BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-313D16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 142,501,130 - 142,634,328
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnt2
Upstream geneEG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367, Cfh
Downstream geneEG226472
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313D16.bB6Ng01-313D16.g
ACCGA104502GA104503
length8151,147
definitionB6Ng01-313D16.b B6Ng01-313D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,633,514 - 142,634,328)(142,501,130 - 142,502,279)
sequence
tactgtagtcagcatggttgtaagctcttgacttgcaagggactttaaat
acaaggacttaaataacagtatgtgtctttagcaaagtcattaacaatgt
caatgttgcaatatataagttccttaatcatagttaataaaagaaagcac
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aattatcagacattttttgcacagggcacactagcctagttgtctgatat
tggtagcatgtgtgtctgtgattgtgtcttgaaacaaaatatgtggtaca
atactatctaggttatggtaagacaacaaagaatgtttcccaaatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_142633514_142634328
seq2: B6Ng01-313D16.b_58_872 (reverse)

seq1  TAAAACCAACTCACCCATCTCTCCAAATGTATCTATACAATAAACCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCAACTCACCCATCTCTCCAAATGTATCTATACAATAAACCATAA  50

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAACTAAGTGCAGGGACATAATCATTAGTCTTCTACATTTCCAAT  200

seq1  AGCATGATTTTGTGATTTTTATTCTCTCTGGAGGGAAAAACCACCTACCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATTTTGTGATTTTTATTCTCTCTGGAGGGAAAAACCACCTACCG  250

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACCTTCTTTACCTCAAATCTTCTCATTTATTGAAACTCCTTTGCA  300

seq1  ATGCAACAAGCTGGATTAGGAACGTTGAAAGCCTGAGTGTCTAGGGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACAAGCTGGATTAGGAACGTTGAAAGCCTGAGTGTCTAGGGAGTT  350

seq1  TGAGTATTCTAGCATGGAGATGATACTTGTCAGATGTCTCAACTACAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATTCTAGCATGGAGATGATACTTGTCAGATGTCTCAACTACAATG  400

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAACTCTAGCATGACAGGAGTGGAATTGCTTGATGTTTATAATAC  450

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGATGAGATGTCTAGCACAAACCACAGACTTACACAATATCTTTC  500

seq1  TTGTTTAATTTGTTTCTAACATCAGTGTTTCCAGAAAGTGAAATAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAATTTGTTTCTAACATCAGTGTTTCCAGAAAGTGAAATAATTTT  550

seq1  TCAATGTTATTTTCCAGAAGTTCTAATTAGGCACATAATTAATGAAAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTTATTTTCCAGAAGTTCTAATTAGGCACATAATTAATGAAAAGG  600

seq1  ATTGAGAATATATTTTAGCATTTTGAATTTATAGAAATCAATATTTCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGAATATATTTTAGCATTTTGAATTTATAGAAATCAATATTTCACA  650

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTATTGAAGGTGCTTTCTTTTATTAACTATGATTAAGGAACTTA  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TATTTAAGTCCTTGTATTTAAAGTCCCTTGCAAGTCAAGAGCTTACAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGTCCTTGTATTTAAAGTCCCTTGCAAGTCAAGAGCTTACAACC  800

seq1  ATGCTGACTACAGTA  815
      |||||||||||||||
seq2  ATGCTGACTACAGTA  815


seq1: chr1_142501130_142502279
seq2: B6Ng01-313D16.g_66_1212

seq1  GAATTCAAATGCATGAATTTATGGGGGCCACCAAAACAAGCTTTATTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGCATGAATTTATGGGGGCCACCAAAACAAGCTTTATTTTA  50

seq1  TTCACAAAGTTTAAAGCCAATAGTATCTTATAGTATATATTCTTTTATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAAGTTTAAAGCCAATAGTATCTTATAGTATATATTCTTTTATTA  100

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTCTACATTAACAAACTATAATAACAATTTAATCATATAGCAGT  150

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTCTTTCAAATAATATTCAGAGCATTTTATTTTTTCATCATTGT  200

seq1  TATTTTAACATTTGTTTCTGTTTTTGGACTCATAGAATATAGTTTTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAACATTTGTTTCTGTTTTTGGACTCATAGAATATAGTTTTATGA  250

seq1  CAGTTTTGTGGATGCATGTTTTCACTGTTTTTAAGGATATACTTGGCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTGTGGATGCATGTTTTCACTGTTTTTAAGGATATACTTGGCAGC  300

seq1  AAATTTGCTGTGTATATGGTGATATTATTTAAGGATAAACTATTTAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGCTGTGTATATGGTGATATTATTTAAGGATAAACTATTTAATGA  350

seq1  ATTAGTTGTACAAGATTGTCTCTCTAATAGTGTAATGATGTCCTAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTGTACAAGATTGTCTCTCTAATAGTGTAATGATGTCCTAATAAA  400

seq1  CACATTATATTTTATTATGTCCATTTATGATTTTTTAAATTATTTTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTATATTTTATTATGTCCATTTATGATTTTTTAAATTATTTTATGA  450

seq1  AGTTGTTCAAAATGTGATACACATATACAATGAATAGTGATTAAATCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTCAAAATGTGATACACATATACAATGAATAGTGATTAAATCCCT  500

seq1  CATCAACCTCCATGTCTTTTTGTAAACCATCCTACTCATATCCATCCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACCTCCATGTCTTTTTGTAAACCATCCTACTCATATCCATCCTAC  550

seq1  CTACCTATCTCCTAATATAAGGAGAACATTTTGTCCAATTAGTGATGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTATCTCCTAATATAAGGAGAACATTTTGTCCAATTAGTGATGAGT  600

seq1  ATGTGCATGTTCGAGGACCATTCACTTATGAATGGACAATCTACTAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGTTCGAGGACCATTCACTTATGAATGGACAATCTACTAGTGA  650

seq1  CATCCTTTTTAAAGATAACTGACTCTGCATTTCTCAGCATTCACCAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTTTTAAAGATAACTGACTCTGCATTTCTCAGCATTCACCAACTT  700

seq1  CCAATAGTTCTTCATCTTTTGGTGGGATCTCTGGAGTGTAGCATCACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGTTCTTCATCTTTTGGTGGGATCTCTGGAGTGTAGCATCACTCC  750

seq1  ATTGATTTCTGCCTGCTAAAATGGATCTTTTCTAATCATGGCCAATAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTCTGCCTGCTAAAATGGATCTTTTCTAATCATGGCCAATAGCA  800

seq1  ACATAAATATGTGGATATAGACATAAATATTTAGAAGGCAATTTCACAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAATATGTGGATATAGACATAAATATTTAGAAGGCAATTTCACAAC  850

seq1  ATGATCATTTAGTGAAATCCTACCATTT-GGTTCCCATCTAATACCTATA  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATTTAGTGAAATCCTACCATTTGGGTTCCCATCTAATACCTATA  900

seq1  ATTTCACCAATCATAGAATTTAACCAGCTTTACAATACCAGCCATGAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACCAATCATAGAATTTAACCAGCTTTACAATACCAGCCATGAAAT  950

seq1  CCCTCCTAT-GGAACAGGGCACAAATCAAATGGAAAAGTGATTAGTTAGT  998
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCTCCTATGGGAACA-GGCACAAATCAAATGGAAAAGTGATTAG-TAGT  998

seq1  ATAATTATCAGACCATTTTTTGCACCAGGGGCACAACTAGCCTAGTTGTC  1048
      |||||||||||| ||||||||||||   |||||| |||||||||||||||
seq2  ATAATTATCAGA-CATTTTTTGCAC--AGGGCAC-ACTAGCCTAGTTGTC  1044

seq1  TGATATT-GTAGCATGTGGTGTCCTGTGATTTGTGTCTTGAAACAAAATA  1097
      ||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTGGTAGCATGT-GTGT-CTGTGA-TTGTGTCTTGAAACAAAATA  1091

seq1  TGTGGTACATTACTATCTA-GTTATGGT-AGACAACAAAG-ATGTTCCCC  1144
      ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||
seq2  TGTGGTACAATACTATCTAGGTTATGGTAAGACAACAAAGAATGTTTCCC  1141

seq1  AAATAC  1150
      ||||||
seq2  AAATAC  1147


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