BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309O08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 38,851,984 - 38,988,686
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLonrf2, Chst10, EG625775
Upstream geneTsga10, EG623661, Mitd1, Mrpl30, Gm776, 2300002O18Rik, Txndc9, EG666434, Eif5b, Rev1, EG329123, Aff3
Downstream geneNms, Pdcl3, Npas2, LOC100041999, Rpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065, Map4k4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309O08.bB6Ng01-309O08.g
ACCGA102022GA102023
length1,088650
definitionB6Ng01-309O08.b B6Ng01-309O08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,987,614 - 38,988,686)(38,851,984 - 38,852,631)
sequence
gaattcatcaaccatgttttttttaaaaggcagtgtgtaggggcataagt
cttcagtccctgaactcctagagtgatttgggagatgaagaccaaaacat
ccttcagaactttatgagcctgcccatctggaacactcagcaaagctgaa
agcaatgagagtcccagtcagataggctgaaaggcaaactgactagaaat
tatcctttgacttctaaacacatagggtctgtctgaggagaccagaagag
ggctttagagcccttggagttggatttacatttagttttcagctgcccta
catgggtgctgggaactcagcttgagttttttagagaagcagtgtgacct
ctgaataactgcgcttgagcaaaacttaaaactagtagattacaaaggaa
aagttgtgtattttatctgggttacataattaatgtgagcaggcaggaga
taaataagtattaggaattcaaaacggctctaaaaatcgcatgggggggg
atggatttcacatcacagacaaaatcgtaaattaattgactattaacatg
tacacatatgcggctctttaaaaatttaagtaggttctgcatgcattaat
ggagtatgtcctttataacataattaataaaggcaagttatttaaaaaac
cgcattccacatgctctgatatcaacttctgattacaaacctaagcaagc
catctaaatatacaggtcagcaatttggcctggcctccagggggaggtcc
ttaaagcatgggctgagattcaagggtgcggactttacagcaggggctgg
gactccaaggagcgtccttacaggatgagctgggctccagggggcgggtc
ttatgcttatctggaacacattggagtcaagattgagcgtgggctggtat
cgctcgactcatttcctttatttgcattcacaactgaccatacggaggac
cgggggatcctttttctgtgtattctctcactccttcaagcgactaaccc
agggaagatctcatgtttagctttggaagcttaaaggcagtgaagagtct
gaagccacaccaagtctctttgagtcttatggagtttg
gaattcctgtctcacccaagagaatcagaaactatttgagttttctctgg
cctgtaacaaaaggtaagcatccttttggattctgcgggatacgacaggt
tcaagtctgttaacagccccactcttgtaggaactcactatgaaccttgg
ccttgaaagtaagggtgaggagctttgggccagatgaagctgactatgta
atcaaccccagctattcaacttccaaattacactaggcataaccatcagg
aaacagaagctgttaggcagtatgggagtggagagcagaggaccactgtg
tactgtgcacttggccttaagggatgtcctcattagaagcaggagcagcc
actggggttactgtcaactgatagggaggggcctcttctacctcagcttt
agggaatgggtttttcttctatgctttgcagtctgtggaaaccctgcctg
ctgcgttccagtcaaacatagcatctttggaaatcctttgtctccttcta
atctccatacaaactacggaaatgtactaaaccctgctactcctaaccgt
ggttggggaaggtgggggagttactgcttaagcccagcatgggctccgct
gacctggtctgctgacttacagagttttctttctttcctagagtgcatac

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_38987614_38988686
seq2: B6Ng01-309O08.b_49_1136 (reverse)

seq1  CAAACTC---AAGACTC-AAGAGACCTG--GTGGCTTCA-ACTC-TCACT  42
      |||||||   ||||||| ||||||| ||  ||||||||| |||| |||||
seq2  CAAACTCCATAAGACTCAAAGAGACTTGGTGTGGCTTCAGACTCTTCACT  50

seq1  GCCTTAAAGC-TCCAAA-CTAAACATGAGATCTTCCCTGGGTTAGTCACC  90
      ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | 
seq2  GCCTTTAAGCTTCCAAAGCTAAACATGAGATCTTCCCTGGGTTAGTCGCT  100

seq1  TGAA-GAGTGAGAGAATACACAG-AAAAGGAT-CCCCGGTCCTCCGTATG  137
      |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAGTGAGAGAATACACAGAAAAAGGATCCCCCGGTCCTCCGTATG  150

seq1  CTCAGTTGTGAATGCAAATAAAGG-AATGAGTCGAGCGATACCAGCCCAC  186
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGTGAATGCAAATAAAGGAAATGAGTCGAGCGATACCAGCCCAC  200

seq1  GCTCAATCTTGACTCC-ATGTGTTCCAGATAAGCATAAGAACCGCCCCCT  235
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTCAATCTTGACTCCAATGTGTTCCAGATAAGCATAAGACCCGCCCCCT  250

seq1  GGAGCCCAGCTCATCCTGTAAGGACGCTCCTTGGAGTCCCAGCCCCTGCT  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCAGCTCATCCTGTAAGGACGCTCCTTGGAGTCCCAGCCCCTGCT  300

seq1  GTAAAGTCCGCACCCTTGAATCTCAGCCCATGCTTTAAGGACCTCCCCCT  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTCCGCACCCTTGAATCTCAGCCCATGCTTTAAGGACCTCCCCCT  350

seq1  GGAGGCCAGGCCAAATTGCTGACCTGTATATTTAGATGGCTTGCTTAGGT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCAGGCCAAATTGCTGACCTGTATATTTAGATGGCTTGCTTAGGT  400

seq1  TTGTAATCAGAAGTTGATATCAGAGCATGTGGAATGCGGTTTTTTAAATA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATCAGAAGTTGATATCAGAGCATGTGGAATGCGGTTTTTTAAATA  450

seq1  ACTTGCCTTTATTAATTATGTTATAAAGGACATACTCCATTAATGCATGC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCTTTATTAATTATGTTATAAAGGACATACTCCATTAATGCATGC  500

seq1  AGAACCTACTTAAATTTTTAAAGAGCCGCATATGTGTACATGTTAATAGT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTACTTAAATTTTTAAAGAGCCGCATATGTGTACATGTTAATAGT  550

seq1  CAATTAATTTACGATTTTGTCTGTGATGTGAAATCCATCCCCCCCCATGC  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAATTTACGATTTTGTCTGTGATGTGAAATCCATCCCCCCCCATGC  600

seq1  GATTTTTAGAGCCGTTTTGAATTCCTAATACTTATTTATCTCCTGCCTGC  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTAGAGCCGTTTTGAATTCCTAATACTTATTTATCTCCTGCCTGC  650

seq1  TCACATTAATTATGTAACCCAGATAAAATACACAACTTTTCCTTTGTAAT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTAATTATGTAACCCAGATAAAATACACAACTTTTCCTTTGTAAT  700

seq1  CTACTAGTTTTAAGTTTTGCTCAAGCGCAGTTATTCAGAGGTCACACTGC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGTTTTAAGTTTTGCTCAAGCGCAGTTATTCAGAGGTCACACTGC  750

seq1  TTCTCTAAAAAACTCAAGCTGAGTTCCCAGCACCCATGTAGGGCAGCTGA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAAAAAACTCAAGCTGAGTTCCCAGCACCCATGTAGGGCAGCTGA  800

seq1  AAACTAAATGTAAATCCAACTCCAAGGGCTCTAAAGCCCTCTTCTGGTCT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAATGTAAATCCAACTCCAAGGGCTCTAAAGCCCTCTTCTGGTCT  850

seq1  CCTCAGACAGACCCTATGTGTTTAGAAGTCAAAGGATAATTTCTAGTCAG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGACAGACCCTATGTGTTTAGAAGTCAAAGGATAATTTCTAGTCAG  900

seq1  TTTGCCTTTCAGCCTATCTGACTGGGACTCTCATTGCTTTCAGCTTTGCT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTTTCAGCCTATCTGACTGGGACTCTCATTGCTTTCAGCTTTGCT  950

seq1  GAGTGTTCCAGATGGGCAGGCTCATAAAGTTCTGAAGGATGTTTTGGTCT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTCCAGATGGGCAGGCTCATAAAGTTCTGAAGGATGTTTTGGTCT  1000

seq1  TCATCTCCCAAATCACTCTAGGAGTTCAGGGACTGAAGACTTATGCCCCT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCCAAATCACTCTAGGAGTTCAGGGACTGAAGACTTATGCCCCT  1050

seq1  ACACACTGCCTTTTAAAAAAAACATGGTTGATGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGCCTTTTAAAAAAAACATGGTTGATGAATTC  1088

seq1: chr1_38851984_38852631
seq2: B6Ng01-309O08.g_68_717

seq1  GAATTCCTGTCTCACCCAAGAGAATCAGAAACTATTTGAGTTTTCTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCTCACCCAAGAGAATCAGAAACTATTTGAGTTTTCTCTGG  50

seq1  CCTGTAACAAAAGGTAAGCATCCTTTTGGATTCTGCGGGATACGACAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACAAAAGGTAAGCATCCTTTTGGATTCTGCGGGATACGACAGGT  100

seq1  TCAAGTCTGTTAACAGCCCCACTCTTGTAGGAACTCACTATGAACCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTGTTAACAGCCCCACTCTTGTAGGAACTCACTATGAACCTTGG  150

seq1  CCTTGAAAGTAAGGGTGAGGAGCTTTGGGCCAGATGAAGCTGACTATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAAGTAAGGGTGAGGAGCTTTGGGCCAGATGAAGCTGACTATGTA  200

seq1  ATCAACCCCAGCTATTCAACTTCCAAATTACACTAGGCATAACCATCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCCCAGCTATTCAACTTCCAAATTACACTAGGCATAACCATCAGG  250

seq1  AAACAGAAGCTGTTAGGCAGTATGGGAGTGGAGAGCAGAGGACCACTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAGCTGTTAGGCAGTATGGGAGTGGAGAGCAGAGGACCACTGTG  300

seq1  TACTGTGCACTTGGCCTTAAGGGATGTCCTCATTAGAAGCAGGAGCAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGCACTTGGCCTTAAGGGATGTCCTCATTAGAAGCAGGAGCAGCC  350

seq1  ACTGGGGTTACTGTCAACTGATAGGGAGGGGCCTCTTCTACCTCAGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGTTACTGTCAACTGATAGGGAGGGGCCTCTTCTACCTCAGCTTT  400

seq1  AGGGAATGGGTTTTTCTTCTATGCTTTGCAGTCTGTGGAAACCCTGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATGGGTTTTTCTTCTATGCTTTGCAGTCTGTGGAAACCCTGCCTG  450

seq1  CTGCGTTCCAGTCAAACATAGCATCTTTGGAAATCCTTTGTCTCCTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGTTCCAGTCAAACATAGCATCTTTGGAAATCCTTTGTCTCCTTCTA  500

seq1  ATCTCCATACAAACTACGGAAATGTACTAAACCCTGCTACTCCTAACCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCATACAAACTACGGAAATGTACTAAACCCTGCTACTCCTAACCGT  550

seq1  GGTTGGGGAAGGTGGGGGAGTTACTGCTTAAGCCCAGCATGGGCTCCGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGGAAGGTGGGGGAGTTACTGCTTAAGCCCAGCATGGGCTCCGCT  600

seq1  GACCTGGTCTGCTGACTTACAGAG-TTTCTTTC-TTCCTAGAGTGCATAC  648
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  GACCTGGTCTGCTGACTTACAGAGTTTTCTTTCTTTCCTAGAGTGCATAC  650