BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303J05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 126,215,466 - 126,323,396
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDpp10
Downstream geneLOC666998, Actr3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303J05.bB6Ng01-303J05.g
ACCGA097343GA097344
length1,170986
definitionB6Ng01-303J05.b B6Ng01-303J05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,322,228 - 126,323,396)(126,215,466 - 126,216,451)
sequence
gaattcagttccctttctcccctgcacattacgttgttgtgctctcaaca
agagattaaggatggctattcaaaagaccttaagtaatttttattctgat
tgagtacatgctgttatcaaataaataataatgatatcataatctaatta
ccctatccctatccattaattttaaacacgatcatattaaacccaatatt
caaattatggtagctctctttccctcccttccccctccttcacccccacc
ctgtcggacaagggtgtttactgctatcatttttcccaatatgttctagc
attaaacttggaaattattgcatttcttattagtcttgccaatgagcgat
cttcaagtccctcatagctctgcctcttctgttatacgatgataggagag
tactaccaaattggacttctgatttgacttagggagatctgagctcatct
ccttctactttaatagcaagcattttccctactgagtacctcctgaacct
atatagggtagggtaactcttagccatggaggagtttcatttttccagga
gtcacgaataagtctattcaatatattatctcttctgggcactcaaaagc
attgcttctggggctatagcatgtcacatccatctgttctctagtacaag
tgttccttcggggttgctctttactgtgaggctccagaacaacagcatat
gccagtgtagagagcactttgctaccacccttatctagttgggtttggtg
gctgattcccaggagcacactcctgtaaagatacttaggaaatctcataa
gaaggggttccctttgtacctctaaccttatctcacggaccatttcttat
ttaataagttatcatatctaaattttctgtggtttaaaccggaaatggtt
acattttatctcccatcaaatgttcatcaggggtatctaagaatgcgagg
ctctgtttattgagtcactggacaaagtagcagattcttctttttctgaa
agtctgattgttttcttcatgccaaagaattgttttatggatgataaaat
gtgtgacttgggaagggaaacatgtcacctttgtgaggtacttggagtta
gtgttagcacattgtcctgtggagggcttgacgagtacttaagaaatggt
actctggtgtgttggccata
gaattcaagtcacaagtccctgattagcaatacctataaaaatgatatgt
atgttttgaaaagttatttagagacacagagacccaagtctggtgattct
cctttagacattgaaatgattgaagaataacataggatatggctgtaaag
acctccaacatccctttaagtgctcctgcttccctaaggtaatgccaaaa
aaaaataataattccactaacttgctacttcataaaacagaagtgcattt
aattacatttctggaagctagaacctcaatatgaaggtatttatttcttc
tgaggcctcctctctccttgggctgtgagctgtgctttgtggtatctgca
tgtacttttgtttatgtatatgcctgggatcctcatttcttcatttgaaa
tggttagaagtcatacaccattaggtagaactcactctacagactcatct
tttttctttaaagtctgtatttccaaagacaggaataagttgaacttcaa
catatgagttggagagagacaggattcagaagtaacacaggacatggtat
acccccagcagttgcttttcttgaggtagaatgagctatatgatgtgtgt
agaaaagtagcaagctggctaaagttatctgggactatcatcttctgtta
ctatagagaagaagcaagaggtacaatggattatcctggggtggattaac
aagaagaagcttatcattacaccagaaatgctttagcttaataaaaagca
cagtaattttctccagtctgaaatctctgtggctttgaattccatcatga
aggccttagcctcaatcagtctcaaagatataagattgcagttcctgtcc
cacaactaattaactcttaaccttggattaactagaaatgctttagacac
tctctctttttttcacaggtaccattagtttcatgacctggtttcaaagc
aatttccttcaatgtaactcataacagacttaacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_126322228_126323396
seq2: B6Ng01-303J05.b_45_1214 (reverse)

seq1  TATGGCCAACA---CAGAGTTACCATTTTTCCTTTAGTACCTTCTTTCAA  47
      |||||||||||   ||||| ||||||||   ||| |||||  ||  ||||
seq2  TATGGCCAACACACCAGAG-TACCATTT---CTTAAGTAC--TC-GTCAA  43

seq1  GCCCTCCAACAGGGACATGTGCTAACACT-ACT-CAAGTACTTCACAAAG  95
      ||||||| |||||   ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||
seq2  GCCCTCC-ACAGGACAATGTGCTAACACTAACTCCAAGTACCTCACAAAG  92

seq1  GTGACATGTTTCCC-TCCCAAGTCACACATTTTATCATCCATTAAACAAA  144
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  GTGACATGTTTCCCTTCCCAAGTCACACATTTTATCATCCATAAAAC-AA  141

seq1  TTCTTTGGCATG-AGAAA--CATCAGACTTTCAGAAAA--GAGAATCTGC  189
      |||||||||||| |||||   |||||||||||||||||   |||||||| 
seq2  TTCTTTGGCATGAAGAAAACAATCAGACTTTCAGAAAAAGAAGAATCTG-  190

seq1  CTACTTTGTCCAGTGACTCAATAAACAGAGCCTCGCATTCTTAGATACCC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTGTCCAGTGACTCAATAAACAGAGCCTCGCATTCTTAGATACCC  240

seq1  CTGATGAACATTTGATGGGAGATAAAATGTAACCATTTCCGGTTTAAACC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAACATTTGATGGGAGATAAAATGTAACCATTTCCGGTTTAAACC  290

seq1  ACAGAAAATTTAGATATGATAACTTATTAAATAAGAAATGGTCCGTGAGA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAATTTAGATATGATAACTTATTAAATAAGAAATGGTCCGTGAGA  340

seq1  TAAGGTTAGAGGTACAAAGGGAACCCCTTCTTATGAGATTTCCTAAGTAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTAGAGGTACAAAGGGAACCCCTTCTTATGAGATTTCCTAAGTAT  390

seq1  CTTTACAGGAGTGTGCTCCTGGGAATCAGCCACCAAACCCAACTAGATAA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAGGAGTGTGCTCCTGGGAATCAGCCACCAAACCCAACTAGATAA  440

seq1  GGGTGGTAGCAAAGTGCTCTCTACACTGGCATATGCTGTTGTTCTGGAGC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTAGCAAAGTGCTCTCTACACTGGCATATGCTGTTGTTCTGGAGC  490

seq1  CTCACAGTAAAGAGCAACCCCGAAGGAACACTTGTACTAGAGAACAGATG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTAAAGAGCAACCCCGAAGGAACACTTGTACTAGAGAACAGATG  540

seq1  GATGTGACATGCTATAGCCCCAGAAGCAATGCTTTTGAGTGCCCAGAAGA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGACATGCTATAGCCCCAGAAGCAATGCTTTTGAGTGCCCAGAAGA  590

seq1  GATAATATATTGAATAGACTTATTCGTGACTCCTGGAAAAATGAAACTCC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATATATTGAATAGACTTATTCGTGACTCCTGGAAAAATGAAACTCC  640

seq1  TCCATGGCTAAGAGTTACCCTACCCTATATAGGTTCAGGAGGTACTCAGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGCTAAGAGTTACCCTACCCTATATAGGTTCAGGAGGTACTCAGT  690

seq1  AGGGAAAATGCTTGCTATTAAAGTAGAAGGAGATGAGCTCAGATCTCCCT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAATGCTTGCTATTAAAGTAGAAGGAGATGAGCTCAGATCTCCCT  740

seq1  AAGTCAAATCAGAAGTCCAATTTGGTAGTACTCTCCTATCATCGTATAAC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAATCAGAAGTCCAATTTGGTAGTACTCTCCTATCATCGTATAAC  790

seq1  AGAAGAGGCAGAGCTATGAGGGACTTGAAGATCGCTCATTGGCAAGACTA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGCAGAGCTATGAGGGACTTGAAGATCGCTCATTGGCAAGACTA  840

seq1  ATAAGAAATGCAATAATTTCCAAGTTTAATGCTAGAACATATTGGGAAAA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAATGCAATAATTTCCAAGTTTAATGCTAGAACATATTGGGAAAA  890

seq1  ATGATAGCAGTAAACACCCTTGTCCGACAGGGTGGGGGTGAAGGAGGGGG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGCAGTAAACACCCTTGTCCGACAGGGTGGGGGTGAAGGAGGGGG  940

seq1  AAGGGAGGGAAAGAGAGCTACCATAATTTGAATATTGGGTTTAATATGAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGGGAAAGAGAGCTACCATAATTTGAATATTGGGTTTAATATGAT  990

seq1  CGTGTTTAAAATTAATGGATAGGGATAGGGTAATTAGATTATGATATCAT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTTTAAAATTAATGGATAGGGATAGGGTAATTAGATTATGATATCAT  1040

seq1  TATTATTTATTTGATAACAGCATGTACTCAATCAGAATAAAAATTACTTA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTATTTGATAACAGCATGTACTCAATCAGAATAAAAATTACTTA  1090

seq1  AGGTCTTTTGAATAGCCATCCTTAATCTCTTGTTGAGAGCACAACAACGT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTTTGAATAGCCATCCTTAATCTCTTGTTGAGAGCACAACAACGT  1140

seq1  AATGTGCAGGGGAGAAAGGGAACTGAATTC  1169
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCAGGGGAGAAAGGGAACTGAATTC  1170

seq1: chr1_126215466_126216451
seq2: B6Ng01-303J05.g_71_1056

seq1  GAATTCAAGTCACAAGTCCCTGATTAGCAATACCTATAAAAATGATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCACAAGTCCCTGATTAGCAATACCTATAAAAATGATATGT  50

seq1  ATGTTTTGAAAAGTTATTTAGAGACACAGAGACCCAAGTCTGGTGATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTGAAAAGTTATTTAGAGACACAGAGACCCAAGTCTGGTGATTCT  100

seq1  CCTTTAGACATTGAAATGATTGAAGAATAACATAGGATATGGCTGTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGACATTGAAATGATTGAAGAATAACATAGGATATGGCTGTAAAG  150

seq1  ACCTCCAACATCCCTTTAAGTGCTCCTGCTTCCCTAAGGTAATGCCAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAACATCCCTTTAAGTGCTCCTGCTTCCCTAAGGTAATGCCAAAA  200

seq1  AAAAATAATAATTCCACTAACTTGCTACTTCATAAAACAGAAGTGCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAATAATTCCACTAACTTGCTACTTCATAAAACAGAAGTGCATTT  250

seq1  AATTACATTTCTGGAAGCTAGAACCTCAATATGAAGGTATTTATTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACATTTCTGGAAGCTAGAACCTCAATATGAAGGTATTTATTTCTTC  300

seq1  TGAGGCCTCCTCTCTCCTTGGGCTGTGAGCTGTGCTTTGTGGTATCTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCTCCTCTCTCCTTGGGCTGTGAGCTGTGCTTTGTGGTATCTGCA  350

seq1  TGTACTTTTGTTTATGTATATGCCTGGGATCCTCATTTCTTCATTTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTTTGTTTATGTATATGCCTGGGATCCTCATTTCTTCATTTGAAA  400

seq1  TGGTTAGAAGTCATACACCATTAGGTAGAACTCACTCTACAGACTCATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGAAGTCATACACCATTAGGTAGAACTCACTCTACAGACTCATCT  450

seq1  TTTTTCTTTAAAGTCTGTATTTCCAAAGACAGGAATAAGTTGAACTTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTAAAGTCTGTATTTCCAAAGACAGGAATAAGTTGAACTTCAA  500

seq1  CATATGAGTTGGAGAGAGACAGGATTCAGGAAGTAACACAGGACATGGTA  550
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAGTTGGAGAGAGACAGGATTCA-GAAGTAACACAGGACATGGTA  549

seq1  TACCCCCAGCAGTTGCTTTTCTTGAGGTAGAATGAGCTATATGATGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCCAGCAGTTGCTTTTCTTGAGGTAGAATGAGCTATATGATGTGTG  599

seq1  TAGAAAAGTAGCAAGCTGGCTAAAGTTATCTGGGACTATCATCTTCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAGTAGCAAGCTGGCTAAAGTTATCTGGGACTATCATCTTCTGTT  649

seq1  ACTATAGAGAAG-AGC-AGAGGTAC-ATGGA-TATCCT-GTGTGGATTAA  695
      |||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||||
seq2  ACTATAGAGAAGAAGCAAGAGGTACAATGGATTATCCTGGGGTGGATTAA  699

seq1  CAAGAAGAAGCTAATCATTACACCAGGAAATGCTTTAGCTTAATAAAAAG  745
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGAAGCTTATCATTACACCA-GAAATGCTTTAGCTTAATAAAAAG  748

seq1  CAACAGTAATTTTCT-CAGTCTGAAATCTCCTGT-GCTTTGAATTCCATC  793
      | ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  C-ACAGTAATTTTCTCCAGTCTGAAATCT-CTGTGGCTTTGAATTCCATC  796

seq1  ATGAAGGCCTTAGCTTCAATCAGTCTCA---AGATAAGA-TGCAAGTTCT  839
      |||||||||||||| |||||||||||||   | |||||| ||||  | ||
seq2  ATGAAGGCCTTAGCCTCAATCAGTCTCAAAGATATAAGATTGCAGTTCCT  846

seq1  GTCTACAAACTAATTTAAACTTTAAACCCTTTGTAGTAACTAGAAATGCT  889
      |||    ||||||||  |||| | ||||  ||| | ||||||||||||||
seq2  GTCCCACAACTAATT--AACTCTTAACC--TTGGATTAACTAGAAATGCT  892

seq1  TT-GACCATCTTCTTTTTTTTCACAGTTAACTATAGTTACTAGACTGGGT  938
      || |||  |||   |||||||||||| || |  ||||| |  |||  |||
seq2  TTAGACACTCTCTCTTTTTTTCACAGGTACCATTAGTTTCATGACCTGGT  942

seq1  TTCAAAGCAAATTTTCCTTTCATGTTAATCATTAAACAGACTTAACAT  986
      ||||||||||  |||||||  |||| | ||||  ||||||||||||||
seq2  TTCAAAGCAA--TTTCCTTCAATGTAACTCAT--AACAGACTTAACAT  986