BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304N17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 27,313,424 - 27,459,546
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC677427
Upstream gene4931408C20Rik
Downstream geneLOC100040952, EG433281
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304N17.bB6Ng01-304N17.g
ACCGA098295GA098296
length1,1571,183
definitionB6Ng01-304N17.b B6Ng01-304N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,458,381 - 27,459,546)(27,313,424 - 27,314,597)
sequence
gaattcaggataccctcagcaaggcagatgttaagatatggccactctta
gtatccctgagaatcaaccatgagaaaggagctggcctgcactgtgatgt
ggacagtctatggaaagttcaccaaaggttgaggtcttcaggagattatg
atgattggctcttgaaagcctctgcagtgtggctgggaaaagttttccaa
aagagcaaaggaagagagattcaatcacttgaaagaagtgctgggagtac
acactatatgtgtcctttgtgtctgagttacctcactcaggatgatgttt
tctagttccatccatttacctgcaaaactcaggatggcctcattctcaat
gggtaagtagtactccattgtgcaaatgaactacatgtcctgtatccatt
attctgttgtggaacatcttcatgtgttagcagtataaccattaaaagac
ttatttattgagtattatcatacagaaatgaatacattagcacggtgtcc
ttgggtcttggaaagtttttattagcataaaatatcagcacttagattat
agttattttaatatctataaaatataaaaaaatgctttgaggaaatgtct
ctgcattcattttgtcatgaaggtattatgtattttgaactaaggatctg
acatatgccccagctgtcatttttatttttaattactttattcacttaca
tttcaaacgatattccccttcctggttacccatcctcaaccctcccatct
gatcttccctcccctttggccttatgagggtgcttccccatctcctcatc
cactcctgcctcactcctctagcatccacctatgctggagcatcaaaatc
tcctctcctcttgttgatgtcagataaaggccatcctctgctacatatat
atctggagtactggcttccctccatgtatgttcttttgtgatgttcagtc
cctggggacatcgtagctgatccagttagttgatattttctctaatgggc
ttgcatccccttcagctccttcagtcttcccctagctcttccatggatcc
cagctcagtctgtgagtatctcatctgtattagtcagttgctgtagaacc
tcttagaaacaggccttgttcagcaaagaactctggtacagcataggtgt
ggggatt

gaattcaaagcagctgcctgtcaggaagaagcagaaaacaaccaagctgc
ctggaagagctttagactccctaagactactggaatggaccctttccaac
atgttgagctccatttaggctgtggagtatgctccacatttcaaacatgg
agagacatttggtaatacagctgtctttgactcatttctccaactgtaag
taacctgtgacccatattccagtaaatagtcacatgaaaaattactgatt
caccaagtgggactttcattgtacctattttggtctgttgtgggttcttt
atgtgagctgagtacccatgagtctcaccaatccctggaaattcttttgt
caaatagatgcacacagctatgtaacaggtcccgatcaggaaatttggta
gatgttagcttatctctgtctgtgcttctattaatgttatcataaaggag
agtaatgaagagtcttgcattggctgttggaatttctgctaagaaatgat
ttctgtcacttctgcttacctctcattagtcaaataaagatgcatctagc
ttgtgaagcagggaaatactattaacttttcaggaacattaatgacatgt
tgaaagttgtgcactgacagtctttcgttgatgatagagtataactaaac
aagtgggattgtgattaaaaatggctagtattcatattcagacattaaga
ctcatcttacactcattcataatttctggaagatatgttattgagtactg
ttatattaagactgtatattaaagattaagatacatttgaactaactgta
ctgctacaaaccatatatagaatttaagtaaattgcatacgagaagagca
gctgaaattttggacaatttaagacttccattaatgtatactattataaa
atattgagtaaaaatagttaaaggaaagacatagacccatatttttctta
catcaaaattaatgtttattcttgtagtacttgtttcattttgatgtata
atagcacacaagcaaatatacaaaagctaaacaacattcatattctcact
taaatatttttcttctttcttggaggtctgtctaatgggtatgctaaata
cacaaacactttctcttcattccttccaatttgaattctatttctggagc
gaaagcgaaaaataatctattggtgaatattaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_27458381_27459546
seq2: B6Ng01-304N17.b_50_1206 (reverse)

seq1  AACCCCCACACTATTGCTGTTACCAAGAAGTCTTTGCTG-ACA--GGCTG  47
      || ||||||||   ||||| |||| |||  ||||||||| |||  | |||
seq2  AATCCCCACACCTATGCTG-TACC-AGAGTTCTTTGCTGAACAAGGCCTG  48

seq1  TTTCCTAAGAGGTTCTACCAGCACCTGACTAATACAGATGGAGATACTCA  97
      ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTT-CTAAGAGGTTCTA-CAGCAACTGACTAATACAGAT-GAGATACTCA  95

seq1  CAGACTGAGCCTGGGGATCCCAATGGAAGAGCTAGGGGAAGGACTGAAGG  147
      ||||||||||   |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAGACTGAGC--TGGGATCC--ATGGAAGAGCTAGGGGAA-GACTGAAGG  140

seq1  AGCTGAAGGGGATTGCAAGCCCATTAGAAGAAAAATATCAACTAACTGGA  197
      |||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGGGGA-TGCAAGCCCATTAGA--GAAAATATCAACTAACTGGA  187

seq1  TCAGCTACGATGT-CCCAGGGACTGAAACATCAACAAAAGAACATACATG  246
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  TCAGCTACGATGTCCCCAGGGACTG-AACATC-ACAAAAGAACATACATG  235

seq1  GA-GGAAGCCAGTACTCCAGATATATATGTAGCAGAGGATGGCC-TTATC  294
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGGGAAGCCAGTACTCCAGATATATATGTAGCAGAGGATGGCCTTTATC  285

seq1  TGACATCAACAAGAGGAGAGGAGATTTTGATGCTCCAGCATAGGTGGATG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCAACAAGAGGAGAGGAGATTTTGATGCTCCAGCATAGGTGGATG  335

seq1  CTAGAGGAGTGAGGCAGGAGTGGATGAGGAGATGGGGAAGCACCCTCATA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGAGTGAGGCAGGAGTGGATGAGGAGATGGGGAAGCACCCTCATA  385

seq1  AGGCCAAAGGGGAGGGAAGATCAGATGGGAGGGTTGAGGATGGGTAACCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAAGGGGAGGGAAGATCAGATGGGAGGGTTGAGGATGGGTAACCA  435

seq1  GGAAGGGGAATATCGTTTGAAATGTAAGTGAATAAAGTAATTAAAAATAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGGAATATCGTTTGAAATGTAAGTGAATAAAGTAATTAAAAATAA  485

seq1  AAATGACAGCTGGGGCATATGTCAGATCCTTAGTTCAAAATACATAATAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAGCTGGGGCATATGTCAGATCCTTAGTTCAAAATACATAATAC  535

seq1  CTTCATGACAAAATGAATGCAGAGACATTTCCTCAAAGCATTTTTTTATA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGACAAAATGAATGCAGAGACATTTCCTCAAAGCATTTTTTTATA  585

seq1  TTTTATAGATATTAAAATAACTATAATCTAAGTGCTGATATTTTATGCTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAGATATTAAAATAACTATAATCTAAGTGCTGATATTTTATGCTA  635

seq1  ATAAAAACTTTCCAAGACCCAAGGACACCGTGCTAATGTATTCATTTCTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACTTTCCAAGACCCAAGGACACCGTGCTAATGTATTCATTTCTG  685

seq1  TATGATAATACTCAATAAATAAGTCTTTTAATGGTTATACTGCTAACACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAATACTCAATAAATAAGTCTTTTAATGGTTATACTGCTAACACA  735

seq1  TGAAGATGTTCCACAACAGAATAATGGATACAGGACATGTAGTTCATTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTTCCACAACAGAATAATGGATACAGGACATGTAGTTCATTTG  785

seq1  CACAATGGAGTACTACTTACCCATTGAGAATGAGGCCATCCTGAGTTTTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGGAGTACTACTTACCCATTGAGAATGAGGCCATCCTGAGTTTTG  835

seq1  CAGGTAAATGGATGGAACTAGAAAACATCATCCTGAGTGAGGTAACTCAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAATGGATGGAACTAGAAAACATCATCCTGAGTGAGGTAACTCAG  885

seq1  ACACAAAGGACACATATAGTGTGTACTCCCAGCACTTCTTTCAAGTGATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGGACACATATAGTGTGTACTCCCAGCACTTCTTTCAAGTGATT  935

seq1  GAATCTCTCTTCCTTTGCTCTTTTGGAAAACTTTTCCCAGCCACACTGCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCTCTTCCTTTGCTCTTTTGGAAAACTTTTCCCAGCCACACTGCA  985

seq1  GAGGCTTTCAAGAGCCAATCATCATAATCTCCTGAAGACCTCAACCTTTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTTCAAGAGCCAATCATCATAATCTCCTGAAGACCTCAACCTTTG  1035

seq1  GTGAACTTTCCATAGACTGTCCACATCACAGTGCAGGCCAGCTCCTTTCT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTTTCCATAGACTGTCCACATCACAGTGCAGGCCAGCTCCTTTCT  1085

seq1  CATGGTTGATTCTCAGGGATACTAAGAGTGGCCATATCTTAACATCTGCC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTGATTCTCAGGGATACTAAGAGTGGCCATATCTTAACATCTGCC  1135

seq1  TTGCTGAGGGTATCCTGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAGGGTATCCTGAATTC  1157


seq1: chr1_27313424_27314597
seq2: B6Ng01-304N17.g_69_1251

seq1  GAATTCAAAGCAGCTGCCTGTCAGGAAGAAGCAGAAAACAACCAAGCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCAGCTGCCTGTCAGGAAGAAGCAGAAAACAACCAAGCTGC  50

seq1  CTGGAAGAGCTTTAGACTCCCTAAGACTACTGGAATGGACCCTTTCCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGAGCTTTAGACTCCCTAAGACTACTGGAATGGACCCTTTCCAAC  100

seq1  ATGTTGAGCTCCATTTAGGCTGTGGAGTATGCTCCACATTTCAAACATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAGCTCCATTTAGGCTGTGGAGTATGCTCCACATTTCAAACATGG  150

seq1  AGAGACATTTGGTAATACAGCTGTCTTTGACTCATTTCTCCAACTGTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATTTGGTAATACAGCTGTCTTTGACTCATTTCTCCAACTGTAAG  200

seq1  TAACCTGTGACCCATATTCCAGTAAATAGTCACATGAAAAATTACTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGTGACCCATATTCCAGTAAATAGTCACATGAAAAATTACTGATT  250

seq1  CACCAAGTGGGACTTTCATTGTACCTATTTTGGTCTGTTGTGGGTTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGTGGGACTTTCATTGTACCTATTTTGGTCTGTTGTGGGTTCTTT  300

seq1  ATGTGAGCTGAGTACCCATGAGTCTCACCAATCCCTGGAAATTCTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGCTGAGTACCCATGAGTCTCACCAATCCCTGGAAATTCTTTTGT  350

seq1  CAAATAGATGCACACAGCTATGTAACAGGTCCCGATCAGGAAATTTGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGATGCACACAGCTATGTAACAGGTCCCGATCAGGAAATTTGGTA  400

seq1  GATGTTAGCTTATCTCTGTCTGTGCTTCTATTAATGTTATCATAAAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTAGCTTATCTCTGTCTGTGCTTCTATTAATGTTATCATAAAGGAG  450

seq1  AGTAATGAAGAGTCTTGCATTGGCTGTTGGAATTTCTGCTAAGAAATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGAAGAGTCTTGCATTGGCTGTTGGAATTTCTGCTAAGAAATGAT  500

seq1  TTCTGTCACTTCTGCTTACCTCTCATTAGTCAAATAAAGATGCATCTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCACTTCTGCTTACCTCTCATTAGTCAAATAAAGATGCATCTAGC  550

seq1  TTGTGAAGCAGGGAAATACTATTAACTTTTCAGGAACATTAATGACATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAGCAGGGAAATACTATTAACTTTTCAGGAACATTAATGACATGT  600

seq1  TGAAAGTTGTGCACTGACAGTCTTTCGTTGATGATAGAGTATAACTAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTGTGCACTGACAGTCTTTCGTTGATGATAGAGTATAACTAAAC  650

seq1  AAGTGGGATTGTGATTAAAAATGGCTAGTATTCATATTCAGACATTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGATTGTGATTAAAAATGGCTAGTATTCATATTCAGACATTAAGA  700

seq1  CTCATCTTACACTCATTCATAATTTCTGGAAGATATGTTATTGAGTACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTTACACTCATTCATAATTTCTGGAAGATATGTTATTGAGTACTG  750

seq1  TTATATTAAGACTGTATATTAAAGATTAAGATACATTTGAACTAACTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTAAGACTGTATATTAAAGATTAAGATACATTTGAACTAACTGTA  800

seq1  CTGCTACAAACCATATATAGAATTTAAGTAAATTGCATACGAGAAGAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTACAAACCATATATAGAATTTAAGTAAATTGCATACGAGAAGAGCA  850

seq1  GCTGAAATTTTGGACAATTTAAGACTTCCATTAATGTATACTATTATAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATTTTGGACAATTTAAGACTTCCATTAATGTATACTATTATAAA  900

seq1  ATATTGAGTAAAAATAGTT-AAGGAAAGACATAGACCCATA-TTTTCTTA  948
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATATTGAGTAAAAATAGTTAAAGGAAAGACATAGACCCATATTTTTCTTA  950

seq1  CATCAAAATTAATGTTTA-TCTTGTAGTACTTGTTTCATTTTGATGTAT-  996
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATCAAAATTAATGTTTATTCTTGTAGTACTTGTTTCATTTTGATGTATA  1000

seq1  ATAGCACACAAGCAAATATACAAAAGCT-AACAACATTCATATTCTCCAC  1045
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  ATAGCACACAAGCAAATATACAAAAGCTAAACAACATTCATATTCT-CAC  1049

seq1  TTAAAATATTTTCTTCTTTC-TGGAGGTCTGTCTTAATGGGTATGCT-AA  1093
      |||||   |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TTAAATATTTTTCTTCTTTCTTGGAGGTCTGTC-TAATGGGTATGCTAAA  1098

seq1  TACAC-AACAC-TTCTCTTCA-TCCTCCCA--TTGATTTCTA-TTCT-GA  1136
      ||||| ||||| ||||||||| |||| |||  |||| ||||| |||| ||
seq2  TACACAAACACTTTCTCTTCATTCCTTCCAATTTGAATTCTATTTCTGGA  1148

seq1  GCAGAAGAGTGATATATTATCTTATTGGTGAATATTAA  1174
      || ||| || || | || ||| ||||||||||||||||
seq2  GC-GAA-AGCGAAAAATAATC-TATTGGTGAATATTAA  1183


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |