BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303B09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,373,775 - 177,536,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs7, Fh1
Upstream geneOlfr220, Fmn2, Grem2
Downstream geneKmo, Opn3, Chml, Wdr64, Exo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303B09.bB6Ng01-303B09.g
ACCGA096972GA096973
length1,1431,135
definitionB6Ng01-303B09.b B6Ng01-303B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,373,775 - 177,374,909)(177,535,449 - 177,536,579)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatctgcctgcc
tctgcctcccgagtgctgggattaaaggcctgtgccaccactcccggctc
ctgaaaggttttaagtgtttttcctgctactttctaagtgttaatgaaat
aatttacaactacatattttcccaacacttgtaaatagtatctcttgatt
tagtgtgaaagaaaggaagggaagtagggagggagagaggaagaagctag
atcggaatttgtatcgtattgaaccaggctcaatcttaccttgctagagc
aagttcaggcctgcagaatgaccacactcggaatctcagcctcatctaat
gtcaataaggaacgtttgggactgtacacagcaaaacagaacactcattt
atagaaaggaaaaaaatcatcccagagacagctatcctaccaaaatgtca
caggcttcctcatcctcaccgtctctgctcatggaaaaagacatgtaact
tcaaggtgacatatcaccacaaggtgacatatcactgtaaggtgacatat
cactataaggtgacatatgtctgtaaggtggcatatcactataaggtgac
atatatgactatatggtaatgtattgctgtaaggtgatctatcactacaa
ggtaacagacatatcactgtaaggtgacatataaatgtaaggtaagcagc
atgcctagccattgtcctcagagagcagaaatgcagctgaaaatgtttgt
atgtgtgtaaacatgaaactaagagcaaagtgaagaaaagacaggttgat
atgctcccccaggcaattaagtaagtaaaagagcatattggatccctcct
cctcctccctcccatcttgatgctctctttactcttcttccctgccacat
gcacagtcacatactcacatgggcatatatactcacaaacacacagacat
actacatacatgtatgcatgtgtgagcatgcgcacgcaacacacacatat
acaggacaccttcattgggaacaaaaagaggtaacagtttagcttgccaa
actagacgttagttgaacttgctgcccccagccgtttccatttctaaggc
aatgtacaaaccaagtataagatggtctgtaatgcaaaaaagc

gaattctttatacttttcaagtcaagatctcactaagttgcctaggctgg
ccttgactcagaagctcaggtagtccttgaacatggaatatttatgcctc
cacctcttaagtgactaaaattgcagcctgtgcctcaactttgccttatt
ttatgcctttatttaaaaacattagatttcattctttgactaatataaaa
acagtcttaagtcatataggaaaccatgattatatttgatgagattctac
actggttttctcaaaggaaaggtgaaccctactcagtgtgaagcgatgac
catggttgcagcccaagtcatggggaatcacgttgctgttaccgttggag
gcagcaatggacattttgaactgaatgtgtttaaaccaatgatggtaagc
cttcaatttaatttttagcagtttttgattgaagaccaatagccagtgct
cttgtcttccttgaaggtttctggagcttccacggaagctagctgtgtag
taggtaatcttagtcctactggaataacctggcatatcgggagttagtct
actcagctcaagggatttggtagtctgctttttaggtggaatgaagatgt
gtggaagtaagacaggggtttctttgtcttctgctgccattgatgccagc
agctagaatcagttcaagtctgtctagcaccttccttaaagccctgtctc
ctgctcaggctgttgctttgtgccatctttcttcagatttggttgcgaaa
gcctgacccattgtcactttctcttacggtttgataactggtccagcctc
agccccttcacatacttgctctgagctctgtcatctccatcatcatttcc
tccttcttctgtctcatcatcatctttctttctcatccattctcttaggg
taccatgttgaccctttctctgtttctttagtgctttccctgtccgcagc
aagctttttttaaatttattttttgccttttgcatatggcttggaaactg
tcctccaaacttctccttttttctcatcattccaaatattggaagcaaaa
tggttgtcatcttctatgcaggttccttgagctccagttaggcaggctgg
tgtcactaataaggtcctcatcggtacagtgctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177373775_177374909
seq2: B6Ng01-303B09.b_43_1185

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGTGCCACCACTCCCGGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGTGCCACCACTCCCGGCTC  100

seq1  CTGAAAGGTTTTAAGTGTTTTTCCTGCTACTTTCTAAGTGTTAATGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGTTTTAAGTGTTTTTCCTGCTACTTTCTAAGTGTTAATGAAAT  150

seq1  AATTTACAACTACATATTTTCCCAACACTTGTAAATAGTATCTCTTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACAACTACATATTTTCCCAACACTTGTAAATAGTATCTCTTGATT  200

seq1  TAGTGTGAAAGAAAGGAAGGGAAGTAGGGAGGGAGAGAGGAAGAAGCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGAAAGAAAGGAAGGGAAGTAGGGAGGGAGAGAGGAAGAAGCTAG  250

seq1  ATCGGAATTTGTATCGTATTGAACCAGGCTCAATCTTACCTTGCTAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGAATTTGTATCGTATTGAACCAGGCTCAATCTTACCTTGCTAGAGC  300

seq1  AAGTTCAGGCCTGCAGAATGACCACACTCGGAATCTCAGCCTCATCTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAGGCCTGCAGAATGACCACACTCGGAATCTCAGCCTCATCTAAT  350

seq1  GTCAATAAGGAACGTTTGGGACTGTACACAGCAAAACAGAACACTCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATAAGGAACGTTTGGGACTGTACACAGCAAAACAGAACACTCATTT  400

seq1  ATAGAAAGGAAAAAAATCATCCCAGAGACAGCTATCCTACCAAAATGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGGAAAAAAATCATCCCAGAGACAGCTATCCTACCAAAATGTCA  450

seq1  CAGGCTTCCTCATCCTCACCGTCTCTGCTCATGGAAAAAGACATGTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTCCTCATCCTCACCGTCTCTGCTCATGGAAAAAGACATGTAACT  500

seq1  TCAAGGTGACATATCACCACAAGGTGACATATCACTGTAAGGTGACATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTGACATATCACCACAAGGTGACATATCACTGTAAGGTGACATAT  550

seq1  CACTATAAGGTGACATATGTCTGTAAGGTGGCATATCACTATAAGGTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATAAGGTGACATATGTCTGTAAGGTGGCATATCACTATAAGGTGAC  600

seq1  ATATATGACTATATGGTAATGTATTGCTGTAAGGTGATCTATCACTACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGACTATATGGTAATGTATTGCTGTAAGGTGATCTATCACTACAA  650

seq1  GGTAACAGACATATCACTGTAAGGTGACATATAAATGTAAGGTAAGCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACAGACATATCACTGTAAGGTGACATATAAATGTAAGGTAAGCAGC  700

seq1  ATGCCTAGCCATTGTCCTCAGAGAGCAGAAATGCAGCTGAAAATG-TTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGCCTAGCCATTGTCCTCAGAGAGCAGAAATGCAGCTGAAAATGTTTGT  750

seq1  ATGTGTGTAAACATGAAACTAAGAGCAAAGTGAAGAAAAGACAGGTTGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTAAACATGAAACTAAGAGCAAAGTGAAGAAAAGACAGGTTGAT  800

seq1  ATGCTCCCCCAGGCAATTAAGTAAGTAAAAGAGCATATTGGATCCCTCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCCCCAGGCAATTAAGTAAGTAAAAGAGCATATTGGATCCCTCCT  850

seq1  CCTCCTCCCTCCCATCTTGATGCTCTCTTTACTCTTCTTCCCTGCCACAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCCTCCCATCTTGATGCTCTCTTTACTCTTCTTCCCTGCCACAT  900

seq1  GCACAGTCACATACTCACATGGGCATATATACTCACAAACACACAGACAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTCACATACTCACATGGGCATATATACTCACAAACACACAGACAT  950

seq1  ACTACATACATGTATGCATGTGTGAGCATGCGCACGCAACACACACATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATACATGTATGCATGTGTGAGCATGCGCACGCAACACACACATAT  1000

seq1  ACAGGACACC-TCATTTGGAAC-AAAAGAGGTTAACAG-TTAGCTTG-CA  1045
      |||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| ||
seq2  ACAGGACACCTTCATTGGGAACAAAAAGAGG-TAACAGTTTAGCTTGCCA  1049

seq1  AACTAGACGTTAGGTG-ACTGGCTG-CCCCAG-CGTTTCC-TTTCT-AGG  1090
      ||||||||||||| || ||| |||| |||||| ||||||| ||||| |||
seq2  AACTAGACGTTAGTTGAACTTGCTGCCCCCAGCCGTTTCCATTTCTAAGG  1099

seq1  CATGTTAACAACAAAGTAATAAGATGGTCTGTAATGGAGAAAAGC  1135
      ||   ||  ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||
seq2  CAATGTACAAACCAAGT-ATAAGATGGTCTGTAATGCAAAAAAGC  1143


seq1: chr1_177535449_177536579
seq2: B6Ng01-303B09.g_69_1203 (reverse)

seq1  AGAGCACTGTACGAATGAAGGACTTAATAGTGACA-CAGCTTGGCTACCT  49
      ||||||||||||  |||| |  |||| |||||||| |||| || ||| ||
seq2  AGAGCACTGTACCGATGAGGACCTTATTAGTGACACCAGCCTGCCTAACT  50

seq1  GAAGCTC-AGGAACCTGCATAGAAGATGAC-ACCATTTTGCT--CCATAT  95
      | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||
seq2  GGAGCTCAAGGAACCTGCATAGAAGATGACAACCATTTTGCTTCCAATAT  100

seq1  TTGGAATGATGAAGGAAAAAGGAGAAGTTTGGAGGACAGTTTCCAAGCCA  145
      ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGATG-AGAAAAAAGGAGAAGTTTGGAGGACAGTTTCCAAGCCA  149

seq1  TATGCAAAAGGCAAAAAATAAATTTAAAAAAGCTTTGCTGCGGACAGGGA  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  TATGCAAAAGGCAAAAAATAAATTTAAAAAAAGCTTGCTGCGGACAGGGA  199

seq1  AAGCACTAAAGAAACAGAGAAAGGGTCAACATGGTACCCTAAGAGAATGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTAAAGAAACAGAGAAAGGGTCAACATGGTACCCTAAGAGAATGG  249

seq1  ATGAGAAAGAAAGATGATGATGAGACAGAAGAAGGAGGAAATGATGATGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAGAAAGATGATGATGAGACAGAAGAAGGAGGAAATGATGATGG  299

seq1  AGATGACAGAGCTCAGAGCAAGTATGTGAAGGGGCTGAGGCTGGACCAGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACAGAGCTCAGAGCAAGTATGTGAAGGGGCTGAGGCTGGACCAGT  349

seq1  TATCAAACCGTAAGAGAAAGTGACAATGGGTCAGGCTTTCGCAACCAAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAACCGTAAGAGAAAGTGACAATGGGTCAGGCTTTCGCAACCAAAT  399

seq1  CTGAAGAAAGATGGCACAAAGCAACAGCCTGAGCAGGAGACAGGGCTTTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAAGATGGCACAAAGCAACAGCCTGAGCAGGAGACAGGGCTTTA  449

seq1  AGGAAGGTGCTAGACAGACTTGAACTGATTCTAGCTGCTGGCATCAATGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGTGCTAGACAGACTTGAACTGATTCTAGCTGCTGGCATCAATGG  499

seq1  CAGCAGAAGACAAAGAAACCCCTGTCTTACTTCCACACATCTTCATTCCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAAGACAAAGAAACCCCTGTCTTACTTCCACACATCTTCATTCCA  549

seq1  CCTAAAAAGCAGACTACCAAATCCCTTGAGCTGAGTAGACTAACTCCCGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAAAGCAGACTACCAAATCCCTTGAGCTGAGTAGACTAACTCCCGA  599

seq1  TATGCCAGGTTATTCCAGTAGGACTAAGATTACCTACTACACAGCTAGCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCAGGTTATTCCAGTAGGACTAAGATTACCTACTACACAGCTAGCT  649

seq1  TCCGTGGAAGCTCCAGAAACCTTCAAGGAAGACAAGAGCACTGGCTATTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGGAAGCTCCAGAAACCTTCAAGGAAGACAAGAGCACTGGCTATTG  699

seq1  GTCTTCAATCAAAAACTGCTAAAAATTAAATTGAAGGCTTACCATCATTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAATCAAAAACTGCTAAAAATTAAATTGAAGGCTTACCATCATTG  749

seq1  GTTTAAACACATTCAGTTCAAAATGTCCATTGCTGCCTCCAACGGTAACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAACACATTCAGTTCAAAATGTCCATTGCTGCCTCCAACGGTAACA  799

seq1  GCAACGTGATTCCCCATGACTTGGGCTGCAACCATGGTCATCGCTTCACA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACGTGATTCCCCATGACTTGGGCTGCAACCATGGTCATCGCTTCACA  849

seq1  CTGAGTAGGGTTCACCTTTCCTTTGAGAAAACCAGTGTAGAATCTCATCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTAGGGTTCACCTTTCCTTTGAGAAAACCAGTGTAGAATCTCATCA  899

seq1  AATATAATCATGGTTTCCTATATGACTTAAGACTGTTTTTATATTAGTCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATCATGGTTTCCTATATGACTTAAGACTGTTTTTATATTAGTCA  949

seq1  AAGAATGAAATCTAATGTTTTTAAATAAAGGCATAAAATAAGGCAAAGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGAAATCTAATGTTTTTAAATAAAGGCATAAAATAAGGCAAAGTT  999

seq1  GAGGCACAGGCTGCAATTTTAGTCACTTAAGAGGTGGAGGCATAAATATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACAGGCTGCAATTTTAGTCACTTAAGAGGTGGAGGCATAAATATT  1049

seq1  CCATGTTCAAGGACTACCTGAGCTTCTGAGTCAAGGCCAGCCTAGGCAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTCAAGGACTACCTGAGCTTCTGAGTCAAGGCCAGCCTAGGCAAC  1099

seq1  TTAGTGAGATCTTGACTTGAAAAGTATAAAGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGAGATCTTGACTTGAAAAGTATAAAGAATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |