BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310L19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 151,405,482 - 151,512,354
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042792, LOC435647
Downstream geneLOC100042813, Pla2g4a, Ptgs2, LOC676712, LOC100043257, LOC100043261, Pdc, BC003331, Tpr, EG625534
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310L19.bB6Ng01-310L19.g
ACCGA102637GA102638
length1,2041,089
definitionB6Ng01-310L19.b B6Ng01-310L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,511,160 - 151,512,354)(151,405,482 - 151,406,585)
sequence
gaattcagtgctgtctcagctgcttccaggtcttatttatgggtatcact
atcctgcagacctttcctagatatgtagcaatgtctgcatatgtctagaa
atgtcaatttcatttctatgagacacttttgattaacactgtacctgatg
agtcaggaatagccagaaaatagagaacaaaactgggtatgacatatttt
ttgaaaattatattttcatcgcaatttctttgaaacataaacacttatat
aacaatggtagtaactgaccatagcatatggccctaaaattgtactccgt
tttcttctttgaagacacatctcacagtaaaaactgtttacactcagaat
agacattccaccttagattgtcaaactgttatcattgtcctgataggtta
gtaaatataatatttatggtagcagctactaccaaaggccaaggtaaaca
attgaaaagaagcaaagttggaaaacatggggtacccacaggctacacac
aaacttgggttcttttgcttcgttgatctatttttgtagagttgactata
gatttaagattttagttttaatctatgattgtacatatgcaacaatctat
ttctgattacagtgggttacagtgccctctaaatcccagataccatatga
taaagtagtgctgggcaagttgcttattgtttccgaattaaaaccaaatt
attttatcataggaccggactattcatggtgttctatctatgaacagagt
ttgatagttttatgtttatatcatgttatcacaaccagcagactagtaca
ggcaaagtatttgctaaactttatattctatgtaaatctgtgtcatgaat
aatttgtacactttgtaaacttaaacttactgtaatcttcataagaccct
ataagtgagtgcttttatttatttatttttaatttttatatattttgtaa
aatgagtgtagaaaaattaagtaatttacataaagttacatctcaatgga
taagaccctaattgtaacttaatgaagactgactctaggtttttgtaggg
tagttttcttcaaagaacatcagtaacatgttgtttacttctagaatcta
gatgttcttcataaaaggatataatgattattttcttttttattaacaac
tttgaatggaaaagtaagtccaactgttaagaccacatttatttttcctt
tata

gaattcttgttatgcattacactttttattttaaaaactgtggttctatt
taaataacatagttaaagaaacaaacaaatgtgggtacaatacagtttac
tgagttcacatttaaaatataggtattcaatttgacactttttatttgtg
tggacttattcactatattaaactttagacaaagtataaagcctatctta
gggaagtgctgtgaggattagacacattaattcatgcaaaatgcttggat
gaggacttgatgcatgggaaatattcagcaaatgtgattcaatggtacat
ttttaatgcagtgtgacaatattgtatataaacctttgtgtctacagatt
tctattcaattaattaacatctgtcaacctataacaggatctaatttgta
taaaatcactgccttggcattatctactctcttgctagagacaacttgtc
taatgtcaaaagttaacctaaaatttacagcaatacataatatgtagaac
tttcactgtaaaaacaaaaatgtatatgcaaaaatatattaaagcttcct
caatagaagagagaaatacactctttattttcacattaaactacctcttt
ctggaactaaagaacttgtataatcattttaaaacactgggaagctaaga
cccagtatgtatcacacactgcttgcagatgtgcattcattttgtaacta
ttaatcaaagaacttctctcaaaggctcctattaaactgagctgcatgaa
ataccttactctctcagaaagagaaaaaacttctgtatgtaatccttcta
aacttctatttctcctttttttggtcttcacaatttcccaagttgcacag
tttataatagctctaaatgtagattttacaaagcagataacatcatgaag
ttttatagctctattaatttgaaccccaaaatgttgatatcctatttgtg
taagactcagaatagggcatcattaagtgtaagagtgtagaacttggaat
gatctctagtgtagtatacagaattgagtctgaaaaaatatgagatctag
acagtcattagtcagctgtatatttgagagcatggttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_151511160_151512354
seq2: B6Ng01-310L19.b_48_1251 (reverse)

seq1  TATAA--GAAAAATAAATGTG--CTT-ACAGGTGGA-TTACTTTTCATTT  44
      |||||  ||||||||||||||  ||| |||| |||| |||||||||  ||
seq2  TATAAAGGAAAAATAAATGTGGTCTTAACAGTTGGACTTACTTTTCCATT  50

seq1  TAAAAGTGGTAATAAAAGAATAATTCAT--TTATAT-CTTTTATGAAGAC  91
       |||  || |||||||| |  || | ||  |||||| |||||||||||| 
seq2  CAAAGTTGTTAATAAAAAAGAAAATAATCATTATATCCTTTTATGAAGAA  100

seq1  ATTCTAGATTCTTAGAAGT-AACAACATGTTACTGATGTTCTTTG-AGAA  139
        ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATCTAGATTC-TAGAAGTAAACAACATGTTACTGATGTTCTTTGAAGAA  149

seq1  AACTACCCCTAC-AAAACCTAGAGTCAGTCTTCATTAAGTTACAATTAGG  188
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTA-CCCTACAAAAACCTAGAGTCAGTCTTCATTAAGTTACAATTAGG  198

seq1  GTCTTATCCATTGAGATGTAACTTTATGTAAATTACTTAATTTTTCTACA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATCCATTGAGATGTAACTTTATGTAAATTACTTAATTTTTCTACA  248

seq1  CCTCATTTTACAAAATATATAAAAATTAAAAATAAATAAATAAAAGCACT  288
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTCATTTTACAAAATATATAAAAATTAAAAATAAATAAATAAAAGCACT  297

seq1  CACTTATAGGGTCTTATGAAGATTACAGTAAGTTTAAGTTTACAAAGTGT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATAGGGTCTTATGAAGATTACAGTAAGTTTAAGTTTACAAAGTGT  347

seq1  ACAAATTATTCATGACACAGATTTACATAGAATATAAAGTTTAGCAAATA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTATTCATGACACAGATTTACATAGAATATAAAGTTTAGCAAATA  397

seq1  CTTTGCCTGTACTAGTCTGCTGGTTGTGATAACATGATATAAACATAAAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTGTACTAGTCTGCTGGTTGTGATAACATGATATAAACATAAAA  447

seq1  CTATCAAACTCTGTTCATAGATAGAACACCATGAATAGTCCGGTCCTATG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAACTCTGTTCATAGATAGAACACCATGAATAGTCCGGTCCTATG  497

seq1  ATAAAATAATTTGGTTTTAATTCGGAAACAATAAGCAACTTGCCCAGCAC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAATTTGGTTTTAATTCGGAAACAATAAGCAACTTGCCCAGCAC  547

seq1  TACTTTATCATATGGTATCTGGGATTTAGAGGGCACTGTAACCCACTGTA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTATCATATGGTATCTGGGATTTAGAGGGCACTGTAACCCACTGTA  597

seq1  ATCAGAAATAGATTGTTGCATATGTACAATCATAGATTAAAACTAAAATC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAATAGATTGTTGCATATGTACAATCATAGATTAAAACTAAAATC  647

seq1  TTAAATCTATAGTCAACTCTACAAAAATAGATCAACGAAGCAAAAGAACC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTATAGTCAACTCTACAAAAATAGATCAACGAAGCAAAAGAACC  697

seq1  CAAGTTTGTGTGTAGCCTGTGGGTACCCCATGTTTTCCAACTTTGCTTCT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTGTGTGTAGCCTGTGGGTACCCCATGTTTTCCAACTTTGCTTCT  747

seq1  TTTCAATTGTTTACCTTGGCCTTTGGTAGTAGCTGCTACCATAAATATTA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATTGTTTACCTTGGCCTTTGGTAGTAGCTGCTACCATAAATATTA  797

seq1  TATTTACTAACCTATCAGGACAATGATAACAGTTTGACAATCTAAGGTGG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACTAACCTATCAGGACAATGATAACAGTTTGACAATCTAAGGTGG  847

seq1  AATGTCTATTCTGAGTGTAAACAGTTTTTACTGTGAGATGTGTCTTCAAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTATTCTGAGTGTAAACAGTTTTTACTGTGAGATGTGTCTTCAAA  897

seq1  GAAGAAAACGGAGTACAATTTTAGGGCCATATGCTATGGTCAGTTACTAC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAACGGAGTACAATTTTAGGGCCATATGCTATGGTCAGTTACTAC  947

seq1  CATTGTTATATAAGTGTTTATGTTTCAAAGAAATTGCGATGAAAATATAA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTATATAAGTGTTTATGTTTCAAAGAAATTGCGATGAAAATATAA  997

seq1  TTTTCAAAAAATATGTCATACCCAGTTTTGTTCTCTATTTTCTGGCTATT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAAAATATGTCATACCCAGTTTTGTTCTCTATTTTCTGGCTATT  1047

seq1  CCTGACTCATCAGGTACAGTGTTAATCAAAAGTGTCTCATAGAAATGAAA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTCATCAGGTACAGTGTTAATCAAAAGTGTCTCATAGAAATGAAA  1097

seq1  TTGACATTTCTAGACATATGCAGACATTGCTACATATCTAGGAAAGGTCT  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATTTCTAGACATATGCAGACATTGCTACATATCTAGGAAAGGTCT  1147

seq1  GCAGGATAGTGATACCCATAAATAAGACCTGGAAGCAGCTGAGACAGCAC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATAGTGATACCCATAAATAAGACCTGGAAGCAGCTGAGACAGCAC  1197

seq1  TGAATTC  1195
      |||||||
seq2  TGAATTC  1204


seq1: chr1_151405482_151406585
seq2: B6Ng01-310L19.g_67_1155

seq1  GAATTCTTGTTATGCATTACACTTTTTATTTTAAAAACTGTGGTTCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTATGCATTACACTTTTTATTTTAAAAACTGTGGTTCTATT  50

seq1  TAAATAACATAGTTAAAGAAACAAACAAATGTGGGTACAATACAGTTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAACATAGTTAAAGAAACAAACAAATGTGGGTACAATACAGTTTAC  100

seq1  TGAGTTCACATTTAAAATATAGGTATTCAATTTGACACTTTTTATTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCACATTTAAAATATAGGTATTCAATTTGACACTTTTTATTTGTG  150

seq1  TGGACTTATTCACTATATTAAACTTTAGACAAAGTATAAAGCCTATCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTATTCACTATATTAAACTTTAGACAAAGTATAAAGCCTATCTTA  200

seq1  GGGAAGTGCTGTGAGGATTAGACACATTAATTCATGCAAAATGCTTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTGCTGTGAGGATTAGACACATTAATTCATGCAAAATGCTTGGAT  250

seq1  GAGGACTTGATGCATGGGAAATATTCAGCAAATGTGATTCAATGGTACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTTGATGCATGGGAAATATTCAGCAAATGTGATTCAATGGTACAT  300

seq1  TTTTAATGCAGTGTGACAATATTGTATATAAACCTTTGTGTCTACAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGCAGTGTGACAATATTGTATATAAACCTTTGTGTCTACAGATT  350

seq1  TCTATTCAATTAATTAACATCTGTCAACCTATAACAGGATCTAATTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCAATTAATTAACATCTGTCAACCTATAACAGGATCTAATTTGTA  400

seq1  TAAAATCACTGCCTTGGCATTATCTACTCTCTTGCTAGAGACAACTTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCACTGCCTTGGCATTATCTACTCTCTTGCTAGAGACAACTTGTC  450

seq1  TAATGTCAAAAGTTAACCTAAAATTTACAGCAATACATAATATGTAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTCAAAAGTTAACCTAAAATTTACAGCAATACATAATATGTAGAAC  500

seq1  TTTCACTGTAAAAACAAAAATGTATATGCAAAAATATATTAAAGCTTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGTAAAAACAAAAATGTATATGCAAAAATATATTAAAGCTTCCT  550

seq1  CAATAGAAGAGAGAAATACACTCTTTATTTTCACATTAAACTACCTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAAGAGAGAAATACACTCTTTATTTTCACATTAAACTACCTCTTT  600

seq1  CTGGAACTAAAGAACTTGTATAATCATTTTAAAACACTGGGAAGCTAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACTAAAGAACTTGTATAATCATTTTAAAACACTGGGAAGCTAAGA  650

seq1  CCCAGTATGTATCACACACTGCTTGCAGATGTGCATTCATTTTGTAACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTATGTATCACACACTGCTTGCAGATGTGCATTCATTTTGTAACTA  700

seq1  TTAATCAAAGAACTTCTCTCAAAGGCTCCTATTAAACTGAGCTGCATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAAAGAACTTCTCTCAAAGGCTCCTATTAAACTGAGCTGCATGAA  750

seq1  ATACCTTACTCTCTCAGAAAGAGAAAAAACTTCTGTATGTAATCCTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTACTCTCTCAGAAAGAGAAAAAACTTCTGTATGTAATCCTTCTA  800

seq1  AACTTCTATTTCTCCTTTTTTTGGTCTTCACAATTTCCCAAGTTGCACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTATTTCTCCTTTTTTTGGTCTTCACAATTTCCCAAGTTGCACAG  850

seq1  TTTATAATAGCTCTAAATGTAGATTTTACAAAGCAGATAACATCATGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATAGCTCTAAATGTAGATTTTACAAAGCAGATAACATCATGAAG  900

seq1  TTTTATAGCTCTATTAATTTGAACCCCAAAATGTTGATATCCTATTTGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAGCTCTATTAATTTGAACCCCAAAATGTTGATATCCTATTTGTG  950

seq1  TAAGACTCAGAATAGGGCATCATTAAGTGTAAGAGTGTAGAACTTGGAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTCAGAATAGGGCATCATTAAGTGTAAGAGTGTAGAACTTGGAAT  1000

seq1  GATCTTCTAGTGGTAGTAATAACAGAATTGAGTCTTGAAAAATAATGGAG  1050
      |||| |||||| ||||||   ||||||||||||||  |||||||   |||
seq2  GATC-TCTAGT-GTAGTA--TACAGAATTGAGTCTGAAAAAATA--TGAG  1044

seq1  AATTCTTAGACAGTTCAATAAGTCAGCTGTTATATTTGGAAGAGCAATGG  1100
      |  || ||||||||   || ||||||||| ||||||||  ||||| ||||
seq2  A--TC-TAGACAGT--CATTAGTCAGCTG-TATATTTG--AGAGC-ATGG  1085

seq1  TTCA  1104
      ||||
seq2  TTCA  1089


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |