BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317G04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 10,232,720 - 10,394,175
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpa6
Upstream geneSntg1, EG620853, LOC665138, Rrs1, Adhfe1, LOC620542, 3110035E14Rik, Mybl1, Vcpip1, LOC100039536, LOC665173, Sgk3, EG620986, LOC100039643, 6030422M02Rik, LOC100039596, 4930418G15Rik, Cops5, Cspp1, Arfgef1
Downstream geneLOC433271, C030045D06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317G04.bB6Ng01-317G04.g
ACCGA107543GA107544
length1,166960
definitionB6Ng01-317G04.b B6Ng01-317G04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,232,720 - 10,233,894)(10,393,226 - 10,394,175)
sequence
gaattctcagaatgatatatttatctgtatcctgactcatggtagttaca
cacatgcgagtgttaacattcatagaactgttcacaaaaataagtcagtt
ttaatctgataatttttatttgaactaagtagtgtgtttacatttttacc
tctagaagactattgaatcaaaagccactggatatggcgtagagaaagag
aatacattctggagatgtctctttcataatgaaaaggaaatacaggtctg
gtacatgaatcagtacaaaaatctaagtagcattgggagaaggggtatct
ggtaagagctaggaaagtcagctatatcatgagttgaatcttttccataa
gtacagacaataccactcacctatggccaaaacacaacaatgtcaaactg
cagtgtcatagggtggggaacggtccattgacatgtctttatgctcaatg
ctcttcgtaattcagcatgatttcaacctgaaagactttatgtagttttg
taatgtatcttcttagacccaaaggaaggccttacacaaaaactgaaaaa
gcagattaccactgatatgtagttaaaacttttttcaacatttaagagat
atcataataggaataacaatttgacttttaccttatacataaacttcttt
tccctgtgactggagagcttatagtttggttttgttggtggttttaggat
tatcaactataattatattcaccagtatgtgtgcatgtaagtgtgtttgt
gtatatgctcttgtgtttgtgtgtaatatatgcatgtgatatatgtgagg
tgtagctgtgtatgcataggtgttgtgcagtatgtatgcacagaggccag
agacaagattctttccttgaacctggacctaggctggcagccagtaagca
ccaacaattctcttcttcacataacccatcgctggaggtacaatcatgta
cagccatacctagattcctatgtggatattaggggtttctcttagttagg
gttttactgtgtgaagggacacatgacaagcaacttcttataaggacatt
ttttgtttgtttgattgttttcgaagacacattagttggagctggcttac
aggctcgaaggttcagttcatcatcatcagcgggaccatggcagcaccca
gcagcatgctcaggag
gaattcagctgatctgaagacaggaatatgcagcctgactccctctcagc
ctcaggtttatcccactatagctttgtgcttaattaatgagccagggaat
catgcagagggaactactgtaagaacaggagtgtgaagtatgacttccct
gaataaactccaagtgagcatccataacacaaatacccaggaccagcaga
aatgccccagagtcaataacaagctgaaaatgcaactgtttctttctccc
tctgtctggggtctcgggcgtagagagcagaaggcacgactgcttcttct
tgtgtaaaccctgcagactcccacatggcagtggatgtgccttagagcaa
tggagtggagagatcagcttaaagagaacacgaggatgcacgcacacctt
cctaatgcttcacagctcctgaggggacctttgaggcctgaaatgaatat
ttctttgcacgactagcagaggagcacaagccagaaaagtgatgcaaact
gggagcaagtacacacatgttcatgaacaagtttacctgcgttcattgag
cacgttacccttggagagtccctgtgctttcctgtcactgtacactccct
ttagagtgtgccatgagcatccatcttcccacattggaacaaatctagaa
aaaagcgttcaactcctgaaagctttaatccctgaaaaatacagtattct
ttttattattattattagatattttctttatttacatttcaaatgttatc
cccttccctagtttcccctccaaaaatcccctatcccctcctcccttccc
atgctccccaatccacccactcccattcctggccctggcattcccctata
ctggggcatagagccttcacaggacctagggcctctcctcccattgatga
ccaactaggccatcctctgctacatatacagctagagccacaagttccac
catgtgcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_10232720_10233894
seq2: B6Ng01-317G04.b_46_1211

seq1  GAATTCTCAGAATGATATATTTATCTGTATCCTGACTCATGGTAGTTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGAATGATATATTTATCTGTATCCTGACTCATGGTAGTTACA  50

seq1  CACATGCGAGTGTTAACATTCATAGAACTGTTCACAAAAATAAGTCAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCGAGTGTTAACATTCATAGAACTGTTCACAAAAATAAGTCAGTT  100

seq1  TTAATCTGATAATTTTTATTTGAACTAAGTAGTGTGTTTACATTTTTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTGATAATTTTTATTTGAACTAAGTAGTGTGTTTACATTTTTACC  150

seq1  TCTAGAAGACTATTGAATCAAAAGCCACTGGATATGGCGTAGAGAAAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGACTATTGAATCAAAAGCCACTGGATATGGCGTAGAGAAAGAG  200

seq1  AATACATTCTGGAGATGTCTCTTTCATAATGAAAAGGAAATACAGGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTCTGGAGATGTCTCTTTCATAATGAAAAGGAAATACAGGTCTG  250

seq1  GTACATGAATCAGTACAAAAATCTAAGTAGCATTGGGAGAAGGGGTATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGAATCAGTACAAAAATCTAAGTAGCATTGGGAGAAGGGGTATCT  300

seq1  GGTAAGAGCTAGGAAAGTCAGCTATATCATGAGTTGAATCTTTTCCATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGAGCTAGGAAAGTCAGCTATATCATGAGTTGAATCTTTTCCATAA  350

seq1  GTACAGACAATACCACTCACCTATGGCCAAAACACAACAATGTCAAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGACAATACCACTCACCTATGGCCAAAACACAACAATGTCAAACTG  400

seq1  CAGTGTCATAGGGTGGGGAACGGTCCATTGACATGTCTTTATGCTCAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCATAGGGTGGGGAACGGTCCATTGACATGTCTTTATGCTCAATG  450

seq1  CTCTTCGTAATTCAGCATGATTTCAACCTGAAAGACTTTATGTAGTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCGTAATTCAGCATGATTTCAACCTGAAAGACTTTATGTAGTTTTG  500

seq1  TAATGTATCTTCTTAGACCCAAAGGAAGGCCTTACACAAAAACTGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTATCTTCTTAGACCCAAAGGAAGGCCTTACACAAAAACTGAAAAA  550

seq1  GCAGATTACCACTGATATGTAGTTAAAACTTTTTTCAACATTTAAGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTACCACTGATATGTAGTTAAAACTTTTTTCAACATTTAAGAGAT  600

seq1  ATCATAATAGGAATAACAATTTGACTTTTACCTTATACATAAACTTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAATAGGAATAACAATTTGACTTTTACCTTATACATAAACTTCTTT  650

seq1  TCCCTGTGACTGGAGAGCTTATAGTTTGGTTTTGTTGGTGGTTTTAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGACTGGAGAGCTTATAGTTTGGTTTTGTTGGTGGTTTTAGGAT  700

seq1  TATCAACTATAATTATATTCACCAGTATGTGTGCATGTAAGTGTGTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAACTATAATTATATTCACCAGTATGTGTGCATGTAAGTGTGTTTGT  750

seq1  GTATATGCTCTTGTGTTTGTGTGTAATATATGCATGTGATATATGTGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGCTCTTGTGTTTGTGTGTAATATATGCATGTGATATATGTGAGG  800

seq1  TGTAGCTGTGTATGCATAGGTGTTGTGCAGTATGTATGCACAGAGGCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTGTGTATGCATAGGTGTTGTGCAGTATGTATGCACAGAGGCCAG  850

seq1  AGACAAGATTCTTTCCTTGAACCTGGACCTAGGCTGGCAGCCAGTAAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGATTCTTTCCTTGAACCTGGACCTAGGCTGGCAGCCAGTAAGCA  900

seq1  CCAACAATTCTCTTCTTCACATAACCCATCGCTGGAGGTACAATCATGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAATTCTCTTCTTCACATAACCCATCGCTGGAGGTACAATCATGTA  950

seq1  CAGCCATACCTAGATTCCTATGTGGATATTA-GGGTTTCTCTTAGTTAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATACCTAGATTCCTATGTGGATATTAGGGGTTTCTCTTAGTTAGG  1000

seq1  GTTTTACTGTTGTGAAGGGACACCATGAACAAGGCAAC-TCTTATAAGGA  1048
      ||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||
seq2  GTTTTACTG-TGTGAAGGGACA-CATG-ACAA-GCAACTTCTTATAAGGA  1046

seq1  CATTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCGAGACAACATTTAATTGGAGCTG  1098
      ||||||||||||||||| |||||||   |||| ||| ||| |||||||||
seq2  CATTTTTTGTTTGTTTGATTGTTTTCGAAGAC-ACA-TTAGTTGGAGCTG  1094

seq1  GCTTACAGGCTCAGAGGTTCAGTCCATCATCATCAGGGCCGGAACATGGC  1148
      ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||  || ||| ||||||
seq2  GCTTACAGGCTCGAAGGTTCAGTTCATCATCATCA--GCGGGACCATGGC  1142

seq1  AGCACCCAGGCAGGCATGGCTCAGGAG  1175
      |||||||| ||| |||| |||||||||
seq2  AGCACCCA-GCA-GCAT-GCTCAGGAG  1166

seq1: chr1_10393226_10394175
seq2: B6Ng01-317G04.g_65_1014 (reverse)

seq1  GTGGAACTTGTGGCTCTAGCTGTATATGTAGCAGAGGATGGCCTAGTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAACTTGTGGCTCTAGCTGTATATGTAGCAGAGGATGGCCTAGTTGG  50

seq1  TCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTAGGTCCTGTGAAGGCTCTATGCCCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTAGGTCCTGTGAAGGCTCTATGCCCCAG  100

seq1  TATAGGGGAATGCCAGGGCCAGGAATGGGAGTGGGTGGATTGGGGAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGGAATGCCAGGGCCAGGAATGGGAGTGGGTGGATTGGGGAGCAT  150

seq1  GGGAAGGGAGGAGGGGATAGGGGATTTTTGGAGGGGAAACTAGGGAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGAGGAGGGGATAGGGGATTTTTGGAGGGGAAACTAGGGAAGGG  200

seq1  GATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAATAATAATAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAATAATAATAAAA  250

seq1  AGAATACTGTATTTTTCAGGGATTAAAGCTTTCAGGAGTTGAACGCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACTGTATTTTTCAGGGATTAAAGCTTTCAGGAGTTGAACGCTTTT  300

seq1  TTCTAGATTTGTTCCAATGTGGGAAGATGGATGCTCATGGCACACTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATTTGTTCCAATGTGGGAAGATGGATGCTCATGGCACACTCTAA  350

seq1  AGGGAGTGTACAGTGACAGGAAAGCACAGGGACTCTCCAAGGGTAACGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTGTACAGTGACAGGAAAGCACAGGGACTCTCCAAGGGTAACGTG  400

seq1  CTCAATGAACGCAGGTAAACTTGTTCATGAACATGTGTGTACTTGCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGAACGCAGGTAAACTTGTTCATGAACATGTGTGTACTTGCTCCC  450

seq1  AGTTTGCATCACTTTTCTGGCTTGTGCTCCTCTGCTAGTCGTGCAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCATCACTTTTCTGGCTTGTGCTCCTCTGCTAGTCGTGCAAAGAA  500

seq1  ATATTCATTTCAGGCCTCAAAGGTCCCCTCAGGAGCTGTGAAGCATTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCATTTCAGGCCTCAAAGGTCCCCTCAGGAGCTGTGAAGCATTAGG  550

seq1  AAGGTGTGCGTGCATCCTCGTGTTCTCTTTAAGCTGATCTCTCCACTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTGCGTGCATCCTCGTGTTCTCTTTAAGCTGATCTCTCCACTCCA  600

seq1  TTGCTCTAAGGCACATCCACTGCCATGTGGGAGTCTGCAGGGTTTACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTAAGGCACATCCACTGCCATGTGGGAGTCTGCAGGGTTTACACA  650

seq1  AGAAGAAGCAGTCGTGCCTTCTGCTCTCTACGCCCGAGACCCCAGACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGCAGTCGTGCCTTCTGCTCTCTACGCCCGAGACCCCAGACAGA  700

seq1  GGGAGAAAGAAACAGTTGCATTTTCAGCTTGTTATTGACTCTGGGGCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAAGAAACAGTTGCATTTTCAGCTTGTTATTGACTCTGGGGCATT  750

seq1  TCTGCTGGTCCTGGGTATTTGTGTTATGGATGCTCACTTGGAGTTTATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGGTCCTGGGTATTTGTGTTATGGATGCTCACTTGGAGTTTATTC  800

seq1  AGGGAAGTCATACTTCACACTCCTGTTCTTACAGTAGTTCCCTCTGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGTCATACTTCACACTCCTGTTCTTACAGTAGTTCCCTCTGCATG  850

seq1  ATTCCCTGGCTCATTAATTAAGCACAAAGCTATAGTGGGATAAACCTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTGGCTCATTAATTAAGCACAAAGCTATAGTGGGATAAACCTGAG  900

seq1  GCTGAGAGGGAGTCAGGCTGCATATTCCTGTCTTCAGATCAGCTGAATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGGGAGTCAGGCTGCATATTCCTGTCTTCAGATCAGCTGAATTC  950