BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308J19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,126,921 - 82,232,302
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene9430031J16Rik, EG621020, LOC433328, EG665145
Downstream geneIrs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308J19.bB6Ng01-308J19.g
ACCGA101066GA101067
length1,1441,177
definitionB6Ng01-308J19.b B6Ng01-308J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,231,156 - 82,232,302)(82,126,921 - 82,128,114)
sequence
gaattcattgttttcaaggaactcgccaaatgacatcatttgttgtcagt
tagaaaggctttgaaaataggaagtgaaagttggtttttttacaaatgta
tgagaaaagactctcattgttaaagtgactttttaatttttttaagcatt
ctgactcaaattcttgctaaggtaagaagaaagcaagccgcttgctctct
gccctcaaggatttgagttactaaaaagagaccagtgaacaatgtcagcc
ccaaccatttgcctgtaaagctggctggagtttttcaaggggcctaggct
ttgaatatttatgactaacgcacctctgcatgtggggttattgacacttg
aggtgagaacaggaacaaacagactggacaatcgtctcctggtttctatc
tcccttgctttgtattgagtcagtagtgtaaaggtagcctttcttgttca
gcttcttctagactttacccgagctggggttgatgaaagcatcaaacttg
gctgacttagaactggaagttgctggtacccaggctgaaatctcttgcgc
tggcttcttgaagggtttcctttaagcacatcagctgctaagtttttgtg
ttcaattcctattaaagggggttggcctttatctatttccaagaatttgc
aggccaaccaagggcttatgttaatggggcttctagtggcttctagctaa
cctggaagttagtggctttttttctttatgagaccaacctttcacagcat
tcttttttaaagacttgttaagacagggtttttaaattcttctttgtgaa
aagaacaggtatgctcccttggctatgatgatagctttcttttgggcgaa
agcatagccctagaaccagctggaaatgaagggactccattaatgatcaa
ccgtctggatcaataatgacaaatcagtactgatgctacatgtgtggcta
tttcttgctaacttcaaaggtcaggacactcttgactacttactactaca
aacgtagatctactcaagatcatcaagccagagtagagagctttatcctg
tctttctttgcatttgtcttttagctctcatttatatgtggagacaaagt
ggtttaagaacattcttacctgtaacttatgggaaacaaatttt
gaattctctcctttgcataataggatcagaacattggtctgttttggaaa
agcatagatttctcacatacaaaaatttgcataaaatagttaaatagttc
atgtaaaagtcactttggggagagagtcctttatgccatcctctcctaat
tcaaagttcttaagactaagccaaattttcaacagacaagttcttatgga
ctagactatacttcctttcttgaatgtgttctaacactggtttttggagg
gttttgtttgtttgtttgtttgtttgttttacaaaactattgttttattt
acatctccttttgacacgcgctattccaaatgacctagtgtttaacttct
gtgtttgcctttgatttggtgaaacccattttcaaacttctgagggaatc
accatccctgacctcaagctgtactacagagcaatagtgaaaacaaaaca
aaacaaacaaacaaaacaaaacaacaacaacaacaaaaaacctgcctggt
attggtacagtgacaggtaggaagatcaatagaatagaattgaagaccca
gagatgaacccatatacctatgatcacttgatctttgacaaaggagctaa
aaccatccagtggaaaaaagacagcattttcaacaaatggtgctggctca
acaggaggtcagcatgtagaaaaatgcaaaccaaaccatcctcatctcct
tgtacaaagctcaagtctaagtagatcaaggacctccacataaaaccaga
tacactgaaactaatagaagagaaagtggggaagactttcaaatacatga
acagaacaccaatagcttattctctaagatcaagaattgacaaatgggac
ctcataatgttgcaaagcttctgtaagcaaaggacactgtcaataggaca
aaacggcaccaaatgattgggaaaagatctttaccaatcctacatctgat
agagggctactatccaatataaacaaagagctcgagaagtagacttgatt
tgtgagtttctaaaactttgcccaagtcacaatagtgttgtgatggagtt
cctggaagggatcaacaaggcacgcgtgtgcacagcagtactggggatct
gatgtcctcaaggctctggggtcaaggaaagccagctttcctgtccattg
ttctaggctggatcctgctgcctctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82231156_82232302
seq2: B6Ng01-308J19.b_45_1188 (reverse)

seq1  AAAATATTGTTTCCTATA--GTACA-GTAAGATTGTTTCTTAA--CACTT  45
      ||||| |||||||| |||   |||| |||||| || |||||||  |||||
seq2  AAAAT-TTGTTTCCCATAAGTTACAGGTAAGAATG-TTCTTAAACCACTT  48

seq1  TGTCT-CACATATAAATGAGAGCTAAAAGACAAATGCCAAGGAAAGACAG  94
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  TGTCTCCACATATAAATGAGAGCTAAAAGACAAATG-CAAAGAAAGACAG  97

seq1  GATAAAGCTCTCTACTTCTGGCTTGATGATTCTTGAGTAGATCTACGTTT  144
      ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGCTCTCTAC-TCTGGCTTGATGA-TCTTGAGTAGATCTACGTTT  145

seq1  GTAGTTGGTAAGTTAGTCAAGAGTGTCCCTGACCTTTGAAAGTTAGCAAG  194
      |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GTAG-TAGTAAG-TAGTCAAGAGTGT-CCTGACCTTTG-AAGTTAGCAAG  191

seq1  AAATAGCCACACATGTAGCATCAGTACTGATTTGTCATTATTGATCCAGA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCCACACATGTAGCATCAGTACTGATTTGTCATTATTGATCCAGA  241

seq1  CGGTTGATCATTAATGGAGTCCCTTCATTTCCAGCTGGTTCTAGGGCTAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTGATCATTAATGGAGTCCCTTCATTTCCAGCTGGTTCTAGGGCTAT  291

seq1  GCTTTCGCCCAAAAGAAAGCTATCATCATAGCCAAGGGAGCATACCTGTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCGCCCAAAAGAAAGCTATCATCATAGCCAAGGGAGCATACCTGTT  341

seq1  CTTTTCACAAAGAAGAATTTAAAAACCCTGTCTTAACAAGTCTTTAAAAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCACAAAGAAGAATTTAAAAACCCTGTCTTAACAAGTCTTTAAAAA  391

seq1  AGAATGCTGTGAAAGGTTGGTCTCATAAAGAAAAAAAGCCACTAACTTCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCTGTGAAAGGTTGGTCTCATAAAGAAAAAAAGCCACTAACTTCC  441

seq1  AGGTTAGCTAGAAGCCACTAGAAGCCCCATTAACATAAGCCCTTGGTTGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGCTAGAAGCCACTAGAAGCCCCATTAACATAAGCCCTTGGTTGG  491

seq1  CCTGCAAATTCTTGGAAATAGATAAAGGCCAACCCCCTTTAATAGGAATT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAAATTCTTGGAAATAGATAAAGGCCAACCCCCTTTAATAGGAATT  541

seq1  GAACACAAAAACTTAGCAGCTGATGTGCTTAAAGGAAACCCTTCAAGAAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAAAAACTTAGCAGCTGATGTGCTTAAAGGAAACCCTTCAAGAAG  591

seq1  CCAGCGCAAGAGATTTCAGCCTGGGTACCAGCAACTTCCAGTTCTAAGTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGCAAGAGATTTCAGCCTGGGTACCAGCAACTTCCAGTTCTAAGTC  641

seq1  AGCCAAGTTTGATGCTTTCATCAACCCCAGCTCGGGTAAAGTCTAGAAGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGTTTGATGCTTTCATCAACCCCAGCTCGGGTAAAGTCTAGAAGA  691

seq1  AGCTGAACAAGAAAGGCTACCTTTACACTACTGACTCAATACAAAGCAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAACAAGAAAGGCTACCTTTACACTACTGACTCAATACAAAGCAAG  741

seq1  GGAGATAGAAACCAGGAGACGATTGTCCAGTCTGTTTGTTCCTGTTCTCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAGAAACCAGGAGACGATTGTCCAGTCTGTTTGTTCCTGTTCTCA  791

seq1  CCTCAAGTGTCAATAACCCCACATGCAGAGGTGCGTTAGTCATAAATATT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGTGTCAATAACCCCACATGCAGAGGTGCGTTAGTCATAAATATT  841

seq1  CAAAGCCTAGGCCCCTTGAAAAACTCCAGCCAGCTTTACAGGCAAATGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCTAGGCCCCTTGAAAAACTCCAGCCAGCTTTACAGGCAAATGGT  891

seq1  TGGGGCTGACATTGTTCACTGGTCTCTTTTTAGTAACTCAAATCCTTGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTGACATTGTTCACTGGTCTCTTTTTAGTAACTCAAATCCTTGAG  941

seq1  GGCAGAGAGCAAGCGGCTTGCTTTCTTCTTACCTTAGCAAGAATTTGAGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAGCAAGCGGCTTGCTTTCTTCTTACCTTAGCAAGAATTTGAGT  991

seq1  CAGAATGCTTAAAAAAATTAAAAAGTCACTTTAACAATGAGAGTCTTTTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCTTAAAAAAATTAAAAAGTCACTTTAACAATGAGAGTCTTTTC  1041

seq1  TCATACATTTGTAAAAAAACCAACTTTCACTTCCTATTTTCAAAGCCTTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACATTTGTAAAAAAACCAACTTTCACTTCCTATTTTCAAAGCCTTT  1091

seq1  CTAACTGACAACAAATGATGTCATTTGGCGAGTTCCTTGAAAACAATGAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGACAACAAATGATGTCATTTGGCGAGTTCCTTGAAAACAATGAA  1141

seq1  TTC  1147
      |||
seq2  TTC  1144

seq1: chr1_82126921_82128114
seq2: B6Ng01-308J19.g_65_1241

seq1  GAATTCTCTCCTTTGCATAATAGGATCAGAACATTGGTCTGTTTTGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCTTTGCATAATAGGATCAGAACATTGGTCTGTTTTGGAAA  50

seq1  AGCATAGATTTCTCACATACAAAAATTTGCATAAAATAGTTAAATAGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGATTTCTCACATACAAAAATTTGCATAAAATAGTTAAATAGTTC  100

seq1  ATGTAAAAGTCACTTTGGGGAGAGAGTCCTTTATGCCATCCTCTCCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAAGTCACTTTGGGGAGAGAGTCCTTTATGCCATCCTCTCCTAAT  150

seq1  TCAAAGTTCTTAAGACTAAGCCAAATTTTCAACAGACAAGTTCTTATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTTCTTAAGACTAAGCCAAATTTTCAACAGACAAGTTCTTATGGA  200

seq1  CTAGACTATACTTCCTTTCTTGAATGTGTTCTAACACTGGTTTTTGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTATACTTCCTTTCTTGAATGTGTTCTAACACTGGTTTTTGGAGG  250

seq1  GTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTACAAAACTATTGTTTTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTACAAAACTATTGTTTTATTT  300

seq1  ACATCTCCTTTTGACACGCGCTATTCCAAATGACCTAGTGTTTAACTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCCTTTTGACACGCGCTATTCCAAATGACCTAGTGTTTAACTTCT  350

seq1  GTGTTTGCCTTTGATTTGGTGAAACCCATTTTCAAACTTCTGAGGGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCCTTTGATTTGGTGAAACCCATTTTCAAACTTCTGAGGGAATC  400

seq1  ACCATCCCTGACCTCAAGCTGTACTACAGAGCAATAGTGAAAACAAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCCTGACCTCAAGCTGTACTACAGAGCAATAGTGAAAACAAAACA  450

seq1  AAACAAACAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAAAAAACCTGCCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAAAAAACCTGCCTGGT  500

seq1  ATTGGTACAGTGACAGGTAGGAAGATCAATAGAATAGAATTGAAGACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTACAGTGACAGGTAGGAAGATCAATAGAATAGAATTGAAGACCCA  550

seq1  GAGATGAACCCATATACCTATGATCACTTGATCTTTGACAAAGGAGCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAACCCATATACCTATGATCACTTGATCTTTGACAAAGGAGCTAA  600

seq1  AACCATCCAGTGGAAAAAAGACAGCATTTTCAACAAATGGTGCTGGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCCAGTGGAAAAAAGACAGCATTTTCAACAAATGGTGCTGGCTCA  650

seq1  ACAGGAGGTCAGCATGTAGAAAAATGCAAACCAAACCATCCTCATCTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGGTCAGCATGTAGAAAAATGCAAACCAAACCATCCTCATCTCCT  700

seq1  TGTACAAAGCTCAAGTCTAAGTAGATCAAGGACCTCCACATAAAACCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAAAGCTCAAGTCTAAGTAGATCAAGGACCTCCACATAAAACCAGA  750

seq1  TACACTGAAACTAATAGAAGAGAAAGTGGGGAAGACTTTCAAATACATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGAAACTAATAGAAGAGAAAGTGGGGAAGACTTTCAAATACATGA  800

seq1  ACAGAACACCAATAGCTTATTCTCTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACACCAATAGCTTATTCTCTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGAC  850

seq1  CTCATAATGTTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGGACACTGTCAATAGGAC  900
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAATGTTGCAAAGCTTCTGTAA-GCAAAGGACACTGTCAATAGGAC  899

seq1  AAAACGGCAACCAAATGATTGGGAAAAGATCTTTACCAATCCTACATCTG  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGGC-ACCAAATGATTGGGAAAAGATCTTTACCAATCCTACATCTG  948

seq1  ATAGAGGGCTACTATCCAATATAAACAAAGAGCTCGAGAAGTTAGACTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATAGAGGGCTACTATCCAATATAAACAAAGAGCTCGAGAAG-TAGACTTG  997

seq1  ATTTGTGAAGTTTCTAAAACTTTGCCCAAGTCACAATAGTGTTGTGATGA  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTTGTG-AGTTTCTAAAACTTTGCCCAAGTCACAATAGTGTTGTGATGG  1046

seq1  AGTTTCCCTGAAAGGGGATCAACAA-GCACGCGTGTGCACAGCAGTACTG  1099
      ||||  |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTT--CCTGGAA-GGGATCAACAAGGCACGCGTGTGCACAGCAGTACTG  1093

seq1  GGAGATCTTGGAATGTCTCAGAGGGCTCTGGGGTTCAGGAGAAGCCCCAG  1149
      || |||||    ||||| |  | |||||||||||  |||| |||  ||||
seq2  GG-GATCT---GATGTC-CTCAAGGCTCTGGGGTCAAGGA-AAG--CCAG  1135

seq1  CTCTTTTCTGTCACTTTGTTCTAGGCTTGTTCTTGCTGCCTCTGG  1194
        |||| ||||| | |||||||||||| | || ||||||||||||
seq2  --CTTTCCTGTC-CATTGTTCTAGGCTGGATCCTGCTGCCTCTGG  1177