BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304K06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 142,316,916 - 142,454,458
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnt2
Upstream geneZbtb41, Aspm, F13b, Cfhr1, EG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367, Cfh
Downstream geneEG226472
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304K06.bB6Ng01-304K06.g
ACCGA098147GA098148
length1,120895
definitionB6Ng01-304K06.b B6Ng01-304K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,316,916 - 142,318,058)(142,453,563 - 142,454,458)
sequence
gaattcattatttgataatttcatacacatactttgcattataattactg
ttctcttcttcctcacatcattattatcctgtatatcttctttccacatt
cacatgttttttattttgttttgttttgttttgaggcacactgagctgag
tcttgttcttctgtgttattatgggttcacaattatccactggatactgg
ctttctgataagtgggtatacaaccaagtacaatgtctttcctggactcc
atcagtagacactaactcagcaaggatgtacaggacatcttaattccata
tctttgtaacaaatgatagaatattaacacacctagtcctgtgtaggccc
attgcagacatgcatactcttccaacattgtcatacaaagacaagatggc
taggcttggtgtttcatggtgttaatctagggctcaactcatggcttaca
atacagtaacctaacttctctatttggtgatcaaggatttcagaaaacag
ctgataaagtttcttaaagcctagtataccacaaatctgtgaaagattgt
taaacagtccaactggccattttaaaccagatgtcaaaattatgtacaat
ctaccttttaataaaatgatattaccatgggtgagttacatttaaaaatg
tgcaaactggccaggcagtggtagtgcatgcctttaatcccagcactcag
aaggcataaccaggaggatttctgagttcaaggccagcctcgtctacaga
gtgagttccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtcttgaaaat
aaaacaataaaaacaaacaaacaaacaaacaaacagctggagagatggct
cagagtttaagagcaccaactgctcttgcagagatcctgagttcaattcc
cagcaaccacatggtggctcacacccatctgtaatgagatctgacaccct
cttctgggtctgagaaagcacagtgtacttacatatatataataaatctt
aaaaaaagaaaaaaaaataacaaagaaaaagtacaacctgatgctagatg
tacatggtgatattttgtactaatctagataacaatgttgcttaaggaaa
tgattattgtcatcagatca

gaattcatttgaaacatttcacaagaaaagaataaatagggtttttaaaa
ctacacgaaactatactagtgaatccaacccagtattggcattcagtacc
acaattcaattttgcaattatatttcctgaatttttaatgaaaactattt
aagttatttgtctgtacagaaaggtgcaaagttaaataatattgtcttag
gagttttatacatgtgttacctatcatatgataattcctaagtgttttgt
ttatttttaaagctggcaatttttggcaaggcattttgtgcatccacagt
ggttgactaaaaataatctattccctttaacttaacttaatttaatttaa
tttaatttaatttgagtactatttaagatgatgtaaaaaaatattcctat
tgctttcacataatgaacacagaattttaacatttttcctagagctccca
cacagttcatccttagttattagtaagattcttcccgcattctttggctt
gccaataactacagaagtttgtatgtgactctttccattatgatatcaat
tctctgctgtttcttcttgtgtgggaagactattgtccttcgttgtgttt
attaaaggacagtctggtgatgtagaggttagtctcttactttattgtac
attgttcctatcaatccagacctaacactcggcatctcacatcactgtgt
aagtaaaatgattgtaaagtctgactattttatcattggtgactggccat
ggtaaaggaaacagttgtgaagaaagttgttcatacatcacatgaataaa
tgaggtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtctgtgtctgtgttgtatgtg
tgtgtctatatgtagtttgtatatctgggattggtatgtgagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_142316916_142318058
seq2: B6Ng01-304K06.b_43_1162

seq1  GAATTCATTATTTGATAATTTCATACACATACTTTGCATTATAATTACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATTTGATAATTTCATACACATACTTTGCATTATAATTACTG  50

seq1  TTCTCTTCTTCCTCACATCATTATTATCCTGTATATCTTCTTTCCACATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCTTCCTCACATCATTATTATCCTGTATATCTTCTTTCCACATT  100

seq1  CACATGTTTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGGCACACTGAGCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTTTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGGCACACTGAGCTGAG  150

seq1  TCTTGTTCTTCTGTGTTATTATGGGTTCACAATTATCCACTGGATACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTCTTCTGTGTTATTATGGGTTCACAATTATCCACTGGATACTGG  200

seq1  CTTTCTGATAAGTGGGTATACAACCAAGTACAATGTCTTTCCTGGACTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGATAAGTGGGTATACAACCAAGTACAATGTCTTTCCTGGACTCC  250

seq1  ATCAGTAGACACTAACTCAGCAAGGATGTACAGGACATCTTAATTCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTAGACACTAACTCAGCAAGGATGTACAGGACATCTTAATTCCATA  300

seq1  TCTTTGTAACAAATGATAGAATATTAACACACCTAGTCCTGTGTAGGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTAACAAATGATAGAATATTAACACACCTAGTCCTGTGTAGGCCC  350

seq1  ATTGCAGACATGCATACTCTTCCAACATTGTCATACAAAGACAAGATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGACATGCATACTCTTCCAACATTGTCATACAAAGACAAGATGGC  400

seq1  TAGGCTTGGTGTTTCATGGTGTTAATCTAGGGCTCAACTCATGGCTTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTGGTGTTTCATGGTGTTAATCTAGGGCTCAACTCATGGCTTACA  450

seq1  ATACAGTAACCTAACTTCTCTATTTGGTGATCAAGGATTTCAGAAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTAACCTAACTTCTCTATTTGGTGATCAAGGATTTCAGAAAACAG  500

seq1  CTGATAAAGTTTCTTAAAGCCTAGTATACCACAAATCTGTGAAAGATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAAGTTTCTTAAAGCCTAGTATACCACAAATCTGTGAAAGATTGT  550

seq1  TAAACAGTCCAACTGGCCATTTTAAACCAGATGTCAAAATTATGTACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGTCCAACTGGCCATTTTAAACCAGATGTCAAAATTATGTACAAT  600

seq1  CTACCTTTTAATAAAATGATATTACCATGGGTGAGTTACATTTAAAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTTTAATAAAATGATATTACCATGGGTGAGTTACATTTAAAAATG  650

seq1  TGCAAACTGGCCAGGCAGTGGTAGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACTGGCCAGGCAGTGGTAGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTCAG  700

seq1  AAGGCATAACCAGGAGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTCGTCTACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATAACCAGGAGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTCGTCTACAGA  750

seq1  GTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAA-  799

seq1  TAAAAACAATAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAGGCTGGAGAGAT  850
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  -TAAAACAATAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACA--GCTGGAGAGAT  846

seq1  GGCTCAGAGTTTAAGAGCACCAACTGCTCTTGCAGAGATCCTGAGTTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGAGTTTAAGAGCACCAACTGCTCTTGCAGAGATCCTGAGTTCAA  896

seq1  TTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACACCCATCTGTAATGAGATCTGACA  946

seq1  CCCTCTTCTGGGTCTGAAGAAAGCAACAGTGTACTTACATATATAATAAA  1000
      |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||   ||
seq2  CCCTCTTCTGGGTCTG-AGAAAGC-ACAGTGTACTTACATATATA--TAA  992

seq1  TAAATCTTAAAAAAAAGAAAAAAAAATAAACAAAGAAAAAAAGTACAAAC  1050
      |||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |
seq2  TAAATCTT-AAAAAAAGAAAAAAAAAT-AACAAAG--AAAAAGTACAACC  1038

seq1  TGAATGCTAAGATGTACAATGGGTGATATTTTGTAATTTATCTTAGATAA  1100
      || ||||| |||||||||   ||||||||||||| | | ||| |||||||
seq2  TG-ATGCT-AGATGTACA--TGGTGATATTTTGT-ACTAATC-TAGATAA  1082

seq1  CAAATGTTTGCCTTAGGAAATGATTATTTGTCATCAAAGATCA  1143
      | |||| |||| | |||||||||||| ||||||||  ||||||
seq2  C-AATG-TTGCTTAAGGAAATGATTA-TTGTCATC--AGATCA  1120


seq1: chr1_142453563_142454458
seq2: B6Ng01-304K06.g_65_959 (reverse)

seq1  AAACTCACATACCATTCACAGATATACAAACTACATATAGACACACACAT  50
      |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCACATACCAATCCCAGATATACAAACTACATATAGACACACACAT  50

seq1  ACAAACACAGACACAGACACACACACACAAACACACACACACCTCATTTA  100
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AACACAGACACAGACACACACACACAAACACACACACACCTCATTTA  99

seq1  TTCATGTGATGTATGAACAACTTTCTTCACAACTGTTTCCTTTACCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGATGTATGAACAACTTTCTTCACAACTGTTTCCTTTACCATGG  149

seq1  CCAGTCACCAATGATAAAATAGTCAGACTTTACAATCATTTTACTTACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCACCAATGATAAAATAGTCAGACTTTACAATCATTTTACTTACAC  199

seq1  AGTGATGTGAGATGCCGAGTGTTAGGTCTGGATTGATAGGAACAATGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGTGAGATGCCGAGTGTTAGGTCTGGATTGATAGGAACAATGTAC  249

seq1  AATAAAGTAAGAGACTAACCTCTACATCACCAGACTGTCCTTTAATAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTAAGAGACTAACCTCTACATCACCAGACTGTCCTTTAATAAAC  299

seq1  ACAACGAAGGACAATAGTCTTCCCACACAAGAAGAAACAGCAGAGAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACGAAGGACAATAGTCTTCCCACACAAGAAGAAACAGCAGAGAATTG  349

seq1  ATATCATAATGGAAAGAGTCACATACAAACTTCTGTAGTTATTGGCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATAATGGAAAGAGTCACATACAAACTTCTGTAGTTATTGGCAAGC  399

seq1  CAAAGAATGCGGGAAGAATCTTACTAATAACTAAGGATGAACTGTGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAATGCGGGAAGAATCTTACTAATAACTAAGGATGAACTGTGTGGG  449

seq1  AGCTCTAGGAAAAATGTTAAAATTCTGTGTTCATTATGTGAAAGCAATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGGAAAAATGTTAAAATTCTGTGTTCATTATGTGAAAGCAATAG  499

seq1  GAATATTTTTTTACATCATCTTAAATAGTACTCAAATTAAATTAAATTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTTTTTACATCATCTTAAATAGTACTCAAATTAAATTAAATTAA  549

seq1  ATTAAATTAAGTTAAGTTAAAGGGAATAGATTATTTTTAGTCAACCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATTAAGTTAAGTTAAAGGGAATAGATTATTTTTAGTCAACCACTG  599

seq1  TGGATGCACAAAATGCCTTGCCAAAAATTGCCAGCTTTAAAAATAAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCACAAAATGCCTTGCCAAAAATTGCCAGCTTTAAAAATAAACAA  649

seq1  AACACTTAGGAATTATCATATGATAGGTAACACATGTATAAAACTCCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTAGGAATTATCATATGATAGGTAACACATGTATAAAACTCCTAA  699

seq1  GACAATATTATTTAACTTTGCACCTTTCTGTACAGACAAATAACTTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATATTATTTAACTTTGCACCTTTCTGTACAGACAAATAACTTAAAT  749

seq1  AGTTTTCATTAAAAATTCAGGAAATATAATTGCAAAATTGAATTGTGGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCATTAAAAATTCAGGAAATATAATTGCAAAATTGAATTGTGGTA  799

seq1  CTGAATGCCAATACTGGGTTGGATTCACTAGTATAGTTTCGTGTAGTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGCCAATACTGGGTTGGATTCACTAGTATAGTTTCGTGTAGTTTT  849

seq1  AAAAACCCTATTTATTCTTTTCTTGTGAAATGTTTCAAATGAATTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCTATTTATTCTTTTCTTGTGAAATGTTTCAAATGAATTC  895


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |