BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304F21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 20,121,395 - 20,191,414
singlet/doubletdoublet
Overlap genePkhd1
Upstream geneTcfap2d, LOC100040413, Tcfap2b, LOC100040198, LOC226901
Downstream geneIl17a, Il17f, Mcm3, Paqr8, Efhc1, Tram2, LOC100040291
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304F21.bB6Ng01-304F21.g
ACCGA097943GA097944
length1,1561,151
definitionB6Ng01-304F21.b B6Ng01-304F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,121,395 - 20,122,568)(20,190,262 - 20,191,414)
sequence
gaattcatccacaatggctaagagatgtgttggcttgttcatgtcccacc
aactgattttgtatgaaatgtgtacagttaatcaatgctaatgttttcag
ttggccaaaaggcaaaataataatggtgatagttgttaaagcacaaatat
gcaaaattatagggctgaagagctgctaagcaggcatggttcttaattat
aacagagaatatatggtcactgttttcaaaaactctccacacagctagcc
agacctcctggttcaatccccagtggctgaaggtaaaatcccatagtcct
ggtctagaatcatgtctgaatagccttgcattgttctctcccatagatgt
ttttctctcctgctttcctcagttggagaaggtttagttccgagtaatga
ttttctttcacacttgtttttgtcttttccttcccccactttgccaaatg
gcctcatctgccagtcacaatttttgtggtccacaattctgatcactttt
aaatgaaacccatgctggctttggtaatcataatgtcatttacaatttac
cactaaacacgtttattcagttagtagcacacgggagaaagagaactcca
tatgaactcaccgtgaaagacataatctgattatttcctcatgaaaatcc
aggcaggggtgcttgtaagaggggcttgagagaagatggaaagaaggcaa
ggcctggccacagctgactttgataatcaatgtgaacagataactgatac
agcctgtcagggcaaccacccagtcaccccagggcattcttctcaaaaag
gcaagagtggacaggtcataatgattgctgagtgaccagtgagcattggt
ttggtgtatgctattgcattcagggcagacatgcacagtgacaaggtcca
gaagctccactttaagtgcgggaaatttgattaagcaggttgtatttgtg
tatgcacatgggcacataagcacttgctctatgtgcctttcacttctaaa
tatcctggacataaagcacactcctctcatctctctagtctagaggtcat
agacccagcccaggaaagggggagaggtattatgtgtgtcaagcagaaga
actctgtgtgttatgtggtggttaactcggttgcttcaaggttacaaata
taactt

gaattcactggtgtatcagctggatcctgggtaatatcttctactgtgca
tcaaagttgcagtgtgggcatccatgcatcttccagccatggcgtgattt
taactgataatgtagtgtttggcacaaatggccatggcatcgatgtggag
ggtcagaactattctctcaccaataaccttgtcattctgacaatgcagtc
agcaaactcatctccttgggtggcaggaatcaaagtgaactatgcagagg
acatcattctccatggcaatgtggtggcaggatctgagagacttggcttt
catgtcggtggtcatgggtgctcctctgaagtgctttggtctgataatgt
ggtccactcaagcctccatggccttcacctctacaagaaacatgaatcca
ataactgtactggtgtctctggatttatggcttttaagaactttgactat
ggtgccatggttcagacagagaatagtgtggacatacagaatatcactct
ggtagacaatactgttggtcttttggctatcacatatgtatcttctgctc
tcctgagctctgtcagtactgtacagattacacttaggaattcagtcatt
gtggccactagctcctcttttgactgcatccacgacagaaaggctcctca
gtcagccaactggacatcaacagatagagcaccttccaatcccagaggag
gccgaatcggtattctgtggcctgtttctgcctcagaaccaaatgcatgg
ccccaggagccatggcacaaagtaaggagccgtcattcagtcccaggaat
tatgaagcttcaaggtaggattcttgactttgccctaaatatatggatcc
atccacccaacacacaatgttcagtagtattctgaaaccatacagctaga
agtcctgtctggtctactgcttgcttgtctagctgggatcctactattca
tgaattacaattgtgtattaaagacagtgagtgatttcttacagaagtta
ctgtttctacttgctgggactgtcttcattataactatttaactctataa
ttactcctaatagcaaatgcctttctgctatcaatacaagtaactgaatg
cagaattgtatcaaaagctgccaagtggctttaagtttggtgcctataaa
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_20121395_20122568
seq2: B6Ng01-304F21.b_49_1204

seq1  GAATTCATCCACAATGGCTAAGAGATGTGTTGGCTTGTTCATGTCCCACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCACAATGGCTAAGAGATGTGTTGGCTTGTTCATGTCCCACC  50

seq1  AACTGATTTTGTATGAAATGTGTACAGTTAATCAATGCTAATGTTTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATTTTGTATGAAATGTGTACAGTTAATCAATGCTAATGTTTTCAG  100

seq1  TTGGCCAAAAGGCAAAATAATAATGGTGATAGTTGTTAAAGCACAAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAAAAGGCAAAATAATAATGGTGATAGTTGTTAAAGCACAAATAT  150

seq1  GCAAAATTATAGGGCTGAAGAGCTGCTAAGCAGGCATGGTTCTTAATTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTATAGGGCTGAAGAGCTGCTAAGCAGGCATGGTTCTTAATTAT  200

seq1  AACAGAGAATATATGGTCACTGTTTTCAAAAACTCTCCACACAGCTAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGAATATATGGTCACTGTTTTCAAAAACTCTCCACACAGCTAGCC  250

seq1  AGACCTCCTGGTTCAATCCCCAGTGGCTGAAGGTAAAATCCCATAGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCCTGGTTCAATCCCCAGTGGCTGAAGGTAAAATCCCATAGTCCT  300

seq1  GGTCTAGAATCATGTCTGAATAGCCTTGCATTGTTCTCTCCCATAGATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGAATCATGTCTGAATAGCCTTGCATTGTTCTCTCCCATAGATGT  350

seq1  TTTTCTCTCCTGCTTTCCTCAGTTGGAGAAGGTTTAGTTCCGAGTAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTCCTGCTTTCCTCAGTTGGAGAAGGTTTAGTTCCGAGTAATGA  400

seq1  TTTTCTTTCACACTTGTTTTTGTCTTTTCCTTCCCCCACTTTGCCAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCACACTTGTTTTTGTCTTTTCCTTCCCCCACTTTGCCAAATG  450

seq1  GCCTCATCTGCCAGTCACAATTTTTGTGGTCCACAATTCTGATCACTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATCTGCCAGTCACAATTTTTGTGGTCCACAATTCTGATCACTTTT  500

seq1  AAATGAAACCCATGCTGGCTTTGGTAATCATAATGTCATTTACAATTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAACCCATGCTGGCTTTGGTAATCATAATGTCATTTACAATTTAC  550

seq1  CACTAAACACGTTTATTCAGTTAGTAGCACACGGGAGAAAGAGAACTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAACACGTTTATTCAGTTAGTAGCACACGGGAGAAAGAGAACTCCA  600

seq1  TATGAACTCACCGTGAAAGACATAATCTGATTATTTCCTCATGAAAATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACTCACCGTGAAAGACATAATCTGATTATTTCCTCATGAAAATCC  650

seq1  AGGCAGGGGTGCTTGTAAGAGGGGCTTGAGAGAAGATGGAAAGAAGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGGTGCTTGTAAGAGGGGCTTGAGAGAAGATGGAAAGAAGGCAA  700

seq1  GGCCTGGCCACAGCTGACTTTGATAATCAATGTGAACAGATAACTGATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGCCACAGCTGACTTTGATAATCAATGTGAACAGATAACTGATAC  750

seq1  AGCCTGTCAGGGCAACCACCCAGTCACCCCAGGGCATTCTTCTCAAAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTCAGGGCAACCACCCAGTCACCCCAGGGCATTCTTCTCAAAAAG  800

seq1  GCAAGAGTGGACAGGTCATAATGATTGCTGAGTGACCAGTGAGCATTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGTGGACAGGTCATAATGATTGCTGAGTGACCAGTGAGCATTGGT  850

seq1  TTGGTGTATGCTATTGCATTCAGGGCAGACATGCACAGTGACAAGGTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTATGCTATTGCATTCAGGGCAGACATGCACAGTGACAAGGTCCA  900

seq1  GAAGCTCCACTTTAAGTGCGGGAAATTTGATTAAGCAGGTTGTATTTGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCACTTTAAGTGCGGGAAATTTGATTAAGCAGGTTGTATTTGTG  950

seq1  TATGCACATGGGCACATAAGCACTTGCTCTATGTGCCTTTCACCTTCCTA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   
seq2  TATGCACATGGGCACATAAGCACTTGCTCTATGTGCCTTTCA-CTTC--T  997

seq1  AAATATCCTGGACATAAAGCACACT-CTCTCATCCTCTCCTTAGTCTAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||
seq2  AAATATCCTGGACATAAAGCACACTCCTCTCAT-CTCTC--TAGTCTAGA  1044

seq1  GGCCATAGACCCAAGCCCAGGAAAGGGGGAGAGGTAATTATGTGTGGTTA  1099
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
seq2  GGTCATAGACCC-AGCCCAGGAAAGGGGGAGAGGT-ATTATGTGTG---T  1089

seq1  AAAGCAGAAAGAACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACTCGGGTTGCTT  1149
       |||||| ||||||||||||||| | ||||   ||  |||| ||||||||
seq2  CAAGCAG-AAGAACTCTGTGTGT-TATGTGGTGGTTAACTC-GGTTGCTT  1136

seq1  CCAGGGTTCTAACAAATATTAACTT  1174
      | |||    | ||||||| ||||||
seq2  CAAGG----TTACAAATA-TAACTT  1156


seq1: chr1_20190262_20191414
seq2: B6Ng01-304F21.g_66_1216 (reverse)

seq1  CTTTATA-GCACCAACTATAAAGCCACTT-GCAGC-TCTGATACAATTTC  47
      ||||||| |||||||   ||||||||||| ||||| | |||||||| |||
seq2  CTTTATAGGCACCAAACTTAAAGCCACTTGGCAGCTTTTGATACAA-TTC  49

seq1  TGCATCTCAGTTAC-TGTATTGGATAGCAGGAAAAGCAATTGCTATTAAG  96
      ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||| ||| |||||||| ||
seq2  TGCAT-TCAGTTACTTGTATT-GATAGCA-GAAAGGCATTTGCTATT-AG  95

seq1  GAGTAATTATAGAGTTAAATAGTTATAATGAAGACAGT-CCAGCAAGTAG  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAGTAATTATAGAGTTAAATAGTTATAATGAAGACAGTCCCAGCAAGTAG  145

seq1  AAACAGTAACTTCTGTAAGAAATCACTCACTGTCTTTAATACACAATTGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTAACTTCTGTAAGAAATCACTCACTGTCTTTAATACACAATTGT  195

seq1  AATTCATGAATAGTAGGATCCCAGCTAGACAAGCAAGCAGTAGACCAGAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGAATAGTAGGATCCCAGCTAGACAAGCAAGCAGTAGACCAGAC  245

seq1  AGGACCTTCTAGCTGTATGGTTTCAGAATACTACTGAACATTGTGTGTTT  295
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGA-CTTCTAGCTGTATGGTTTCAGAATACTACTGAACATTGTGTG-TT  293

seq1  GGGTGGATGGATCCATATATTTAGGGCAAAGTCAAGAATCCTACCTTGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGATGGATCCATATATTTAGGGCAAAGTCAAGAATCCTACCTTGAA  343

seq1  GCTTCATAATTCCTGGGACTGAATGACGGCTCCTTACTTTGTGCCATGGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATAATTCCTGGGACTGAATGACGGCTCCTTACTTTGTGCCATGGC  393

seq1  TCCTGGGGCCATGCATTTGGTTCTGAGGCAGAAACAGGCCACAGAATACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGCCATGCATTTGGTTCTGAGGCAGAAACAGGCCACAGAATACC  443

seq1  GATTCGGCCTCCTCTGGGATTGGAAGGTGCTCTATCTGTTGATGTCCAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGGCCTCCTCTGGGATTGGAAGGTGCTCTATCTGTTGATGTCCAGT  493

seq1  TGGCTGACTGAGGAGCCTTTCTGTCGTGGATGCAGTCAAAAGAGGAGCTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGACTGAGGAGCCTTTCTGTCGTGGATGCAGTCAAAAGAGGAGCTA  543

seq1  GTGGCCACAATGACTGAATTCCTAAGTGTAATCTGTACAGTACTGACAGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCACAATGACTGAATTCCTAAGTGTAATCTGTACAGTACTGACAGA  593

seq1  GCTCAGGAGAGCAGAAGATACATATGTGATAGCCAAAAGACCAACAGTAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGAGAGCAGAAGATACATATGTGATAGCCAAAAGACCAACAGTAT  643

seq1  TGTCTACCAGAGTGATATTCTGTATGTCCACACTATTCTCTGTCTGAACC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACCAGAGTGATATTCTGTATGTCCACACTATTCTCTGTCTGAACC  693

seq1  ATGGCACCATAGTCAAAGTTCTTAAAAGCCATAAATCCAGAGACACCAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACCATAGTCAAAGTTCTTAAAAGCCATAAATCCAGAGACACCAGT  743

seq1  ACAGTTATTGGATTCATGTTTCTTGTAGAGGTGAAGGCCATGGAGGCTTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTATTGGATTCATGTTTCTTGTAGAGGTGAAGGCCATGGAGGCTTG  793

seq1  AGTGGACCACATTATCAGACCAAAGCACTTCAGAGGAGCACCCATGACCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACCACATTATCAGACCAAAGCACTTCAGAGGAGCACCCATGACCA  843

seq1  CCGACATGAAAGCCAAGTCTCTCAGATCCTGCCACCACATTGCCATGGAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACATGAAAGCCAAGTCTCTCAGATCCTGCCACCACATTGCCATGGAG  893

seq1  AATGATGTCCTCTGCATAGTTCACTTTGATTCCTGCCACCCAAGGAGATG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGTCCTCTGCATAGTTCACTTTGATTCCTGCCACCCAAGGAGATG  943

seq1  AGTTTGCTGACTGCATTGTCAGAATGACAAGGTTATTGGTGAGAGAATAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCTGACTGCATTGTCAGAATGACAAGGTTATTGGTGAGAGAATAG  993

seq1  TTCTGACCCTCCACATCGATGCCATGGCCATTTGTGCCAAACACTACATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCCTCCACATCGATGCCATGGCCATTTGTGCCAAACACTACATT  1043

seq1  ATCAGTTAAAATCACGCCATGGCTGGAAGATGCATGGATGCCCACACTGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTAAAATCACGCCATGGCTGGAAGATGCATGGATGCCCACACTGC  1093

seq1  AACTTTGATGCACAGTAGAAGATATTACCCAGGATCCAGCTGATACACCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGATGCACAGTAGAAGATATTACCCAGGATCCAGCTGATACACCA  1143

seq1  GTGAATTC  1153
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |