BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305O08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 101,583,459 - 101,726,893
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230078M14Rik, LOC633295
Upstream genenone
Downstream geneEG666200
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305O08.bB6Ng01-305O08.g
ACCGA099070GA099071
length1,1081,119
definitionB6Ng01-305O08.b B6Ng01-305O08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,725,777 - 101,726,893)(101,583,459 - 101,584,553)
sequence
gaattccattgtattcaaggcctacttagatcttccaatgactcctcttt
aactctcctagtgctcaggctatgtataggcaccattcatgtttgcatgg
tgatgctgaggctatagactagagctcaggaatttgtgcattctgggtaa
acaaaatactaactgaacaacattgttttgtactcttttcagtgtaccct
tctaaaatgaggaaaagaagtctaaacaggccttgcctgccttcaatata
taccacattccttcatccagccttcaatatcatgttggctcttgaatacc
taaagtgacaggaatcagatgtactaggagtggaaatgaggaagcttacc
ccagtttaaatcaacactgagattcaggggaggactctggagttcttgca
ccatctgactttcctatacactaggcttttagcattttcaccacagacct
actacattttgtcatggtggatctcagtctaggattctgaagtgtggtcc
atcttatcacagtgccctgaagaagcatcaagtttgttcagttttgattt
ttgcatcacaacacctgctctcaatgcctcctaattcttccactactcct
gccctagcaaacaaagtctatctcatataggttgcagctagacatttttt
ttgtatgtatgactggcttcagagcttacaatcagatgtgtgtaatttct
gtttggcttatcttctaccactatgcaaattttattcagtaaataatggt
tttcttgggataagtggtattacctgaatcagtctgtaaatgccaggaag
tccataaccagagaagacctcccgtgtacaatggtcattctacctacacc
ctccccacaggaggaaaagctgggactccataatggacagttaaaattcc
tgcatgttctagtcctcccaaattcagcaatgacatctatcaggcaaaaa
tgaaatcttcagcctgcctgaaaattgcaaataacctgagatatgcacta
aggcataggctaacttctacttcttagataagaacattgtgctaaagtaa
aaaaaagtaaataaaaataaaagatttagagagaaaaattaggagtgtgg
gaaggggg

gaattcagtttagaatctttatatattttagaaaatgtgtgagatgtctt
attctaacgtccttatctttaaggcatagaacatcatttatgtcaggaca
gaagacttcagctttgaatataaacatcctgaaagattaaccctttacaa
ctaataggtaatactaggtcccattgaaaataaggcaaataaacattaac
aaaatgattggagaacatttgaaagcccatataataggatttaaaagaca
ctatgttggagttcccaaatgactcagccttagaggtgcttgctaccaag
tctgaagatttaactttgatacagaatacacatatggatagatagaactg
actagagcaagttatactttgacctcaccaaaagtctttgtattgtattc
ttatttaagcatgtgcatccatgaacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacctagaacatctgacatgtgattgtgaataagcaagtaa
agacagaatggagccatagaacgaaaaggatccagaagatcagaatacaa
cgttaaagtcagtatgaggccaagcagagcaatccaggcaaaagactgaa
tcaatcagcttgaaaaattaggtggtactgaggctagacgcttccagtta
ggtcagaaaaagaaaggttctggacttagcccaagtcgtgtattcacaca
gctttgaatatggttctaatctcattccttcatataagcaaacaaaagca
gcattcaaactcacccctccccccacacacacacaagtgtagacctgtaa
aatatgtatgtatgtttatgcatttcttatcagcctgaataattttttta
tctttattttgggcaggtacattattttttaacgtttattgtaaaattgt
ggaggagttttccctatactctgggtatgccactacttaacaaaaatcat
tatttacttttaaaagaactaggtttttggtttacatttatggtgtctgg
tgaacaaacacacatggtacattggatgtatctctagcggaactgataaa
tttgatgtaagtgccctggtagctagatacaggccaggcagttatgtgct
atgaacatggtttgttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_101725777_101726893
seq2: B6Ng01-305O08.b_45_1152 (reverse)

seq1  CCCCCT--CCACACTCCTAATTTTTCTTCTCTAATTCTTTTTATTTTTTA  48
      ||||||  |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  
seq2  CCCCCTTCCCACACTCCTAATTTTTC-TCTCTAAATC-TTTTATTTTT--  46

seq1  TTTTACTTTTTTTTACTTTTAGCACAATGTTCCTTAATCTAGGAAAGTAG  98
       ||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||| | ||||||
seq2  ATTTACTTTTTTTTAC-TTTAGCACAATGTTC--TTATCTAAG-AAGTAG  92

seq1  AAGTTAGCCTATGCCCTTAGTTGCATATCTCAGGTTATTTGCAATTTTCA  148
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGCCTATG-CCTTAG-TGCATATCTCAGGTTATTTGCAATTTTCA  140

seq1  GGCAGGCCTGAGATTTCATTTTTGCCCTGATAGATGTCATTGCTGAATTT  198
      |||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCTGAAGATTTCATTTTTG-CCTGATAGATGTCATTGCTGAATTT  189

seq1  GGGAGGACTAGAACATGCAGGAATTTTAACTGTCCATTATGGAGTCCCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGACTAGAACATGCAGGAATTTTAACTGTCCATTATGGAGTCCCAG  239

seq1  CTTTTCCTCCTGTGGGGAGGGTGTAGGTAGAATGACCATTGTACACGGGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTCCTGTGGGGAGGGTGTAGGTAGAATGACCATTGTACACGGGA  289

seq1  GGTCTTCTCTGGTTATGGACTTCCTGGCATTTACAGACTGATTCAGGTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCTCTGGTTATGGACTTCCTGGCATTTACAGACTGATTCAGGTAA  339

seq1  TACCACTTATCCCAAGAAAACCATTATTTACTGAATAAAATTTGCATAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTTATCCCAAGAAAACCATTATTTACTGAATAAAATTTGCATAGT  389

seq1  GGTAGAAGATAAGCCAAACAGAAATTACACACATCTGATTGTAAGCTCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAGATAAGCCAAACAGAAATTACACACATCTGATTGTAAGCTCTG  439

seq1  AAGCCAGTCATACATACAAAAAAAATGTCTAGCTGCAACCTATATGAGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGTCATACATACAAAAAAAATGTCTAGCTGCAACCTATATGAGAT  489

seq1  AGACTTTGTTTGCTAGGGCAGGAGTAGTGGAAGAATTAGGAGGCATTGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGTTTGCTAGGGCAGGAGTAGTGGAAGAATTAGGAGGCATTGAG  539

seq1  AGCAGGTGTTGTGATGCAAAAATCAAAACTGAACAAACTTGATGCTTCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTGTTGTGATGCAAAAATCAAAACTGAACAAACTTGATGCTTCTT  589

seq1  CAGGGCACTGTGATAAGATGGACCACACTTCAGAATCCTAGACTGAGATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCACTGTGATAAGATGGACCACACTTCAGAATCCTAGACTGAGATC  639

seq1  CACCATGACAAAATGTAGTAGGTCTGTGGTGAAAATGCTAAAAGCCTAGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGACAAAATGTAGTAGGTCTGTGGTGAAAATGCTAAAAGCCTAGT  689

seq1  GTATAGGAAAGTCAGATGGTGCAAGAACTCCAGAGTCCTCCCCTGAATCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGGAAAGTCAGATGGTGCAAGAACTCCAGAGTCCTCCCCTGAATCT  739

seq1  CAGTGTTGATTTAAACTGGGGTAAGCTTCCTCATTTCCACTCCTAGTACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGATTTAAACTGGGGTAAGCTTCCTCATTTCCACTCCTAGTACA  789

seq1  TCTGATTCCTGTCACTTTAGGTATTCAAGAGCCAACATGATATTGAAGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTCCTGTCACTTTAGGTATTCAAGAGCCAACATGATATTGAAGGC  839

seq1  TGGATGAAGGAATGTGGTATATATTGAAGGCAGGCAAGGCCTGTTTAGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGGAATGTGGTATATATTGAAGGCAGGCAAGGCCTGTTTAGAC  889

seq1  TTCTTTTCCTCATTTTAGAAGGGTACACTGAAAAGAGTACAAAACAATGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCTCATTTTAGAAGGGTACACTGAAAAGAGTACAAAACAATGT  939

seq1  TGTTCAGTTAGTATTTTGTTTACCCAGAATGCACAAATTCCTGAGCTCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGTTAGTATTTTGTTTACCCAGAATGCACAAATTCCTGAGCTCTA  989

seq1  GTCTATAGCCTCAGCATCACCATGCAAACATGAATGGTGCCTATACATAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATAGCCTCAGCATCACCATGCAAACATGAATGGTGCCTATACATAG  1039

seq1  CCTGAGCACTAGGAGAGTTAAAGAGGAGTCATTGGAAGATCTAAGTAGGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCACTAGGAGAGTTAAAGAGGAGTCATTGGAAGATCTAAGTAGGC  1089

seq1  CTTGAATACAATGGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATACAATGGAATTC  1108


seq1: chr1_101583459_101584553
seq2: B6Ng01-305O08.g_70_1188

seq1  GAATTCAGTTTAGAATCTTTATATATTTTAGAAAATGTGTGAGATGTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTAGAATCTTTATATATTTTAGAAAATGTGTGAGATGTCTT  50

seq1  ATTCTAACGTCCTTATCTTTAAGGCATAGAACATCATTTATGTCAGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAACGTCCTTATCTTTAAGGCATAGAACATCATTTATGTCAGGACA  100

seq1  GAAGACTTCAGCTTTGAATATAAACATCCTGAAAGATTAACCCTTTACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTTCAGCTTTGAATATAAACATCCTGAAAGATTAACCCTTTACAA  150

seq1  CTAATAGGTAATACTAGGTCCCATTGAAAATAAGGCAAATAAACATTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAGGTAATACTAGGTCCCATTGAAAATAAGGCAAATAAACATTAAC  200

seq1  AAAATGATTGGAGAACATTTGAAAGCCCATATAATAGGATTTAAAAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATTGGAGAACATTTGAAAGCCCATATAATAGGATTTAAAAGACA  250

seq1  CTATGTTGGAGTTCCCAAATGACTCAGCCTTAGAGGTGCTTGCTACCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTGGAGTTCCCAAATGACTCAGCCTTAGAGGTGCTTGCTACCAAG  300

seq1  TCTGAAGATTTAACTTTGATACAGAATACACATATGGATAGATAGAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGATTTAACTTTGATACAGAATACACATATGGATAGATAGAACTG  350

seq1  ACTAGAGCAAGTTATACTTTGACCTCACCAAAAGTCTTTGTATTGTATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGCAAGTTATACTTTGACCTCACCAAAAGTCTTTGTATTGTATTC  400

seq1  TTATTTAAGCATGTGCATCCATGAACACACACACACACACACACACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAAGCATGTGCATCCATGAACACACACACACACACACACACACAC  450

seq1  ACACACACACACCTAGAACATCTGACATGTGATTGTGAATAAGCAAGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACCTAGAACATCTGACATGTGATTGTGAATAAGCAAGTAA  500

seq1  AGACAGAATGGAGCCATAGAACGAAAAGGATCCAGAAGATCAGAATACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAATGGAGCCATAGAACGAAAAGGATCCAGAAGATCAGAATACAA  550

seq1  CGTTAAAGTCAGTATGAGGCCAAGCAGAGCAATCCAGGCAAAAGACTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAAAGTCAGTATGAGGCCAAGCAGAGCAATCCAGGCAAAAGACTGAA  600

seq1  TCAATCAGCTTGAAAAATTAGGTGGTACTGAGGCTAGACGCTTCCAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAGCTTGAAAAATTAGGTGGTACTGAGGCTAGACGCTTCCAGTTA  650

seq1  GGTCAGAAAAAGAAAGGTTCTGGACTTAGCCCAAGTCGTGTATTCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAAAAAGAAAGGTTCTGGACTTAGCCCAAGTCGTGTATTCACACA  700

seq1  GC-TTGAATATGGTTCTAATCTCATTCCTTCATATAAGCAAACAAAAGCA  749
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAATATGGTTCTAATCTCATTCCTTCATATAAGCAAACAAAAGCA  750

seq1  GCATTCAAACTCACCCCTCCCCCCACACACACACAAGTGTAGAACCTGTA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCATTCAAACTCACCCCTCCCCCCACACACACACAAGTGTAG-ACCTGTA  799

seq1  AAATATGTATGTATGTTTATGCATTACTTATCAGCCTG-ATAATTTTTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  AAATATGTATGTATGTTTATGCATTTCTTATCAGCCTGAATAATTTTTTT  849

seq1  AATCTTTATTTT-GGCAGGTACAT--ATTTTTAACGTTTATTGT-AAATT  894
       ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||| |||||
seq2  -ATCTTTATTTTGGGCAGGTACATTATTTTTTAACGTTTATTGTAAAATT  898

seq1  GTGGAGGAG-TTTCCCTATACTCT-GGTATG-CACTACTTA--CAAAATC  939
      ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||   ||||||
seq2  GTGGAGGAGTTTTCCCTATACTCTGGGTATGCCACTACTTAACAAAAATC  948

seq1  ATTA-TTACTTTTAAAAG-ACTAG---TTTTGTTTACATTTAT-GTGTCT  983
      |||| ||||||||||||| |||||   ||| |||||||||||| ||||||
seq2  ATTATTTACTTTTAAAAGAACTAGGTTTTTGGTTTACATTTATGGTGTCT  998

seq1  -GTGAACAAACACACAT-GTACA-TGGATGTATCTCTAGCGG-ACTGA-A  1028
       |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |
seq2  GGTGAACAAACACACATGGTACATTGGATGTATCTCTAGCGGAACTGATA  1048

seq1  AATTTGATGT-AGTGCC--TGTAGCTAGATACAGG-CAGGCAGTTATGTG  1074
      |||||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATTTGATGTAAGTGCCCTGGTAGCTAGATACAGGCCAGGCAGTTATGTG  1098

seq1  CTATTGAACAT-GTTTGTTGGG  1095
      ||| ||||||| ||||||||||
seq2  CTA-TGAACATGGTTTGTTGGG  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |