BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304G18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,481,138 - 77,594,375
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha4, LOC100039330
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps
Downstream genePax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb, Mogat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304G18.bB6Ng01-304G18.g
ACCGA097983GA097984
length3011,064
definitionB6Ng01-304G18.b B6Ng01-304G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,594,075 - 77,594,375)(77,481,138 - 77,482,202)
sequence
cactgaatctgacagaaagggccagttttgatcacagacctattaagggc
atcatagggacagactcctttgagctcctactggctttgagagtgaccac
taaaaaaaagaaaaagaaaaaaaaaacttacattaagcaaattaattatg
cggtatttgcctatttaaaattggaagctaaggagttaatagagtgacaa
gattgggtgacagctcagtgacaatgaggaggttttagcatgtctgctag
cctgattgattgagtggggtttttttgttgttgttgtttttggtttgggg
g

gaattccaatctagtgacatgacaaaaggtgtatatcatatccgaatgta
aaaagtgtgaaaatcaattgaattatttatcaatgacattcaataaaggt
aagcagtatattctgggtaatgtcatttctccggaatacatcactgccct
atgagcttgtattaattactagagttttttttatcctaactgcagtgatc
agttagatttgctgaagaaagatgaaaaccaagagtcctccctcttatcc
ctttaagagagagcaattggacagaatccatgtaattttagatggttttt
ccctttcttggcaatggactaaacctgtaagtttacatttggcagataaa
ataaatgctggatgtcaaagttagtctttgatctgataaataaacccaca
gaaaattcagcctcaattacacttcaaatttattaacattcagtattgta
gcaagagggtaacacatgcaggttatgtgccatgcccttgaatatgctac
aaaagccaagcagacgcctgcctacaaataaacacaaccacactgacatc
tccccgctttcccttcctcattcacccatctgtgtatcgcagtgattgct
cgggagttcttggactctgtgtactgcagctttaatcaccccagtagatg
caaagacaagtaagagtcagataccccagaagagagtagactcagtctac
agtgcaggctcatcactggacaagaatgtccagctgaaggggaaagagat
ctaactgggagcctaatttctcagaaagggtgcagagtcacagcagcccg
gaagtggtggtagatcagtaagagctgatgggtactgaatgattgctatc
tcaggcagaccgcagttactccacacactgacttaggttctctccacact
agtctgatggagtctctgctgttcccctatgagtaaactaagcacaggga
aattctctgacttgcctgaactctgccagctaataaaatggaggtgcact
actctctaagtaatactgtgggtcctgagaagttgacataaaacgtatga
gaaattagtgacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_77594075_77594375
seq2: B6Ng01-304G18.b_52_352 (reverse)

seq1  CCCCCAAACCAAAAACAACAACAACAAAAAAACCCCACTCAATCAATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAAACCAAAAACAACAACAACAAAAAAACCCCACTCAATCAATCAG  50

seq1  GCTAGCAGACATGCTAAAACCTCCTCATTGTCACTGAGCTGTCACCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCAGACATGCTAAAACCTCCTCATTGTCACTGAGCTGTCACCCAAT  100

seq1  CTTGTCACTCTATTAACTCCTTAGCTTCCAATTTTAAATAGGCAAATACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCACTCTATTAACTCCTTAGCTTCCAATTTTAAATAGGCAAATACC  150

seq1  GCATAATTAATTTGCTTAATGTAAGTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATTAATTTGCTTAATGTAAGTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTT  200

seq1  AGTGGTCACTCTCAAAGCCAGTAGGAGCTCAAAGGAGTCTGTCCCTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTCACTCTCAAAGCCAGTAGGAGCTCAAAGGAGTCTGTCCCTATGA  250

seq1  TGCCCTTAATAGGTCTGTGATCAAAACTGGCCCTTTCTGTCAGATTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTAATAGGTCTGTGATCAAAACTGGCCCTTTCTGTCAGATTCAGT  300

seq1  G  301
      |
seq2  G  301


seq1: chr1_77481138_77482202
seq2: B6Ng01-304G18.g_67_1130

seq1  GAATTCCAATCTAGTGACATGACAAAAGGTGTATATCATATCCGAATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCTAGTGACATGACAAAAGGTGTATATCATATCCGAATGTA  50

seq1  AAAAGTGTGAAAATCAATTGAATTATTTATCAATGACATTCAATAAAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGTGAAAATCAATTGAATTATTTATCAATGACATTCAATAAAGGT  100

seq1  AAGCAGTATATTCTGGGTAATGTCATTTCTCCGGAATACATCACTGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTATATTCTGGGTAATGTCATTTCTCCGGAATACATCACTGCCCT  150

seq1  ATGAGCTTGTATTAATTACTAGAGTTTTTTTTATCCTAACTGCAGTGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTTGTATTAATTACTAGAGTTTTTTTTATCCTAACTGCAGTGATC  200

seq1  AGTTAGATTTGCTGAAGAAAGATGAAAACCAAGAGTCCTCCCTCTTATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATTTGCTGAAGAAAGATGAAAACCAAGAGTCCTCCCTCTTATCC  250

seq1  CTTTAAGAGAGAGCAATTGGACAGAATCCATGTAATTTTAGATGGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGAGAGAGCAATTGGACAGAATCCATGTAATTTTAGATGGTTTTT  300

seq1  CCCTTTCTTGGCAATGGACTAAACCTGTAAGTTTACATTTGGCAGATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTGGCAATGGACTAAACCTGTAAGTTTACATTTGGCAGATAAA  350

seq1  ATAAATGCTGGATGTCAAAGTTAGTCTTTGATCTGATAAATAAACCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGCTGGATGTCAAAGTTAGTCTTTGATCTGATAAATAAACCCACA  400

seq1  GAAAATTCAGCCTCAATTACACTTCAAATTTATTAACATTCAGTATTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCAGCCTCAATTACACTTCAAATTTATTAACATTCAGTATTGTA  450

seq1  GCAAGAGGGTAACACATGCAGGTTATGTGCCATGCCCTTGAATATGCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGGGTAACACATGCAGGTTATGTGCCATGCCCTTGAATATGCTAC  500

seq1  AAAAGCCAAGCAGACGCCTGCCTACAAATAAACACAACCACACTGACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCAAGCAGACGCCTGCCTACAAATAAACACAACCACACTGACATC  550

seq1  TCCCCGCTTTCCCTTCCTCATTCACCCATCTGTGTATCGCAGTGATTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCGCTTTCCCTTCCTCATTCACCCATCTGTGTATCGCAGTGATTGCT  600

seq1  CGGGAGTTCTTGGACTCTGTGTACTGCAGCTTTAATCACCCCAGTAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGTTCTTGGACTCTGTGTACTGCAGCTTTAATCACCCCAGTAGATG  650

seq1  CAAAGACAAGTAAGAGTCAGATACCCCAGAAGAGAGTAGACTCAGTCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACAAGTAAGAGTCAGATACCCCAGAAGAGAGTAGACTCAGTCTAC  700

seq1  AGTGCAGGCTCATCACTGGACAAGAATGTCCAGCTGAAGGGGAAAGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGGCTCATCACTGGACAAGAATGTCCAGCTGAAGGGGAAAGAGAT  750

seq1  CTAACTGGGAGCCTAATTTCTCAG-AAGGGTGCAGAGTCACAGCAGCCCG  799
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGGGAGCCTAATTTCTCAGAAAGGGTGCAGAGTCACAGCAGCCCG  800

seq1  GAAGTGGTGGTAGATCAGTAAGAGCTGATGGGTACTGAATGATTGCTATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGTGGTAGATCAGTAAGAGCTGATGGGTACTGAATGATTGCTATC  850

seq1  TCAGGCAGACCGCAGTTACTCCACACACTGACTTAGGTTCTCTCCACACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAGACCGCAGTTACTCCACACACTGACTTAGGTTCTCTCCACACT  900

seq1  AGTCTGATGGAGTCTCTGCTGTTCCCCTATGAGTAAACTAAGCACAGGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGATGGAGTCTCTGCTGTTCCCCTATGAGTAAACTAAGCACAGGGA  950

seq1  AATTCTCTGACTTGCCTGAACTCTGCCAGCTAAT-AAATGGA-GTGCACT  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| 
seq2  AATTCTCTGACTTGCCTGAACTCTGCCAGCTAATAAAATGGAGGTGCAC-  999

seq1  TACTCTCTAAGTAATACTGTGGGTCCTGAGAAG-TGACATAAAACGTTAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TACTCTCTAAGTAATACTGTGGGTCCTGAGAAGTTGACATAAAACG-TAT  1048

seq1  GAGGAAATTTAGGTGACAT  1065
      || ||||||   |||||||
seq2  GA-GAAATT--AGTGACAT  1064


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |