BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302P15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 83,543,293 - 83,680,599
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCol4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
Downstream gene5033414K04Rik, LOC100039638, Dner
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302P15.bB6Ng01-302P15.g
ACCGA096890GA096891
length1,0971,101
definitionB6Ng01-302P15.b B6Ng01-302P15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,543,293 - 83,544,400)(83,679,492 - 83,680,599)
sequence
gaattccattttaacataaagaaataaaactgacacaaactattgtgacg
tttattgtagcaaacattcagtattggaaatttccatctatattttataa
attgatgcaattaagcattggtggccaatgtagagtctgaggcaaggaca
tccttatgttggaagtccaaacactggattgcagttttcttaccttagca
gtgtttatcatcatcaccatcaccatcaccatcaccatcaccatcaccaa
caccaacaacatcaccaccatcatcattattgttattagtcttggaaata
gtccaggttcttgcacatgacctgtgagcagtgagttacagcctcacttc
attgctagcatttcaaatgcatccttgacccagaaactatccccttttag
aagaaaagcttattccttgctcactgtgtagtagtttacagtcccttaaa
tcctcccaatacaatccactttaaaaatagcttttaaaattacttttcat
gtttactaagagaaataacttcaaaagagaattgttttgatcatctggaa
aatgaaaagaaagaacaaaggatgcatgagctgataaacaagccaaccga
tttgtctactgaacaaaacacagattgttgccagagacaaatctgttata
gttacaattatgcctaaaaggccatggcaattacagggcagagatcctcc
actgggccaggtcactgctcaggaaagcaggatggtactgcatctgactt
gccttcttaccatctgtgattcatagctttcatttctctaattaaatcct
ttgatatgtatgatggtcaatggagttcagatattgaaacaaaaaaaaag
gcctgatatactttatctgaactatgaaatgctgcgagaaacatttcttt
tcacctcagcgtgtacaattgaaaatagtgtgtttctctagtctacccaa
gtgcaaggtttggcaacattcagatgtacccatttgggaagcattatcta
ttagacaaattgaaaaatagtattcatttccttactgagctaactgacgt
ctttatgattttagatagtctagatgatacattgcacttaaaaaaaa
gaattcttcgattcagcatgtccattggcaatgtatttttaaccaattat
cttgctctatcctgacaattgcattgaggtctgtcattgttaaatggatg
aacataactttaaatccaggtctacaagtatcaactagacaatcaaaaat
gtcctaaaattttacttccttgggtgtttgcttgtgactgggttttaatc
acagaccactgcaacatcaaatgtgtgaattcttctttcttcacaccaat
caactcaatgtcaagtgtgtgttctataattcaattaaaatttgacacta
tctggatggtgttgacataagattttgcaacttatcaactcagttcacca
gactaccagcattagaaatgcaattgaaaatccagggctttgtgtgtgtg
tgcatgcatgtttgcatgcatgtgcatgtgtgtgtgtttgtgggccaaaa
gtcaatgttaagagcctcctattccccgtactcctgactgatgagattta
cagatacctgctgctatacccagctttttatgtgagtgctgtgaatctga
actcatttctcagggcttttgtgataactacctcttcagagttgatagtt
ctacaagataactcacaaaattcagagaaatgggggtcttacaattattt
gcttcttataaaggttgcgactctgattcaatcaaatgcatgcgacatat
agagcaatacaggtgaaatatatagcaatataggtgcatataggtgataa
agcatggggcttccatgctctgttagtgagctactctgcagaacttgatg
cgttcactaccaaagaagatccctgaaaccaactgttagtccttaaagtt
tcctagcatgtgcaggactgatcacatcactaggtgttgcttagtgattc
tatctctaggctccagtcacttttctctctctgaaggtcaggatggagct
caagtttccaccctttaatagattgtgcctaagtctctcatgataagctc
ttcaataactgtctacgaccctgctgtagtcacccctcgtgacttcagaa
agctcaatttctaaaacttgtgtacatgaacttgccacctaagggatgaa
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_83543293_83544400
seq2: B6Ng01-302P15.b_49_1145

seq1  GAATTCCATTTTAACATAAAGAAATAAAACTGACACAAACTATTGTGACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTTAACATAAAGAAATAAAACTGACACAAACTATTGTGACG  50

seq1  TTTATTGTAGCAAACATTCAGTATTGGAAATTTCCATCTATATTTTATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTAGCAAACATTCAGTATTGGAAATTTCCATCTATATTTTATAA  100

seq1  ATTGATGCAATTAAGCATTGGTGGCCAATGTAGAGTCTGAGGCAAGGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGCAATTAAGCATTGGTGGCCAATGTAGAGTCTGAGGCAAGGACA  150

seq1  TCCTTATGTTGGAAGTCCAAACACTGGATTGCAGTTTTCTTACCTTAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGTTGGAAGTCCAAACACTGGATTGCAGTTTTCTTACCTTAGCA  200

seq1  GTGTTTATCATCATCACCATCACCATCACCATCACCATCACCATCACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTATCATCATCACCATCACCATCACCATCACCATCACCATCACCAA  250

seq1  CACCAACAACATCACCACCATCATCATTATTGTTATTAGTCTTGGAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACAACATCACCACCATCATCATTATTGTTATTAGTCTTGGAAATA  300

seq1  GTCCAGGTTCTTGCACATGACCTGTGAGCAGTGAGTTACAGCCTCACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGTTCTTGCACATGACCTGTGAGCAGTGAGTTACAGCCTCACTTC  350

seq1  ATTGCTAGCATTTCAAATGCATCCTTGACCCAGAAACTATCCCCTTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAGCATTTCAAATGCATCCTTGACCCAGAAACTATCCCCTTTTAG  400

seq1  AAGAAAAGCTTATTCCTTGCTCACTGTGTAGTAGTTTACAGTCCCTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGCTTATTCCTTGCTCACTGTGTAGTAGTTTACAGTCCCTTAAA  450

seq1  TCCTCCCAATACAATCCACTTTAAAAATAGCTTTTAAAATTACTTTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCAATACAATCCACTTTAAAAATAGCTTTTAAAATTACTTTTCAT  500

seq1  GTTTACTAAGAGAAATAACTTCAAAAGAGAATTGTTTTGATCATCTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTAAGAGAAATAACTTCAAAAGAGAATTGTTTTGATCATCTGGAA  550

seq1  AATGAAAAGAAAGAACAAAGGATGCATGAGCTGATAAACAAGCCAACCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAAGAAAGAACAAAGGATGCATGAGCTGATAAACAAGCCAACCGA  600

seq1  TTTGTCTACTGAACAAAACACAGATTGTTGCCAGAGACAAATCTGTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTACTGAACAAAACACAGATTGTTGCCAGAGACAAATCTGTTATA  650

seq1  GTTACAATTATGCCTAAAAGGCCATGGCAATTACAGGGCAGAGATCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAATTATGCCTAAAAGGCCATGGCAATTACAGGGCAGAGATCCTCC  700

seq1  ACTGGGCCAGGTCACTGCTCAGGAAAGCAGGATGGTACTGCATCTGACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCCAGGTCACTGCTCAGGAAAGCAGGATGGTACTGCATCTGACTT  750

seq1  GCCTTCTTACCATCTGTGATTCATAGCTTTCATTTCTCTAATTAAATCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTACCATCTGTGATTCATAGCTTTCATTTCTCTAATTAAATCCT  800

seq1  TTGATATGTATGATGGTCAATGGAGTTCAGATATTGAAAC-AAAAAAAAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGATATGTATGATGGTCAATGGAGTTCAGATATTGAAACAAAAAAAAAG  850

seq1  GCCTGATATACTTTATCTGAACTATGAAATGCTGCGAGAAACATTTCTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATATACTTTATCTGAACTATGAAATGCTGCGAGAAACATTTCTTT  900

seq1  TCACCTCAGCGTGTACAATTGAAAATAGTGTGTTTCTCTAGTCTACCCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCAGCGTGTACAATTGAAAATAGTGTGTTTCTCTAGTCTACCCAA  950

seq1  GTGCAAGGTTTGGCAACATTCAGATGTACCCATTTGGGAAAGCATTATCT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGCAAGGTTTGGCAACATTCAGATGTACCCATTTGGG-AAGCATTATCT  999

seq1  ATTAGACAAATTG-AAAATAGTAATTCATTCCCTTACTTGAAGCCTAACT  1048
      ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||   ||||| 
seq2  ATTAGACAAATTGAAAAATAGT-ATTCATTTCCTTAC-TGA--GCTAAC-  1044

seq1  TGAAGGTCCTTTATGATTTTAGATAAGTTCTTAAGATGATACATTGCAAC  1098
      ||| |   |||||||||||||||||   |||  |||||||||||||| ||
seq2  TGACG--TCTTTATGATTTTAGATA--GTCT--AGATGATACATTGC-AC  1087

seq1  TTAAAAAAAA  1108
      ||||||||||
seq2  TTAAAAAAAA  1097

seq1: chr1_83679492_83680599
seq2: B6Ng01-302P15.g_68_1168 (reverse)

seq1  ATTCATCCCT--AGTTGCAAG-TCATGTAACACAAGTTTTAAGAAATTTG  47
      ||||||||||   || ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||
seq2  ATTCATCCCTTAGGTGGCAAGTTCATGT-ACACAAGTTTT-AGAAA-TTG  47

seq1  AGCTTTCTGGAGTCACGA-GGGTGACTACAGCCAGGGCCCTTAGACAGTT  96
      ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||  | |||||||||
seq2  AGCTTTCTGAAGTCACGAGGGGTGACTACAG-CAGGG-TCGTAGACAGTT  95

seq1  ATTGGAAGGAGCCTTATCATGAGAAGACTTAGGCACAATCTATTAAAGGG  146
      ||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTG--AAGAG-CTTATCATGAG-AGACTTAGGCACAATCTATTAAAGGG  141

seq1  TGGAAACTTTGAGCTCCATCCCTGACCTTCAGAGAGAGAAAAGTGACTGG  196
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAC-TTGAGCTCCAT-CCTGACCTTCAGAGAGAGAAAAGTGACTGG  189

seq1  AGCCTAGAGATAGAATCACTAAGCAACACCTAGTGATGTGATCAGTCCTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGAGATAGAATCACTAAGCAACACCTAGTGATGTGATCAGTCCTG  239

seq1  CACATGCTAGGAAACTTTAAGGACTAACAGTTGGTTTCAGGGATCTTCTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCTAGGAAACTTTAAGGACTAACAGTTGGTTTCAGGGATCTTCTT  289

seq1  TGGTAGTGAACGCATCAAGTTCTGCAGAGTAGCTCACTAACAGAGCATGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTGAACGCATCAAGTTCTGCAGAGTAGCTCACTAACAGAGCATGG  339

seq1  AAGCCCCATGCTTTATCACCTATATGCACCTATATTGCTATATATTTCAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCATGCTTTATCACCTATATGCACCTATATTGCTATATATTTCAC  389

seq1  CTGTATTGCTCTATATGTCGCATGCATTTGATTGAATCAGAGTCGCAACC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTGCTCTATATGTCGCATGCATTTGATTGAATCAGAGTCGCAACC  439

seq1  TTTATAAGAAGCAAATAATTGTAAGACCCCCATTTCTCTGAATTTTGTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGAAGCAAATAATTGTAAGACCCCCATTTCTCTGAATTTTGTGA  489

seq1  GTTATCTTGTAGAACTATCAACTCTGAAGAGGTAGTTATCACAAAAGCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTTGTAGAACTATCAACTCTGAAGAGGTAGTTATCACAAAAGCCC  539

seq1  TGAGAAATGAGTTCAGATTCACAGCACTCACATAAAAAGCTGGGTATAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAATGAGTTCAGATTCACAGCACTCACATAAAAAGCTGGGTATAGC  589

seq1  AGCAGGTATCTGTAAATCTCATCAGTCAGGAGTACGGGGAATAGGAGGCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTATCTGTAAATCTCATCAGTCAGGAGTACGGGGAATAGGAGGCT  639

seq1  CTTAACATTGACTTTTGGCCCACAAACACACACACATGCACATGCATGCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACATTGACTTTTGGCCCACAAACACACACACATGCACATGCATGCA  689

seq1  AACATGCATGCACACACACACAAAGCCCTGGATTTTCAATTGCATTTCTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCATGCACACACACACAAAGCCCTGGATTTTCAATTGCATTTCTA  739

seq1  ATGCTGGTAGTCTGGTGAACTGAGTTGATAAGTTGCAAAATCTTATGTCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGTAGTCTGGTGAACTGAGTTGATAAGTTGCAAAATCTTATGTCA  789

seq1  ACACCATCCAGATAGTGTCAAATTTTAATTGAATTATAGAACACACACTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATCCAGATAGTGTCAAATTTTAATTGAATTATAGAACACACACTT  839

seq1  GACATTGAGTTGATTGGTGTGAAGAAAGAAGAATTCACACATTTGATGTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGAGTTGATTGGTGTGAAGAAAGAAGAATTCACACATTTGATGTT  889

seq1  GCAGTGGTCTGTGATTAAAACCCAGTCACAAGCAAACACCCAAGGAAGTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGTCTGTGATTAAAACCCAGTCACAAGCAAACACCCAAGGAAGTA  939

seq1  AAATTTTAGGACATTTTTGATTGTCTAGTTGATACTTGTAGACCTGGATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAGGACATTTTTGATTGTCTAGTTGATACTTGTAGACCTGGATT  989

seq1  TAAAGTTATGTTCATCCATTTAACAATGACAGACCTCAATGCAATTGTCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTATGTTCATCCATTTAACAATGACAGACCTCAATGCAATTGTCA  1039

seq1  GGATAGAGCAAGATAATTGGTTAAAAATACATTGCCAATGGACATGCTGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAGCAAGATAATTGGTTAAAAATACATTGCCAATGGACATGCTGA  1089

seq1  ATCGAAGAATTC  1108
      ||||||||||||
seq2  ATCGAAGAATTC  1101