BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314F14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 89,428,289 - 89,552,397
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620454, Neu2, Inpp5d
Upstream genePde6d, Cops7b, Nppc, 4930429A22Rik, EG620213, LOC208256, Akp5, Alpi, Akp3, Ecel1, 1700027L20Rik, Chrnd, Chrng, Eif4e2, Efhd1, Tnrc15, LOC100040600, LOC100040591, 3110079O15Rik, Ngef
Downstream geneAtg16l1, Sag, Usp40, LOC545344, LOC677561, Ugt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c, Ugt1a6a, Ugt1a6b, Ugt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822, Trpm8, Spp2, Glrp1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314F14.bB6Ng01-314F14.g
ACCGA105310GA105311
length1,0371,074
definitionB6Ng01-314F14.b B6Ng01-314F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,551,365 - 89,552,397)(89,428,289 - 89,429,365)
sequence
gaattcacaactttatccttacataaataaatcagaagggaagctttccc
tacagcgaaatgtcaattaataactgtgggaccaatgatagaagaggcag
tcagcatttggcagctatcatggtaactactgatgcagacgcacttcacc
aggggatgctaagaccaggtgggtgagagtttgagagatgacacatttag
atagtctcggattatttccacaaaacaggtgtgtgtgtataattttctag
ttttattttatttgctttgttaggggttgaattcagagccttgggtatgc
taggcagttgacattcaagttgtttatagctatcagcctagtcatcagtc
ttttatttgtttattttgagacagggttttattatgcagccgaagctgga
ctcaaacccctgatcctcttgcctgtgcttctgagtgctgggatttcaag
ctgtgctgctatccttgactgcagtcatttattttctttttgacagggac
tcgtgtggtctaagctggccttggacttactatgatgcctgggacgaccc
tgaattcctgagggtgtgaagatagatcagtggccaagaacagaatagtg
tgagactctggtttcaatcctaagcagagggagagagggacggagggacg
gagggagagagggagggaatattaagaccccaaataacaaatatctaatt
ttgcaaagagaaaccccttcagatgttatcttagcttcacactcagagcg
tactctaacaactgcgcagagcagccggcatgtcaccttgagcaggagta
gtaaagtttagcaccaccactgagaagtccctgctggaaaatggaaatgc
agaactggacccaaccacgaggaaagccctgaaagaactcaacccaagaa
gcagcctacaaattactaccaagtctcaaaaacaaaaaaaaagtcaatat
catggaggaaggcacaacacaacagcacccccagttttggcgactaaaca
ttggtcaggagggaaagttaattttaaggtgtataat

gaattccccatatccctgaaacccacgagggcaatcgggccaggactgga
gagaagactccagttttggttctgcatttgctccaaggtacatgaggttt
ccttcatgtgtctgtgtggtcgttagcattgattgccgtcttgacagaac
ctacaatcacctggtagacaaccctctggtcatgtccgtgaggcattatc
tagatttggttacttggactaggaagagcctcccctgtgggcagaaccat
tccttaggctgaagtcttggactaaacaaacaaaccaacctagaaagtga
gttgagcccacacactatgtctacaacatgactgcagacacagtatgagc
tgtctcaagctcctgccgccatgcttttcccatggaccgtatcccctcta
ctgcggccgaaggaaacagctccttaagctgcttttgtctggtacttgga
cacagcaatagggaacgccactttgctcacattgagatcttgtgttttct
atgactgtttggaggctttgcacttggagcaggatgccttgttgagccca
gcacctttctcactgttaaagggacagatttgttactgtggcttcttagc
ccatctccgggagcccttagctgtcctgaatctcaatctgtagatcaggc
tggcctcagactcacagagatccacctgcctttgcctcctgaatgctggg
attaaaggcaagtgacaccactgaccagcctgcttttggcctctgagtcg
ctatgcagtctgggacgaccttgagctcttgctccctctcctgcctctgg
agtgctggggttacagggttgctctagcccgcccactttatgcagtattt
accatggagcttccgcccagcctgtgtaagtattactacatgggcaaacg
ggatgagtgaggccatgggactgtgcccttccaggactttccattagagt
tgtgcagttctcagcccctgtctgtcccctaccacacctggctgcaggta
cagatgggccagagagacttcatcactctaggtccacactgagagagtac
gtgacatttcaagccacatctcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_89551365_89552397
seq2: B6Ng01-314F14.b_46_1081 (reverse)

seq1  TTATACACAT--AAAATAACTTT-CCTCCTGGACCAATGTTTAGTCGCCA  47
      |||||||| |  ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTATACACCTTAAAATTAACTTTCCCTCCT-GACCAATGTTTAGTCGCCA  49

seq1  AACCTGGGGGTGCTGTTGTGTTGTGCCTTCCTTCATGATATTGACTTTTT  97
      || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  AAACTGGGGGTGCTGTTGTGTTGTGCCTTCCTCCATGATATTGAC-TTTT  98

seq1  TTTTTGTTTTTGAGAACTTGGTAGTAATTTTGTAGGCTGCTTCTTGGTTT  147
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTTGTTTTTGAG-ACTTGGTAGTAA-TTTGTAGGCTGCTTCTTGGGTT  146

seq1  GAGTTC-TTCAGGGCTTTCCTCGTGGTTGGGTCCAGTTCTGCATTTCCA-  195
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGTTCTTTCAGGGCTTTCCTCGTGGTTGGGTCCAGTTCTGCATTTCCAT  196

seq1  TTTCCAGCA-GGACTTCTCAGTGGTGGTGCTAAAC-TTACTACTCCTGCT  243
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCAGGGACTTCTCAGTGGTGGTGCTAAACTTTACTACTCCTGCT  246

seq1  CAAGGTGACATGCCGGCTGCTCTGCGCAGTTGTTAGAGTACGCTCTGAGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGACATGCCGGCTGCTCTGCGCAGTTGTTAGAGTACGCTCTGAGT  296

seq1  GTGAAGCTAAGATAACATCTGAAGGGGTTTCTCTTTGCAAAATTAGATAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCTAAGATAACATCTGAAGGGGTTTCTCTTTGCAAAATTAGATAT  346

seq1  TTGTTATTTGGGGTCTTAATATTCCCTCCCTCTCTCCCTCCGTCCCTCCG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTTGGGGTCTTAATATTCCCTCCCTCTCTCCCTCCGTCCCTCCG  396

seq1  TCCCTCTCTCCCTCTGCTTAGGATTGAAACCAGAGTCTCACACTATTCTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCTCCCTCTGCTTAGGATTGAAACCAGAGTCTCACACTATTCTG  446

seq1  TTCTTGGCCACTGATCTATCTTCACACCCTCAGGAATTCAGGGTCGTCCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCCACTGATCTATCTTCACACCCTCAGGAATTCAGGGTCGTCCC  496

seq1  AGGCATCATAGTAAGTCCAAGGCCAGCTTAGACCACACGAGTCCCTGTCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCATAGTAAGTCCAAGGCCAGCTTAGACCACACGAGTCCCTGTCA  546

seq1  AAAAGAAAATAAATGACTGCAGTCAAGGATAGCAGCACAGCTTGAAATCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAATAAATGACTGCAGTCAAGGATAGCAGCACAGCTTGAAATCC  596

seq1  CAGCACTCAGAAGCACAGGCAAGAGGATCAGGGGTTTGAGTCCAGCTTCG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTCAGAAGCACAGGCAAGAGGATCAGGGGTTTGAGTCCAGCTTCG  646

seq1  GCTGCATAATAAAACCCTGTCTCAAAATAAACAAATAAAAGACTGATGAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATAATAAAACCCTGTCTCAAAATAAACAAATAAAAGACTGATGAC  696

seq1  TAGGCTGATAGCTATAAACAACTTGAATGTCAACTGCCTAGCATACCCAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGATAGCTATAAACAACTTGAATGTCAACTGCCTAGCATACCCAA  746

seq1  GGCTCTGAATTCAACCCCTAACAAAGCAAATAAAATAAAACTAGAAAATT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGAATTCAACCCCTAACAAAGCAAATAAAATAAAACTAGAAAATT  796

seq1  ATACACACACACCTGTTTTGTGGAAATAATCCGAGACTATCTAAATGTGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACACCTGTTTTGTGGAAATAATCCGAGACTATCTAAATGTGT  846

seq1  CATCTCTCAAACTCTCACCCACCTGGTCTTAGCATCCCCTGGTGAAGTGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCAAACTCTCACCCACCTGGTCTTAGCATCCCCTGGTGAAGTGC  896

seq1  GTCTGCATCAGTAGTTACCATGATAGCTGCCAAATGCTGACTGCCTCTTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCATCAGTAGTTACCATGATAGCTGCCAAATGCTGACTGCCTCTTC  946

seq1  TATCATTGGTCCCACAGTTATTAATTGACATTTCGCTGTAGGGAAAGCTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTGGTCCCACAGTTATTAATTGACATTTCGCTGTAGGGAAAGCTT  996

seq1  CCCTTCTGATTTATTTATGTAAGGATAAAGTTGTGAATTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTGATTTATTTATGTAAGGATAAAGTTGTGAATTC  1036


seq1: chr1_89428289_89429365
seq2: B6Ng01-314F14.g_64_1137

seq1  GAATTCCCCATATCCCTGAAACCCACGAGGGCAATCGGGCCAGGACTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCATATCCCTGAAACCCACGAGGGCAATCGGGCCAGGACTGGA  50

seq1  GAGAAGACTCCAGTTTTGGTTCTGCATTTGCTCCAAGGTACATGAGGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGACTCCAGTTTTGGTTCTGCATTTGCTCCAAGGTACATGAGGTTT  100

seq1  CCTTCATGTGTCTGTGTGGTCGTTAGCATTGATTGCCGTCTTGACAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGTGTCTGTGTGGTCGTTAGCATTGATTGCCGTCTTGACAGAAC  150

seq1  CTACAATCACCTGGTAGACAACCCTCTGGTCATGTCCGTGAGGCATTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATCACCTGGTAGACAACCCTCTGGTCATGTCCGTGAGGCATTATC  200

seq1  TAGATTTGGTTACTTGGACTAGGAAGAGCCTCCCCTGTGGGCAGAACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTGGTTACTTGGACTAGGAAGAGCCTCCCCTGTGGGCAGAACCAT  250

seq1  TCCTTAGGCTGAAGTCTTGGACTAAACAAACAAACCAACCTAGAAAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGGCTGAAGTCTTGGACTAAACAAACAAACCAACCTAGAAAGTGA  300

seq1  GTTGAGCCCACACACTATGTCTACAACATGACTGCAGACACAGTATGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGCCCACACACTATGTCTACAACATGACTGCAGACACAGTATGAGC  350

seq1  TGTCTCAAGCTCCTGCCGCCATGCTTTTCCCATGGACCGTATCCCCTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAAGCTCCTGCCGCCATGCTTTTCCCATGGACCGTATCCCCTCTA  400

seq1  CTGCGGCCGAAGGAAACAGCTCCTTAAGCTGCTTTTGTCTGGTACTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGCCGAAGGAAACAGCTCCTTAAGCTGCTTTTGTCTGGTACTTGGA  450

seq1  CACAGCAATAGGGAACGCCACTTTGCTCACATTGAGATCTTGTGTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAATAGGGAACGCCACTTTGCTCACATTGAGATCTTGTGTTTTCT  500

seq1  ATGACTGTTTGGAGGCTTTGCACTTGGAGCAGGATGCCTTGTTGAGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTTTGGAGGCTTTGCACTTGGAGCAGGATGCCTTGTTGAGCCCA  550

seq1  GCACCTTTCTCACTGTTAAAGGGACAGATTTGTTACTGTGGCTTCTTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTTCTCACTGTTAAAGGGACAGATTTGTTACTGTGGCTTCTTAGC  600

seq1  CCATCTCCGGGAGCCCTTAGCTGTCCTGAATCTCAATCTGTAGATCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCGGGAGCCCTTAGCTGTCCTGAATCTCAATCTGTAGATCAGGC  650

seq1  TGGCCTCAGACTCACAGAGATCCACCTGCCTTTGCCTCCTGAATGCTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCAGACTCACAGAGATCCACCTGCCTTTGCCTCCTGAATGCTGGG  700

seq1  ATTAAAGGCAAGTGACACCACTGACCAGCCTGCTTTTGGCCTCTGAGTCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGCAAGTGACACCACTGACCAGCCTGCTTTTGGCCTCTGAGTCG  750

seq1  CTATGCAGTCTGGGACGACCTTGAGCTCTTGCTCCCTCTCCTGCCTCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCAGTCTGGGACGACCTTGAGCTCTTGCTCCCTCTCCTGCCTCTGG  800

seq1  AGTGCTGGGGTTACAGGGTTGCTCTAGCCCGCCCACTTTATGCAGTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGGGGTTACAGGGTTGCTCTAGCCCGCCCACTTTATGCAGTATTT  850

seq1  ACCATGGAGCTTCCGCCCAGCCTGTGTAAGTATTACTACAT-GGCAAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  ACCATGGAGCTTCCGCCCAGCCTGTGTAAGTATTACTACATGGGCAAACG  900

seq1  GGATGAGTGAGGCCAT-GGACTGTG-CCTTCCAGGACTTTCCATTAGAGT  947
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGTGAGGCCATGGGACTGTGCCCTTCCAGGACTTTCCATTAGAGT  950

seq1  TGTTGCAGTTCTCAGCCCCTGTCTGTTCCCCTACCACACCTGGCTGCAGG  997
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TGCAGTTCTCAGCCCCTGTCTG-TCCCCTACCACACCTGGCTGCAGG  998

seq1  TACAGAT-GGCCAGAGAGACTCATTCACCTCTAGGGTCACACTTGAGAGA  1046
      ||||||| |||||||||||||   ||| |||||||  ||||| |||||||
seq2  TACAGATGGGCCAGAGAGACTTCATCA-CTCTAGGTCCACAC-TGAGAGA  1046

seq1  GGTACGTGACCTTTTAAAGCCCACATCTCTA  1077
       ||||||||| ||| ||   |||||||||||
seq2  -GTACGTGACATTTCAA--GCCACATCTCTA  1074


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |