BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314C02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 114,986,401 - 115,097,414
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG626897, LOC666615, LOC666635
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314C02.bB6Ng01-314C02.g
ACCGA105155GA105156
length1,0011,109
definitionB6Ng01-314C02.b B6Ng01-314C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,986,401 - 114,987,400)(115,096,312 - 115,097,414)
sequence
gaattcttataagatcattacaaagaattgagaagtcatctatttgtcta
tatagcattaatccaagacagtatattttcataaacctgcagagatgtgc
tcaaaattaatacctagtattgttatatatgtttaataataacaggaaaa
taatattagtagcagaaacctttccaaatattaaatactcataggccttt
cctgtaagagcttcatcatatatattatctaatatgaagtcatttcagga
agatcaacagctagttattagcttgttctatgacgggtcctgacattgtt
taatcacctgatgcttgtttttatcctttggtgactccaagaagtatatt
aaggtgaaataaaagttgtttcgtaatcttagtgaagatttttttcatat
atcattcttcttcatactttaaactttagaagttaatactttagattata
ccactaaggcttaagaaagttgatggtagaatagctgatttccatcaggc
atggttttcatttttttttttaattaggtattttcctcattaacattttc
aatgctatcccaaaagttccccatacccacccaccccaaaacacctaccc
acccactccccctttttggccctggggttcccctgtactggggcatataa
agtttgcgtgtccaatgggcctctctttccagtgatggccgactaggcca
tcttttgatacatatgcagctagagacaagagctccggggtactggctag
ttcataatgttgttccacctatagggttgcagttctttttagctccttgg
gtactttctctagctcctccattgggggccgtgtgatccatccattagct
gactgtgagcatctacttctgtgtttgctaggccccggcatagtctcaca
agagacagctatatctgggtcctttcagcaaaatcttgctagtatatgca
atggtgtcagcgtttgggaagctgattatgggatggatccctgtatatgg
c

gaattcactgaggcttcctttgtggcttaacacagggttaattctgtcca
aatttcagctgtgtttgaaaagaatgtattttcctgttcgatgagtttct
acatatgaatggatgctatatcatgctttttaagttttgctatctaagca
ttatccattttctcaaattttggcagctaatagttcataaggtgtttttg
aacctacattcatgcttttgtttgtcagtttctcctgtatttccatcata
ttttgatttatatgtgataccatactacaaagttagaatgaattgttact
tttccatatatagaagtttttgtgtataagtatataagtaaggtacatat
acatttatgcataattatatggaggtcaaaggattaccaaggttgtcatt
cctttgatgacacccacctgattagctaaacaagtaggttcacgtagtaa
caatgcataagcgggatgctttttattactgaggttaaaagcacactctt
ccattcttggcatatttgacatgggttctaatgactgaacttcagatttc
ataattgtgaggcaagagctttacctactgagccatttccccaaggccca
cctttgttcaacttttgagtacctaaaataggtttccttagagtttaaac
tatatttatacggccataagcaatgtccaagaatccattttttatcaagt
gtttgtcaacatgttttattttctgtttatagtcacctcaattagttacc
tttttgctactatgatcaagtaccataaccaaaatcaacacataggagat
aaatattaattttggcttgtgggtctacagggacaaagtccatcatgata
taaaaggcatacaaacaggtagtgaaagactggcctaaaggattaggaag
ccagtttatcacattttaatctacacagagggaaatataactaggtcata
aaacctcaacacctactttccagagacatatttttctgcaacagtgtaaa
tatcctaaaggtttaacataacctccccaatcgcattgactggagtacaa
agtgttcaaatatatgacccaaatagggcatcctttctcattctattcca
tcaaatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_114986401_114987400
seq2: B6Ng01-314C02.b_46_1046

seq1  GAATTCTTATAAGATCATTACAAAGAATTGAGAAGTCATCTATTTGTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATAAGATCATTACAAAGAATTGAGAAGTCATCTATTTGTCTA  50

seq1  TATAGCATTAATCCAAGACAGTATATTTTCATAAACCTGCAGAGATGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCATTAATCCAAGACAGTATATTTTCATAAACCTGCAGAGATGTGC  100

seq1  TCAAAATTAATACCTAGTATTGTTATATATGTTTAATAATAACAGGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTAATACCTAGTATTGTTATATATGTTTAATAATAACAGGAAAA  150

seq1  TAATATTAGTAGCAGAAACCTTTCCAAATATTAAATACTCATAGGCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTAGTAGCAGAAACCTTTCCAAATATTAAATACTCATAGGCCTTT  200

seq1  CCTGTAAGAGCTTCATCATATATATTATCTAATATGAAGTCATTTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAAGAGCTTCATCATATATATTATCTAATATGAAGTCATTTCAGGA  250

seq1  AGATCAACAGCTAGTTATTAGCTTGTTCTATGACGGGTCCTGACATTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAACAGCTAGTTATTAGCTTGTTCTATGACGGGTCCTGACATTGTT  300

seq1  TAATCACCTGATGCTTGTTTTTATCCTTTGGTGACTCCAAGAAGTATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACCTGATGCTTGTTTTTATCCTTTGGTGACTCCAAGAAGTATATT  350

seq1  AAGGTGAAATAAAAGTTGTTTCGTAATCTTAGTGAAGATTTTTTTCATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAAATAAAAGTTGTTTCGTAATCTTAGTGAAGATTTTTTTCATAT  400

seq1  ATCATTCTTCTTCATACTTTAAACTTTAGAAGTTAATACTTTAGATTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCTTCTTCATACTTTAAACTTTAGAAGTTAATACTTTAGATTATA  450

seq1  CCACTAAGGCTTAAGAAAGTTGATGGTAGAATAGCTGATTTCCATCAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAAGGCTTAAGAAAGTTGATGGTAGAATAGCTGATTTCCATCAGGC  500

seq1  ATGGTTTTCATTTTTTTTTTTAATTAGGTATTTTCCTCATTAACATTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTTCATTTTTTTTTTTAATTAGGTATTTTCCTCATTAACATTTTC  550

seq1  AATGCTATCCCAAAAGTTCCCCATACCCACCCACCCCAAAACACCTACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTATCCCAAAAGTTCCCCATACCCACCCACCCCAAAACACCTACCC  600

seq1  ACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGGGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGGGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAA  650

seq1  AGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCA  700

seq1  TCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGACAAGAGCTCCGGGGTACTGGCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGACAAGAGCTCCGGGGTACTGGCTAG  750

seq1  TTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGTTCTTTTTAGCTCCTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGTTCTTTTTAGCTCCTTGG  800

seq1  GTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCGTGTGATCCATCCATTAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCGTGTGATCCATCCATTAGCT  850

seq1  GACTGTGAGCATCTACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGAGCATCTACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACA  900

seq1  AGAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTATATGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTATATGCA  950

seq1  ATGGTGTCAGCGTTT-GGAAGCTGATTATGGGATGGATCCCTGTATATGG  999
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTCAGCGTTTGGGAAGCTGATTATGGGATGGATCCCTGTATATGG  1000

seq1  C  1000
      |
seq2  C  1001


seq1: chr1_115096312_115097414
seq2: B6Ng01-314C02.g_63_1171 (reverse)

seq1  TACATTTTGATGG-ATAGAATGAGAAA-GATGCCCCTATTGGTTCATATA  48
      |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||   |||| |||||||
seq2  TACA-TTTGATGGAATAGAATGAGAAAGGATGCCCTATTTGGGTCATATA  49

seq1  TTTGAACACTTTGTACT-CAGTCAATGCGATTTGGGGAGGTTATGT--AA  95
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  ||
seq2  TTTGAACACTTTGTACTCCAGTCAATGCGA-TTGGGGAGGTTATGTTAAA  98

seq1  CCTTTAGGATATTTACACTTGTTGCAG-AAAATATGTCTCTGG-AAGTAG  143
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTTTAGGATATTTACAC-TGTTGCAGAAAAATATGTCTCTGGAAAGTAG  147

seq1  GTGTTGAGGTTTTATGACCTAGTTATATTT-CCTCTGTGTAGATTAAAAT  192
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAGGTTTTATGACCTAGTTATATTTCCCTCTGTGTAGATTAAAAT  197

seq1  GTGATAAACTGGCTTCCTAATCC-TTAGGCCAGTCTTTCACTACCTGTTT  241
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAACTGGCTTCCTAATCCTTTAGGCCAGTCTTTCACTACCTGTTT  247

seq1  GTATGCCTTTTATATCATGATGGACTTTGTCCCTGTAGACCCACAAGCCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCTTTTATATCATGATGGACTTTGTCCCTGTAGACCCACAAGCCA  297

seq1  AAATTAATATTTATCTCCTATGTGTTGATTTTGGTTATGGTACTTGATCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATATTTATCTCCTATGTGTTGATTTTGGTTATGGTACTTGATCA  347

seq1  TAGTAGCAAAAAGGTAACTAATTGAGGTGACTATAAACAGAAAATAAAAC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCAAAAAGGTAACTAATTGAGGTGACTATAAACAGAAAATAAAAC  397

seq1  ATGTTGACAAACACTTGATAAAAAATGGATTCTTGGACATTGCTTATGGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGACAAACACTTGATAAAAAATGGATTCTTGGACATTGCTTATGGC  447

seq1  CGTATAAATATAGTTTAAACTCTAAGGAAACCTATTTTAGGTACTCAAAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATAAATATAGTTTAAACTCTAAGGAAACCTATTTTAGGTACTCAAAA  497

seq1  GTTGAACAAAGGTGGGCCTTGGGGAAATGGCTCAGTAGGTAAAGCTCTTG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAACAAAGGTGGGCCTTGGGGAAATGGCTCAGTAGGTAAAGCTCTTG  547

seq1  CCTCACAATTATGAAATCTGAAGTTCAGTCATTAGAACCCATGTCAAATA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAATTATGAAATCTGAAGTTCAGTCATTAGAACCCATGTCAAATA  597

seq1  TGCCAAGAATGGAAGAGTGTGCTTTTAACCTCAGTAATAAAAAGCATCCC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGAATGGAAGAGTGTGCTTTTAACCTCAGTAATAAAAAGCATCCC  647

seq1  GCTTATGCATTGTTACTACGTGAACCTACTTGTTTAGCTAATCAGGTGGG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGCATTGTTACTACGTGAACCTACTTGTTTAGCTAATCAGGTGGG  697

seq1  TGTCATCAAAGGAATGACAACCTTGGTAATCCTTTGACCTCCATATAATT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCAAAGGAATGACAACCTTGGTAATCCTTTGACCTCCATATAATT  747

seq1  ATGCATAAATGTATATGTACCTTACTTATATACTTATACACAAAAACTTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAAATGTATATGTACCTTACTTATATACTTATACACAAAAACTTC  797

seq1  TATATATGGAAAAGTAACAATTCATTCTAACTTTGTAGTATGGTATCACA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGGAAAAGTAACAATTCATTCTAACTTTGTAGTATGGTATCACA  847

seq1  TATAAATCAAAATATGATGGAAATACAGGAGAAACTGACAAACAAAAGCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATCAAAATATGATGGAAATACAGGAGAAACTGACAAACAAAAGCA  897

seq1  TGAATGTAGGTTCAAAAACACCTTATGAACTATTAGCTGCCAAAATTTGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTAGGTTCAAAAACACCTTATGAACTATTAGCTGCCAAAATTTGA  947

seq1  GAAAATGGATAATGCTTAGATAGCAAAACTTAAAAAGCATGATATAGCAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGGATAATGCTTAGATAGCAAAACTTAAAAAGCATGATATAGCAT  997

seq1  CCATTCATATGTAGAAACTCATCGAACAGGAAAATACATTCTTTTCAAAC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCATATGTAGAAACTCATCGAACAGGAAAATACATTCTTTTCAAAC  1047

seq1  ACAGCTGAAATTTGGACAGAATTAACCCTGTGTTAAGCCACAAAGGAAGC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGAAATTTGGACAGAATTAACCCTGTGTTAAGCCACAAAGGAAGC  1097

seq1  CTCAGTGAATTC  1103
      ||||||||||||
seq2  CTCAGTGAATTC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |