BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306P04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 115,733,349 - 115,843,909
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666635
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306P04.bB6Ng01-306P04.g
ACCGA099850GA099851
length524628
definitionB6Ng01-306P04.b B6Ng01-306P04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,843,386 - 115,843,909)(115,733,349 - 115,733,976)
sequence
gaattcaccaattggtcacatttacatgttcaacttttcaattctcaaaa
ctgtacaaaattaatttctcttctttctaattttcacatcccatgatatt
gtgttacagaagcataaaagaaatcagcagatccttaaacagaattcaag
tgactactctattgacaacacgtgatacaagttaaggttaagaaaacaca
gattttctatcttcctattttctttgatcacttatgtggggagcttggca
catgttccaggccaggaatctggcagagagtggggagttgcctaagtctc
aagaatgtgttcaagtctcccagatttcaaccagctctactcatcaagct
tcctggcatggttttactgtctccaacaaaaccctacttcctaaaattac
tacaaccatctcaaactgtatcactagccagagaccaagtgttcaaatat
acctacctaatgggacatttcagagtcaatccacgtcaccatgcttctct
gtagttatagcacccagagggttt

gaattcagtctccaaagatgtctttactaagatatttgacatccagggat
gaatgtatgaatgtcctcaggttaaaaattaaacaataaaaaatataaat
aaatatgcaaagaaaacacagaaatctgaggacatgagagatggtttggt
gccacagactggacccagttggcccatctcaatttgtgggaatcagggtc
tcggacagatgagagtcagttagaatgggtgacaaacagacaggacacca
gggagtgtgctagatctgaatataatgtcaaactgagcatcaaagttttt
atacagaagaaaataggcaagttaggtgacacatcatcaaggtacaataa
ggttactggatgcttaatgactcttaaacaaaacagaggaatgcaaacac
aaagacttacaggaactggacaataaaacaactgagacaaagtcagctct
atctaaggtcagctatagtcttagaagccaggtgtgaggtttttacactt
ccagggcaaggactttcttgcccaagtcatggttccaattagggagttct
gctcgagctaaccttcttttgaataatgcaatactctaaaaccacagctg
gatctacttcctaaaccattgtaaattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_115843386_115843909
seq2: B6Ng01-306P04.b_49_572 (reverse)

seq1  AAACCCTCTGGGTGCTATAACTACAGAGAAGCATGGTGACGTGGATTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTCTGGGTGCTATAACTACAGAGAAGCATGGTGACGTGGATTGAC  50

seq1  TCTGAAATGTCCCATTAGGTAGGTATATTTGAACACTTGGTCTCTGGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATGTCCCATTAGGTAGGTATATTTGAACACTTGGTCTCTGGCTA  100

seq1  GTGATACAGTTTGAGATGGTTGTAGTAATTTTAGGAAGTAGGGTTTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACAGTTTGAGATGGTTGTAGTAATTTTAGGAAGTAGGGTTTTGTT  150

seq1  GGAGACAGTAAAACCATGCCAGGAAGCTTGATGAGTAGAGCTGGTTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGTAAAACCATGCCAGGAAGCTTGATGAGTAGAGCTGGTTGAAA  200

seq1  TCTGGGAGACTTGAACACATTCTTGAGACTTAGGCAACTCCCCACTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGACTTGAACACATTCTTGAGACTTAGGCAACTCCCCACTCTCT  250

seq1  GCCAGATTCCTGGCCTGGAACATGTGCCAAGCTCCCCACATAAGTGATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATTCCTGGCCTGGAACATGTGCCAAGCTCCCCACATAAGTGATCA  300

seq1  AAGAAAATAGGAAGATAGAAAATCTGTGTTTTCTTAACCTTAACTTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATAGGAAGATAGAAAATCTGTGTTTTCTTAACCTTAACTTGTAT  350

seq1  CACGTGTTGTCAATAGAGTAGTCACTTGAATTCTGTTTAAGGATCTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTTGTCAATAGAGTAGTCACTTGAATTCTGTTTAAGGATCTGCTG  400

seq1  ATTTCTTTTATGCTTCTGTAACACAATATCATGGGATGTGAAAATTAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTATGCTTCTGTAACACAATATCATGGGATGTGAAAATTAGAA  450

seq1  AGAAGAGAAATTAATTTTGTACAGTTTTGAGAATTGAAAAGTTGAACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAAATTAATTTTGTACAGTTTTGAGAATTGAAAAGTTGAACATG  500

seq1  TAAATGTGACCAATTGGTGAATTC  524
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGACCAATTGGTGAATTC  524


seq1: chr1_115733349_115733976
seq2: B6Ng01-306P04.g_68_695

seq1  GAATTCAGTCTCCAAAGATGTCTTTACTAAGATATTTGACATCCAGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTCCAAAGATGTCTTTACTAAGATATTTGACATCCAGGGAT  50

seq1  GAATGTATGAATGTCCTCAGGTTAAAAATTAAACAATAAAAAATATAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTATGAATGTCCTCAGGTTAAAAATTAAACAATAAAAAATATAAAT  100

seq1  AAATATGCAAAGAAAACACAGAAATCTGAGGACATGAGAGATGGTTTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCAAAGAAAACACAGAAATCTGAGGACATGAGAGATGGTTTGGT  150

seq1  GCCACAGACTGGACCCAGTTGGCCCATCTCAATTTGTGGGAATCAGGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGACTGGACCCAGTTGGCCCATCTCAATTTGTGGGAATCAGGGTC  200

seq1  TCGGACAGATGAGAGTCAGTTAGAATGGGTGACAAACAGACAGGACACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACAGATGAGAGTCAGTTAGAATGGGTGACAAACAGACAGGACACCA  250

seq1  GGGAGTGTGCTAGATCTGAATATAATGTCAAACTGAGCATCAAAGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGTGCTAGATCTGAATATAATGTCAAACTGAGCATCAAAGTTTTT  300

seq1  ATACAGAAGAAAATAGGCAAGTTAGGTGACACATCATCAAGGTACAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAAGAAAATAGGCAAGTTAGGTGACACATCATCAAGGTACAATAA  350

seq1  GGTTACTGGATGCTTAATGACTCTTAAACAAAACAGAGGAATGCAAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACTGGATGCTTAATGACTCTTAAACAAAACAGAGGAATGCAAACAC  400

seq1  AAAGACTTACAGGAACTGGACAATAAAACAACTGAGACAAAGTCAGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTTACAGGAACTGGACAATAAAACAACTGAGACAAAGTCAGCTCT  450

seq1  ATCTAAGGTCAGCTATAGTCTTAGAAGCCAGGTGTGAGGTTTTTACACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAGGTCAGCTATAGTCTTAGAAGCCAGGTGTGAGGTTTTTACACTT  500

seq1  CCAGGGCAAGGACTTTCTTGCCCAAGTCATGGTTCCAATTAGGGAGTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCAAGGACTTTCTTGCCCAAGTCATGGTTCCAATTAGGGAGTTCT  550

seq1  GCTCGAGCTAACCTTCTTTTGAATAATGCAATACTCTAAAACCACAGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGAGCTAACCTTCTTTTGAATAATGCAATACTCTAAAACCACAGCTG  600

seq1  GATCTACTTCCTAAACCATTGTAAATTC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACTTCCTAAACCATTGTAAATTC  628


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |