BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312H03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 165,983,735 - 166,136,902
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSele, Sell, Selp, F5
Upstream gene4921528O07Rik, Prrx1, LOC100039597, Scyl1bp1, LOC665237, Gm207, LOC100039626, Kifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik
Downstream geneSlc19a2, 4930455F23Rik, Blzf1, Nme7, Atp1b1, LOC100040065, Dpt, Xcl1, 1700029M03Rik, Tbx19, Sft2d2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312H03.bB6Ng01-312H03.g
ACCGA103911GA103912
length1,195699
definitionB6Ng01-312H03.b B6Ng01-312H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,135,712 - 166,136,902)(165,983,735 - 165,984,431)
sequence
gaattcacaaagtcccgactttgaccaagaaccctataaactgggcacct
tagtatatgctgctaatcaaagtgctcataggaggaggcagaaggatcag
gagttcaaagccatctgttactgtatggggatacaggagactattttgag
caaataaaccatcaagcagacaaataagaaaaaaatgctacaaataaata
acttagacattaaaaaaaatctatcagctcccctaaaaaggaatttttat
ttatctgtactgttacaagttaccccatacacaattcaagtacagttcca
agtttcaaaattactcaactttatggctattaaatatgttttctttctct
cttcttctatgttaatatgtaaggaataaaaatatcctttccttatggtt
tcaaatactcttaaaagtgtacatacatgggtaaaaatgtatataaatta
tttcagaaaaaatgaaaatgtttctaaaacctctgcttattcatactgac
acttgatgtctactctgccaattgatcctatgcttaaattccattgatat
aatttaggaccaggtccctgactgaaggtaaaacttaacagtggatgact
attcatctcaaacacagtgagcaagatttctcatcttcttctcttgtgaa
aatatgggctgaatttggtggtccatcctgtgtctgaagttaaacagaac
atcactttctatatttcttagaaagtggcatggaagaaccaaacaagaag
ccatttttctgtcttcttagtaaaatggacccatctggacttccattttc
acatacaagatcaactcacacaatgacttcctccttgtcaacatatgaga
ccaatttacacagtgacttcctttatgtccacatatgagatcaattcaca
cagtgacttcctccaaattcaaatatgaggccaattcacacaatgactat
ctccatgtccatatatgagaccaattcacacattgacttcctcaccctaa
ctcctgcaaagagatggcctttcactaggatctcagaccttggaagagat
gcagaatccttgctctcctctcaagacctatgcctatcaaagcctcttga
gaagtaaagtcggcagtaaaatggtgcattctagctagtgtctaagatct
ttcaggtgcatcttggcttcattagccctttccttaacaggtctc
gaattcacctacaagtcctcatgtgcctttcaatgcaatgagggctttag
cttgcatggctcagctcaacttgagtgcacatctcagggaaagtggaccc
aggaagtcccctcctgccaaggtaacactgagttcagactctcatgacac
acatcaactccgtggttttgtggtatgggtttcttgacttccgctatggg
catgtcctttgcagtggtacaatgtccaagccttgacgtcccgggaaaga
tgaacatgagctgcagcggaacagcagttttcggcacagtgtgtgagttt
acatgtcctgatgattggacactcaatggatctgcagttctgacgtgtgg
tgccacgggacgctggtctgggatgccgcctacctgtgaaggtaaggcac
tgatggatggtggttgccttggggagtagagggaagaggggtgttatgtt
gctaaggaagctaactgtccattatgtccaaatcagaatggtaggtcata
gagatggataaatagacaacaggaaatgatgtctgtggaccaggtagaat
gttctgatcttctctgacacccccctttcttctccaacgctcaccactga
cccccgctgttatgatttattccttggtccttctctgttctcctttcact
cccgttatacctccccgttttctgctccctcgaagtggagactctgatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_166135712_166136902
seq2: B6Ng01-312H03.b_44_1238 (reverse)

seq1  GAGACCTGTTAGTGAAAGGGGTTATGAGGGCAAGATGCCACTG-AAGACC  49
      |||||||||||  ||||||| | |||| | ||||||||  ||| |||| |
seq2  GAGACCTGTTAAGGAAAGGGCTAATGAAGCCAAGATGCACCTGAAAGATC  50

seq1  TAAGACACTAGCTAGGATGCAC--ATCTACTG-CGACTTTAC-TCTC-AG  94
      | ||||||||||||| ||||||   | ||||| ||||||||| |||| ||
seq2  TTAGACACTAGCTAGAATGCACCATTTTACTGCCGACTTTACTTCTCAAG  100

seq1  AGGCTTTGGATAGGCATAGGTCTTGGAGAGGAGAGCCAGGATTCTGCATC  144
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGCTTT-GATAGGCATAGGTCTT-GAGAGGAGAGCAAGGATTCTGCATC  148

seq1  TCTTCCAAGGTCTGAGGATCTAGTGAAAGGCCATCTCTTTGCAGGAGTTA  194
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAAGGTCTGAGATCCTAGTGAAAGGCCATCTCTTTGCAGGAGTTA  198

seq1  GGGTGAGGAAGTCAATGTGTGAATTGGTCTCATATATGGACATGGAGATA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGGAAGTCAATGTGTGAATTGGTCTCATATATGGACATGGAGATA  248

seq1  GTCATTGTGTGAATTGGCCTCATATTTGAATTTGGAGGAAGTCACTGTGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGTGTGAATTGGCCTCATATTTGAATTTGGAGGAAGTCACTGTGT  298

seq1  GAATTGATCTCATATGTGGACATAAAGGAAGTCACTGTGTAAATTGGTCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGATCTCATATGTGGACATAAAGGAAGTCACTGTGTAAATTGGTCT  348

seq1  CATATGTTGACAAGGAGGAAGTCATTGTGTGAGTTGATCTTGTATGTGAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTTGACAAGGAGGAAGTCATTGTGTGAGTTGATCTTGTATGTGAA  398

seq1  AATGGAAGTCCAGATGGGTCCATTTTACTAAGAAGACAGAAAAATGGCTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGTCCAGATGGGTCCATTTTACTAAGAAGACAGAAAAATGGCTT  448

seq1  CTTGTTTGGTTCTTCCATGCCACTTTCTAAGAAATATAGAAAGTGATGTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTGGTTCTTCCATGCCACTTTCTAAGAAATATAGAAAGTGATGTT  498

seq1  CTGTTTAACTTCAGACACAGGATGGACCACCAAATTCAGCCCATATTTTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAACTTCAGACACAGGATGGACCACCAAATTCAGCCCATATTTTC  548

seq1  ACAAGAGAAGAAGATGAGAAATCTTGCTCACTGTGTTTGAGATGAATAGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAAGAAGATGAGAAATCTTGCTCACTGTGTTTGAGATGAATAGT  598

seq1  CATCCACTGTTAAGTTTTACCTTCAGTCAGGGACCTGGTCCTAAATTATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACTGTTAAGTTTTACCTTCAGTCAGGGACCTGGTCCTAAATTATA  648

seq1  TCAATGGAATTTAAGCATAGGATCAATTGGCAGAGTAGACATCAAGTGTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGAATTTAAGCATAGGATCAATTGGCAGAGTAGACATCAAGTGTC  698

seq1  AGTATGAATAAGCAGAGGTTTTAGAAACATTTTCATTTTTTCTGAAATAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAATAAGCAGAGGTTTTAGAAACATTTTCATTTTTTCTGAAATAA  748

seq1  TTTATATACATTTTTACCCATGTATGTACACTTTTAAGAGTATTTGAAAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATACATTTTTACCCATGTATGTACACTTTTAAGAGTATTTGAAAC  798

seq1  CATAAGGAAAGGATATTTTTATTCCTTACATATTAACATAGAAGAAGAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGAAAGGATATTTTTATTCCTTACATATTAACATAGAAGAAGAGA  848

seq1  GAAAGAAAACATATTTAATAGCCATAAAGTTGAGTAATTTTGAAACTTGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAACATATTTAATAGCCATAAAGTTGAGTAATTTTGAAACTTGG  898

seq1  AACTGTACTTGAATTGTGTATGGGGTAACTTGTAACAGTACAGATAAATA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTACTTGAATTGTGTATGGGGTAACTTGTAACAGTACAGATAAATA  948

seq1  AAAATTCCTTTTTAGGGGAGCTGATAGATTTTTTTTAATGTCTAAGTTAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCTTTTTAGGGGAGCTGATAGATTTTTTTTAATGTCTAAGTTAT  998

seq1  TTATTTGTAGCATTTTTTTCTTATTTGTCTGCTTGATGGTTTATTTGCTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTAGCATTTTTTTCTTATTTGTCTGCTTGATGGTTTATTTGCTC  1048

seq1  AAAATAGTCTCCTGTATCCCCATACAGTAACAGATGGCTTTGAACTCCTG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGTCTCCTGTATCCCCATACAGTAACAGATGGCTTTGAACTCCTG  1098

seq1  ATCCTTCTGCCTCCTCCTATGAGCACTTTGATTAGCAGCATATACTAAGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCTGCCTCCTCCTATGAGCACTTTGATTAGCAGCATATACTAAGG  1148

seq1  TGCCCAGTTTATAGGGTTCTTGGTCAAAGTCGGGACTTTGTGAATTC  1191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGTTTATAGGGTTCTTGGTCAAAGTCGGGACTTTGTGAATTC  1195

seq1: chr1_165983735_165984431
seq2: B6Ng01-312H03.g_66_764

seq1  GAATTCACCTACAAGTCCTCATGTGCCTTTCAATGCAATGAGGGCTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTACAAGTCCTCATGTGCCTTTCAATGCAATGAGGGCTTTAG  50

seq1  CTTGCATGGCTCAGCTCAACTTGAGTGCACATCTCAGGGAAAGTGGACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATGGCTCAGCTCAACTTGAGTGCACATCTCAGGGAAAGTGGACCC  100

seq1  AGGAAGTCCCCTCCTGCCAAGGTAACACTGAGTTCAGACTCTCATGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTCCCCTCCTGCCAAGGTAACACTGAGTTCAGACTCTCATGACAC  150

seq1  ACATCAACTCCGTGGTTTTGTGGTATGGGTTTCTTGACTTCCGCTATGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAACTCCGTGGTTTTGTGGTATGGGTTTCTTGACTTCCGCTATGGG  200

seq1  CATGTCCTTTGCAGTGGTACAATGTCCAAGCCTTGACGTCCCGGGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTTTGCAGTGGTACAATGTCCAAGCCTTGACGTCCCGGGAAAGA  250

seq1  TGAACATGAGCTGCAGCGGAACAGCAGTTTTCGGCACAGTGTGTGAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATGAGCTGCAGCGGAACAGCAGTTTTCGGCACAGTGTGTGAGTTT  300

seq1  ACATGTCCTGATGATTGGACACTCAATGGATCTGCAGTTCTGACGTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCCTGATGATTGGACACTCAATGGATCTGCAGTTCTGACGTGTGG  350

seq1  TGCCACGGGACGCTGGTCTGGGATGCCGCCTACCTGTGAAGGTAAGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACGGGACGCTGGTCTGGGATGCCGCCTACCTGTGAAGGTAAGGCAC  400

seq1  TGATGGATGGTGGTTGCCTTGGGGAGTAGAGGGAAGAGGGGTGTTATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGATGGTGGTTGCCTTGGGGAGTAGAGGGAAGAGGGGTGTTATGTT  450

seq1  GCTAAGGAAGCTAACTGTCCATTATGTCCAAATCAGAATGGTAGGTCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGGAAGCTAACTGTCCATTATGTCCAAATCAGAATGGTAGGTCATA  500

seq1  GAGATGGATAAAAAGACAACAGGAAATGATGTCTGTGGACCAGGTAGAAT  550
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGATAAATAGACAACAGGAAATGATGTCTGTGGACCAGGTAGAAT  550

seq1  GTTCTGTTCTTCTCTGACACCCCCCTTTCTTCTCCAACGCTCACCACTGA  600
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGATCTTCTCTGACACCCCCCTTTCTTCTCCAACGCTCACCACTGA  600

seq1  CCCCCGCTGTTATGATTTATTCCTTGGTCCTTCTCTGTTCTCCCTTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  CCCCCGCTGTTATGATTTATTCCTTGGTCCTTCTCTGTTCT-CCTTTCAC  649

seq1  TCCCGTTATACCTCCC--GTTTCTGCTCCCTCGAAGTGG-GATTCTGATC  697
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  TCCCGTTATACCTCCCCGTTTTCTGCTCCCTCGAAGTGGAGACTCTGATC  699