BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315I19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 116,927,332 - 116,987,407
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC227506, Cntnap5a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315I19.bB6Ng01-315I19.g
ACCGA106172GA106173
length1,1541,094
definitionB6Ng01-315I19.b B6Ng01-315I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,927,332 - 116,928,510)(116,986,306 - 116,987,407)
sequence
gaattctcaggtttcatgctgtctatgtttttgagacaggactgcatact
ggcagaaaacatgcctgttgagtaacctagttctgcctactaaggctgtg
gattctcttctttgtctcctggtctaggattacatactcctgtcactaca
ctcagaccctcattatagcaaacaaacactctactaactgtaacacacct
tcctaggtcatatattccattgctgtgatgggtcctgggtacaattccat
gtgaatactttatgccactccctctatatttcttacatgtgggcaaataa
agaattaaattggagactggaaaagtggctcaaaattaagagcactggct
gttttttcatagttagattcccagtactcacatgccagctaatcaacaca
tgtaacgccaaattcgtgcaatctgatatttccttttgctatatataggc
acaagcatttacaagatgcacagagaaacatgtacccatatatatcacac
aaggaacaataaataataataaattataaattatagttgataaatgctat
aaaataaaaagctaaggtgcttttgatgaaagaggtgggagttatcagtt
aagagaatgtctcttcttttccagagaacctgaggtcttctttaaacact
gttgggtggcacaaaattgcctgtaattttggctccaagaaatgaaatgc
ccttttctacgttccagtggcaaccctgtacacctggcattcacatacat
acacacacacacacacacacacacacacacacagacacacttcaatataa
ctagcaaaaataaacctaaagaaaataatgtctaccaaatatattcatca
ggaaagagtatatggaaagcctcttgagattcatgagctttcccaaacac
ttgaagtcctcattcaagtcatcttaccatctgtagagatttttgcttat
ccagtggtgtgatgagtacagccacagtactatacaatctcttctaaata
tatttttcatggtccagaaaagaaaaaattatggtttgacaatatgggga
acatattgataaaataaatgaaatgtaggaaagaattgcatgctatgttc
tcatcggggacaaattatgcatcaggagaccatagcatttagaaaattaa
tgtc

gaattcttataaatacacaaattttaaaatatattattttatttcacatt
tttgggtgttttgcctacatgtttgtcaatgtcccacatacatgcttggt
gctgacagaagtcaaaagaaggcatcacatttcctgaaataaggtacagt
ttattatgtaatccatgtggatgtggtgaaatcaaactcaggtcatctat
aatagcagccactctagaacacacacacacgtacatgcacacatacacac
tttttattgaaaattaaagcatttgaaatgaataggtttgggaatcctgc
tgtgctgtaaaatatggacaatcttggtgacatataagggtgtaaatagg
gcatataagggtgtaaatctggatacaaatcatcatgcttcaatagccct
cttactgcacattcctcatatcacatcttttcacatccttaaaatacaca
catgtaaatatgtttttcaagactctgttagctgaaaaaaaatctgtaaa
attagctattatttcctcacaaagataaatccatttttcataatccagtt
taatgactttataaggtggtttgcaagttaaatatgtcatctcagagctc
cttaccttctgggtacatgttattagcaattatagtaagataaattaata
agcagtatgagaaagtatttgtaaatattaactacaatgcctttaattat
taagttcagttttctaacagtcatctaccattcaaagtttgaccaatatc
tagccattatttatctagcatctgtttatttatcatctatcaagtatcta
tcaatgacttttcttctatgaaatatctaaacattatttttttcttgtct
aactattatctatttacctctcttcttatcatctatctacctatcatata
tcaatttatcatctaactacttccctatcaatatattaccaagtgagcta
ggaaatcacttgtattttgatcattctgttgtaacgcaggtggtatattc
tttcttcttatagaaagtagaatatgaggcatggatgtgatacctttgag
cactacaagtgttgcataagatatagtaaaccctctttattgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_116927332_116928510
seq2: B6Ng01-315I19.b_48_1201

seq1  GAATTCTCAGGTTTCATGCTGTCTATGTTTTTGAGACAGGACTGCATACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGTTTCATGCTGTCTATGTTTTTGAGACAGGACTGCATACT  50

seq1  GGCAGAAAACATGCCTGTTGAGTAACCTAGTTCTGCCTACTAAGGCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAAACATGCCTGTTGAGTAACCTAGTTCTGCCTACTAAGGCTGTG  100

seq1  GATTCTCTTCTTTGTCTCCTGGTCTAGGATTACATACTCCTGTCACTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCTTCTTTGTCTCCTGGTCTAGGATTACATACTCCTGTCACTACA  150

seq1  CTCAGACCCTCATTATAGCAAACAAACACTCTACTAACTGTAACACACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACCCTCATTATAGCAAACAAACACTCTACTAACTGTAACACACCT  200

seq1  TCCTAGGTCATATATTCCATTGCTGTGATGGGTCCTGGGTACAATTCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGTCATATATTCCATTGCTGTGATGGGTCCTGGGTACAATTCCAT  250

seq1  GTGAATACTTTATGCCACTCCCTCTATATTTCTTACATGTGGGCAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATACTTTATGCCACTCCCTCTATATTTCTTACATGTGGGCAAATAA  300

seq1  AGAATTAAATTGGAGACTGGAAAAGTGGCTCAAAATTAAGAGCACTGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAAATTGGAGACTGGAAAAGTGGCTCAAAATTAAGAGCACTGGCT  350

seq1  GTTTTTTCATAGTTAGATTCCCAGTACTCACATGCCAGCTAATCAACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTCATAGTTAGATTCCCAGTACTCACATGCCAGCTAATCAACACA  400

seq1  TGTAACGCCAAATTCGTGCAATCTGATATTTCCTTTTGCTATATATAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACGCCAAATTCGTGCAATCTGATATTTCCTTTTGCTATATATAGGC  450

seq1  ACAAGCATTTACAAGATGCACAGAGAAACATGTACCCATATATATCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCATTTACAAGATGCACAGAGAAACATGTACCCATATATATCACAC  500

seq1  AAGGAACAATAAATAATAATAAATTATAAATTATAGTTGATAAATGCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACAATAAATAATAATAAATTATAAATTATAGTTGATAAATGCTAT  550

seq1  AAAATAAAAAGCTAAGGTGCTTTTGATGAAAGAGGTGGGAGTTATCAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAAAGCTAAGGTGCTTTTGATGAAAGAGGTGGGAGTTATCAGTT  600

seq1  AAGAGAATGTCTCTTCTTTTCCAGAGAACCTGAGGTCTTCTTTAAACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAATGTCTCTTCTTTTCCAGAGAACCTGAGGTCTTCTTTAAACACT  650

seq1  GTTGGGTGGCACAAAATTGCCTGTAATTTTGGCTCCAAGAAATGAAATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTGGCACAAAATTGCCTGTAATTTTGGCTCCAAGAAATGAAATGC  700

seq1  CCTTTTCTACGTTCCAGTGGCAACCCTGTACACCTGGCATTCACATACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTACGTTCCAGTGGCAACCCTGTACACCTGGCATTCACATACAT  750

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACAGACACACTTCAATATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACAGACACACTTCAATATAA  800

seq1  CTAGCAAAAATAAACCTAAAGAAAATAATGTCTACCAAATATATTCATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAAAATAAACCTAAAGAAAATAATGTCTACCAAATATATTCATCA  850

seq1  GGAAAGAGTATATGGAAAGCCTCTTGAGATTCATGAGGCTTTCCCAAACA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGAAAGAGTATATGGAAAGCCTCTTGAGATTCATGA-GCTTTCCCAAACA  899

seq1  CTTGAAGTCCTCATTCAAGTCATCTTACCATCTGTAGAGATTTTTGCTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGTCCTCATTCAAGTCATCTTACCATCTGTAGAGATTTTTGCTTA  949

seq1  TCCAGTGGTGTGATGAGTACAGCCACAGTTACTTATACAATCTC-TCTAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||
seq2  TCCAGTGGTGTGATGAGTACAGCCACAG-TAC-TATACAATCTCTTCTAA  997

seq1  ATATATTTTCAATGGTCCAG-AAAGAAAAAATTAT-GTTTGACAATATGG  1047
      |||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  ATATATTTTTCATGGTCCAGAAAAGAAAAAATTATGGTTTGACAATAT-G  1046

seq1  GGGAACATATGAATAAAAATAAAATGAGATGTTAAGGAGAAGAAATGCAT  1097
      ||||||||||  ||||||   |||||| ||||  |||| ||||| |||||
seq2  GGGAACATATTGATAAAA--TAAATGAAATGT--AGGA-AAGAATTGCAT  1091

seq1  GGATATGTTTCTCATTTGGGGACAAAAATGTATATGCATCAAGGGAGGCA  1147
       | |||| |||||| | |||||||||      |||||||||  ||||  |
seq2  -GCTATG-TTCTCA-TCGGGGACAAA-----TTATGCATCA--GGAG--A  1129

seq1  CCAAAATTAGCATATTTAAGAAAATTAATGTC  1179
      |||    |||||   || ||||||||||||||
seq2  CCA----TAGCA---TTTAGAAAATTAATGTC  1154


seq1: chr1_116986306_116987407
seq2: B6Ng01-315I19.g_64_1157 (reverse)

seq1  TTCAATAAAGAGGGTTTAACTTATATCCTTATGCAACACTTTGTAAGTGC  50
      ||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||| |||| |||||
seq2  TTCAATAAAGAGGGTTTA--CTATAT-CTTATGCAACAC-TTGT-AGTGC  45

seq1  TTCAAAAGTTATTCACATCCATTGCCCTCATATTCCTACTTTCTATAAG-  99
       ||||| ||   ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||| 
seq2  -TCAAAGGT--ATCACATCCAT--GCCTCATATT-CTACTTTCTATAAGA  89

seq1  AGAAAG-ATATACCACCTGCGTTACAACAGAATTGATCAAAATTACAAGT  148
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AGAAAGAATATACCACCTGCGTTACAACAGAA-TGATCAAAA-TACAAGT  137

seq1  GA-TTCCTAGCTCACTTGGTAATATATTGATAGGGAAGTAGTTAGATGAT  197
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCTAGCTCACTTGGTAATATATTGATAGGGAAGTAGTTAGATGAT  187

seq1  -AATTGATATATGATAGGTAGATAGATGATAAGAAGAGAGGTAAATAGAT  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATATATGATAGGTAGATAGATGATAAGAAGAGAGGTAAATAGAT  237

seq1  AATAGTTAGACAAG-AAAAAATAATGTTTAGATATTTCATAGAAGAAAAG  295
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTAGACAAGAAAAAAATAATGTTTAGATATTTCATAGAAGAAAAG  287

seq1  TCATTGATAGATACTTGATAGATGATAAATAAACAGATGCTAGATAAATA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGATAGATACTTGATAGATGATAAATAAACAGATGCTAGATAAATA  337

seq1  ATGGCTAGATATTGGTCAAACTTTGAATGGTAGATGACTGTTAGAAAACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTAGATATTGGTCAAACTTTGAATGGTAGATGACTGTTAGAAAACT  387

seq1  GAACTTAATAATTAAAGGCATTGTAGTTAATATTTACAAATACTTTCTCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAATAATTAAAGGCATTGTAGTTAATATTTACAAATACTTTCTCA  437

seq1  TACTGCTTATTAATTTATCTTACTATAATTGCTAATAACATGTACCCAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTTATTAATTTATCTTACTATAATTGCTAATAACATGTACCCAGA  487

seq1  AGGTAAGGAGCTCTGAGATGACATATTTAACTTGCAAACCACCTTATAAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGGAGCTCTGAGATGACATATTTAACTTGCAAACCACCTTATAAA  537

seq1  GTCATTAAACTGGATTATGAAAAATGGATTTATCTTTGTGAGGAAATAAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAAACTGGATTATGAAAAATGGATTTATCTTTGTGAGGAAATAAT  587

seq1  AGCTAATTTTACAGATTTTTTTTCAGCTAACAGAGTCTTGAAAAACATAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATTTTACAGATTTTTTTTCAGCTAACAGAGTCTTGAAAAACATAT  637

seq1  TTACATGTGTGTATTTTAAGGATGTGAAAAGATGTGATATGAGGAATGTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGTGTGTATTTTAAGGATGTGAAAAGATGTGATATGAGGAATGTG  687

seq1  CAGTAAGAGGGCTATTGAAGCATGATGATTTGTATCCAGATTTACACCCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGAGGGCTATTGAAGCATGATGATTTGTATCCAGATTTACACCCT  737

seq1  TATATGCCCTATTTACACCCTTATATGTCACCAAGATTGTCCATATTTTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCCCTATTTACACCCTTATATGTCACCAAGATTGTCCATATTTTA  787

seq1  CAGCACAGCAGGATTCCCAAACCTATTCATTTCAAATGCTTTAATTTTCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAGCAGGATTCCCAAACCTATTCATTTCAAATGCTTTAATTTTCA  837

seq1  ATAAAAAGTGTGTATGTGTGCATGTACGTGTGTGTGTGTTCTAGAGTGGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGTGTGTATGTGTGCATGTACGTGTGTGTGTGTTCTAGAGTGGC  887

seq1  TGCTATTATAGATGACCTGAGTTTGATTTCACCACATCCACATGGATTAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTATAGATGACCTGAGTTTGATTTCACCACATCCACATGGATTAC  937

seq1  ATAATAAACTGTACCTTATTTCAGGAAATGTGATGCCTTCTTTTGACTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAACTGTACCTTATTTCAGGAAATGTGATGCCTTCTTTTGACTTC  987

seq1  TGTCAGCACCAAGCATGTATGTGGGACATTGACAAACATGTAGGCAAAAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCACCAAGCATGTATGTGGGACATTGACAAACATGTAGGCAAAAC  1037

seq1  ACCCAAAAATGTGAAATAAAATAATATATTTTAAAATTTGTGTATTTATA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAAAATGTGAAATAAAATAATATATTTTAAAATTTGTGTATTTATA  1087

seq1  AGAATTC  1102
      |||||||
seq2  AGAATTC  1094


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |