcaggtcagctcgctgactgcagaggc
aagacatcttctggaacaggacctgtttcaggccttcatcttcagccagg
aggcaggtctgaatgtcagacctttgtgcacctttcctataggagagagc
ttgcctacagagagtactctgacatgagactcagagagatctagactccc
aggacagctgaacagaggctaacagaataaaaaagaggacagctcacaga
gacactataacactgacacagaagattac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_50452607_50453709
seq2: B6Ng01-298M09.b_47_1138 (reverse)

seq1  TATGATAGTATTTACTCCTTTAATTTCCTTTGTAGGAGGCAGG-CAACCT  49
      |||||||||| |||||||||  ||||||  |||| |||||||| || |||
seq2  TATGATAGTA-TTACTCCTT--ATTTCC--TGTA-GAGGCAGGCCACCCT  44

seq1  C-ACTCTCTGCCCTCTGAGCAGCTAGCCTCCTTGCATAGCAGAGGCTCAA  98
      | ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||
seq2  CAACTCTTTGCCCTCTGAGCAGCTAG-CTCCTGGCATAGCAGA-GCTCAA  92

seq1  GCTCTCTGGGGCAACTTAGAATACTTTGAGAAGGACTCAAGCTGAATCCT  148
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTCTCT-GGGCAACTTAGAATACTTTGAGAAGGACTCAAGCTGAAT-CT  140

seq1  GAGTCTGCCACCTGCCATCCAGGGTTGTCTGGATTGACTTGGGGTACACA  198
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||
seq2  GAGTCTGCCA-CTGCCATCCAGGG-TGTCTGGA-TGAC-TGGGGTACACA  186

seq1  -CCAATGTTCTAGCTTATGACACAACCTCAGAATTATGCAGGCCAACCTA  247
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGTTCTAGCTTATGACACAACCTCAGAATTATGCAGGCCAACCTA  236

seq1  GCACATATTTTTCCTAGTCCAGAAAACACAAGGCTTAGGCAAAAACCATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATTTTTCCTAGTCCAGAAAACACAAGGCTTAGGCAAAAACCATG  286

seq1  CAGCTCTGCTAACAAACCAATTCTCCCCACAACCAAATCATAAAGGCATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGCTAACAAACCAATTCTCCCCACAACCAAATCATAAAGGCATA  336

seq1  GCAAATGTTTTCCATTTTGGAATTTCCAATTAATTTTTAAGAGTTAGTTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGTTTTCCATTTTGGAATTTCCAATTAATTTTTAAGAGTTAGTTA  386

seq1  TTGCCAATATATTGGACACCATCTGTAGTAGGGGGCGTTTCAGCAGCATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAATATATTGGACACCATCTGTAGTAGGGGGCGTTTCAGCAGCATT  436

seq1  GGCAGCAGTGGCAGCATGTTCCTTGCTACCTGACCCAATAATCTGACTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCAGTGGCAGCATGTTCCTTGCTACCTGACCCAATAATCTGACTTT  486

seq1  CTGAATGAAAGACAGATACACATAGACTTCTTATTTTTATATGTCATAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAAAGACAGATACACATAGACTTCTTATTTTTATATGTCATAAT  536

seq1  ATTCTTTAGATCGCTGTTTGTTTTCTAAGAAGAGATGAAAAGTGAGTATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTAGATCGCTGTTTGTTTTCTAAGAAGAGATGAAAAGTGAGTATT  586

seq1  TTTGGATGGGAGGGTAAATGGGGAGAATGCCATTAGAACTGGAAAGTGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATGGGAGGGTAAATGGGGAGAATGCCATTAGAACTGGAAAGTGGA  636

seq1  ACCATAATCAGAATATTATGTATGAAAATATATTTAATAAAAGAAAAATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATCAGAATATTATGTATGAAAATATATTTAATAAAAGAAAAATC  686

seq1  CTTTAGACTTCTCAATACATTGAAAAACAATAACAGCAAACAAGTCAAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGACTTCTCAATACATTGAAAAACAATAACAGCAAACAAGTCAAAC  736

seq1  TATTGTTCCAAACAAGAACTGACATAAATTCTGAAAAATTCAGAGGAGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTCCAAACAAGAACTGACATAAATTCTGAAAAATTCAGAGGAGTT  786

seq1  TATTAAAATCATTATGATAGTTAAATTAAATCTCTTCACAAACATAAGTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAATCATTATGATAGTTAAATTAAATCTCTTCACAAACATAAGTA  836

seq1  GATAAAAGCAAATCTATAAACCAAATGAGACAAGGCATGTATCAACAACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAGCAAATCTATAAACCAAATGAGACAAGGCATGTATCAACAACA  886

seq1  GGCAGAAACAGACAAATGTTACAATAACTAATAAGAAAACATCCTAACTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAACAGACAAATGTTACAATAACTAATAAGAAAACATCCTAACTG  936

seq1  TGATTAGCAGGTTAGATTGAGCGGGTAGAACACCAGAGAATTGGTAATAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAGCAGGTTAGATTGAGCGGGTAGAACACCAGAGAATTGGTAATAG  986

seq1  AGCAAAGAATGTTAGACATAGATTTATAACTTTCAAAATGTAAAACACAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGAATGTTAGACATAGATTTATAACTTTCAAAATGTAAAACACAA  1036

seq1  TCTTAAATAGACATAAATACATTTATAGAATATCATCCTCCAAATGAATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAATAGACATAAATACATTTATAGAATATCATCCTCCAAATGAATG  1086

seq1  GAATTC  1103
      ||||||
seq2  GAATTC  1092


seq1: chr1_50362752_50363838
seq2: B6Ng01-298M09.g_67_1145

seq1  GAATTCATAACCTGTACTTTGAGAATAAAAATAGAAAATATGATTTTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAACCTGTACTTTGAGAATAAAAATAGAAAATATGATTTTTCA  50

seq1  GCCAATGCTCATTAAGTTTAATATTTTGCTATCACTAGGGAACTGAGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATGCTCATTAAGTTTAATATTTTGCTATCACTAGGGAACTGAGCTC  100

seq1  AGGCAAGCCCTTGTGTAAGGTTAGAGAATGAATAGTAACAACAGGATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCCCTTGTGTAAGGTTAGAGAATGAATAGTAACAACAGGATAGT  150

seq1  TATAATTCTCTGGATTAATAATTCTTTGCATCTAACAAGCAATAATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTCTCTGGATTAATAATTCTTTGCATCTAACAAGCAATAATATAT  200

seq1  TAATGTATTAATTCCACATATTGATTAATGTACTTTTATATTTATGCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTATTAATTCCACATATTGATTAATGTACTTTTATATTTATGCCAC  250

seq1  ATTTCCATATATAATCTACTTATAAAACATATAAATAATCAAATTCATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATATATAATCTACTTATAAAACATATAAATAATCAAATTCATAT  300

seq1  GCGTATTGAATAAAAGTCAGAGGACTATGACATAATTATGATAAGAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTATTGAATAAAAGTCAGAGGACTATGACATAATTATGATAAGAGCTG  350

seq1  AGTTTTCTACTGTGTTATATTTTAGTTTGATTTTGCTCATTTGGATAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTACTGTGTTATATTTTAGTTTGATTTTGCTCATTTGGATAATG  400

seq1  TTGTACATAGCAATTATATGAACTAGAATTTATAGGTATTAATTATGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACATAGCAATTATATGAACTAGAATTTATAGGTATTAATTATGAAA  450

seq1  TATGATTGTTTAGGTTTTGTCTGATGTCTAAAATATGGATTTGCCATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTGTTTAGGTTTTGTCTGATGTCTAAAATATGGATTTGCCATTAA  500

seq1  TAATACTCTCTTCAACAACACCAACCTGTATGTATAAGAACTGTGGAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTCTCTTCAACAACACCAACCTGTATGTATAAGAACTGTGGAACT  550

seq1  TACTATATATTCTACCAATGGGAGAGTTGTGAAGAAAAACATAAATATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATATATTCTACCAATGGGAGAGTTGTGAAGAAAAACATAAATATAA  600

seq1  TAAGGTGAGTCTGCTGTGCAGGAGAGAGTGCAGACTGCAGAAGCTACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGAGTCTGCTGTGCAGGAGAGAGTGCAGACTGCAGAAGCTACACA  650

seq1  GCTTCTGGGACAGACAGAAGCAACACAGCTTTTGGGACAGATCCCCATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGGGACAGACAGAAGCAACACAGCTTTTGGGACAGATCCCCATTT  700

seq1  CGGGCTCCAGACATCCAGGCACCTTCCCCGCCAGAGAAGAGGTGACTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTCCAGACATCCAGGCACCTTCCCCGCCAGAGAAGAGGTGACTGCC  750

seq1  TGGTAGGGCTATGACTGCCTGAGCAGGTGAGAGAGCCATCTTGTGTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGGCTATGACTGCCTGAGCAGGTGAGAGAGCCATCTTGTGTCCCA  800

seq1  GGTCCATT-GGAGACCAGTCTGCGCAGGTCAGCTCGCTGACTGCAGAGGC  849
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCATTGGGAGACCAGTCTGCGCAGGTCAGCTCGCTGACTGCAGAGGC  850

seq1  AAGACATCTTCTGGAACAGGACCTGTTTCAGGCCTTCATCTTCAGCCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATCTTCTGGAACAGGACCTGTTTCAGGCCTTCATCTTCAGCCAGG  900

seq1  AGGCAGGTCTGAATGTCAGACCTTTGTGCACCTTTCCTATAAGAGGAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  AGGCAGGTCTGAATGTCAGACCTTTGTGCACCTTTCCTATAGGA-GAGAG  949

seq1  CTTGCCTACAGAGAGTACTCTGACCAATGAGACTCAAGAGAGATCTAGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTTGCCTACAGAGAGTACTCTGAC--ATGAGACTC-AGAGAGATCTAGAC  996

seq1  TCCCAGGACAGCTG-ACAGAGGCTAACAGAAT-AAAAAGAGGAACCAGCT  1047
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||
seq2  TCCCAGGACAGCTGAACAGAGGCTAACAGAATAAAAAAGAGGA--CAGCT  1044

seq1  CCAACCAGAGACAACTATAACAACTGACACCAGAGATTAC  1087
      |    ||||||| |||||||| ||||||||   |||||||
seq2  C---ACAGAGAC-ACTATAAC-ACTGACACAGAAGATTAC  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |