BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307K19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 7,491,262 - 7,589,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665063
Upstream geneSt18, LOC665015, LOC665027, LOC100039347, LOC435608, Pcmtd1, LOC545302
Downstream geneLOC665069, LOC100039408, Sntg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307K19.bB6Ng01-307K19.g
ACCGA100383GA100384
length1,1471,113
definitionB6Ng01-307K19.b B6Ng01-307K19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,588,788 - 7,589,948)(7,491,262 - 7,492,366)
sequence
gaattcaaccaaaccaatcactactattatatattttaataaactcagag
tataccttaaagtttactaattaaatccaagagtcttatactgctagtaa
agttaaagtaaactagtctgaatatgtggcactggtaccttgattcattc
aatatccttaggtacttctcaatcccttagacatgtcactctgttctatg
tgcatggtcaagatattagattactatccaagaactgcagatttctgcat
ggcatcaaatttactttcaggagtagatcttatgtggcaggtacaaagta
ggatcatcaactttagcttctctattggctaatcctccttgtttggttag
agagtgttcactgagttctccatgagtcagagttataacaccttcagagc
agcaatacatgagccaaatacaagttctcctgaaggtagtggagcaggtg
cacttaatagtgttcttcagactcaggaactctgatgctgtcactttcct
gagagtagatctgtaaatcatatggctttccagccttcactaaaacctca
gcaatatactggtgtgttcaaagtgaacattctcatccaagaccccatgt
aagaggagtaaacagttttgttctgagggggaacttctccacttgcatgg
ccacagatcctaagtaatagccctgttcattctggtcacggtgacccata
tagtgctctgtgtatcctgtatcatagaagatctacaaaatgactagggc
cctatcaatagcaacccagaagatatccaaccctgatgcattaacaccat
aggacaagcaatggatggtcacttgatccaagtcaatgaagttatattga
gatactaggtactggagtcctttcacttgaccatcgatttctatttgacc
cacttttttgtttaaaggtgccttcaaatttaagccctctgtaacaggat
cccctgttttctatcacaataaccacataacccaggagttcaggtgttca
gacagaaaatacttgaaatactgattcctaaccaattgttcaccagctgt
actggggaccacatgatgaagaggaacagtgggaattctttctaggctgt
aggtcatgagcctatacaacatttccatacggtattcgtagtacttt

gaattctttggcatgtagtagcatgatttaatgggtttaacttcacgttg
gtatgagagccatgcatattcagtagaaatcgtatttcaaattctgattt
tggagaagactagtaatatttgctatggttgtgacaccagatatttcctg
ctttctgtcaagtaggtaatcatatgcgtaccttatattaatgactttat
gtcatagtcttagaactattggctgatgttagtcttctaaacttttagat
aaaggaaatacatttttgacttgaaatattttcatcttatttagggattg
cacaaatgtagcctgatagtaattcaagaagcatctgcattagctgttag
aaatttacacagactgaggcaggacagaaaaacttggggagaaacttacc
tagatttaaatagctattttgtaattcttaagtatttacattttctgtgt
gcatgtgtctattttctttctgtgattagcaagaattatttgcttaatgt
tgaaatgacagcattataattctggtaaatgcaagtcatgtgaaggtata
tgtgcattttatatgcttaaaatatctgctctttgctttgagagctgaca
tggtagtttctgtaaatgcacacatacatatagatatacacacataaaga
tcacatatatccatacataccacacatatacacatacataaaacaggcac
acatacatatatatgcatacacacacacatatatacatatacacacatac
cacatgcacacatatacatacaatatacacgtattcttacacacatatat
tacatggatacacacatcaataccacacacacatatttatatgctgtata
cacacatgcctaccagacacatacacatctgtctacatgctacaaacatg
tacatactatatacattcatttatatctacattccatgtacacacacaca
cacatacctagcacatacatatgcattctgcacacacatacatactacgt
acatacaatgaatatataagaatataatatattacaaatgcacaatgcta
ctaatacacattatgccacacataacatacataacataggcacatacaaa
ttagaataccaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_7588788_7589948
seq2: B6Ng01-307K19.b_44_1190 (reverse)

seq1  AAAGTACTACGGGATTTACACTGTATGG-AATGTTGTATAAGCCTCATGA  49
      |||||||||||      | || |||||| |||||||||| || |||||||
seq2  AAAGTACTACG-----AATACCGTATGGAAATGTTGTAT-AGGCTCATGA  44

seq1  CCTACAGCCTAGAAAGAAATACCCCACTG-TCCTCTTCATCCATGGTGGT  98
      |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||| ||| |||||
seq2  CCTACAGCCTAGAAAGAATT--CCCACTGTTCCTCTTCAT-CAT-GTGGT  90

seq1  CCCCAGGTACAGCTGGTGAACAATTGGTTTAAGGGAATCAAGTATTTCAA  148
      ||||| |||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||
seq2  CCCCA-GTACAGCTGGTGAACAATTGGTT---AGGAATC-AGTATTTCAA  135

seq1  GTA-TTTCTGTCTGAACACCCTGAACTCCCTGGGTTATGTGGTTATTGTG  197
      ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTCTGTCTGAACA-CCTGAACT-CCTGGGTTATGTGGTTATTGTG  183

seq1  ATAGAAAACAGGGGATCCTGTTACAGAGGGCTTAAATTTGAAGGCACCTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAACAGGGGATCCTGTTACAGAGGGCTTAAATTTGAAGGCACCTT  233

seq1  TAAACAAAAAAGTGGGTCAAATAGAAATCGATGGTCAAGTGAAAGGACTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAAAAAGTGGGTCAAATAGAAATCGATGGTCAAGTGAAAGGACTC  283

seq1  CAGTACCTAGTATCTCAATATAACTTCATTGACTTGGATCAAGTGACCAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCTAGTATCTCAATATAACTTCATTGACTTGGATCAAGTGACCAT  333

seq1  CCATTGCTTGTCCTATGGTGTTAATGCATCAGGGTTGGATATCTTCTGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCTTGTCCTATGGTGTTAATGCATCAGGGTTGGATATCTTCTGGG  383

seq1  TTGCTATTGATAGGGCCCTAGTCATTTTGTAGATCTTCTATGATACAGGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATTGATAGGGCCCTAGTCATTTTGTAGATCTTCTATGATACAGGA  433

seq1  TACACAGAGCACTATATGGGTCACCGTGACCAGAATGAACAGGGCTATTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGCACTATATGGGTCACCGTGACCAGAATGAACAGGGCTATTA  483

seq1  CTTAGGATCTGTGGCCATGCAAGTGGAGAAGTTCCCCCTCAGAACAAAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGATCTGTGGCCATGCAAGTGGAGAAGTTCCCCCTCAGAACAAAAC  533

seq1  TGTTTACTCCTCTTACATGGGGTCTTGGATGAGAATGTTCACTTTGAACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTCCTCTTACATGGGGTCTTGGATGAGAATGTTCACTTTGAACA  583

seq1  CACCAGTATATTGCTGAGGTTTTAGTGAAGGCTGGAAAGCCATATGATTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTATATTGCTGAGGTTTTAGTGAAGGCTGGAAAGCCATATGATTT  633

seq1  ACAGATCTACTCTCAGGAAAGTGACAGCATCAGAGTTCCTGAGTCTGAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCTACTCTCAGGAAAGTGACAGCATCAGAGTTCCTGAGTCTGAAG  683

seq1  AACACTATTAAGTGCACCTGCTCCACTACCTTCAGGAGAACTTGTATTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTATTAAGTGCACCTGCTCCACTACCTTCAGGAGAACTTGTATTTG  733

seq1  GCTCATGTATTGCTGCTCTGAAGGTGTTATAACTCTGACTCATGGAGAAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGTATTGCTGCTCTGAAGGTGTTATAACTCTGACTCATGGAGAAC  783

seq1  TCAGTGAACACTCTCTAACCAAACAAGGAGGATTAGCCAATAGAGAAGCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAACACTCTCTAACCAAACAAGGAGGATTAGCCAATAGAGAAGCT  833

seq1  AAAGTTGATGATCCTACTTTGTACCTGCCACATAAGATCTACTCCTGAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGATGATCCTACTTTGTACCTGCCACATAAGATCTACTCCTGAAA  883

seq1  GTAAATTTGATGCCATGCAGAAATCTGCAGTTCTTGGATAGTAATCTAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTTGATGCCATGCAGAAATCTGCAGTTCTTGGATAGTAATCTAAT  933

seq1  ATCTTGACCATGCACATAGAACAGAGTGACATGTCTAAGGGATTGAGAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGACCATGCACATAGAACAGAGTGACATGTCTAAGGGATTGAGAAG  983

seq1  TACCTAAGGATATTGAATGAATCAAGGTACCAGTGCCACATATTCAGACT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAAGGATATTGAATGAATCAAGGTACCAGTGCCACATATTCAGACT  1033

seq1  AGTTTACTTTAACTTTACTAGCAGTATAAGACTCTTGGATTTAATTAGTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACTTTAACTTTACTAGCAGTATAAGACTCTTGGATTTAATTAGTA  1083

seq1  AACTTTAAGGTATACTCTGAGTTTATTAAAATATATAATAGTAGTGATTG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAGGTATACTCTGAGTTTATTAAAATATATAATAGTAGTGATTG  1133

seq1  GTTTGGTTGAATTC  1161
      ||||||||||||||
seq2  GTTTGGTTGAATTC  1147


seq1: chr1_7491262_7492366
seq2: B6Ng01-307K19.g_63_1175

seq1  GAATTCTTTGGCATGTAGTAGCATGATTTAATGGGTTTAACTTCACGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGCATGTAGTAGCATGATTTAATGGGTTTAACTTCACGTTG  50

seq1  GTATGAGAGCCATGCATATTCAGTAGAAATCGTATTTCAAATTCTGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGAGCCATGCATATTCAGTAGAAATCGTATTTCAAATTCTGATTT  100

seq1  TGGAGAAGACTAGTAATATTTGCTATGGTTGTGACACCAGATATTTCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAGACTAGTAATATTTGCTATGGTTGTGACACCAGATATTTCCTG  150

seq1  CTTTCTGTCAAGTAGGTAATCATATGCGTACCTTATATTAATGACTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTCAAGTAGGTAATCATATGCGTACCTTATATTAATGACTTTAT  200

seq1  GTCATAGTCTTAGAACTATTGGCTGATGTTAGTCTTCTAAACTTTTAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGTCTTAGAACTATTGGCTGATGTTAGTCTTCTAAACTTTTAGAT  250

seq1  AAAGGAAATACATTTTTGACTTGAAATATTTTCATCTTATTTAGGGATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAATACATTTTTGACTTGAAATATTTTCATCTTATTTAGGGATTG  300

seq1  CACAAATGTAGCCTGATAGTAATTCAAGAAGCATCTGCATTAGCTGTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATGTAGCCTGATAGTAATTCAAGAAGCATCTGCATTAGCTGTTAG  350

seq1  AAATTTACACAGACTGAGGCAGGACAGAAAAACTTGGGGAGAAACTTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTACACAGACTGAGGCAGGACAGAAAAACTTGGGGAGAAACTTACC  400

seq1  TAGATTTAAATAGCTATTTTGTAATTCTTAAGTATTTACATTTTCTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTAAATAGCTATTTTGTAATTCTTAAGTATTTACATTTTCTGTGT  450

seq1  GCATGTGTCTATTTTCTTTCTGTGATTAGCAAGAATTATTTGCTTAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTCTATTTTCTTTCTGTGATTAGCAAGAATTATTTGCTTAATGT  500

seq1  TGAAATGACAGCATTATAATTCTGGTAAATGCAAGTCATGTGAAGGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGACAGCATTATAATTCTGGTAAATGCAAGTCATGTGAAGGTATA  550

seq1  TGTGCATTTTATATGCTTAAAATATCTGCTCTTTGCTTTGAGAGCTGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTTTATATGCTTAAAATATCTGCTCTTTGCTTTGAGAGCTGACA  600

seq1  TGGTAGTTTCTGTAAATGCACACATACATATAGATATACACACATAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTTTCTGTAAATGCACACATACATATAGATATACACACATAAAGA  650

seq1  TCACATATATCCATACATACCACACATATACACATACATAAAACAGGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATATATCCATACATACCACACATATACACATACATAAAACAGGCAC  700

seq1  ACATACATATATATGCATACACACACACATATATACATATACACACATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATATATATGCATACACACACACATATATACATATACACACATAC  750

seq1  CACATGCACACATATACATACAATATACACGTATTCTTACACACATATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCACACATATACATACAATATACACGTATTCTTACACACATATAT  800

seq1  TACATGGATACACACATCAATACCACACACACATATTTATATGCTGTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGATACACACATCAATACCACACACACATATTTATATGCTGTATA  850

seq1  CACACATGCCTACCAGACACATACACATCTGTCTACATGCTACAAACATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCCTACCAGACACATACACATCTGTCTACATGCTACAAACATG  900

seq1  TACATACTATATACATTCATTTATATCTACATTCCATGTACACACACACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACTATATACATTCATTTATATCTACATTCCATGTACACACACACA  950

seq1  CACATACCTAGCACATACATATGCATTCTGCACACACATACATACTACGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACCTAGCACATACATATGCATTCTGCACACACATACATACTACGT  1000

seq1  ACATACCAATG-ATATATAAGAATAT-ATATATTACAAATGCACATGCCT  1048
      ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||
seq2  ACATA-CAATGAATATATAAGAATATAATATATTACAAATGCACAATGCT  1049

seq1  ACT-ATACACA-TATG-CACACAT-ACATACCATACATA-GCACATACAA  1093
      ||| ||||||| |||| ||||||| ||||||   ||||| ||||||||||
seq2  ACTAATACACATTATGCCACACATAACATACATAACATAGGCACATACAA  1099

seq1  A-TAG-ATACCACA  1105
      | ||| ||||||||
seq2  ATTAGAATACCACA  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |