BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304K20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 97,060,561 - 97,192,469
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383603
Upstream geneLOC666012, LOC666025, LOC100040685
Downstream geneTmem157, LOC100041686, Rnu7-ps2, St8sia4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304K20.bB6Ng01-304K20.g
ACCGA098171GA098172
length1,101933
definitionB6Ng01-304K20.b B6Ng01-304K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,191,364 - 97,192,469)(97,060,561 - 97,061,489)
sequence
gaattcactaccatttaatactgaataggaaaattacaattattaatatt
cataggaaatttttaggaaatgtttgcaaaatatgccatgtttagataaa
atttttatttctccattatcaatcttacacaattctacagtgtctaattt
gtattttattttaaataaaaatgtgtctgtgtgtttgtgattaattcagt
cataatgaattctcaccttactctctgctattaaaatttaactaaatgtc
cacatataaataacatgataaattcatcctacaagataaggaatgttgtt
tatagaaattattttgttgacagaagatatgttgttaattttaattttct
cttatactcagactcaaaggcagaaaaatcactcattgattctattcttt
gggaataaaacatctctcagttgagttctaagtcctgttagctggtacac
tggatgttgccaatataatggagatctctcatctcaatcatgtcattaaa
atatcattcacagatatagagatactcctattaaattactgtataaaatt
tagaaaataaagtcatgttaagaagctatttagattttggtgttggaaga
acattgttatttcagttccaattctagtctgatagatgggatagcaaacc
agtccgtaatttggccctacaaacctcttccatttgagatcaatcagctg
tcattagtggagcttctcattgtagaaagaggtggttaattcagacataa
ttcaccaaaatgccaaaaataagtggtggttaagttctctcctttaaaga
gagctatttaaccctataaggctcaagtcgccacaggagtagtgactaaa
agaaagtcagagtcacaggaagcgaagcataaaactgtcttcttaacata
agccattggactccaacatactgtaactgtgattatttgctcaagattta
cacaagtgacttcctttcatattctactacggtatgggaagtatccatga
agtctcagcatgccctgaagactatggcagtcatgatgttttggggggga
aaactaatggctttctcagagagtagtcaatgataaatgcttttgctcaa
a

gaattcctcccctccttccctgccagtcctccccactccctggggcctca
agtttcttgagagttaggcgaatcttctcccactgaggctagaccaggca
atcctctgctttatatgtgtctgggagactctgaacagctagtataggct
gcagggctggtggctcagggctcagtgtctgagaaatctcagaggtctgg
gtaggttgagactgcgggtcttcctattacccaggtggccctcttcctca
gaaggaaattttcttagggtgaagtttcattggctgaggcttaaagttca
ttatatgcatggagaggcatttcaggaaattgaacctctaatttcatcaa
ggattatgtgaagttcttcaggtagaatgtggggtcaggttccccagata
agatagagaagagcaagcccagctgggaaaaggaggtctgcattttgcac
agagcttcagacatggtagactacaacctttaaatagcaggatcttccaa
catgtaatagtaaagaactgatttggtctagccaagtggtgacagtgaac
agatgtcaaatcctttgggcatatgccaaagagagggatagctgggtcat
attgtaatttgtttttagtttttaactggttctctctttatttctatagt
ggttgcatcagtttgttgttccagcgacagtaaatgcaagtttctacccc
atgacaaaactggcatctttgacaatttttttgatcttatccattctgag
caggatgagatgaaatctgtaaagaggagtggatcaggtattgatttgat
ttcatgtgtaccttctcccagttttaaatggtcaaataaaggatatagac
tgtgattgggcagtagaaagggaaaagggggctggaggttttagagagtg
gggtaagaagggaggaagagaaggaaaaaacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_97191364_97192469
seq2: B6Ng01-304K20.b_46_1146 (reverse)

seq1  TTTGAGCAAAAGCAATTTATCAATGACTACCTCTCTGAAGAAAGCCATAA  50
      ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |
seq2  TTTGAGCAAAAGC-ATTTATCATTGACTA-CTCTCTG-AGAAAGCCATTA  47

seq1  GTTTT-CCCCCCAAACAATCATTGACTGCCAATAGTCTTCAGGGCATGCT  99
      ||||| |||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCCCCCCAAAACATCA-TGACTGCC-ATAGTCTTCAGGGCATGCT  95

seq1  GAGACTTCATGGATACTTCCCATACCGTAGTAGAATATGAAAGGAAGTCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTCATGGATACTTCCCATACCGTAGTAGAATATGAAAGGAAGTCA  145

seq1  CCTTGTGTAAATCTTGAGCAAATAATCACAGTTACAGTATGTTGGAGTCC  199
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTTGTGTAAATCTTGAGCAAATAATCACAGTTACAGTATGTTGGAGTCC  194

seq1  AATGGCTTATGTTAAGAAGACAGTTTTATGCTTCGCTTCCTGTGACTCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTTATGTTAAGAAGACAGTTTTATGCTTCGCTTCCTGTGACTCTG  244

seq1  ACTTTCTTTTAGTCACTACTCCTGTGGCGACTTGAGCCTTATAGGGTTAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTTTAGTCACTACTCCTGTGGCGACTTGAGCCTTATAGGGTTAA  294

seq1  ATAGCTCTCTTTAAAGGAGAGAACTTAACCACCACTTATTTTTGGCATTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCTCTTTAAAGGAGAGAACTTAACCACCACTTATTTTTGGCATTT  344

seq1  TGGTGAATTATGTCTGAATTAACCACCTCTTTCTACAATGAGAAGCTCCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAATTATGTCTGAATTAACCACCTCTTTCTACAATGAGAAGCTCCA  394

seq1  CTAATGACAGCTGATTGATCTCAAATGGAAGAGGTTTGTAGGGCCAAATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGACAGCTGATTGATCTCAAATGGAAGAGGTTTGTAGGGCCAAATT  444

seq1  ACGGACTGGTTTGCTATCCCATCTATCAGACTAGAATTGGAACTGAAATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACTGGTTTGCTATCCCATCTATCAGACTAGAATTGGAACTGAAATA  494

seq1  ACAATGTTCTTCCAACACCAAAATCTAAATAGCTTCTTAACATGACTTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTTCTTCCAACACCAAAATCTAAATAGCTTCTTAACATGACTTTA  544

seq1  TTTTCTAAATTTTATACAGTAATTTAATAGGAGTATCTCTATATCTGTGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAAATTTTATACAGTAATTTAATAGGAGTATCTCTATATCTGTGA  594

seq1  ATGATATTTTAATGACATGATTGAGATGAGAGATCTCCATTATATTGGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTTTAATGACATGATTGAGATGAGAGATCTCCATTATATTGGCA  644

seq1  ACATCCAGTGTACCAGCTAACAGGACTTAGAACTCAACTGAGAGATGTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAGTGTACCAGCTAACAGGACTTAGAACTCAACTGAGAGATGTTT  694

seq1  TATTCCCAAAGAATAGAATCAATGAGTGATTTTTCTGCCTTTGAGTCTGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCAAAGAATAGAATCAATGAGTGATTTTTCTGCCTTTGAGTCTGA  744

seq1  GTATAAGAGAAAATTAAAATTAACAACATATCTTCTGTCAACAAAATAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGAGAAAATTAAAATTAACAACATATCTTCTGTCAACAAAATAAT  794

seq1  TTCTATAAACAACATTCCTTATCTTGTAGGATGAATTTATCATGTTATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAAACAACATTCCTTATCTTGTAGGATGAATTTATCATGTTATTT  844

seq1  ATATGTGGACATTTAGTTAAATTTTAATAGCAGAGAGTAAGGTGAGAATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGGACATTTAGTTAAATTTTAATAGCAGAGAGTAAGGTGAGAATT  894

seq1  CATTATGACTGAATTAATCACAAACACACAGACACATTTTTATTTAAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGACTGAATTAATCACAAACACACAGACACATTTTTATTTAAAAT  944

seq1  AAAATACAAATTAGACACTGTAGAATTGTGTAAGATTGATAATGGAGAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAAATTAGACACTGTAGAATTGTGTAAGATTGATAATGGAGAAA  994

seq1  TAAAAATTTTATCTAAACATGGCATATTTTGCAAACATTTCCTAAAAATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTTTATCTAAACATGGCATATTTTGCAAACATTTCCTAAAAATT  1044

seq1  TCCTATGAATATTAATAATTGTAATTTTCCTATTCAGTATTAAATGGTAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGAATATTAATAATTGTAATTTTCCTATTCAGTATTAAATGGTAG  1094

seq1  TGAATTC  1106
      |||||||
seq2  TGAATTC  1101


seq1: chr1_97060561_97061489
seq2: B6Ng01-304K20.g_68_997

seq1  TTCCTCCCCTCCTTCCCTGCCAGTCCTCCCCACTCCCTGGGGCCTCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCCTCCTTCCCTGCCAGTCCTCCCCACTCCCTGGGGCCTCAAGT  50

seq1  TTCTTGAGAGTTAGGCGAATCTTCTCCCACTGAGGCTAGACCAGGCAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAGAGTTAGGCGAATCTTCTCCCACTGAGGCTAGACCAGGCAATC  100

seq1  CTCTGCTTTATATGTGTCTGGGAGACTCTGAACAGCTAGTATAGGCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTTTATATGTGTCTGGGAGACTCTGAACAGCTAGTATAGGCTGCA  150

seq1  GGGCTGGTGGCTCAGGGCTCAGTGTCTGAGAAATCTCAGAGGTCTGGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGTGGCTCAGGGCTCAGTGTCTGAGAAATCTCAGAGGTCTGGGTA  200

seq1  GGTTGAGACTGCGGGTCTTCCTATTACCCAGGTGGCCCTCTTCCTCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGACTGCGGGTCTTCCTATTACCCAGGTGGCCCTCTTCCTCAGAA  250

seq1  GGAAATTTTCTTAGGGTGAAGTTTCATTGGCTGAGGCTTAAAGTTCATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTTTCTTAGGGTGAAGTTTCATTGGCTGAGGCTTAAAGTTCATTA  300

seq1  TATGCATGGAGAGGCATTTCAGGAAATTGAACCTCTAATTTCATCAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGGAGAGGCATTTCAGGAAATTGAACCTCTAATTTCATCAAGGA  350

seq1  TTATGTGAAGTTCTTCAGGTAGAATGTGGGGTCAGGTTCCCCAGATAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGAAGTTCTTCAGGTAGAATGTGGGGTCAGGTTCCCCAGATAAGA  400

seq1  TAGAGAAGAGCAAGCCCAGCTGGGAAAAGGAGGTCTGCATTTTGCACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGAGCAAGCCCAGCTGGGAAAAGGAGGTCTGCATTTTGCACAGA  450

seq1  GCTTCAGACATGGTAGACTACAACCTTTAAATAGCAGGATCTTCCAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGACATGGTAGACTACAACCTTTAAATAGCAGGATCTTCCAACAT  500

seq1  GTAATAGTAAAGAACTGATTTGGTCTAGCCAAGTGGTGACAGTGAACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGTAAAGAACTGATTTGGTCTAGCCAAGTGGTGACAGTGAACAGA  550

seq1  TGTCAAATCCTTTGGGCATATGCCAAAGAGAGGGATAGCTGGGTCATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATCCTTTGGGCATATGCCAAAGAGAGGGATAGCTGGGTCATATT  600

seq1  GTAATTTGTTTTTAGTTTTTAACTGGTTCTCTCTTTATTTCTATAGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGTTTTTAGTTTTTAACTGGTTCTCTCTTTATTTCTATAGTGGT  650

seq1  TGCATCAGTTTGTTGTTCCAGCGACAGTAAATGCAAGTTTCTACCCCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAGTTTGTTGTTCCAGCGACAGTAAATGCAAGTTTCTACCCCATG  700

seq1  ACAAAACTGGCATCTTTGACAATTTTTTTGATCTTATCCATTCTGAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTGGCATCTTTGACAATTTTTTTGATCTTATCCATTCTGAGCAG  750

seq1  GATGAGATGAAATCTGTAAAGAGGAGTGGATCAGGTATTGATTTGATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATGAAATCTGTAAAGAGGAGTGGATCAGGTATTGATTTGATTTC  800

seq1  ATGTGTACCTTCTCCCAGTTTTAAATGGTCAAATAAAGGATATAGACTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACCTTCTCCCAGTTTTAAATGGTCAAATAAAGGATATAGACTGT  850

seq1  GATTGGGCAGTAG-AAGGGAAAAGGGGGCTGGAGGTTTTAGAGAGTGGGG  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGCAGTAGAAAGGGAAAAGGGGGCTGGAGGTTTTAGAGAGTGGGG  900

seq1  TAAGAAAGGAGGAAGAGAGGAAGAAAACCA  929
      |||||| ||||||||||| | | |||||||
seq2  TAAGAAGGGAGGAAGAGAAGGAAAAAACCA  930


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |