BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304O07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 101,667,388 - 101,770,921
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230078M14Rik, LOC633295
Upstream genenone
Downstream geneEG666200
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304O07.bB6Ng01-304O07.g
ACCGA098322GA098323
length1,1821,080
definitionB6Ng01-304O07.b B6Ng01-304O07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,769,755 - 101,770,921)(101,667,388 - 101,668,472)
sequence
gaattcatcagtctatgattcctaacaatgtatgccataacaatgtacct
cctgcttctgaagctatactttccactctgataaatatgtcctcaagcca
tgagtgaaaacaaactgttccttctttcagtctctgttgttagtgatttt
ttcacaacaaatagaaaggtatctaatacagggtccactatattaaaaaa
aaagtgtttttcttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttg
ttgttttgtattcacagatactccaggcaagaaaggtgagtagacatttt
gacagtgcatcctgtggagttcatataggagattattactaggtttctgc
tgcctcagctattgcagcctctgtctcttgaatctgtttgtctctctgtc
tatctctgtcttggtctctgtctctcagtctctctctttcacacacacat
gcacacacacatacacacacacacacacatatacacacatacacacacat
acacacacacatacacacacacatatacacacatacaaacacacatacat
acacacatacacacacatacacacacacacacacacacacacacacatac
acacacatacacattcacacacacacacattaaaaacctagcaaaaattg
gacctgatttccattttctatcttgggcatgtaggggaagagatttaaac
aaactctatagaagaaataaagctttaagtagaattatttgcctgggatt
tggggatcctaaaggctatatatctgttctgggccagagcctctgtcaag
ccaatcactgagatcattgcaaagtggtgccgtttcacagaaagaatagt
ctcactttggagatggggaagctccgtattttggtggttcctgttaagta
gcttaacttattggcacaagcataaaactacatgggcatgataaagaggt
aaatgggaagcattattagagcaaggacaggaggcagaacagccactagc
caaagatctgccagacacccaccttcacttaactatgttatgtaaagttg
tgaaaagctcctccagtacattctaagaggatgaaagtacaacccctctc
actcagccctgggtcctatgggattggaggccatgactagctccaaggct
ttagaatattatgaacattgattaggtctcct

gaattcactgtgaaccaggaatctactgacataattgatttcagttaaag
tatagggatgctatttgcttacagctaataggactttcagaattctttcc
ttagtaaaatattggcctcttgttttgttttcattgaactgtctttcagt
attccactgatggaagctgaaaggttgggatttatgcaaaggctgcttaa
agctcagtccagtgtggaatagctgcagagctggcagctgaaaccaaagg
ctgtcaggaatctgtggtgtaaaataaatctgtgtgctcagtaatgctgg
gaaggagaattagttaagagagagaggaattgacttcctttgatgtggaa
aaatcctatagactctaacttgatgtaaatttcacatagaagacatcatt
actggttcctcttttgttaacatttgacacgtttctggccgcttcacact
aaatgcacaataagttgatctatggcaaagcaagcaagtcagcagactta
tgctagaacctaaataaacaagacctctaatgcagagccccgaggaagca
atcaaaatgcatcttctctattatagatgtaaagcttttaaaagccaaca
atgggctcacacatgaccctcacacccacttgtttctactcatcctccag
ccccttcctgttaaaaatagtttttaaacgtttttcttttatgccagcgt
accatcttggctcctttgggacccacagcagcaatcatcctgtagtactt
gtggaagcaatgtgccaatagcaaccaaggataggtgcagatagggaaag
tcaaaagtggagagcgatcctatctctaaatggctaaaccggaaatccca
atgagatcaatactagtcaattacacatccctacagttgaaattgaaccc
cataattgaagcttcctttgactctctcctgcgaagtgaggaaaaaggta
ttaggcactagcataggtcattgctgagttctccatgggaaaatcccatt
ctaaggcttcttttcttctcttcaacccctttaggcatcacttaagcatc
atgtttgaagcttgaattaaatgcatactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_101769755_101770921
seq2: B6Ng01-304O07.b_46_1227 (reverse)

seq1  AGGAGAACCTAAATCATGTT--TAATAATCTAAAG-CTTGGAGCTAGTCA  47
      ||||| ||||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGAG-ACCTAATCAATGTTCATAATATTCTAAAGCCTTGGAGCTAGTCA  49

seq1  TG--CT-CATTTACATAGGAACCAGGGGCTGAGTGA----GGGTGTACTT  90
      ||  || || |  ||||||| ||| |||||||||||    || |||||||
seq2  TGGCCTCCAATCCCATAGGACCCA-GGGCTGAGTGAGAGGGGTTGTACTT  98

seq1  TCATCCTC-TAG-ATGTACTG--AGAGC-TTTCAC-ACTTAACATTACAT  134
      |||||||| ||| ||||||||   |||| |||||| |||| |||| ||||
seq2  TCATCCTCTTAGAATGTACTGGAGGAGCTTTTCACAACTTTACATAACAT  148

seq1  AGTT-AGTGAAGGT-GGTGTCTGGCAGATCTTTGGCTAGTGGCTGTTCTT  182
      |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTTAAGTGAAGGTGGGTGTCTGGCAGATCTTTGGCTAGTGGCTGTTC-T  197

seq1  GCCTCCTGTCCTTTGCTCTAAT-ATGCTTCCCATTTACCTCTTTATCATG  231
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTGTCC-TTGCTCTAATAATGCTTCCCATTTACCTCTTTATCATG  246

seq1  CCCATGTAGTTTTATGCTTGTGCCAATAAGTTAAGCTACTTAACAGGAAC  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTAGTTTTATGCTTGTGCCAATAAGTTAAGCTACTTAACAGGAAC  296

seq1  CACCAAAATACGGAGCTTCCCCATCTCCAAAGTGAGACTATTCTTTCTGT  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAAATACGGAGCTTCCCCATCTCCAAAGTGAGACTATTCTTTCTGT  346

seq1  GAAACGGCACCACTTTGCAATGATCTCAGTGATTGGCTTGACAGAGGCTC  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGGCACCACTTTGCAATGATCTCAGTGATTGGCTTGACAGAGGCTC  396

seq1  TGGCCCAGAACAGATATATAGCCTTTAGGATCCCCAAATCCCAGGCAAAT  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGAACAGATATATAGCCTTTAGGATCCCCAAATCCCAGGCAAAT  446

seq1  AATTCTACTTAAAGCTTTATTTCTTCTATAGAGTTTGTTTAAATCTCTTC  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTACTTAAAGCTTTATTTCTTCTATAGAGTTTGTTTAAATCTCTTC  496

seq1  CCCTACATGCCCAAGATAGAAAATGGAAATCAGGTCCAATTTTTGCTAGG  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACATGCCCAAGATAGAAAATGGAAATCAGGTCCAATTTTTGCTAGG  546

seq1  TTTTTAATGTGTGTGTGTGTGAATGTGTATGTGTGTGTATGTGTGTGTGT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATGTGTGTGTGTGTGAATGTGTATGTGTGTGTATGTGTGTGTGT  596

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTGTGTATGTATGTGTGTTT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTGTGTATGTATGTGTGTTT  646

seq1  GTATGTGTGTATATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTATATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGT  696

seq1  GTGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGAAA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGAAA  746

seq1  GAGAGAGACTGAGAGACAGAGACCAAGACAGAGATAGACAGAGAGACAAA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGACTGAGAGACAGAGACCAAGACAGAGATAGACAGAGAGACAAA  796

seq1  CAGATTCAAGAGACAGAGGCTGCAATAGCTGAGGCAGCAGAAACCTAGTA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCAAGAGACAGAGGCTGCAATAGCTGAGGCAGCAGAAACCTAGTA  846

seq1  ATAATCTCCTATATGAACTCCACAGGATGCACTGTCAAAATGTCTACTCA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCCTATATGAACTCCACAGGATGCACTGTCAAAATGTCTACTCA  896

seq1  CCTTTCTTGCCTGGAGTATCTGTGAATACAAAACAACAACAACAACAACA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTTGCCTGGAGTATCTGTGAATACAAAACAACAACAACAACAACA  946

seq1  ACAACAACAACAACAACAACAAAAGAAAAACACTTTTTTTTTAATATAGT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAACAACAACAACAAAAGAAAAACACTTTTTTTTTAATATAGT  996

seq1  GGACCCTGTATTAGATACCTTTCTATTTGTTGTGAAAAAATCACTAACAA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTGTATTAGATACCTTTCTATTTGTTGTGAAAAAATCACTAACAA  1046

seq1  CAGAGACTGAAAGAAGGAACAGTTTGTTTTCACTCATGGCTTGAGGACAT  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTGAAAGAAGGAACAGTTTGTTTTCACTCATGGCTTGAGGACAT  1096

seq1  ATTTATCAGAGTGGAAAGTATAGCTTCAGAAGCAGGAGGTACATTGTTAT  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCAGAGTGGAAAGTATAGCTTCAGAAGCAGGAGGTACATTGTTAT  1146

seq1  GGCATACATTGTTAGGAATCATAGACTGATGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACATTGTTAGGAATCATAGACTGATGAATTC  1182


seq1: chr1_101667388_101668472
seq2: B6Ng01-304O07.g_68_1147

seq1  GAATTCACTGTGAACCAGGAATCTACTGACATAATTGATTTCAGTTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGAACCAGGAATCTACTGACATAATTGATTTCAGTTAAAG  50

seq1  TATAGGGATGCTATTTGCTTACAGCTAATAGGACTTTCAGAATTCTTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGATGCTATTTGCTTACAGCTAATAGGACTTTCAGAATTCTTTCC  100

seq1  TTAGTAAAATATTGGCCTCTTGTTTTGTTTTCATTGAACTGTCTTTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAAAATATTGGCCTCTTGTTTTGTTTTCATTGAACTGTCTTTCAGT  150

seq1  ATTCCACTGATGGAAGCTGAAAGGTTGGGATTTATGCAAAGGCTGCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCACTGATGGAAGCTGAAAGGTTGGGATTTATGCAAAGGCTGCTTAA  200

seq1  AGCTCAGTCCAGTGTGGAATAGCTGCAGAGCTGGCAGCTGAAACCAAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTCCAGTGTGGAATAGCTGCAGAGCTGGCAGCTGAAACCAAAGG  250

seq1  CTGTCAGGAATCTGTGGTGTAAAATAAATCTGTGTGCTCAGTAATGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGGAATCTGTGGTGTAAAATAAATCTGTGTGCTCAGTAATGCTGG  300

seq1  GAAGGAGAATTAGTTAAGAGAGAGAGGAATTGACTTCCTTTGATGTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAATTAGTTAAGAGAGAGAGGAATTGACTTCCTTTGATGTGGAA  350

seq1  AAATCCTATAGACTCTAACTTGATGTAAATTTCACATAGAAGACATCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTATAGACTCTAACTTGATGTAAATTTCACATAGAAGACATCATT  400

seq1  ACTGGTTCCTCTTTTGTTAACATTTGACACGTTTCTGGCAGCTTCACACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTGGTTCCTCTTTTGTTAACATTTGACACGTTTCTGGCCGCTTCACACT  450

seq1  AAATGCACAATAAGTTGATCTATGGCAAAGCAAGCAAGTCAGCAGACTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCACAATAAGTTGATCTATGGCAAAGCAAGCAAGTCAGCAGACTTA  500

seq1  TGCTAGAACCTAAATAAACAAGACCTCTAATGCAGAGCCCCGAGGAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAACCTAAATAAACAAGACCTCTAATGCAGAGCCCCGAGGAAGCA  550

seq1  ATCAAAATGCATCTTCTCTATTATAGATGTAAAGCTTTTAAAAGCCAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATGCATCTTCTCTATTATAGATGTAAAGCTTTTAAAAGCCAACA  600

seq1  ATGGGCTCACACATGACCCTCACACCCACTTGTTTCTACTCATCCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTCACACATGACCCTCACACCCACTTGTTTCTACTCATCCTCCAG  650

seq1  CCCCTTCCTGTTAAAAATAGTTTTTAAACGTTTTTCTTTTATGCCAGCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCCTGTTAAAAATAGTTTTTAAACGTTTTTCTTTTATGCCAGCGT  700

seq1  ACCATCTTGGCTCCTTTGGGACCCACAGCAGCAATCATCCTGTAGTACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTTGGCTCCTTTGGGACCCACAGCAGCAATCATCCTGTAGTACTT  750

seq1  GTGGAAGCAATGTGCCAATAGCAACCAAGGATAGGTGCAGATAGGGAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGCAATGTGCCAATAGCAACCAAGGATAGGTGCAGATAGGGAAAG  800

seq1  TCAAAAGTGGAGAGCGATCCTATCTCTAAATGGCTAAACCGGAAATCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGTGGAGAGCGATCCTATCTCTAAATGGCTAAACCGGAAATCCCA  850

seq1  ATGAGATCAATACTAGTCAATTACACATCCCTACAGTTGAAATTGAACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATCAATACTAGTCAATTACACATCCCTACAGTTGAAATTGAACCC  900

seq1  CATAATTGAAGCTTCCTTTGACTCTCTCCTGCGAAGTGAGGAAAAAGGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTGAAGCTTCCTTTGACTCTCTCCTGCGAAGTGAGGAAAAAGGTA  950

seq1  TTAGGCACTAGCATAGGTCATTGCTGAGTTCTCCATGGGAAAATCCCATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCACTAGCATAGGTCATTGCTGAGTTCTCCATGGGAAAATCCCATT  1000

seq1  TCCTAAGGCTTCTTT--CTCTCTTCCAACCCCTTTAAGCATCACTTTAGC  1048
        |||||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||||||| |||
seq2  --CTAAGGCTTCTTTTCTTCTCTT-CAACCCCTTTAGGCATCACTTAAGC  1047

seq1  ATCATTGTTTGAAAACCTGATTTAAATGCCAATACTG  1085
      |||| |||||| || | ||| ||||||||  ||||||
seq2  ATCA-TGTTTG-AAGCTTGAATTAAATGC--ATACTG  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |