BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317F17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 85,245,019 - 85,285,845
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC130026I21Rik
Upstream gene5033414K04Rik, LOC100039638, Dner, Trip12, Fbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317, LOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378
Downstream geneLOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317F17.bB6Ng01-317F17.g
ACCGA107523GA107524
length7681,102
definitionB6Ng01-317F17.b B6Ng01-317F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,285,077 - 85,285,845)(85,245,019 - 85,246,118)
sequence
gaattcttcacccattagaccctcgatgcacctacggagtggtcagatga
taggttggtggggaccatcaccatcacagtgccaggtgttctctttaaag
ggcatagatgagggagccacgtgctttctcagactggtatctttggtttg
gtttttctgatatgattttaatttgcttataggaatctacatatagtccc
agttcactctaacaagtttatagagaggaccttctctatacccaggagta
agtaatttatcatctgtgttgtgtagtcagggttaagcagatggtgctgt
tcatacttccagccaggcagagtcatcctacatctgcaaatagaatctca
agcctcttgtaaaaagaagtctctcagcccggcagtgaggtgaacacctt
tcatcccagcaccagtgggtctctgagttcgaggccagcctggtctacag
agcaagttccaggacaactaaggccacataaagaaaccctgtcttaaaaa
atccaaacaaaccaaaacccaaaacctacctctcaccctccagaaggcaa
gacacaatctgaaaacaacaacaaccatgacaacagaaacccctaacaac
attatgaacaaaccagtaccccggagcacttgactctatctgcatatgta
tcaaaagatggcctagtcgccatcaatggaaagagcggcccattggactt
gcaaactttatatgcaggggaatgccagggccaaaaattgcgagtgggtg
ggtaggggagtgtgtgtg

gaattcaactatgtttttgtctgttaattgtgcacttgcacgtgtgtata
tgtgtatgttttaactccgagttatctctctgatctcaaccctaaccttt
ttaaatgatcagctgggaaggaagaagagatcagagttttgaactagaag
gagcaagcttcaaggacaagtgttaaaatgagaaatctttgaatcagttc
ttgggaaattaagctagggaacagataatggtagagcctaaggatgactt
ctgggcatgagaacccaagaatttgtgaagggaaaacaagaaccagacat
gaggagataaagacttgagcggctggagtattggatcgtttgcctgctat
cccagcacttgaaagcatccaggaccatggaaagaactgaggtgggagaa
aacggacttggaaggcttccaggaagcaatggggaaaccaatggatgaca
gtatcagaaaggtcacagtgtttttatcattattatcattatcataatta
tgatatttatcagtatgtggaggttgggcatatgttccatggtacacatg
gagaggccaagaaacaacttgtgagttgggtctgttcttccaccatatgg
gttgcagggatcaaattcaggtcaccaggcttggtggcaaggacctcgag
gtagtgagccatttgacagaccaatgacacattttaattgactggtgaca
tctcagagtagaagatgggagagcgccaaaggcgaggtgggaagaggtta
gagaagcacagccctgaagaggaagcttccccaggcaggacaagtgagga
gaaactgaaaaagtgcatcctgctggcaacacaggaagtgacttggctgc
cagtgaccctcggatggcaagtgaggagtgaaatccccagctcttggctc
ttcagagctgcatttcaaaatgcccaagcaataggaacaggaaccaccac
ccaatttcctgcagcaacagtctacaccaggactgattgactgtgcctgc
ctgcaggagagtccttctagagttagggagccaggaagctgaagctacag
ggagcagtgggaacacgaagctgttctctatcctgaagacctgctgattt
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_85285077_85285845
seq2: B6Ng01-317F17.b_49_817 (reverse)

seq1  CACACACACTCCCCTACCCACCCACTCGCAATTTTTGGCCCTGGCATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACTCCCCTACCCACCCACTCGCAATTTTTGGCCCTGGCATTCC  50

seq1  CCTGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCGCTCTTTCCATTGATGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCGCTCTTTCCATTGATGGC  100

seq1  GACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGATAGAGTCAAGTGCTCCGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGATAGAGTCAAGTGCTCCGGGG  150

seq1  TACTGGTTTGTTCATAATGTTGTTAGGGGTTTCTGTTGTCATGGTTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTTTGTTCATAATGTTGTTAGGGGTTTCTGTTGTCATGGTTGTTG  200

seq1  TTGTTTTCAGATTGTGTCTTGCCTTCTGGAGGGTGAGAGGTAGGTTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCAGATTGTGTCTTGCCTTCTGGAGGGTGAGAGGTAGGTTTTGG  250

seq1  GTTTTGGTTTGTTTGGATTTTTTAAGACAGGGTTTCTTTATGTGGCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGTTTGTTTGGATTTTTTAAGACAGGGTTTCTTTATGTGGCCTTA  300

seq1  GTTGTCCTGGAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCCTGGAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGAC  350

seq1  CCACTGGTGCTGGGATGAAAGGTGTTCACCTCACTGCCGGGCTGAGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGTGCTGGGATGAAAGGTGTTCACCTCACTGCCGGGCTGAGAGAC  400

seq1  TTCTTTTTACAAGAGGCTTGAGATTCTGTTTGCAGATGTAGGATGACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTACAAGAGGCTTGAGATTCTATTTGCAGATGTAGGATGACTCT  450

seq1  GCCTGGCTGGAAGTATGAACAGCACCATCTGCTTAACCCTGACTACACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTGGAAGTATGAACAGCACCATCTGCTTAACCCTGACTACACAA  500

seq1  CACAGATGATAAATTACTTACTCCTGGGTATAGAGAAGGTCCTCTCTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGATAAATTACTTACTCCTGGGTATAGAGAAGGTCCTCTCTATA  550

seq1  AACTTGTTAGAGTGAACTGGGACTATATGTAGATTCCTATAAGCAAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTTAGAGTGAACTGGGACTATATGTAGATTCCTATAAGCAAATTA  600

seq1  AAATCATATCAGAAAAACCAAACCAAAGATACCAGTCTGAGAAAGCACGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATATCAGAAAAACCAAACCAAAGATACCAGTCTGAGAAAGCACGT  650

seq1  GGCTCCCTCATCTATGCCCTTTAAAGAGAACACCTGGCACTGTGATGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCTCATCTATGCCCTTTAAAGAGAACACCTGGCACTGTGATGGTG  700

seq1  ATGGTCCCCACCAACCTATCATCTGACCACTCCATAGGTGCATCGAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCCCACCAACCTATCATCTGACCACTCCGTAGGTGCATCGAGGGT  750

seq1  CTAATGGGTGAAGAATTCC  769
      |||||||||||||||||||
seq2  CTAATGGGTGAAGAATTCC  769


seq1: chr1_85245019_85246118
seq2: B6Ng01-317F17.g_67_1168

seq1  GAATTCAACTATGTTTTTGTCTGTTAATTGTGCACTTGCACGTGTGTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTATGTTTTTGTCTGTTAATTGTGCACTTGCACGTGTGTATA  50

seq1  TGTGTATGTTTTAACTCCGAGTTATCTCTCTGATCTCAACCCTAACCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTTTTAACTCCGAGTTATCTCTCTGATCTCAACCCTAACCTTT  100

seq1  TTAAATGATCAGCTGGGAAGGAAGAAGAGATCAGAGTTTTGAACTAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGATCAGCTGGGAAGGAAGAAGAGATCAGAGTTTTGAACTAGAAG  150

seq1  GAGCAAGCTTCAAGGACAAGTGTTAAAATGAGAATTCTTTGAATCAGTTC  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCTTCAAGGACAAGTGTTAAAATGAGAAATCTTTGAATCAGTTC  200

seq1  TTGGGAAATTAAGCTAGGGAACAGACAATGGTAGAGCCTAAGGATGACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAATTAAGCTAGGGAACAGATAATGGTAGAGCCTAAGGATGACTT  250

seq1  CTGGGCATGAGAACCCAAGAATTTGTGAATGGAAAACAAGAACCAGACGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  CTGGGCATGAGAACCCAAGAATTTGTGAAGGGAAAACAAGAACCAGACAT  300

seq1  GAGGAGATAAAGACTTGAGCAGCTGGAGTATTGGATCGTTTGCCTGCTAT  350
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGATAAAGACTTGAGCGGCTGGAGTATTGGATCGTTTGCCTGCTAT  350

seq1  CCCAGCACTTGAAAGCATCCAGGACCATGGAAAGAACTGAGGTGGGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTTGAAAGCATCCAGGACCATGGAAAGAACTGAGGTGGGAGAA  400

seq1  AACGGACTTGGAAGGCTTCCAGGAAGCAATGGGGAAACCAATGGATGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGACTTGGAAGGCTTCCAGGAAGCAATGGGGAAACCAATGGATGACA  450

seq1  GTATCAGAAAGGTCACAGTGTTTTTATCATTATTATCATTATCATAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGAAAGGTCACAGTGTTTTTATCATTATTATCATTATCATAATTA  500

seq1  TGATATTTATCAGTATGTGGAGGTTGGGCATATGTTCCATGGTACACATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTATCAGTATGTGGAGGTTGGGCATATGTTCCATGGTACACATG  550

seq1  GAGAGGCCAAGAAACAACTTGTGAGTTGGGTCTGTTCTTCCACCATATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCCAAGAAACAACTTGTGAGTTGGGTCTGTTCTTCCACCATATGG  600

seq1  GTTGCAGGGATCAAATTCAGGTCACCAGGCTTGGTGGCAAGGACCTCGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAGGGATCAAATTCAGGTCACCAGGCTTGGTGGCAAGGACCTCGAG  650

seq1  GTAGTGAGCCATTTGACAGACCAATGACACATTTTAATTGACTGGTGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGAGCCATTTGACAGACCAATGACACATTTTAATTGACTGGTGACA  700

seq1  TCTCAGAGTAGAAGATGGGAGAGCGCCAAAGGCGAGGTGGGAAGAGGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGTAGAAGATGGGAGAGCGCCAAAGGCGAGGTGGGAAGAGGTTA  750

seq1  GAGAAGCACAGCCCTGAAGAGGAAGCTTCCCCAGGCAGGACAAGTGAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCACAGCCCTGAAGAGGAAGCTTCCCCAGGCAGGACAAGTGAGGA  800

seq1  GAAACTGAAAAAGTGCATCCTGCTGGCAACACAGGAAGTGACTTGGCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGAAAAAGTGCATCCTGCTGGCAACACAGGAAGTGACTTGGCTGC  850

seq1  CAGTGACCCTCAGATGGCAAGTGAGGAGTGAAA-CCCCAGCTCTTGGC-C  898
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  CAGTGACCCTCGGATGGCAAGTGAGGAGTGAAATCCCCAGCTCTTGGCTC  900

seq1  CTCAGAGCTGCATTTCAAAATGCCCAAGCAAAAGGAACAGGAACCA-CAC  947
       |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TTCAGAGCTGCATTTCAAAATGCCCAAGCAATAGGAACAGGAACCACCAC  950

seq1  CCAAGTT-CTGCAGCAACAGTCTACACCAGAACTGATTGACTGTGCCTG-  995
      |||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  CCAATTTCCTGCAGCAACAGTCTACACCAGGACTGATTGACTGTGCCTGC  1000

seq1  CTGCAAGGGAGAGTCC-TCTAGAGGTAGGGGAGCCAGAAAGCTGAAGCTA  1044
      |||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGCA--GGAGAGTCCTTCTAGAGTTA-GGGAGCCAGGAAGCTGAAGCTA  1047

seq1  CAGGGAGCCAGTGGGAACAACAGAGGCTGTTCTCTA-CCTG-AGACCTGC  1092
      ||||||| |||||||||||   || ||||||||||| |||| ||||||||
seq2  CAGGGAG-CAGTGGGAACA--CGAAGCTGTTCTCTATCCTGAAGACCTGC  1094

seq1  TGATTTTA  1100
      ||||||||
seq2  TGATTTTA  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |