BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317E19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 56,862,545 - 56,995,207
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSatb2
Upstream gene9130227L01Rik, Hsfy2
Downstream geneEG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869, LOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339, 2810022L02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317E19.bB6Ng01-317E19.g
ACCGA107479GA107480
length725532
definitionB6Ng01-317E19.b B6Ng01-317E19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,862,545 - 56,863,269)(56,994,670 - 56,995,207)
sequence
gaattcacagagaacaaagtagatccatgcatcaaatatctgggtactta
tggggtacctacaacaattggtcccattcatttagaaggcttctaaataa
ggagttctaggtccaacagttgagggttggtgaataagtaagctatgggc
aggatacaaacaaattacaagttcaaagcctgataaagttcctttctttt
tattttctgaaatctctctgagctgagacataacatgtatgtacatgaat
ggacatgagactaacaacacaggaagaaaagttgtaaatatatttggaag
agatgccatctttcaaatagagccctaaagccttcttgcccagttacaat
gcacagttataacatggacacatgctgcttctctgtcttaacatgagaaa
cttggaaaacagaaggagctcatggaaccatgacaaaagccgaaggagag
agataaagccctcttcttaaagctctcagcgctcaaacagattctgaagg
cctcaatgagaaccagctgggagccatgtgcaacatataatggttctggc
ctgcagggaaggaaggcagatcttgaatgattaagtttaggaaagtatat
aattcagtgtatcattacggggtgaactggattacttataataagccaag
actttgtggtcgtttttatatagagaaaatgagaaatgattacggaggtg
actgtagagggtggtggtggtggtg

actgtgtagtagacggttgggggagtccccatgttccccatctggtatta
aggctttggcttctggagacaaagtacttcaccagtacaaaattgaaagt
tttaagtaggttttgagggctaaaaatgaaatgatatggacaacgcaaag
attaaagttcttttttctgaataaaatatgttacctttgtgggctaactt
ctgttggaaatcagataaatgttgcattgttaaaattagttgatgttaag
ctatggcttagttcttatgaaaacattaacataataaggcttgttagtaa
tatatgtatattatacatacatatacatgcacgtaggtatgtacatgtgt
gcttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgaatatgttttggtctttcagt
gagcccagaacttgaatggtagcagccaggcccagcactcttcctgtctc
tgggaatgggtgccatctactctcatggtcttcctgtagttacctatcgt
atcagtttatttagatttagttttcttttgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_56862545_56863269
seq2: B6Ng01-317E19.b_49_773

seq1  GAATTCACAGAGAACAAAGTAGATCCATGCATCAAATATCTGGGTACTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGAACAAAGTAGATCCATGCATCAAATATCTGGGTACTTA  50

seq1  TGGGGTACCTACAACAATTGGTCCCATTCATTTAGAAGGCTTCTAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTACCTACAACAATTGGTCCCATTCATTTAGAAGGCTTCTAAATAA  100

seq1  GGAGTTCTAGGTCCAACAGTTGAGGGTTGGTGAATAAGTAAGCTATGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCTAGGTCCAACAGTTGAGGGTTGGTGAATAAGTAAGCTATGGGC  150

seq1  AGGATACAAACAAATTACAAGTTCAAAGCCTGATAAAGTTCCTTTCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACAAACAAATTACAAGTTCAAAGCCTGATAAAGTTCCTTTCTTTT  200

seq1  TATTTTCTGAAATCTCTCTGAGCTGAGACATAACATGTATGTACATGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTGAAATCTCTCTGAGCTGAGACATAACATGTATGTACATGAAT  250

seq1  GGACATGAGACTAACAACACAGGAAGAAAAGTTGTAAATATATTTGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGAGACTAACAACACAGGAAGAAAAGTTGTAAATATATTTGGAAG  300

seq1  AGATGCCATCTTTCAAATAGAGCCCTAAAGCCTTCTTGCCCAGTTACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCATCTTTCAAATAGAGCCCTAAAGCCTTCTTGCCCAGTTACAAT  350

seq1  GCACAGTTATAACATGGACACATGCTGCTTCTCTGTCTTAACATGAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTTATAACATGGACACATGCTGCTTCTCTGTCTTAACATGAGAAA  400

seq1  CTTGGAAAACAGAAGGAGCTCATGGAACCATGACAAAAGCCGAAGGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAAACAGAAGGAGCTCATGGAACCATGACAAAAGCCGAAGGAGAG  450

seq1  AGATAAAGCCCTCTTCTTAAAGCTCTCAGCGCTCAAACAGATTCTGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAGCCCTCTTCTTAAAGCTCTCAGCGCTCAAACAGATTCTGAAGG  500

seq1  CCTCAATGAGAACCAGCTGGGAGCCATGTGCAACATATAATGGTTCTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATGAGAACCAGCTGGGAGCCATGTGCAACATATAATGGTTCTGGC  550

seq1  CTGCAGGGAAGGAAGGCAGATCTTGAATGATTAAGTTTAGGAAAGTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGGAAGGAAGGCAGATCTTGAATGATTAAGTTTAGGAAAGTATAT  600

seq1  AATTCAGTGTATCATTACGGGGTGAACTGGATTACTTATAATAAGCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTGTATCATTACGGGGTGAACTGGATTACTTATAATAAGCCAAG  650

seq1  ACTTTGTGGTCGTTTTTATATAGAGAAAATGAGAAATGATTACGGAGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTGGTCGTTTTTATATAGAGAAAATGAGAAATGATTACGGAGGTG  700

seq1  ACTGTAGAGGGTGGTGGTGGTGGTG  725
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGAGGGTGGTGGTGGTGGTG  725


seq1: chr1_56994670_56995207
seq2: B6Ng01-317E19.g_66_603 (reverse)

seq1  CTCAAAAGAAAACCAAAACTAAATAAACTGATACAATAGGTAACTACAGG  50
      ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGAAAACTAAATCTAAATAAACTGATACGATAGGTAACTACAGG  50

seq1  AAGACCATGAGAGTAGATGGCACCCATTCCCAGAGACAGGAAGAGTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCATGAGAGTAGATGGCACCCATTCCCAGAGACAGGAAGAGTGCTG  100

seq1  GGCCTGGCTGCTACCATTCAAGTTCTGGGCTCACTGAAAGACCAAAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGCTGCTACCATTCAAGTTCTGGGCTCACTGAAAGACCAAAACAT  150

seq1  ATTCATACACACACACACACACACACACAAGCACACATGTACATACCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATACACACACACACACACACACACAAGCACACATGTACATACCTAC  200

seq1  GTGCATGTATATGTATGTATAATATACATATATTACTAACAAGCCTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTATATGTATGTATAATATACATATATTACTAACAAGCCTTATT  250

seq1  ATGTTAATGTTTTCATAAGAACTAAGCCATAGCTTAACATCAACTAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAATGTTTTCATAAGAACTAAGCCATAGCTTAACATCAACTAATTT  300

seq1  TAACAATGCAACATTTATCTGATTTCCAACAGAAGTTAGCCCACAAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATGCAACATTTATCTGATTTCCAACAGAAGTTAGCCCACAAAGGT  350

seq1  AACATATTTTATTCAGAAAAAAGAACTTTAATCTTTGCGTTGTCCATATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTTTATTCAGAAAAAAGAACTTTAATCTTTGCGTTGTCCATATC  400

seq1  ATTTCATTTTTAGCCCTCAAAACCTACTTAAAACTTTCAATTTTGTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTTTTAGCCCTCAAAACCTACTTAAAACTTTCAATTTTGTACTG  450

seq1  GTGAAGTACTTTGTCTCCAGAAGCCAAAGCCTTAATACCAGATGGGGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTACTTTGTCTCCAGAAGCCAAAGCCTTAATACCAGATGGGGAAC  500

seq1  ATGGGGACTCCCCCAACCGTCTACTACACAGTGAATTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGACTCCCCCAACCGTCTACTACACAGTGAATTC  538


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |