BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314L01
Chromosome1 (Build37)11 (Build37)
Map Location 154,638,181 - 154,639,26745,950,190 - 45,950,249
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneEdem3, 1700025G04Rik, LOC668076, 5730449L18Rik, Glt25d2, Rgl1, EG639787, Apobec4, Arpc5
Downstream geneNcf2, Smg7, EG668097, Nmnat2, Lamc2, Lamc1, EG667795, EG626058, 1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314L01.bB6Ng01-314L01.g
ACCGA105549GA105550
length1,08866
definitionB6Ng01-314L01.b B6Ng01-314L01.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,638,181 - 154,639,267)(45,950,190 - 45,950,249)
sequence
gaattcccgggagtctcttatcatgacactcaccctgcagttctcctggg
cttgcatactgatttccatgatctgagctgtggctcgcctcaagtagctg
cttccgttctctgtaggaggaaggagcagataacatggagaggaacattt
cagactcttgaacctgcctgaggcccacagtaagggagaaacgggatcag
gggtgatgtgccagccccacctgttggagcgtcaaactctccaaaatgtg
gggaacactcccttgcatctcaaagattactggggaaagcagtccctctt
ttgtctccttagctcccactaccacctcagcacattccaacctctcactg
cctccctctcatcccccattcactgcccagctccgccagtgacctcaccc
aagcctttgatctcctctcctccctctctgaagagttatggtcctgtgtt
gccctcattcttctcaggccccagggacattttctcagagacgaaatacc
aacagcaacaaccacaacaatggccatggcagctagcctcagctctgtgc
tctgggagagccagaagcatgactttagtagcaatgtaaaagtgcaagtt
tacatggactagcgctgcacttgctagggcagttgggggtccacatcctc
ctccccctgttgccgggtagccacactcagcttctcttctcgcactattc
cagcatcgttatccctacccgagacactacaacagcttccttttcaagaa
gctgttgatgtgtatttacaacattttatgtgtttgagtaatttagctgc
atgtgtatatgtgcaccacgtgtatagcctgatgaggtcagagagtgttg
gatctccgggacctgaagatatggatgtttgtgaatcactgtgtgggcgc
tgggaactgaacccaggtcctctgcaaatgcaaatgttcttaatagctga
gctaattctccatcttcctacagtggcttttaatatgaatccttgccctg
ctagtgacaagacttgaaacactttcatttccaggcttgtagatagctca
gcagatagagagctaccaaattctgatgaccctgagtt
actctgtagtccaggctggtcttgaactcagagatccgtctgcctctgcc
tctgcctcccaagtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_154638181_154639267
seq2: B6Ng01-314L01.b_45_1132

seq1  GAATTCCCGGGAGTCTCTTATCATGACACTCACCCTGCAGTTCTCCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGGGAGTCTCTTATCATGACACTCACCCTGCAGTTCTCCTGGG  50

seq1  CTTGCATACTGATTTCCATGATCTGAGCTGTGGCTCGCCTCAAGTAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATACTGATTTCCATGATCTGAGCTGTGGCTCGCCTCAAGTAGCTG  100

seq1  CTTCCGTTCTCTGTAGGAGGAAGGAGCAGATAACATGGAGAGGAACATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGTTCTCTGTAGGAGGAAGGAGCAGATAACATGGAGAGGAACATTT  150

seq1  CAGACTCTTGAACCTGCCTGAGGCCCACAGTAAGGGAGAAACGGGATCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCTTGAACCTGCCTGAGGCCCACAGTAAGGGAGAAACGGGATCAG  200

seq1  GGGTGATGTGCCAGCCCCACCTGTTGGAGCGTCAAACTCTCCAAAATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATGTGCCAGCCCCACCTGTTGGAGCGTCAAACTCTCCAAAATGTG  250

seq1  GGGAACACTCCCTTGCATCTCAAAGATTACTGGGGAAAGCAGTCCCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACACTCCCTTGCATCTCAAAGATTACTGGGGAAAGCAGTCCCTCTT  300

seq1  TTGTCTCCTTAGCTCCCACTACCACCTCAGCACATTCCAACCTCTCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCCTTAGCTCCCACTACCACCTCAGCACATTCCAACCTCTCACTG  350

seq1  CCTCCCTCTCATCCCCCATTCACTGCCCAGCTCCGCCAGTGACCTCACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCTCATCCCCCATTCACTGCCCAGCTCCGCCAGTGACCTCACCC  400

seq1  AAGCCTTTGATCTCCTCTCCTCCCTCTCTGAAGAGTTATGGTCCTGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTTGATCTCCTCTCCTCCCTCTCTGAAGAGTTATGGTCCTGTGTT  450

seq1  GCCCTCATTCTTCTCAGGCCCCAGGGACATTTTCTCAGAGACGAAATACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCATTCTTCTCAGGCCCCAGGGACATTTTCTCAGAGACGAAATACC  500

seq1  AACAGCAACAACCACAACAATGGCCATGGCAGCTAGCCTCAGCTCTGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAACAACCACAACAATGGCCATGGCAGCTAGCCTCAGCTCTGTGC  550

seq1  TCTGGGAGAGCCAGAAGCATGACTTTAGTAGCAATGTAAAAGTGCAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGAGCCAGAAGCATGACTTTAGTAGCAATGTAAAAGTGCAAGTT  600

seq1  TACATGGACTAGCGCTGCACTTGCTAGGGCAGTTGGGGGTCCACATCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGACTAGCGCTGCACTTGCTAGGGCAGTTGGGGGTCCACATCCTC  650

seq1  CTCCCCCTGTTGCCGGGTAGCCACACTCAGCTTCTCTTCTCGCACTATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTGTTGCCGGGTAGCCACACTCAGCTTCTCTTCTCGCACTATTC  700

seq1  CAGCATCGTTATCCCTACCCGAGACACTACAACAGCTTCCTTTTCAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCGTTATCCCTACCCGAGACACTACAACAGCTTCCTTTTCAAGAA  750

seq1  GCTGTTGATGTGTATTTACAACATTTTATGTGTTTGAGTAATTTAGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGATGTGTATTTACAACATTTTATGTGTTTGAGTAATTTAGCTGC  800

seq1  ATGTGTATATGTGCACCACGTGTATAGCCTGATGAGGTCAGAGAGTGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATATGTGCACCACGTGTATAGCCTGATGAGGTCAGAGAGTGTTG  850

seq1  GATCTCCGGGACCTGAAGATATGGATGTTTGTGAATCACTGTGTGGGCGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCCGGGACCTGAAGATATGGATGTTTGTGAATCACTGTGTGGGCGC  900

seq1  TGGGAACTGAACCCAGGTCCTCTGCAAATGCAAATGTTCTTAATAGCTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTGAACCCAGGTCCTCTGCAAATGCAAATGTTCTTAATAGCTGA  950

seq1  GCTAATTCTCCATCTTCCTACAGTGGCTTTTTAATATGAATCCTTGCCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATTCTCCATCTTCCTACAGTGGC-TTTTAATATGAATCCTTGCCCT  999

seq1  GCTAGTGACAAGACTTGAAACAC-TTCA-TTCCAGGCTGGTAGGATAGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||
seq2  GCTAGTGACAAGACTTGAAACACTTTCATTTCCAGGCTTGTA-GATAGCT  1048

seq1  CAGCAGATAGAGGAGCTACCAAA-TCTGATGA-CCTGAGTT  1087
      ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  CAGCAGATAGA-GAGCTACCAAATTCTGATGACCCTGAGTT  1088

seq1: chr11_45950190_45950249
seq2: B6Ng01-314L01.g_72_137 (reverse)

seq1  GCACTTGG------GAGGCAGAGGCAGGCGAATTTCTGAGTTCGAGGCCA  44
      ||||||||      ||||||||||||| || || ||||||||| || |||
seq2  GCACTTGGGAGGCAGAGGCAGAGGCAGACGGATCTCTGAGTTCAAGACCA  50

seq1  GCCTGGTCTACAGAGT  60
      |||||| |||||||||
seq2  GCCTGGACTACAGAGT  66