BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299A03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 151,604,147 - 151,740,928
singlet/doubletdoublet
Overlap genePla2g4a
Upstream geneLOC100042792, LOC435647, LOC100042813
Downstream genePtgs2, LOC676712, LOC100043257, LOC100043261, Pdc, BC003331, Tpr, EG625534, EG545370
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299A03.bB6Ng01-299A03.g
ACCGA093968GA093969
length8041,106
definitionB6Ng01-299A03.b B6Ng01-299A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,604,147 - 151,604,950)(151,739,836 - 151,740,928)
sequence
gaattcatattctcttagttatattatgtttctcaaagaacccctgaaaa
ctaagtaaataatttacatttaaattattgttattatgttaatgagtctt
taaacaataccttggtttacctaaagattaaggtcatttaaacattgtag
gataaatattaactcaactttttccaagaaaagtgtaatgttgaggtggg
agacttaatcaattatccttcccttactgaggccttgacatgaactaaga
atatgaagaaactgaaaagtgaaagtaaagcacaaaacttttggttaaaa
gaaaaatatttgagggagtaagcttcaatcttggtgtgattttgacaaca
gaaaagagattttcttgtgtggcaaggcagggttctgagtgttcatttac
acacactagtatatattatatttctatgatcatctagattattaatattc
tttaaaggtgggccaatccaatttgtcacaattaaaacaaatccataaca
aaactacctagttcattatacattgctaccattaattacagtatagaaag
aacaatggtcacagaagggaatgcttgccccataggaagaacaacaatat
gaactaacaagtacccccagagctccctgggactaaaccaccaaccaaag
aaaatacatggtggaaatcatggctctagctgcatatgtagcagaggatg
gtctagttggtcatcaatgggaggagaggcccctagtcctgtgaaggttc
tatgctctagtataagagaatgtcaggggtgggttggtgagcagagggag
gggg

tccgcggaattcttttctttctttctttttagtttctttttattttaaat
gaacactgaagataggaacctgctcttaggtatgttaggcaaggatttca
ccaaggagctgtagccacagattttaaaatttgctgttttgtttgaccac
cagtgggagtccactgctattactcctatcccactgtaccatcaacaaag
gatccaacactttacagggcactattttgctaatccaaagtgagctggtg
ggttaggtgcattcaatgcctttgaattatagttcctttgtcctaatagg
tttatcagcacacaattttacatcagtgacatcacttcacgagaagtctg
ggaatcattggataagatggtgtgctggagaatttttatgtcaacttgac
agaagctaaagtcatctgagtggaggggacttcagttaagaaaatgcttc
tattaaaatttggctctaggcaaacctatagggtcttatgttaattagtg
attgatgacagagagtacagcccattgggggtggtaccatccctgggctg
ctggtcctgggtaccataacagagttggctgagcagtccacatggagcaa
gctggtaagcagtgctcttccatggcctctgcatcaactcctgcctccag
cttcctgtcctgtttgagttcctgccttgacttcccttagtgttgaacca
ttacctggaagtataagttgacataaaccctttccttcccaagttgcttt
tggtcatggtgtttcattaccccaagtaaccctaagacagatgtcaagga
catcagactgtcaactatgcacagtatagtccaaatgaaggtcaaacaat
ttctggctttaagaaagaatagctttttttttttttttagactaggcact
gtggtgaagtgacacatctcatatagcaatcttcacagtatatcatatat
cacatcttcacaatatatcatataccacatcttcacaatagctaactttt
aaatgacagggtattttagaatgttcccttttattcctgctgttcctgtt
taggcagttaagtttcctggtgaagaaataccaaaatagccagcctacag
ccatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_151604147_151604950
seq2: B6Ng01-299A03.b_44_847

seq1  GAATTCATATTCTCTTAGTTATATTATGTTTCTCAAAGAACCCCTGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTCTCTTAGTTATATTATGTTTCTCAAAGAACCCCTGAAAA  50

seq1  CTAAGTAAATAATTTACATTTAAATTATTGTTATTATGTTAATGAGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAAATAATTTACATTTAAATTATTGTTATTATGTTAATGAGTCTT  100

seq1  TAAACAATACCTTGGTTTACCTAAAGATTAAGGTCATTTAAACATTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATACCTTGGTTTACCTAAAGATTAAGGTCATTTAAACATTGTAG  150

seq1  GATAAATATTAACTCAACTTTTTCCAAGAAAAGTGTAATGTTGAGGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATATTAACTCAACTTTTTCCAAGAAAAGTGTAATGTTGAGGTGGG  200

seq1  AGACTTAATCAATTATCCTTCCCTTACTGAGGCCTTGACATGAACTAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTAATCAATTATCCTTCCCTTACTGAGGCCTTGACATGAACTAAGA  250

seq1  ATATGAAGAAACTGAAAAGTGAAAGTAAAGCACAAAACTTTTGGTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAGAAACTGAAAAGTGAAAGTAAAGCACAAAACTTTTGGTTAAAA  300

seq1  GAAAAATATTTGAGGGAGTAAGCTTCAATCTTGGTGTGATTTTGACAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATATTTGAGGGAGTAAGCTTCAATCTTGGTGTGATTTTGACAACA  350

seq1  GAAAAGAGATTTTCTTGTGTGGCAAGGCAGGGTTCTGAGTGTTCATTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGATTTTCTTGTGTGGCAAGGCAGGGTTCTGAGTGTTCATTTAC  400

seq1  ACACACTAGTATATATTATATTTCTATGATCATCTAGATTATTAATATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTAGTATATATTATATTTCTATGATCATCTAGATTATTAATATTC  450

seq1  TTTAAAGGTGGGCCAATCCAATTTGTCACAATTAAAACAAATCCATAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGTGGGCCAATCCAATTTGTCACAATTAAAACAAATCCATAACA  500

seq1  AAACTACCTAGTTCATTATACATTGCTACCATTAATTACAGTATAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACCTAGTTCATTATACATTGCTACCATTAATTACAGTATAGAAAG  550

seq1  AACAATGGTCACAGAAGGGAATGCTTGCCCCATAGGAAGAACAACAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGTCACAGAAGGGAATGCTTGCCCCATAGGAAGAACAACAATAT  600

seq1  GAACTAACAAGTACCCCCAGAGCTCCCTGGGACTAAACCACCAACCAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAACAAGTACCCCCAGAGCTCCCTGGGACTAAACCACCAACCAAAG  650

seq1  AAAATACATGGTGGAAATCATGGCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACATGGTGGAAATCATGGCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAGGATG  700

seq1  GTCTAGTTGGTCATCAATGGGAGGAGAGGCCCCTAGTCCTGTGAAGGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGTTGGTCATCAATGGGAGGAGAGGCCCCTAGTCCTGTGAAGGTTC  750

seq1  TATGCTCTAGTATAAGAGAATGTCAGGGGTGGGTTGGTGAGCAGAGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCTAGTATAAGAGAATGTCAGGGGTGGGTTGGTGAGCAGAGGGAG  800

seq1  GGGG  804
      ||||
seq2  GGGG  804


seq1: chr1_151739836_151740928
seq2: B6Ng01-299A03.g_66_1165 (reverse)

seq1  CTATGGCTTGTA-GCTGCTTATTTT-GTATTTCCTTCA-CAG--AACTT-  44
      ||||||| |||| ||||  |||||| |||||| ||||| |||  ||||| 
seq2  CTATGGC-TGTAGGCTGGCTATTTTGGTATTT-CTTCACCAGGAAACTTA  48

seq1  ACTGCCTAAAACAGGAACAGCAAGAATAAA--GGAACATTCTAAAATACC  92
      ||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCT-AAACAGGAACAGCAGGAATAAAAGGGAACATTCTAAAATACC  97

seq1  CTGTCATTTAAAAGTTAGCTATTGTGAAGATGTGGTATATGATATATTGT  142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATTTAAAAGTTAGCTATTGTGAAGATGTGGTATATGATATATTGT  147

seq1  GAAGATGTGATATATGATATACTGTGAAGATTGCTATATGAGATGTGTCA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTGATATATGATATACTGTGAAGATTGCTATATGAGATGTGTCA  197

seq1  CTTCACCACAGTGCCTAGTCT--AAAAAAAAAAAAAGCTATTCTTTCTTA  240
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCACAGTGCCTAGTCTAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTCTTTCTTA  247

seq1  AAGCCAGAAATTGTTTGACCTTCATTTGGACTATACTGTGCATAGTTGAC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGAAATTGTTTGACCTTCATTTGGACTATACTGTGCATAGTTGAC  297

seq1  AGTCTGATGTCCTTGACATCTGTCTTAGGGTTACTTGGGGTAATGAAACA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGATGTCCTTGACATCTGTCTTAGGGTTACTTGGGGTAATGAAACA  347

seq1  CCATGACCAAAAGCAACTTGGGAAGGAAAGGGTTTATGTCAACTTATACT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACCAAAAGCAACTTGGGAAGGAAAGGGTTTATGTCAACTTATACT  397

seq1  TCCAGGTAATGGTTCAACACTAAGGGAAGTCAAGGCAGGAACTCAAACAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTAATGGTTCAACACTAAGGGAAGTCAAGGCAGGAACTCAAACAG  447

seq1  GACAGGAAGCTGGAGGCAGGAGTTGATGCAGAGGCCATGGAAGAGCACTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAAGCTGGAGGCAGGAGTTGATGCAGAGGCCATGGAAGAGCACTG  497

seq1  CTTACCAGCTTGCTCCATGTGGACTGCTCAGCCAACTCTGTTATGGTACC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCAGCTTGCTCCATGTGGACTGCTCAGCCAACTCTGTTATGGTACC  547

seq1  CAGGACCAGCAGCCCAGGGATGGTACCACCCCCAATGGGCTGTACTCTCT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCAGCAGCCCAGGGATGGTACCACCCCCAATGGGCTGTACTCTCT  597

seq1  GTCATCAATCACTAATTAACATAAGACCCTATAGGTTTGCCTAGAGCCAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCAATCACTAATTAACATAAGACCCTATAGGTTTGCCTAGAGCCAA  647

seq1  ATTTTAATAGAAGCATTTTCTTAACTGAAGTCCCCTCCACTCAGATGACT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATAGAAGCATTTTCTTAACTGAAGTCCCCTCCACTCAGATGACT  697

seq1  TTAGCTTCTGTCAAGTTGACATAAAAATTCTCCAGCACACCATCTTATCC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTCTGTCAAGTTGACATAAAAATTCTCCAGCACACCATCTTATCC  747

seq1  AATGATTCCCAGACTTCTCGTGAAGTGATGTCACTGATGTAAAATTGTGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTCCCAGACTTCTCGTGAAGTGATGTCACTGATGTAAAATTGTGT  797

seq1  GCTGATAAACCTATTAGGACAAAGGAACTATAATTCAAAGGCATTGAATG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATAAACCTATTAGGACAAAGGAACTATAATTCAAAGGCATTGAATG  847

seq1  CACCTAACCCACCAGCTCACTTTGGATTAGCAAAATAGTGCCCTGTAAAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAACCCACCAGCTCACTTTGGATTAGCAAAATAGTGCCCTGTAAAG  897

seq1  TGTTGGATCCTTTGTTGATGGTACAGTGGGATAGGAGTAATAGCAGTGGA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGATCCTTTGTTGATGGTACAGTGGGATAGGAGTAATAGCAGTGGA  947

seq1  CTCCCACTGGTGGTCAAACAAAACAGCAAATTTTAAAATCTGTGGCTACA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTGGTGGTCAAACAAAACAGCAAATTTTAAAATCTGTGGCTACA  997

seq1  GCTCCTTGGTGAAATCCTTGCCTAACATACCTAAGAGCAGGTTCCTATCT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTGGTGAAATCCTTGCCTAACATACCTAAGAGCAGGTTCCTATCT  1047

seq1  TCAGTGTTCATTTAAAATAAAAAGAAACTAAAAAGAAAGAAAGAAAAGAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTTCATTTAAAATAAAAAGAAACTAAAAAGAAAGAAAGAAAAGAA  1097

seq1  TTC  1093
      |||
seq2  TTC  1100


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |