BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308A17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 176,751,793 - 176,886,261
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFmn2, Grem2
Upstream geneEG666028, LOC100040462, Mnda, Ifi203, Ifi202b, Ifi205, Olfr433, Olfr432, GA_x5J8B7W3B3M-30314-31216, Olfr430, Olfr429, Olfr426, Olfr1528-ps1, Olfr244, Olfr424, Olfr423-ps1, Olfr421, Olfr422-ps1, Olfr420, Spna1, Olfr419, 1810030J14Rik, Olfr417, GA_x5J8B7W3B3M-312879-313274, GA_x5J8B7W3B3M-318013-318414, Olfr415, Olfr414, Olfr220
Downstream geneRgs7, Fh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64, Exo1, Gm104
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308A17.bB6Ng01-308A17.g
ACCGA100648GA100649
length1,0831,151
definitionB6Ng01-308A17.b B6Ng01-308A17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(176,751,793 - 176,752,868)(176,885,098 - 176,886,261)
sequence
gaattctttgtatctacttgacttctgcttatacagtgtctatttgagaa
gtaaataccatcaatatgtcatgattcatacctctcccatgcttaagttg
ctctctatgatatttcccttgaagccctatgaaaaactggtctgcagcag
aggtaaaagaaatcatgggatgtttctctatgtctaacactgcaataacc
acccccctctctctctcacacacacacatacacatacacacaattctctc
tcttacacacacacacacatagtttctcactcatggaccgatacacatac
acatacattctttctcacacacatacacaagcttcacttaatattttcaa
gaaatttgagtaagtaaagttcatgacaaatttattttttgacaaccact
tattgtaaaaaaaaaatagaaaaaaaatagatggatcagatttatcagga
ccgtgttaagtaaaatacctgtctgcatattttgacatgcctgggttgtg
atcatgtgttacagcaggtgatctaccactatgatgtgaggatgatgtat
tcgtttctcatctaaagggccctagggagggaatttattcactctgtcag
gaaaagattggtaaatttcctattctttcaaacctatttaagccagatca
caattgattaagatggttttatataacattaatagttgttcttttcaatt
gctgctaataatatttgttgagagttatggttttagaaaaggggaaaaat
tattgctattgcaaaccagttacagacagcaacttaaaaataatgttcta
aatcatagctatacttgtatttatgtaaagtatgatctcttgccttttac
tttgtattttgagtgcaaagaaacagtagtgttttattttcttctgctgg
tgttttgtagctttcctgtcccacagtcctgccaatgtgtacataccact
cttcaatgaagtaatagggcatttaacaaagatcgctatgtgcatactgt
atttaggtgtttctatttccaatttttttagggatgttaatttatatgaa
aataaaatggataataaaaaaaatttttctgtg
gaattctcatgctcccctcacatcagacaggttgagacttgtgatccctg
ggtaggtagagtctatgtctctaccaagcctgaagaaattaaatgaatgt
ttaacccttgaaattaagggatctaagtctcagaaggtacattaaagaaa
gaaaggtaaggagaattatgggaactcaagaatgaaaggaaacgtctcac
aagagtctgcatggagactcttactatctgacaattaagaatcccaggac
aggggttaaggagatgactcagaggtttcaaacacttgctgttcttctat
aggactggggtttgactccctgtacctacatggcagctcacagctgtctg
taactctagtaccaggaaatccaacaccctttgctagcttcgaaagaccc
tacacgcatgcatagtgcacagatttacaatgtcagtgaaacacccataa
atgtaaaacaataaaataattaaacaaaattttcagatcaattaatagca
tttctgtcaaagttaaccaatagcagcgaaccaggcttaaggcccgaatg
tctatgagcttgtataggattcattccttcactctgactttttctggaaa
tttcagcactacttgcttattgtgaaggtgacccacattctcacaaccct
gttacctccagagccatcgtatgtgtggatgataaccctgtcagatgcct
cagaaacttgcttgttctcattttgattgcttggcaagaatagcccccaa
actcagcaatgcgggatgtttgaagacaatcacacaacacagtttcctaa
agaagcctgcccctgtgtggtttccattctccctgacagtattcatgttc
ttaatcatcattgtctttttgttgttgctgtttttaattaaaaaattata
tgtgggtaggtggtttttccccacatctgtgtaccacatgagtgcctgct
gccttttgaggccatttggttctctgggaactggagtagcatcatgtatg
tgctagggaactggaccagttctttgaaaagcaacagtacttttaccact
gagaatatctctctagcctctcattcgagatctgtaaggaagtccttttc
catgaaccttacctgtgctctgacgcttcctaaaatctgcttggcagcca
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_176751793_176752868
seq2: B6Ng01-308A17.b_45_1127

seq1  GAATTCTTTGTATCTACTTGACTTCTGCTTATACAGTGTCTATTTGAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTATCTACTTGACTTCTGCTTATACAGTGTCTATTTGAGAA  50

seq1  GTAAATACCATCAATATGTCATGATTCATACCTCTCCCATGCTTAAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATACCATCAATATGTCATGATTCATACCTCTCCCATGCTTAAGTTG  100

seq1  CTCTCTATGATATTTCCCTTGAAGCCCTATGAAAAACTGGTCTGCAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTATGATATTTCCCTTGAAGCCCTATGAAAAACTGGTCTGCAGCAG  150

seq1  AGGTAAAAGAAATCATGGGATGTTTCTCTATGTCTAACACTGCAATAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAAGAAATCATGGGATGTTTCTCTATGTCTAACACTGCAATAACC  200

seq1  ACCCCCCTCTCTCTCTCACACACACACATACACATACACACAATTCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCCTCTCTCTCTCACACACACACATACACATACACACAATTCTCTC  250

seq1  TCTTACACACACACACACATAGTTTCTCACTCATGGACCGATACACATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACACACACACACACATAGTTTCTCACTCATGGACCGATACACATAC  300

seq1  ACATACATTCTTTCTCACACACATACACAAGCTTCACTTAATATTTTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATTCTTTCTCACACACATACACAAGCTTCACTTAATATTTTCAA  350

seq1  GAAATTTGAGTAAGTAAAGTTCATGACAAATTTATTTTTTGACAACCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGAGTAAGTAAAGTTCATGACAAATTTATTTTTTGACAACCACT  400

seq1  TATTGTAAAAAAAAAATAGAAAAAAAATAGATGGATCAGATTTATCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAAAAAAAAAATAGAAAAAAAATAGATGGATCAGATTTATCAGGA  450

seq1  CCGTGTTAAGTAAAATACCTGTCTGCATATTTTGACATGCCTGGGTTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTTAAGTAAAATACCTGTCTGCATATTTTGACATGCCTGGGTTGTG  500

seq1  ATCATGTGTTACAGCAGGTGATCTACCACTATGATGTGAGGATGATGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTGTTACAGCAGGTGATCTACCACTATGATGTGAGGATGATGTAT  550

seq1  TCGTTTCTCATCTAAAGGGCCCTAGGGAGGGAATTTATTCACTCTGTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTCTCATCTAAAGGGCCCTAGGGAGGGAATTTATTCACTCTGTCAG  600

seq1  GAAAAGATTGGTAAATTTCCTATTCTTTCAAACCTATTTAAGCCAGATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGATTGGTAAATTTCCTATTCTTTCAAACCTATTTAAGCCAGATCA  650

seq1  CAATTGATTAAGATGGTTTTATATAACATTAATAGTTGTTCTTTTCAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGATTAAGATGGTTTTATATAACATTAATAGTTGTTCTTTTCAATT  700

seq1  GCTGCTAATAATATTTGTTGAGAGTTATGGTTTTAGAAAAGGGGAAAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTAATAATATTTGTTGAGAGTTATGGTTTTAGAAAAGGGGAAAAAT  750

seq1  TATTGCTATTGCAAACCAGTTACAGACAGCAACTTAAAAATAATGTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTATTGCAAACCAGTTACAGACAGCAACTTAAAAATAATGTTCTA  800

seq1  AATCATAGCTATACTTGTATTTATGTAAAGTATGATCTCTTGCCTTTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATAGCTATACTTGTATTTATGTAAAGTATGATCTCTTGCCTTTTAC  850

seq1  TTTGTATTTTGAGTGCAAAGAAACAGTAGTGTTTTATTTTCTTCTGCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTTTGAGTGCAAAGAAACAGTAGTGTTTTATTTTCTTCTGCTGG  900

seq1  TGTTTTGTAGCTTTCCTGTCCCACAGTCCTGCCAATGTGTACATACCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTAGCTTTCCTGTCCCACAGTCCTGCCAATGTGTACATACCACT  950

seq1  CTTCAATGAAGTAATAGGGCATTTAACAAAGATCGCTATGTGCAATACTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTCAATGAAGTAATAGGGCATTTAACAAAGATCGCTATGTGC-ATACTG  999

seq1  TATTTA-GTGTTTCTATTT-CAATTTTTT--AGGATGTTAATTTATATGA  1046
      |||||| |||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGGTGTTTCTATTTCCAATTTTTTTAGGGATGTTAATTTATATGA  1049

seq1  AAATAAAATGAATAAT----AAAATATTTCTGTG  1076
      |||||||||| |||||    ||||| ||||||||
seq2  AAATAAAATGGATAATAAAAAAAATTTTTCTGTG  1083

seq1: chr1_176885098_176886261
seq2: B6Ng01-308A17.g_67_1217 (reverse)

seq1  GTGGCTG-CAAGCAAAGAATTTTAGGAAAGCGGCCAGGAAGCACAGGTAT  49
      ||||||| ||||||    |||||||| |||| | |||  |||||||||| 
seq2  GTGGCTGCCAAGCA---GATTTTAGG-AAGC-GTCAG--AGCACAGGTAA  43

seq1  AGTTCATGAAAAGGGACTTTCCTACAGATCTTCGGAATGGAGAGGCTAGA  99
       ||||||| ||| |||||| | |||||||||   |||| |||||||||||
seq2  GGTTCATGGAAAAGGACTTCCTTACAGATCT--CGAAT-GAGAGGCTAGA  90

seq1  GAGATA-TCTCAGTGGTTAAAAGTACTGTTTGCTTTTTCAAAGGACCTGG  148
      |||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||   |
seq2  GAGATATTCTCAGTGG-TAAAAGTACTG-TTGC-TTTTCAAAGAAC--TG  135

seq1  GTCCAGTT-CCTAGCACATACATGATGGCTTACTCCAGTT-CCAGAGAAC  196
      |||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||
seq2  GTCCAGTTCCCTAGCACATACATGATG--CTACTCCAGTTCCCAGAGAAC  183

seq1  CAAATGGCCTCAAAAGGCAGCAGGCACTCATGTGGTACACAGATGTGGGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGCCTCAAAAGGCAGCAGGCACTCATGTGGTACACAGATGTGGGG  233

seq1  AAAAACCACCTACCCACATATAATTTTTTAATTAAAAACAGCAACAACAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCACCTACCCACATATAATTTTTTAATTAAAAACAGCAACAACAA  283

seq1  AAAGACAATGATGATTAAGAACATGAATACTGTCAGGGAGAATGGAAACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAATGATGATTAAGAACATGAATACTGTCAGGGAGAATGGAAACC  333

seq1  ACACAGGGGCAGGCTTCTTTAGGAAACTGTGTTGTGTGATTGTCTTCAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGGCAGGCTTCTTTAGGAAACTGTGTTGTGTGATTGTCTTCAAA  383

seq1  CATCCCGCATTGCTGAGTTTGGGGGCTATTCTTGCCAAGCAATCAAAATG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCGCATTGCTGAGTTTGGGGGCTATTCTTGCCAAGCAATCAAAATG  433

seq1  AGAACAAGCAAGTTTCTGAGGCATCTGACAGGGTTATCATCCACACATAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGCAAGTTTCTGAGGCATCTGACAGGGTTATCATCCACACATAC  483

seq1  GATGGCTCTGGAGGTAACAGGGTTGTGAGAATGTGGGTCACCTTCACAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTCTGGAGGTAACAGGGTTGTGAGAATGTGGGTCACCTTCACAAT  533

seq1  AAGCAAGTAGTGCTGAAATTTCCAGAAAAAGTCAGAGTGAAGGAATGAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTAGTGCTGAAATTTCCAGAAAAAGTCAGAGTGAAGGAATGAAT  583

seq1  CCTATACAAGCTCATAGACATTCGGGCCTTAAGCCTGGTTCGCTGCTATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATACAAGCTCATAGACATTCGGGCCTTAAGCCTGGTTCGCTGCTATT  633

seq1  GGTTAACTTTGACAGAAATGCTATTAATTGATCTGAAAATTTTGTTTAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAACTTTGACAGAAATGCTATTAATTGATCTGAAAATTTTGTTTAAT  683

seq1  TATTTTATTGTTTTACATTTATGGGTGTTTCACTGACATTGTAAATCTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTGTTTTACATTTATGGGTGTTTCACTGACATTGTAAATCTGT  733

seq1  GCACTATGCATGCGTGTAGGGTCTTTCGAAGCTAGCAAAGGGTGTTGGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTATGCATGCGTGTAGGGTCTTTCGAAGCTAGCAAAGGGTGTTGGAT  783

seq1  TTCCTGGTACTAGAGTTACAGACAGCTGTGAGCTGCCATGTAGGTACAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTACTAGAGTTACAGACAGCTGTGAGCTGCCATGTAGGTACAGG  833

seq1  GAGTCAAACCCCAGTCCTATAGAAGAACAGCAAGTGTTTGAAACCTCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAAACCCCAGTCCTATAGAAGAACAGCAAGTGTTTGAAACCTCTGA  883

seq1  GTCATCTCCTTAACCCCTGTCCTGGGATTCTTAATTGTCAGATAGTAAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCCTTAACCCCTGTCCTGGGATTCTTAATTGTCAGATAGTAAGA  933

seq1  GTCTCCATGCAGACTCTTGTGAGACGTTTCCTTTCATTCTTGAGTTCCCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATGCAGACTCTTGTGAGACGTTTCCTTTCATTCTTGAGTTCCCA  983

seq1  TAATTCTCCTTACCTTTCTTTCTTTAATGTACCTTCTGAGACTTAGATCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTCCTTACCTTTCTTTCTTTAATGTACCTTCTGAGACTTAGATCC  1033

seq1  CTTAATTTCAAGGGTTAAACATTCATTTAATTTCTTCAGGCTTGGTAGAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTCAAGGGTTAAACATTCATTTAATTTCTTCAGGCTTGGTAGAG  1083

seq1  ACATAGACTCTACCTACCCAGGGATCACAAGTCTCAACCTGTCTGATGTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGACTCTACCTACCCAGGGATCACAAGTCTCAACCTGTCTGATGTG  1133

seq1  AGGGGAGCATGAGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGCATGAGAATTC  1151