BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305K20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 44,468,614 - 44,517,666
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041644, Nck2, 1500015O10Rik, Uxs1, LOC666676, LOC100042303, EG666690, Tpp2, A530098C11Rik, EG666713, 1700029F09Rik, Kdelc1, Bivm, Ercc5, 4832428D23Rik, LOC435619
Downstream geneTxn-ps1, Gulp1, LOC100041738, LOC100041752, LOC383640, Col3a1, Col5a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305K20.bB6Ng01-305K20.g
ACCGA098908GA098909
length1,1441,124
definitionB6Ng01-305K20.b B6Ng01-305K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,468,614 - 44,469,774)(44,516,539 - 44,517,666)
sequence
gaattctggaacctcacttattccctcccttttccatagtccaaatacct
ggctagtcttccagtatcccccagatccttgttcctttaaaggctgcttc
ttttcttactcctttctccttattcccttactaaaaaagagatatccttt
acaaatttggcatgaatttttccttctattccagcaacagttcccaggac
atgtctatatctcccctcttcttttcctttgcctcaattggtacactctc
tcactctcccaaatttcaaaacccctcataatctgccctccttttttagt
caatgccactgtatggtgatcaatcccttcttcttcatttgctatacatc
ataaaaccttctctgttacacttaaaagaccctctgatcgcatctcaaaa
ctccaatacccttactgttaactagcctcagacacctcaaacccataatt
caattccttttatccaaaaggtccctatgtcccacatctaaacactacca
taccctctgcaacacaggacaatattcactacctacatcacatatttcac
tctaataccaaatcacttctattctttctccaaacccacctgctggtcct
ctccctccccacctctctgacagatatgatttttctatgaaacctaatct
aattctgcaatgtatggcaacagactaaccccacttccactgtacaaata
cactatcttttaaaatcaccaagctataaaggtctaaatacatgctttaa
ggtctgaggatatgaaagcttaaataatttaggagtataaattcaagtca
tcaatgctgaggatgtaaatgaaactctgtaaatacaagttataaaaaat
gttttaatgtctgaagatatgaaagcctaaataagttgtgagggtttgaa
gaagtgacttaaggtatggatctgagaaaacgatttaaagtatatatatg
aaaaattgtttcagatttctttttctttctcctccatgctatgtttgggt
tcctaacttttcctatactcaaaccataaatgtactgttatttgtatatg
gtggatttcagtacgatacaacatagtatactacatatctaacttaatcc
tgtataacctcaaatttttcttgtagcctcagaaagtggcttga
gaattcatgtaacaccttcacactcacctccctcctatgcaaagtattca
aactctaatgttcatttgtttctattctatttcagtctctctcattaagg
ttcagcttctaactctatagacataagccagattgaagctgcagtgatta
gttttaaagtaactgatgggacatatagaagaaggtgcttcaacactaag
cttgatttgtgctttctctacctccatggagatgctccatggatagaagt
ggaggtagaaaatttggacttgggatagaagtgtttacagagtatttata
ataatcaagaaagaaaagaagccagtacctggatcagagaaatatgtgag
gattgatccacactgagcatatatgtataacagcagcaagaggaaaataa
gaaaatacaaggcaaggcactatggtgtctgagtgcatgtgtgcatgtgc
cattctggagtagattctggatttacatgcattgggtccaaatccaagac
ttgctactcacctgtgttgttattttctagagcttttcgtcctacccttt
gtcttattgtctgtaccataaaatctatgacttagtgatcaggcaacaga
cattaagtcctatggaaagtgttttgcaaatgttaattcatttactattt
tctcaagctcaaaaatatagcaatctttattatctgcattttatagttat
ttgggggtatgtaaaaattacatggtaacacagttttcaggagtcagaca
gtatggttgcagtgcacttgagacaagccagggctatactatgagactct
ctttcaatactactgtcactactaacaaatcacataatgtcattcctgaa
acataaaaaaaaactgtcctctcaaaatattgagaaatcaatatttttgt
taaagcttgtctgtgtgcatgtgcgcatgtacatgcatgcagtggaaaac
ccatgcaatcactgattgttctacaggtgctactctggggggtggtgatt
atggtagctgcttctagtttatattctataaggagacaaaataaatttga
gtgaaagaggtattaataaaaagagccaacagtgttgggagaacattcac
ttctggcttttctgcatgttcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_44468614_44469774
seq2: B6Ng01-305K20.b_43_1186

seq1  GAATTCTGGAACCTCACTTATTCCCTCCCTTTTCCATAGTCCAAATACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAACCTCACTTATTCCCTCCCTTTTCCATAGTCCAAATACCT  50

seq1  GGCTAGTCTTCCAGTATCCCCCAGATCCTTGTTCCTTTAAAGGCTGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTCTTCCAGTATCCCCCAGATCCTTGTTCCTTTAAAGGCTGCTTC  100

seq1  TTTTCTTACTCCTTTCTCCTTATTCCCTTACTAAAAAAGAGATATCCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTACTCCTTTCTCCTTATTCCCTTACTAAAAAAGAGATATCCTTT  150

seq1  ACAAATTTGGCATGAATTTTTCCTTCTATTCCAGCAACAGTTCCCAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTGGCATGAATTTTTCCTTCTATTCCAGCAACAGTTCCCAGGAC  200

seq1  ATGTCTATATCTCCCCTCTTCTTTTCCTTTGCCTCAATTGGTACACTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTATATCTCCCCTCTTCTTTTCCTTTGCCTCAATTGGTACACTCTC  250

seq1  TCACTCTCCCAAATTTCAAAACCCCTCATAATCTGCCCTCCTTTTTTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTCCCAAATTTCAAAACCCCTCATAATCTGCCCTCCTTTTTTAGT  300

seq1  CAATGCCACTGTATGGTGATCAATCCCTTCTTCTTCATTTGCTATACATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCACTGTATGGTGATCAATCCCTTCTTCTTCATTTGCTATACATC  350

seq1  ATAAAACCTTCTCTGTTACACTTAAAAGACCCTCTGATCGCATCTCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACCTTCTCTGTTACACTTAAAAGACCCTCTGATCGCATCTCAAAA  400

seq1  CTCCAATACCCTTACTGTTAACTAGCCTCAGACACCTCAAACCCATAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATACCCTTACTGTTAACTAGCCTCAGACACCTCAAACCCATAATT  450

seq1  CAATTCCTTTTATCCAAAAGGTCCCTATGTCCCACATCTAAACACTACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCTTTTATCCAAAAGGTCCCTATGTCCCACATCTAAACACTACCA  500

seq1  TACCCTCTGCAACACAGGACAATATTCACTACCTACATCACATATTTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTGCAACACAGGACAATATTCACTACCTACATCACATATTTCAC  550

seq1  TCTAATACCAAATCACTTCTATTCTTTCTCCAAACCCACCTGCTGGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATACCAAATCACTTCTATTCTTTCTCCAAACCCACCTGCTGGTCCT  600

seq1  CTCCCTCCCCACCTCTCTGACAGATATGATTTTTCTATGAAACCTAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCCCACCTCTCTGACAGATATGATTTTTCTATGAAACCTAATCT  650

seq1  AATTCTGCAATGTATGGCAACAGACTAACCCCACTTCCACTGTACAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGCAATGTATGGCAACAGACTAACCCCACTTCCACTGTACAAATA  700

seq1  CACTATCTTTTAAAATCACCAAGCTATAAAGGTCTAAATACATGCTTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCTTTTAAAATCACCAAGCTATAAAGGTCTAAATACATGCTTTAA  750

seq1  GGTCTGAGGATATGAAAGCTTAAATAATTTAGGAGTATAAATTCAAGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGAGGATATGAAAGCTTAAATAATTTAGGAGTATAAATTCAAGTCA  800

seq1  TCAATGCTGAGGATGTAAATGAAACTCTGTAAATACAAGTTATAAAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCTGAGGATGTAAATGAAACTCTGTAAATACAAGTTATAAAAAAT  850

seq1  GTTTTAATGTCTGAAGATATGAAAGCCTAAATAAGTTGTGAGGGTTTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATGTCTGAAGATATGAAAGCCTAAATAAGTTGTGAGGGTTTGAA  900

seq1  GAAGTGACTTAAGGTATGGATCTGAGAAAACGATTTAAAGTATATATATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGACTTAAGGTATGGATCTGAGAAAACGATTTAAAGTATATATATG  950

seq1  AAAAATTGTTTCAGATTTCTTTT--CTTCT-CTCCATGCTATTGTTTGGG  997
      |||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||| ||||||||
seq2  AAAAATTGTTTCAGATTTCTTTTTCTTTCTCCTCCATGCTA-TGTTTGGG  999

seq1  TTCCTAAACTTTTCCTATAACTCAAAACCATAAATGTACTGTTATTTGTA  1047
      ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCT-AACTTTTCCTAT-ACTC-AAACCATAAATGTACTGTTATTTGTA  1046

seq1  TAATGTGGATTTCAGTACAGATTACAAACAATAGTAATACTAACATATCT  1097
      ||  |||||||||||||| || |||||   ||||| ||||| ||||||||
seq2  TATGGTGGATTTCAGTAC-GA-TACAA--CATAGT-ATACT-ACATATCT  1090

seq1  AAAACTTTTATATCTCTGTTTATAAACTCAAATTTTTCTTGTAAGCTTCA  1147
        |||||    ||| |||  ||||| |||||||||||||||| ||| |||
seq2  --AACTT---AATC-CTG--TATAACCTCAAATTTTTCTTGT-AGCCTCA  1131

seq1  GAAAGTTGGCTTGA  1161
      ||||| ||||||||
seq2  GAAAG-TGGCTTGA  1144

seq1: chr1_44516539_44517666
seq2: B6Ng01-305K20.g_66_1189 (reverse)

seq1  AAAG-ACATGCAGAAAAGGCAGAAGTGAATTGTCTCCCAACAACTGGTGG  49
      |||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||| |||
seq2  AAAGAACATGCAGAAAAGCCAGAAGTGAATGTTCTCCCAAC-ACTGTTGG  49

seq1  CTTCTTTTTTATTAATTACCTC-TTCACTTCAAATTTATTTTGTCCTCCT  98
      ||   |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||| 
seq2  CT--CTTTTTATTAA-TACCTCTTTCAC-TCAAATTTATTTTGT-CTCC-  93

seq1  TTATAGAATAATAAACTAG-AGCAGCTACCATAATCACCA-CCCCCAGAG  146
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTATAGAAT-ATAAACTAGAAGCAGCTACCATAATCACCACCCCCCAGAG  142

seq1  TAGCAACCTGTAGAACAATCAGTGATTGCATGGG-TTTCCACTGCATGCA  195
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAGC-ACCTGTAGAACAATCAGTGATTGCATGGGTTTTCCACTGCATGCA  191

seq1  TGTACATGCGCACATGCACACAGACAAGCTTTAACAAAAATATTGATTTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATGCGCACATGCACACAGACAAGCTTTAACAAAAATATTGATTTC  241

seq1  TCAATATTTTGAGAGGACAGTTTTTTTTTATGTTTCAGGAATGACATTAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATTTTGAGAGGACAGTTTTTTTTTATGTTTCAGGAATGACATTAT  291

seq1  GTGATTTGTTAGTAGTGACAGTAGTATTGAAAGAGAGTCTCATAGTATAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTGTTAGTAGTGACAGTAGTATTGAAAGAGAGTCTCATAGTATAG  341

seq1  CCCTGGCTTGTCTCAAGTGCACTGCAACCATACTGTCTGACTCCTGAAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTTGTCTCAAGTGCACTGCAACCATACTGTCTGACTCCTGAAAA  391

seq1  CTGTGTTACCATGTAATTTTTACATACCCCCAAATAACTATAAAATGCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTACCATGTAATTTTTACATACCCCCAAATAACTATAAAATGCAG  441

seq1  ATAATAAAGATTGCTATATTTTTGAGCTTGAGAAAATAGTAAATGAATTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAGATTGCTATATTTTTGAGCTTGAGAAAATAGTAAATGAATTA  491

seq1  ACATTTGCAAAACACTTTCCATAGGACTTAATGTCTGTTGCCTGATCACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGCAAAACACTTTCCATAGGACTTAATGTCTGTTGCCTGATCACT  541

seq1  AAGTCATAGATTTTATGGTACAGACAATAAGACAAAGGGTAGGACGAAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATAGATTTTATGGTACAGACAATAAGACAAAGGGTAGGACGAAAA  591

seq1  GCTCTAGAAAATAACAACACAGGTGAGTAGCAAGTCTTGGATTTGGACCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGAAAATAACAACACAGGTGAGTAGCAAGTCTTGGATTTGGACCC  641

seq1  AATGCATGTAAATCCAGAATCTACTCCAGAATGGCACATGCACACATGCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATGTAAATCCAGAATCTACTCCAGAATGGCACATGCACACATGCA  691

seq1  CTCAGACACCATAGTGCCTTGCCTTGTATTTTCTTATTTTCCTCTTGCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACACCATAGTGCCTTGCCTTGTATTTTCTTATTTTCCTCTTGCTG  741

seq1  CTGTTATACATATATGCTCAGTGTGGATCAATCCTCACATATTTCTCTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATACATATATGCTCAGTGTGGATCAATCCTCACATATTTCTCTGA  791

seq1  TCCAGGTACTGGCTTCTTTTCTTTCTTGATTATTATAAATACTCTGTAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTACTGGCTTCTTTTCTTTCTTGATTATTATAAATACTCTGTAAA  841

seq1  CACTTCTATCCCAAGTCCAAATTTTCTACCTCCACTTCTATCCATGGAGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTATCCCAAGTCCAAATTTTCTACCTCCACTTCTATCCATGGAGC  891

seq1  ATCTCCATGGAGGTAGAGAAAGCACAAATCAAGCTTAGTGTTGAAGCACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCATGGAGGTAGAGAAAGCACAAATCAAGCTTAGTGTTGAAGCACC  941

seq1  TTCTTCTATATGTCCCATCAGTTACTTTAAAACTAATCACTGCAGCTTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTATATGTCCCATCAGTTACTTTAAAACTAATCACTGCAGCTTCA  991

seq1  ATCTGGCTTATGTCTATAGAGTTAGAAGCTGAACCTTAATGAGAGAGACT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGCTTATGTCTATAGAGTTAGAAGCTGAACCTTAATGAGAGAGACT  1041

seq1  GAAATAGAATAGAAACAAATGAACATTAGAGTTTGAATACTTTGCATAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGAATAGAAACAAATGAACATTAGAGTTTGAATACTTTGCATAGG  1091

seq1  AGGGAGGTGAGTGTGAAGGTGTTACATGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGTGAGTGTGAAGGTGTTACATGAATTC  1124