BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316K02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 23,989,904 - 24,176,199
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1110058L19Rik, 4921533L14Rik, LOC665808
Upstream geneLOC665731, 4933415F23Rik, Rn4.5s-ps4, EG623356, Ogfrl1, LOC665782, B3gat2, Smap1
Downstream geneCol9a1, Col19a1, LOC100040475, LOC665829, Lmbrd1, 4930472D16Rik, LOC669171, Bai3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316K02.bB6Ng01-316K02.g
ACCGA106978GA106979
length1,126775
definitionB6Ng01-316K02.b B6Ng01-316K02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,989,904 - 23,991,032)(24,175,426 - 24,176,199)
sequence
gaattcctcagtgtttgttgttatgtacccacttttgcttctgattttgt
aaatttggatattctatctttctcctttaggtagtttgggtaagggattg
cctctctttttgatattctcaatgaaccaactctttgtttcattgaatct
tggtattgttctcttttttactatttcatggattccagctctcagtttca
ttattacttgccatctacgcctcttcagtgtgcttacttcctcttttttt
ttccttcgctagagcagtggttctcagccttcctaatgctgtgacccttt
aatacagtttctcatgttgtggtgacccctaactatgaaattatcttgtt
gctactttataactgtaattttgatactgtgatgagtcctaatataaata
tctgctatgcaggatatctgctacgtaacccctaaggtgtctcaatccac
aaaggagtagttgctacattaatgttgttaactcagaagctagaacaaat
cccagcacacttactgaagcaggtagatcgctgtatgagaaagcaaattg
gcttgccaagaatctttggaataggggctaataattcacttctaaggcta
aaaagatatgcacttcttggggctggagcaatggctgctcagcagttaag
cgtactggctgcttttccagaggacagaggtttgattctcagcacacaca
tgggagctcaccgctgtttgtaatttcattcttggggaatctggcgctca
tttttggagtctgagggcatacggtacacagacatacctgcaaataaaat
acccatacacgtaaaattaaaactaaattaatgaacagatggatgagtga
aagaagatacatacttatttacctttgttcatattctgttatgcactgaa
atggctgtatgcatagaaaactatttttattcctgatataatgcagtaca
cccataaacaaatttcaaatcagaaaccctactttctctctacataactg
ggcatcttaacatcagtttcagagatgccattgattacaaaggtttagag
ccctgacttgtgagcagaaaacgttactctggctttacagcatgagcgaa
gcatgcttcatcaatctgaatctttg

gaattccttctagaattacagaaggatgcacacttgctcgctaccagaaa
ctacacccaaacttttttctctttaacatacacagttcatcaacaatgcc
attttacaagagaggtgaggctcaaaacattcaatgagttgctaaagaaa
atgacacacagcaagacataccaacctcaggattctctgacaagaagctt
tgcctgcccacgattgtgcacataaacacatgtgcatgctcacagtgttg
aagaggctctccgttctattctgtgcagaattattcactcctattctcct
tcccccattgactcctctaaactatttcaaatgttggttaaataataata
aataataatgagtctgttttactggttaccaagtcagagctctgatggag
gtacatatgctcaagggtttagcacagcagtgcattgataagacgaccaa
cagaagtcatagacacaccccatgcaagatatcgtatggattgggacggg
tcctgtttcagggctcctactctaaattctctacctttaacttggtttat
cgggagcattggagaaattttaatgtcagttttctctatgagagtgtagc
ccctgataagttgagcatatttcaatgaaaagaggccatacggatatgcc
agaatattttaatggtacaaactggacttgatgggtgggttggtttggtt
tggtttgtgaagccaaagttgggtaactaggggaagtgatgatgaatctt
ggaaaacttgttggcaaatgagcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_23989904_23991032
seq2: B6Ng01-316K02.b_47_1172

seq1  GAATTCCTCAGTGTTTGTTGTTATGTACCCACTTTTGCTTCTGATTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGTGTTTGTTGTTATGTACCCACTTTTGCTTCTGATTTTGT  50

seq1  AAATTTGGATATTCTATCTTTCTCCTTTAGGTAGTTTGGGTAAGGGATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGGATATTCTATCTTTCTCCTTTAGGTAGTTTGGGTAAGGGATTG  100

seq1  CCTCTCTTTTTGATATTCTCAATGAACCAACTCTTTGTTTCATTGAATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTTTTGATATTCTCAATGAACCAACTCTTTGTTTCATTGAATCT  150

seq1  TGGTATTGTTCTCTTTTTTACTATTTCATGGATTCCAGCTCTCAGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTGTTCTCTTTTTTACTATTTCATGGATTCCAGCTCTCAGTTTCA  200

seq1  TTATTACTTGCCATCTACGCCTCTTCAGTGTGCTTACTTCCTCTTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTTGCCATCTACGCCTCTTCAGTGTGCTTACTTCCTCTTTTTTT  250

seq1  TTCCTTCGCTAGAGCAGTGGTTCTCAGCCTTCCTAATGCTGTGACCCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCGCTAGAGCAGTGGTTCTCAGCCTTCCTAATGCTGTGACCCTTT  300

seq1  AATACAGTTTCTCATGTTGTGGTGACCCCTAACTATGAAATTATCTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGTTTCTCATGTTGTGGTGACCCCTAACTATGAAATTATCTTGTT  350

seq1  GCTACTTTATAACTGTAATTTTGATACTGTGATGAGTCCTAATATAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTTATAACTGTAATTTTGATACTGTGATGAGTCCTAATATAAATA  400

seq1  TCTGCTATGCAGGATATCTGCTACGTAACCCCTAAGGTGTCTCAATCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTATGCAGGATATCTGCTACGTAACCCCTAAGGTGTCTCAATCCAC  450

seq1  AAAGGAGTAGTTGCTACATTAATGTTGTTAACTCAGAAGCTAGAACAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTAGTTGCTACATTAATGTTGTTAACTCAGAAGCTAGAACAAAT  500

seq1  CCCAGCACACTTACTGAAGCAGGTAGATCGCTGTATGAGAAAGCAAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACACTTACTGAAGCAGGTAGATCGCTGTATGAGAAAGCAAATTG  550

seq1  GCTTGCCAAGAATCTTTGGAATAGGGGCTAATAATTCACTTCTAAGGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCAAGAATCTTTGGAATAGGGGCTAATAATTCACTTCTAAGGCTA  600

seq1  AAAAGATATGCACTTCTTGGGGCTGGAGCAATGGCTGCTCAGCAGTTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATATGCACTTCTTGGGGCTGGAGCAATGGCTGCTCAGCAGTTAAG  650

seq1  CGTACTGGCTGCTTTTCCAGAGGACAGAGGTTTGATTCTCAGCACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACTGGCTGCTTTTCCAGAGGACAGAGGTTTGATTCTCAGCACACACA  700

seq1  TGGGAGCTCACCGCTGTTTGTAATTTCATTCTTGGGGAATCTGGCGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTCACCGCTGTTTGTAATTTCATTCTTGGGGAATCTGGCGCTCA  750

seq1  TTTTTGGAGTCTGAGGGCATACGGTACACAGACATACCTGCAAATAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGAGTCTGAGGGCATACGGTACACAGACATACCTGCAAATAAAAT  800

seq1  ACCCATACACGTAAAATTAAAACTAAATTAATGAACAGATGGATGAGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACCCATACACGTAAAATTAAAACTAAATTAATGAACAGATGGATGAGTG-  849

seq1  AAAGAAGATACATACTTATTTACCTTTGTTCATATTCTGTTATGCACTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGATACATACTTATTTACCTTTGTTCATATTCTGTTATGCACTGA  899

seq1  AATGGCTGTATGCATAGAAAACTA-TTTTATTCCTGATATAATGCAGTAC  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTGTATGCATAGAAAACTATTTTTATTCCTGATATAATGCAGTAC  949

seq1  ACCCATAAAACAAATTCAAATCAGAAA-CCTACTTTCTCTTCTACATAAC  998
      |||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  ACCCATAAACAAATTTCAAATCAGAAACCCTACTTTCTC-TCTACATAAC  998

seq1  T-GGCATCTTAACATCAGTTTCAAGAGATGCCATTGA-TACAAAGTTTAA  1046
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |
seq2  TGGGCATCTTAACATCAGTTTC-AGAGATGCCATTGATTACAAAGGTTTA  1047

seq1  GAGCCCTGACTTGGTGAGGCAG-AAACGTAACCTCTGGCCTTACAGCCAA  1095
      |||||||||||| |||| |||| |||||| | ||||||| |||||||  |
seq2  GAGCCCTGACTT-GTGA-GCAGAAAACGTTA-CTCTGGCTTTACAGC--A  1092

seq1  TGAGCAGAGCATGGCTTCATCCATCTG-ATCTTTG  1129
      |||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||
seq2  TGAGCGAAGCAT-GCTTCATCAATCTGAATCTTTG  1126


seq1: chr1_24175426_24176199
seq2: B6Ng01-316K02.g_69_843 (reverse)

seq1  GTGCTCATTTGCCCACAACTTCTCCAAGATTCATCCTCACTT-CCCTAGT  49
      ||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  GTGCTCATTTGCCAACAAGTTTTCCAAGATTCATCATCACTTCCCCTAGT  50

seq1  TACCCAACTTTGGCTTCACAAACCAAACCAAACCAACCCACCCATCAAGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACTTTGGCTTCACAAACCAAACCAAACCAACCCACCCATCAAGT  100

seq1  CCAGTTTGTACCATTAAAATATTCTGGCATATCCGTATGGCCTCTTTTCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTGTACCATTAAAATATTCTGGCATATCCGTATGGCCTCTTTTCA  150

seq1  TTGAAATATGCTCAACTTATCAGGGGCTACACTCTCATAGAGAAAACTGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATATGCTCAACTTATCAGGGGCTACACTCTCATAGAGAAAACTGA  200

seq1  CATTAAAATTTCTCCAATGCTCCCGATAAACCAAGTTAAAGGTAGAGAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAATTTCTCCAATGCTCCCGATAAACCAAGTTAAAGGTAGAGAAT  250

seq1  TTAGAGTAGGAGCCCTGAAACAGGACCCGTCCCAATCCATACGATATCTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTAGGAGCCCTGAAACAGGACCCGTCCCAATCCATACGATATCTT  300

seq1  GCATGGGGTGTGTCTATGACTTCTGTTGGTCGTCTTATCAATGCACTGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGGTGTGTCTATGACTTCTGTTGGTCGTCTTATCAATGCACTGCT  350

seq1  GTGCTAAACCCTTGAGCATATGTACCTCCATCAGAGCTCTGACTTGGTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAAACCCTTGAGCATATGTACCTCCATCAGAGCTCTGACTTGGTAA  400

seq1  CCAGTAAAACAGACTCATTATTATTTATTATTATTTAACCAACATTTGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAAACAGACTCATTATTATTTATTATTATTTAACCAACATTTGAA  450

seq1  ATAGTTTAGAGGAGTCAATGGGGGAAGGAGAATAGGAGTGAATAATTCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTAGAGGAGTCAATGGGGGAAGGAGAATAGGAGTGAATAATTCTG  500

seq1  CACAGAATAGAACGGAGAGCCTCTTCAACACTGTGAGCATGCACATGTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATAGAACGGAGAGCCTCTTCAACACTGTGAGCATGCACATGTGT  550

seq1  TTATGTGCACAATCGTGGGCAGGCAAAGCTTCTTGTCAGAGAATCCTGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGCACAATCGTGGGCAGGCAAAGCTTCTTGTCAGAGAATCCTGAG  600

seq1  GTTGGTATGTCTTGCTGTGTGTCATTTTCTTTAGCAACTCATTGAATGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTATGTCTTGCTGTGTGTCATTTTCTTTAGCAACTCATTGAATGTT  650

seq1  TTGAGCCTCACCTCTCTTGTAAAATGGCATTGTTGATGAACTGTGTATGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCTCACCTCTCTTGTAAAATGGCATTGTTGATGAACTGTGTATGT  700

seq1  TAAAGAGAAAAAAGTTTGGGTGTAGTTTCTGGTAGCGAGCAAGTGTGCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGAAAAAAGTTTGGGTGTAGTTTCTGGTAGCGAGCAAGTGTGCAT  750

seq1  CCTTCTGTAATTCTAGAAGGAATTC  774
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGTAATTCTAGAAGGAATTC  775


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |