BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311O14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 54,238,712 - 54,335,876
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHecw2, 4930511H11Rik
Upstream gene1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162, Dnahc7, Stk17b
Downstream geneGtf3c3, EG627915, D230012E17Rik, Ankrd44, Sf3b1, Coq10b, Hspd1, Hspe1, LOC381258, Prei3, EG627998, Rftn2, Mars2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311O14.bB6Ng01-311O14.g
ACCGA103513GA103514
length1,0711,171
definitionB6Ng01-311O14.b B6Ng01-311O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,238,712 - 54,239,784)(54,334,722 - 54,335,876)
sequence
gaattcactatgtagaccaggctggccttgcactcacagagatccacctg
cctctgcctcccacctgagtgttgggattaaaggtgtgcactaacactgg
ctggcctagatgttaattttttaaaccagcagagaaaatgaattcctata
gaagaattttcaagatagaaaataaactactttgttttataatcagttca
gctcaacagccattcattgagccagatcatgccaaatgctacacttcaaa
ggtaaataagaagaaattaatgaatagcaaactcctagaatgaagttttt
actcctacttttcatacacacagtggcagactgtgtatgttagcaatcac
ccaattccagcaatcagtgacaagataaattagctcggtatctctttgtc
acaagcaggtgtgagctatggtctggacccatgactaccctgctgcaggg
ttcccgcctaacatggagatgccagcttctttccagccttctgcttcttt
atttgcatccaccccaagcttgattccttgcctgcttctgcaagacccag
gctctactttttaaggcttttaaggcaccttttttttttcaaaatctttc
tggaggtgaaccatcaaagcaaatacagctctgttatctttttatttttt
tcttgtcttattatctctttcccttagtgagcatcccttttactcactag
gtagattttttttaaaaatctggccccaatgggacataccaagaagtgac
atccccagctacttccaagagttgcaggtctatgatccatacatacaatc
cagccaggttcacatgcaatcactaaccctgaagataatgaagtttcaga
aaatccaaggcagagaagttgtgctcaatctccataggaaggcctccccc
cttattgcttggtttaagcttaaacagatctaaaagatgttatctgagaa
gatataacaaatcacagtacgtgcctcagtggtcagccctaaccccatgt
acaatatgggcaaatcagcagtagtttgtgaacatacgtgttgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattcagtttgcctagtatgagtaaggtcttacccaacctgtaccacaa
aaaattaagatacaatttattaccaatatttatcttggcctaagtaccat
atatagaaagaaatttttttactctgggttgtaggaagtagcaccaaccc
tggccaactaaaccattctggctcttaggagggtttgcatactcagatca
gacttgagctgcgagatagtcatccccaagtcttcattcttccgctgttc
ctgggccagcaggtcttgggttgttttcatagagctgtgtagggcagtgc
acttctcctgcaaagcgtgtacctggaattgtgtaagaaaaactcaattt
ctggatgataatgcatgactagacagaacacatgggaggtaaaattttca
accttattgtcacagagaggaaagggacatagctgtatgtcacagatgaa
atctcattagactatagtttcttacttgaagtgctgtccaatacagcatt
ttgtatgtactttaacaaaatagtcagtaggcacaagaggatactgagca
cacggagtgtagccagagcaagtgaagaattgtactgttagcctcccctg
acacttagccaactttgacttaaataggatctttcataaattccttaagt
agaatacattccttttataattcagttgtgatatatagtcattggggaaa
atgagagattatgcactcaagtaataaatactaaaatataaatttacagt
atcctaaacacataaaggtactttaaatattaagtataacaaatgcaaaa
atatcatgtaatatgaatctgataactaaaagggagcaacataaatacgg
ttcctggttatttcacttatttggtttcaagggttagttcccatttagtt
tattttctatccagaccacatacatataacttagctaagacaggttgtat
tccaaaatcaatgcttatagcagagacttcacggtaacaggagggattct
gccacaacagaatttggctcttataagaacctggtggacagacccaggtt
ttcaagggcctcaggcttctcaatcataacctaggatggcttgggttggg
atggcagagctttcttaatttttggcatttatttcagactgtaatggaga
atggctggacggctactaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_54238712_54239784
seq2: B6Ng01-311O14.b_48_1118

seq1  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGCACTCACAGAGATCCACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGCACTCACAGAGATCCACCTG  50

seq1  CCTCTGCCTCCCACCTGAGTGTTGGGATTAAAGGTGTGCACTAACACTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCCCACCTGAGTGTTGGGATTAAAGGTGTGCACTAACACTGG  100

seq1  CTGGCCTAGATGTTAATTTTTTAAACCAGCAGAGAAAATGAATTCCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTAGATGTTAATTTTTTAAACCAGCAGAGAAAATGAATTCCTATA  150

seq1  GAAGAATTTTCAAGATAGAAAATAAACTACTTTGTTTTATAATCAGTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATTTTCAAGATAGAAAATAAACTACTTTGTTTTATAATCAGTTCA  200

seq1  GCTCAACAGCCATTCATTGAGCCAGATCATGCCAAATGCTACACTTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACAGCCATTCATTGAGCCAGATCATGCCAAATGCTACACTTCAAA  250

seq1  GGTAAATAAGAAGAAATTAATGAATAGCAAACTCCTAGAATGAAGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATAAGAAGAAATTAATGAATAGCAAACTCCTAGAATGAAGTTTTT  300

seq1  ACTCCTACTTTTCATACACACAGTGGCAGACTGTGTATGTTAGCAATCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTACTTTTCATACACACAGTGGCAGACTGTGTATGTTAGCAATCAC  350

seq1  CCAATTCCAGCAATCAGTGACAAGATAAATTAGCTCGGTATCTCTTTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCCAGCAATCAGTGACAAGATAAATTAGCTCGGTATCTCTTTGTC  400

seq1  ACAAGCAGGTGTGAGCTATGGTCTGGACCCATGACTACCCTGCTGCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAGGTGTGAGCTATGGTCTGGACCCATGACTACCCTGCTGCAGGG  450

seq1  TTCCCGCCTAACATGGAGATGCCAGCTTCTTTCCAGCCTTCTGCTTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGCCTAACATGGAGATGCCAGCTTCTTTCCAGCCTTCTGCTTCTTT  500

seq1  ATTTGCATCCACCCCAAGCTTGATTCCTTGCCTGCTTCTGCAAGACCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCATCCACCCCAAGCTTGATTCCTTGCCTGCTTCTGCAAGACCCAG  550

seq1  GCTCTACTTTTTAAGGCTTTTAAGGCACCTTTTTTTTTTCAAAATCTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACTTTTTAAGGCTTTTAAGGCACCTTTTTTTTTTCAAAATCTTTC  600

seq1  TGGAGGTGAACCATCAAAGCAAATACAGCTCTGTTATCTTTTTATTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTGAACCATCAAAGCAAATACAGCTCTGTTATCTTTTTATTTTTT  650

seq1  TCTTGTCTTATTATCTCTTTCCCTTAGTGAGCATCCCTTTTACTCACTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTTATTATCTCTTTCCCTTAGTGAGCATCCCTTTTACTCACTAG  700

seq1  GTAGATTTTTTTTAAAAATCTGGCCCCAATGGGACATACCAAGAAGTGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTTTTTTTAAAAATCTGGCCCCAATGGGACATACCAAGAAGTGAC  750

seq1  ATCCCCAGCTACTTCCAAGAGTTGCAGGTCTATGATCCATACATACAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGCTACTTCCAAGAGTTGCAGGTCTATGATCCATACATACAATC  800

seq1  CAGCCAGGTTCACATGCAATCACTAACCCTGAAGATAATGAAGTTTCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGTTCACATGCAATCACTAACCCTGAAGATAATGAAGTTTCAGA  850

seq1  AAATCCAAGGCAGAGAAGTTGTGCTCAATCTCCATAGGAAGGCCTCCCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAAGGCAGAGAAGTTGTGCTCAATCTCCATAGGAAGGCCTCCCCC  900

seq1  CTTATTGCTTGGTTTAAGCTTAAACAGATCTAAAAAGATGTTATCTGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGCTTGGTTTAAGCTTAAACAGATCT-AAAAGATGTTATCTGAGA  949

seq1  AGATAT-ACAAATCACAAGTACGTGCCTCAGTGGTCAGCCCTAACCCCAT  999
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAACAAATCAC-AGTACGTGCCTCAGTGGTCAGCCCTAACCCCAT  998

seq1  GTAC-ATATGGGCAAAATCAGCAGTAGTTTGTGAACATACGTGTGTGTGT  1048
      |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTACAATATGGGC-AAATCAGCAGTAGTTTGTGAACATACGTGT-TGTGT  1046

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1073
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1071

seq1: chr1_54334722_54335876
seq2: B6Ng01-311O14.g_69_1239 (reverse)

seq1  CCTTAGTAGCCTGTCAG-CATTCT-CACTACAGTCTTTAAAATATAATGC  48
      |||||||||||   ||| |||||| || |||||||  | ||||| |||||
seq2  CCTTAGTAGCCGTCCAGCCATTCTCCATTACAGTC--TGAAATA-AATGC  47

seq1  --AAAAATAAGAAAAGGCTCTGCAAT-CCAACCC-AGCATTCTTAGTTTA  94
        |||| |||||||  ||||||| || ||||||| |||  || ||| |||
seq2  CAAAAATTAAGAAA--GCTCTGCCATCCCAACCCAAGCCATCCTAGGTTA  95

seq1  TGAATGAGAAAGCTGAGGCC--TGGAAAACTGGGTCTGTC--ACAGG-TC  139
      ||| ||||||  ||||||||  || ||| |||||||||||   |||| ||
seq2  TGATTGAGAAGCCTGAGGCCCTTGAAAACCTGGGTCTGTCCACCAGGTTC  145

seq1  TTAT-AGAGGCAAATTCTGTTGGTGCAGAAT-CCTCCTGT--ACGTGAAG  185
      |||| |||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||   |||||||
seq2  TTATAAGAGCCAAATTCTGTTGTGGCAGAATCCCTCCTGTTACCGTGAAG  195

seq1  TCTCTGCTATAAGCATTGATTTTGGAATACA--CTGTCTTAGCTAAAGTT  233
      |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||
seq2  TCTCTGCTATAAGCATTGATTTTGGAATACAACCTGTCTTAGCT-AAGTT  244

seq1  ATATGTATGTGGTCTGGATAGAAAATAAACTAAAT-GGAACTAACCCTTG  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTGGTCTGGATAGAAAATAAACTAAATGGGAACTAACCCTTG  294

seq1  AAA-CAAATAAGTGAAATAACCAGGAA-CGTATTTATGTTGCT-CCTTTT  329
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  AAACCAAATAAGTGAAATAACCAGGAACCGTATTTATGTTGCTCCCTTTT  344

seq1  AGTTATCAGATTCATATTACATGATATTTTTGCATTTGTTATACTTAATA  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCAGATTCATATTACATGATATTTTTGCATTTGTTATACTTAATA  394

seq1  TTTAAAGTACCTTTATGTGTTTAGGATACTGTAAATTTATATTTTAGTAT  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTACCTTTATGTGTTTAGGATACTGTAAATTTATATTTTAGTAT  444

seq1  TTATTACTTGAGTGCATAATCTCTCATTTTCCCCAATGACTATATATCAC  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTTGAGTGCATAATCTCTCATTTTCCCCAATGACTATATATCAC  494

seq1  AACTGAATTATAAAAGGAATGTATTCTACTTAAGGAATTTATGAAAGATC  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATTATAAAAGGAATGTATTCTACTTAAGGAATTTATGAAAGATC  544

seq1  CTATTTAAGTCAAAGTTGGCTAAGTGTCA-ATAACACTAACAGTACAATT  578
      |||||||||||||||||||||||||||||    |  ||||||||||||||
seq2  CTATTTAAGTCAAAGTTGGCTAAGTGTCAGGGGAGGCTAACAGTACAATT  594

seq1  CTTCACTTGCTCTGGCTACACTCCGTGTGCTCAGTATCCTCTTGTGCCTA  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTTGCTCTGGCTACACTCCGTGTGCTCAGTATCCTCTTGTGCCTA  644

seq1  CTGACTATTTTGTTAAAGTACATACAAAATGCTGTATTGGACAGCACTTC  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTATTTTGTTAAAGTACATACAAAATGCTGTATTGGACAGCACTTC  694

seq1  AAGTAAGAAACTATAGTCTAATGAGATTTCATCTGTGACATACAGCTATG  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGAAACTATAGTCTAATGAGATTTCATCTGTGACATACAGCTATG  744

seq1  TCCCTTTCCTCTCTGTGACAATAAGGTTGAAAATTTTACCTCCCATGTGT  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTCCTCTCTGTGACAATAAGGTTGAAAATTTTACCTCCCATGTGT  794

seq1  TCTGTCTAGTCATGCATTATCATCCAGAAATTGAGTTTTTCTTACACAAT  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTAGTCATGCATTATCATCCAGAAATTGAGTTTTTCTTACACAAT  844

seq1  TCCAGGTACACGCTTTGCAGGAGAAGTGCACTGCCCTACACAGCTCTATG  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTACACGCTTTGCAGGAGAAGTGCACTGCCCTACACAGCTCTATG  894

seq1  AAAACAACCCAAGACCTGCTGGCCCAGGAACAGCGGAAGAATGAAGACTT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACCCAAGACCTGCTGGCCCAGGAACAGCGGAAGAATGAAGACTT  944

seq1  GGGGATGACTATCTCGCAGCTCAAGTCTGATCTGAGTATGCAAACCCTCC  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGACTATCTCGCAGCTCAAGTCTGATCTGAGTATGCAAACCCTCC  994

seq1  TAAGAGCCAGAATGGTTTAGTTGGCCAGGGTTGGTGCTACTTCCTACAAC  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCCAGAATGGTTTAGTTGGCCAGGGTTGGTGCTACTTCCTACAAC  1044

seq1  CCAGAGTAAAAAAATTTCTTTCTATATATGGTACTTAGGCCAAGATAAAT  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTAAAAAAATTTCTTTCTATATATGGTACTTAGGCCAAGATAAAT  1094

seq1  ATTGGTAATAAATTGTATCTTAATTTTTTGTGGTACAGGTTGGGTAAGAC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTAATAAATTGTATCTTAATTTTTTGTGGTACAGGTTGGGTAAGAC  1144

seq1  CTTACTCATACTAGGCAAACTGAATTC  1155
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCATACTAGGCAAACTGAATTC  1171