BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302O09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 143,966,888 - 144,127,250
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC639376
Upstream geneEG226472
Downstream geneLOC545369
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302O09.bB6Ng01-302O09.g
ACCGA096830GA096831
length1,1201,097
definitionB6Ng01-302O09.b B6Ng01-302O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,966,888 - 143,968,005)(144,126,155 - 144,127,250)
sequence
gaattcttcctttaaaaactccattgctgttgatagagccatgaaactac
actttgtatctatctagtagattatacatcgccatgtataaggcaaagtt
aaaactattgaatattagtggaaaactgatttcactcatagatacattct
caaatttaaaatgatactataattagtaagcacttgttctgtgtaacatg
gattcatctacaaatccttcataagacaaatcctagccagagaggcaatg
tttccatgatcccattgaatggaagctactgaagagctgaacgctaacag
caaagcttcctaatcatgagtgacttgtttgttgtactggataccttctc
tacatgtactttgatgtgttgtttttcatacttttaatgtatgtcaatac
gacaaactacagtggcaaagctttgtgtattcagctacccttttccccca
cctaaaatttttatttttacacggatttataaatttttcttaacatattt
tgagatttgggttgtttttgttctagttagtatattgttttagtagacat
aaagacacaggtgcaatttactctcctggtactcataggtgggtcttcaa
tcaagctcaggcaatcaaaataaaactagtgtgcattatcttagtaagct
tgcatgtatttaggataataagtccttagaatggcataatatatccttct
atataattgtggtgcattatgttaatgtaatcttgatagagatttgtttt
ccatgtttatattttatgtgtatagaaagatacaactgagtgattatata
attaatgcacttcatatttcttctgaataagttctgactatcctcagttt
tatacaaaatcatctacaacaatcagctatcaacaaatgaaatccacaaa
ttcagttctccacatcctactcaaattcttcacattctgagttgtttatc
ttgggtttctgcccaaatttgacaagaagtttgcaatatgcatttgaagg
agcaatttgtaggctatgttttgtttctcaatttaaatcctattaatttt
tgtaattgaagaataacatttcctaattttctactccatgattaatttga
attatatccagtgtcacttc
gaattcaagaattttaaactgctcattttagaggagacttagtaaaaagg
tgagatactacaaacagtgttacttgtcacatgagctatgaagtgacact
taaatcctttcagattccttttgccaattaaacatcctatatttctaatt
tatttttacaaatctagcactgaaacttaaaatacattctgaaaagttga
ctagtaggagggtagatctagttatatatttaaaaaaaaactagataaag
ctgtgtaaaagcacacttttatcccattgaatgtccctcaggtaaaagtc
aagtcttaagactgtcaacttataaagcctccagaagagcaaaagagcac
actgcctgatcctaggctatgacattcagcaacttggactgcacaatgat
gtgccacttagtaactgtgacatctgatatggattaacctttaaaaggtc
agactggccatttctaaaggggatgatacccctctgtgaactactgaaag
ataagaaaagataatttgaaatatagaaaataagccaactatgtattaca
gaatctaaaaactttttagttagcattatcactctgagaatctgttaaat
tggctgactgaagaatatcacttgattcacgaaaagtcggttactttaga
atacttctttatccgtgcaccctttgccatcctgcttactactaaatgcc
catccttaagtcaacttccctagttctgggctttcaaggccacgtcacat
acctctgttaattgtctcatcaatttcttaccttgcttttgcatttagtc
tcactcaacaatcattttatttaccactaatgaccttcctttcacatgtt
ttcaacagtgccaattattcttttcaactctctgctagttcttcatcatc
tttcaggcaccttgagcatagtgtctgctctttcccaccagttactgaga
agatcaatggaagcaagtctctgaattccttttaacctttttttccatgt
ctattagatagcacagatctatacaaggactatccatcctcttggcatga
tccctgggttcaaatcatcttttaaatcaatatgattgggtgctttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_143966888_143968005
seq2: B6Ng01-302O09.b_46_1165

seq1  GAATTCTTCCTTTAAAAACTCCATTGCTGTTGATAGAGCCATGAAACTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTTTAAAAACTCCATTGCTGTTGATAGAGCCATGAAACTAC  50

seq1  ACTTTGTATCTATCTAGTAGATTATACATCGCCATGTATAAGGCAAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTATCTATCTAGTAGATTATACATCGCCATGTATAAGGCAAAGTT  100

seq1  AAAACTATTGAATATTAGTGGAAAACTGATTTCACTCATAGATACATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATTGAATATTAGTGGAAAACTGATTTCACTCATAGATACATTCT  150

seq1  CAAATTTAAAATGATACTATAATTAGTAAGCACTTGTTCTGTGTAACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAAAATGATACTATAATTAGTAAGCACTTGTTCTGTGTAACATG  200

seq1  GATTCATCTACAAATCCTTCATAAGACAAATCCTAGCCAGAGAGGCAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATCTACAAATCCTTCATAAGACAAATCCTAGCCAGAGAGGCAATG  250

seq1  TTTCCATGATCCCATTGAATGGAAGCTACTGAAGAGCTGAACGCTAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATGATCCCATTGAATGGAAGCTACTGAAGAGCTGAACGCTAACAG  300

seq1  CAAAGCTTCCTAATCATGAGTGACTTGTTTGTTGTACTGGATACCTTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTCCTAATCATGAGTGACTTGTTTGTTGTACTGGATACCTTCTC  350

seq1  TACATGTACTTTGATGTGTTGTTTTTCATACTTTTAATGTATGTCAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTACTTTGATGTGTTGTTTTTCATACTTTTAATGTATGTCAATAC  400

seq1  GACAAACTACAGTGGCAAAGCTTTGTGTATTCAGCTACCCTTTTCCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACTACAGTGGCAAAGCTTTGTGTATTCAGCTACCCTTTTCCCCCA  450

seq1  CCTAAAATTTTTATTTTTACACGGATTTATAAATTTTTCTTAACATATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAATTTTTATTTTTACACGGATTTATAAATTTTTCTTAACATATTT  500

seq1  TGAGATTTGGGTTGTTTTTGTTCTAGTTAGTATATTGTTTTAGTAGACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTGGGTTGTTTTTGTTCTAGTTAGTATATTGTTTTAGTAGACAT  550

seq1  AAAGACACAGGTGCAATTTACTCTCCTGGTACTCATAGGTGGGTCTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACACAGGTGCAATTTACTCTCCTGGTACTCATAGGTGGGTCTTCAA  600

seq1  TCAAGCTCAGGCAATCAAAATAAAACTAGTGTGCATTATCTTAGTAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCTCAGGCAATCAAAATAAAACTAGTGTGCATTATCTTAGTAAGCT  650

seq1  TGCATGTATTTAGGATAATAAGTCCTTAGAATGGCATAATATATCCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTATTTAGGATAATAAGTCCTTAGAATGGCATAATATATCCTTCT  700

seq1  ATATAATTGTGGTGCATTATGTTAATGTAATCTTGATAGAGATTTGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATTGTGGTGCATTATGTTAATGTAATCTTGATAGAGATTTGTTTT  750

seq1  CCATGTTTATATTTTATGTGTATAGAAAGATACAACTGAGTGATTATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTATATTTTATGTGTATAGAAAGATACAACTGAGTGATTATATA  800

seq1  ATTAATGCACTTCATATTTCTTCTGAATAAGTTCTGACTATCCTCAGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGCACTTCATATTTCTTCTGAATAAGTTCTGACTATCCTCAGTTT  850

seq1  TATACAAAATCATCTACAACAATCAGCTATCAACAAATGAAATCCACAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAAATCATCTACAACAATCAGCTATCAACAAATGAAATCCACAAA  900

seq1  TTCAGTTCTCCACATCCTACTCAAATTCTTCACATTCTGAGTTGTTTATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTCCACATCCTACTCAAATTCTTCACATTCTGAGTTGTTTATC  950

seq1  TTGGTTTCCTGCCCAAATTTGACAAGAAGTTTGC-ATATGCATTTTGAAG  999
      |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TTGGGTTTCTGCCCAAATTTGACAAGAAGTTTGCAATATGCA-TTTGAAG  999

seq1  GAGCAATTTGTA-GCTATGTTTTGTTTCTCAATTTAAATCCTATTAA-TT  1047
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGCAATTTGTAGGCTATGTTTTGTTTCTCAATTTAAATCCTATTAATTT  1049

seq1  TTGTATTTGAAG-ATTACATTTCCCTA-TTTCTACTCCCAGTGGATTTAT  1095
      ||||| |||||| || ||||||||  | ||||||||||     |||| ||
seq2  TTGTAATTGAAGAATAACATTTCCTAATTTTCTACTCC---ATGATTAAT  1096

seq1  TTG-ATTA-ATCCAGTTGTCACTTC  1118
      ||| |||| |||||| |||||||||
seq2  TTGAATTATATCCAG-TGTCACTTC  1120

seq1: chr1_144126155_144127250
seq2: B6Ng01-302O09.g_67_1163 (reverse)

seq1  GAAAGCACACAATCATATGAATTAAAAAGATGATTT-AAACCAAGGATCA  49
      |||||||| |||||||||  ||| |||||||||||| || ||| ||||||
seq2  GAAAGCACCCAATCATATTGATTTAAAAGATGATTTGAACCCAGGGATCA  50

seq1  TGCCAAGAGGATGGATAGTCCTTTGTATAGATCTGTGCTATCTAATAGAC  99
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGAGGATGGATAGTCC-TTGTATAGATCTGTGCTATCTAATAGAC  99

seq1  ATGGGAAAAAAGGTT-AAAGGAATTCAGAGACTTGCTTCCATTGATCTTC  148
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAAAAAGGTTAAAAGGAATTCAGAGACTTGCTTCCATTGATCTTC  149

seq1  TCAGTAACTGGTGGGAAAGAGCAGACACTATGCTCAAGGTGCCTGAAAGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAACTGGTGGGAAAGAGCAGACACTATGCTCAAGGTGCCTGAAAGA  199

seq1  TGATGAAGAACTAGCAGAGAGTTGAAAAGAATAATTGGCACTGTTGAAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAGAACTAGCAGAGAGTTGAAAAGAATAATTGGCACTGTTGAAAA  249

seq1  CATGTGAAAGGAAGGTCATTAGTGGTAAATAAAATGATTGTTGAGTGAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAAAGGAAGGTCATTAGTGGTAAATAAAATGATTGTTGAGTGAGA  299

seq1  CTAAATGCAAAAGCAAGGTAAGAAATTGATGAGACAATTAACAGAGGTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGCAAAAGCAAGGTAAGAAATTGATGAGACAATTAACAGAGGTAT  349

seq1  GTGACGTGGCCTTGAAAGCCCAGAACTAGGGAAGTTGACTTAAGGATGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACGTGGCCTTGAAAGCCCAGAACTAGGGAAGTTGACTTAAGGATGGG  399

seq1  CATTTAGTAGTAAGCAGGATGGCAAAGGGTGCACGGATAAAGAAGTATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGTAGTAAGCAGGATGGCAAAGGGTGCACGGATAAAGAAGTATTC  449

seq1  TAAAGTAACCGACTTTTCGTGAATCAAGTGATATTCTTCAGTCAGCCAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAACCGACTTTTCGTGAATCAAGTGATATTCTTCAGTCAGCCAAT  499

seq1  TTAACAGATTCTCAGAGTGATAATGCTAACTAAAAAGTTTTTAGATTCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGATTCTCAGAGTGATAATGCTAACTAAAAAGTTTTTAGATTCTG  549

seq1  TAATACATAGTTGGCTTATTTTCTATATTTCAAATTATCTTTTCTTATCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACATAGTTGGCTTATTTTCTATATTTCAAATTATCTTTTCTTATCT  599

seq1  TTCAGTAGTTCACAGAGGGGTATCATCCCCTTTAGAAATGGCCAGTCTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAGTTCACAGAGGGGTATCATCCCCTTTAGAAATGGCCAGTCTGA  649

seq1  CCTTTTAAAGGTTAATCCATATCAGATGTCACAGTTACTAAGTGGCACAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAAAGGTTAATCCATATCAGATGTCACAGTTACTAAGTGGCACAT  699

seq1  CATTGTGCAGTCCAAGTTGCTGAATGTCATAGCCTAGGATCAGGCAGTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGCAGTCCAAGTTGCTGAATGTCATAGCCTAGGATCAGGCAGTGT  749

seq1  GCTCTTTTGCTCTTCTGGAGGCTTTATAAGTTGACAGTCTTAAGACTTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTGCTCTTCTGGAGGCTTTATAAGTTGACAGTCTTAAGACTTGA  799

seq1  CTTTTACCTGAGGGACATTCAATGGGATAAAAGTGTGCTTTTACACAGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACCTGAGGGACATTCAATGGGATAAAAGTGTGCTTTTACACAGCT  849

seq1  TTATCTAGTTTTTTTTTAAATATATAACTAGATCTACCCTCCTACTAGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAGTTTTTTTTTAAATATATAACTAGATCTACCCTCCTACTAGTC  899

seq1  AACTTTTCAGAATGTATTTTAAGTTTCAGTGCTAGATTTGTAAAAATAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTCAGAATGTATTTTAAGTTTCAGTGCTAGATTTGTAAAAATAAA  949

seq1  TTAGAAATATAGGATGTTTAATTGGCAAAAGGAATCTGAAAGGATTTAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATATAGGATGTTTAATTGGCAAAAGGAATCTGAAAGGATTTAAG  999

seq1  TGTCACTTCATAGCTCATGTGACAAGTAACACTGTTTGTAGTATCTCACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTTCATAGCTCATGTGACAAGTAACACTGTTTGTAGTATCTCACC  1049

seq1  TTTTTACTAAGTCTCCTCTAAAATGAGCAGTTTAAAATTCTTGAATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACTAAGTCTCCTCTAAAATGAGCAGTTTAAAATTCTTGAATTC  1097