BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308M21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 194,963,824 - 195,179,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g
Upstream geneKcnh1, Hhat, A730013G03Rik, Sertad4, LOC100039677, Syt14, AA408296
Downstream geneLOC667208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308M21.bB6Ng01-308M21.g
ACCGA101213GA101214
length1,165799
definitionB6Ng01-308M21.b B6Ng01-308M21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(194,963,824 - 194,964,983)(195,178,437 - 195,179,235)
sequence
ggaattcatccatcacatgttgtcttgcttatagaaaccatgactactct
ttgcacagtcagccagtgtgatgacttatgggaaaagaaaggttttgggg
aatcccaaggcaggtattgtggtcccattttgctttctgtaaggagcttg
ggacatgcccacaggtcaatgtgacagaaatgcccacaggccaatgggat
gcaggtacctctactgatgttccttcttcgcagatgactcttgtttgcgt
taagttgacaaagcaagtttgaggctagtatgagctacatgagaccctgt
gtctataattactatttgctttaattaatgctccctggaaccaggtttgg
gtcttaaaaaaaaaaaccaaacaaccttggaaagttgttgaaacattctg
agaattgtgctttcctgtctggaaaatgaaaaatccagccttttctctga
ggaggggcacgtgaggagaagcccgagagtgatccctgagctatggcctc
cagttaaaaggactggactgttttttaagtcaacaattcctgtgacaatg
agcttccataggaagtcatttcctcctttctcccccaaggctgtcaaacg
ccgcgtctccaggctgcctgtggtgcaacaggcttgcaatcccagctctc
aggaggctgaggtaaaaaaatcttgagttcaacaccaaccttggcaacat
agcaagattctgtcacaaaacaaaacaaagcaaaagcaaacgatgctcat
ttcaatactgttgcaatctggtcgtgcttaggggcaacagatcccacccc
caactctgccctgttctttcccaagctttcccagctctgggtgcttaccc
ccaggctgccagaccagaaccagctcctgatgatgcagctgcctagggtc
tatactcccggggtccaagagcacaccacatttcttgacttcacattaca
tcaagtagctgagctggaagaagctcagttctagctccgtgctatttcac
ggtcctctttcctatggtatgcttgtggacctgtcagctatttttagagt
cagcttctcctgtgaggaggctcatttcctccatcacaaccttgtgtcaa
ctggagcctctgtcgaacaccttattattagcctcacctgaaatgttctg
ggtgactctggaatt
gaattctgtggatactaaacccagtactggggtacattcagaaggcaggt
ctctgcctggctttcccaatccaaaggaagcatggcttcccttactgagc
cctcaagttcatgcactaggcaagtgccagagatgagcaactcccagtca
ctttctgggagcttcctgagatgactagagtaggaagggagcctttgcct
tccagggcttctgctgctgtggggaagagaccatgctacccagcagaccc
ctgctttgaatacagagacgacccttgccctgaggggcctccagatgagc
agagtcaggtcttactcttagagagtagtccattggaaatagcaaagctg
cagacttctgggcttatgaggagttagaaacagcttatgggaattcccag
attgatgaaggaacaggtctctcctctaaggaagtctgcttggggagata
catctctacctttggggagctttcagtctcatggatgttccctactctac
ccttctgtcccctacttccatccctttcctgttctctactcctctctcgg
gcctcctttcttgtccctagccctgaacctacgattgattttctacagct
ccagaagtgctggcccagaagccctacagtaaggctgtggactgctggtc
cattggtgtcatcacatacatactgtgagtaaaagctggtatcagtgcat
tccctgagaaatcacatacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacggcaggggagggaagagagggaaagggggagagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_194963824_194964983
seq2: B6Ng01-308M21.b_50_1213

seq1  GAATTCATCCATCACATGTTGTCTTGCTTATAGAAACCATGACTACTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCATCACATGTTGTCTTGCTTATAGAAACCATGACTACTCTT  50

seq1  TGCACAGTCAGCCAGTGTGATGACTTATGGGAAAAGAAAGGTTTTGGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGTCAGCCAGTGTGATGACTTATGGGAAAAGAAAGGTTTTGGGGA  100

seq1  ATCCCAAGGCAGGTATTGTGGTCCCATTTTGCTTTCTGTAAGGAGCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGGCAGGTATTGTGGTCCCATTTTGCTTTCTGTAAGGAGCTTGG  150

seq1  GACATGCCCACAGGTCAATGTGACAGAAATGCCCACAGGCCAATGGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCCCACAGGTCAATGTGACAGAAATGCCCACAGGCCAATGGGATG  200

seq1  CAGGTACCTCTACTGATGTTCCTTCTTCGCAGATGACTCTTGTTTGCGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACCTCTACTGATGTTCCTTCTTCGCAGATGACTCTTGTTTGCGTT  250

seq1  AAGTTGACAAAGCAAGTTTGAGGCTAGTATGAGCTACATGAGACCCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGACAAAGCAAGTTTGAGGCTAGTATGAGCTACATGAGACCCTGTG  300

seq1  TCTATAATTACTATTTGCTTTAATTAATGCTCCCTGGAACCAGGTTTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAATTACTATTTGCTTTAATTAATGCTCCCTGGAACCAGGTTTGGG  350

seq1  TCTTAAAAAAAAAAACCAAACAACCTTGGAAAGTTGTTGAAACATTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAAAAAAAACCAAACAACCTTGGAAAGTTGTTGAAACATTCTGA  400

seq1  GAATTGTGCTTTCCTGTCTGGAAAATGAAAAATCCAGCCTTTTCTCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTGCTTTCCTGTCTGGAAAATGAAAAATCCAGCCTTTTCTCTGAG  450

seq1  GAGGGGCACGTGAGGAGAAGCCCGAGAGTGATCCCTGAGCTATGGCCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCACGTGAGGAGAAGCCCGAGAGTGATCCCTGAGCTATGGCCTCC  500

seq1  AGTTAAAAGGACTGGACTGTTTTTTAAGTCAACAATTCCTGTGACAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAAGGACTGGACTGTTTTTTAAGTCAACAATTCCTGTGACAATGA  550

seq1  GCTTCCATAGGAAGTCATTTCCTCCTTTCTCCCCCAAGGCTGTCAAACGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATAGGAAGTCATTTCCTCCTTTCTCCCCCAAGGCTGTCAAACGC  600

seq1  CGCGTCTCCAGGCTGCCTGTGGTGCAACAGGCTTGCAATCCCAGCTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGTCTCCAGGCTGCCTGTGGTGCAACAGGCTTGCAATCCCAGCTCTCA  650

seq1  GGAGGCTGAGGTAAAAAAATCTTGAGTTCAACACCAACCTTGGCAACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTGAGGTAAAAAAATCTTGAGTTCAACACCAACCTTGGCAACATA  700

seq1  GCAAGATTCTGTCACAAAACAAAACAAAGCAAAAGCAAACGATGCTCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATTCTGTCACAAAACAAAACAAAGCAAAAGCAAACGATGCTCATT  750

seq1  TCAATACTGTTGCAATCTGGTCGTGCTTAGGGGCAACAGATCCCACCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACTGTTGCAATCTGGTCGTGCTTAGGGGCAACAGATCCCACCCCC  800

seq1  AACTCTGCCCTGTTCTTTCCCAAGCTTTCCCAGCTCTGGGTGCTTACCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGCCCTGTTCTTTCCCAAGCTTTCCCAGCTCTGGGTGCTTACCCC  850

seq1  CAGGCTGCCAGACCAGAACCAGCTCCTGATGATGCAGCTGCCTAGGGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGCCAGACCAGAACCAGCTCCTGATGATGCAGCTGCCTAGGGTCT  900

seq1  ATACTCCCGGGGTCCAAGAGCACAACCACATTTCTTGACTTCACATTACA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCCCGGGGTCCAAGAGCAC-ACCACATTTCTTGACTTCACATTACA  949

seq1  TCAAGTAGGCTGAGCTGG-AGAAGCTCAGTTCTAGCTCCGTGCTATTTCC  999
      ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCAAGTA-GCTGAGCTGGAAGAAGCTCAGTTCTAGCTCCGTGCTATTT-C  997

seq1  ACGGTTCTCTTTCCTATGGTATGCTTGTGGACCTGGTCAGCTA--TCTAG  1047
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||
seq2  ACGGTCCTCTTTCCTATGGTATGCTTGTGGACCT-GTCAGCTATTTTTAG  1046

seq1  AGTCAGGCTTCTCCTGTGAGGAGGCTCAATTTCT-CATCACAAC--TGTG  1094
      ||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||  ||||
seq2  AGTCA-GCTTCTCCTGTGAGGAGGCTCATTTCCTCCATCACAACCTTGTG  1095

seq1  TC-ACT-GAGCCTCTGTCAGACACCCTAATTTATTAG-CTCACCTGATAT  1141
      || ||| |||||||||||  ||||| ||  ||||||| ||||||||| ||
seq2  TCAACTGGAGCCTCTGTCGAACACCTTA--TTATTAGCCTCACCTGAAAT  1143

seq1  GTTCT-GGTGACTCT-GAATT  1160
      ||||| ||||||||| |||||
seq2  GTTCTGGGTGACTCTGGAATT  1164

seq1: chr1_195178437_195179235
seq2: B6Ng01-308M21.g_67_865 (reverse)

seq1  CCCCTCTCCCCCTTTCCCTCTCTTCCCTCCCCTGCCGTGTGTGTGTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTCCCCCTTTCCCTCTCTTCCCTCCCCTGCCGTGTGTGTGTGTGT  50

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGATTTCTCAGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGATTTCTCAGGGAA  100

seq1  TGCACTGATACCAGCTTTTACTCACAGTATGTATGTGATGACACCAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGATACCAGCTTTTACTCACAGTATGTATGTGATGACACCAATGG  150

seq1  ACCAGCAGTCCACAGCCTTACTGTAGGGCTTCTGGGCCAGCACTTCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAGTCCACAGCCTTACTGTAGGGCTTCTGGGCCAGCACTTCTGGA  200

seq1  GCTGTAGAAAATCAATCGTAGGTTCAGGGCTAGGGACAAGAAAGGAGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAGAAAATCAATCGTAGGTTCAGGGCTAGGGACAAGAAAGGAGGCC  250

seq1  CGAGAGAGGAGTAGAGAACAGGAAAGGGATGGAAGTAGGGGACAGAAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAGAGGAGTAGAGAACAGGAAAGGGATGGAAGTAGGGGACAGAAGGG  300

seq1  TAGAGTAGGGAACATCCATGAGACTGAAAGCTCCCCAAAGGTAGAGATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAGGGAACATCCATGAGACTGAAAGCTCCCCAAAGGTAGAGATGT  350

seq1  ATCTCCCCAAGCAGACTTCCTTAGAGGAGAGACCTGTTCCTTCATCAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCAAGCAGACTTCCTTAGAGGAGAGACCTGTTCCTTCATCAATC  400

seq1  TGGGAATTCCCATAAGCTGTTTCTAACTCCTCATAAGCCCAGAAGTCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATTCCCATAAGCTGTTTCTAACTCCTCATAAGCCCAGAAGTCTGC  450

seq1  AGCTTTGCTATTTCCAATGGACTACTCTCTAAGAGTAAGACCTGACTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGCTATTTCCAATGGACTACTCTCTAAGAGTAAGACCTGACTCTG  500

seq1  CTCATCTGGAGGCCCCTCAGGGCAAGGGTCGTCTCTGTATTCAAAGCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTGGAGGCCCCTCAGGGCAAGGGTCGTCTCTGTATTCAAAGCAGG  550

seq1  GGTCTGCTGGGTAGCATGGTCTCTTCCCCACAGCAGCAGAAGCCCTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGCTGGGTAGCATGGTCTCTTCCCCACAGCAGCAGAAGCCCTGGAA  600

seq1  GGCAAAGGCTCCCTTCCTACTCTAGTCATCTCAGGAAGCTCCCAGAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGGCTCCCTTCCTACTCTAGTCATCTCAGGAAGCTCCCAGAAAGT  650

seq1  GACTGGGAGTTGCTCATCTCTGGCACTTGCCTAGTGCATGAACTTGAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGAGTTGCTCATCTCTGGCACTTGCCTAGTGCATGAACTTGAGGG  700

seq1  CTCAGTAAGGGAAGCCATGCTTCCTTTGGATTGGGAAAGCCAGGCAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAAGGGAAGCCATGCTTCCTTTGGATTGGGAAAGCCAGGCAGAGA  750

seq1  CCTGCCTTCTGAATGTACCCCAGTACTGGGTTTAGTATCCACAGAATTC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTTCTGAATGTACCCCAGTACTGGGTTTAGTATCCACAGAATTC  799