BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318D24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 9,928,066 - 10,140,672
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6030422M02Rik, LOC100039596, 4930418G15Rik, Cops5, Cspp1, Arfgef1
Upstream geneSntg1, LOC665103, LOC100039464, EG620853, LOC665138, Rrs1, Adhfe1, LOC620542, 3110035E14Rik, Mybl1, Vcpip1, LOC100039536, LOC665173, Sgk3, EG620986, LOC100039643
Downstream geneCpa6, LOC433271
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318D24.bB6Ng01-318D24.g
ACCGA108188GA108189
length1,134966
definitionB6Ng01-318D24.b B6Ng01-318D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,139,548 - 10,140,672)(9,928,066 - 9,929,031)
sequence
gaattcactcattttgaggcagccagattatgggatgcagcgtctagtgg
ttcagtgcatagcccaaccccatatattggtttcttacacagttgtataa
aaaacacttgaccagcattaattgaattattactagtcttttacttaaat
atctaggacacgggtacttagccatgtccttacaagaagaattcccagac
ttagccagcctaactccccgttgctccagggcacagcttgtggttattta
ctgttttgctttgtcccctacttcccctctctcctcactcccttcctctg
tccatgtggttctcagaattatttgaaaaaacaattacaaatatgtcctt
tagccattataagagtctcatgttttatttccttgatgataccagaaggt
taagcagataattcttattgagactatttttatctaatatgtaggcttta
ctctgattctgtttttttccattttaccataatgaacatgaaaaagataa
ctattcactttgtttttctagcccttgaaatttttagaaagatttgtctg
tctgtttatgggaatgtgttatatgtatttgcctatgcaagtttttgtgc
tccacaattgtacaggaacacgcagaggccaaaatgttgtcagatccctt
agaaattgagttacagatagttgtgagccactatgtggaccctaggaatc
tagcccaggttctgcactttggatctccagcccatctctccagtccctag
cccttgaaatttcatcctaggagaccacagtagcaagatagtgcctactg
acctgtttgtttccacagcccttaaatttttcaagtaattgtttacagtt
aaaacatagattacataccaacatgatattcttttgggaactatagtatc
tgccacagaggctcatagttgtcccataactgatctatggattctattag
ataccctaccacttggtggggatatcctgtctatggcaggactgagggtc
ctcttcctgtggtgtacctcccccgctgcacagggtagaatcctgcacca
tgggttgcctttggccacggaaaatatgggatctgagtaccctagctcca
ttctgctcttgcatgtcaattcacccactctgtg
gaattcccaattgtgaatcaagtcaaactttaaaaatgttaagagaaaag
ccaggctacggtggcgcacgcctttaatccagtacttgggaggcagaggc
aggcagatttctgagtttgaggccagcctggtctacagagtgagttccag
gacagcgagggctacacagagaaaccctgtctagaaaaaaaaaaaaaaaa
aaagagaaagaaaataaagactaaagatcctgagtcttatcttaaaaagc
tgataaagtcaaaatacaaaatattgtacaaaggaaacaaggcaaaaaag
ttacatatatgatatacatacatatatatcatatatgtatatgagtataa
attgctaatggaaaatggaaaagtccataaattagatggagaaacaaaaa
actcctaaagtaaaagatattgcttaaagtgtacaaaaaaagggggagga
gacaaaggacaagtaatgtttttgatttattttactaaaatttatttatt
tattatatgtaagtacactgtagctgtcttagacactccagaagaggcat
ccaatttcttatggatggttgtgagccagcatgtggttgctgggatttga
actcaggacctttggaagaacagttggtgctcttaacccctgagccatct
caccagcccagatacatttattttaaactccagaatttaatcctttcccg
gtctaccctcaaactgttccacatcccatacctcctccccacctccctgt
ctcaatgaggatgtctccactccccaccccaccagacctctaaactccct
ggggcctccagtctcttgaagattaggtgcatcttctctgactaaaccca
gactcagcagtcctctgctctgtgttggaggccttatatcagctggtgta
tgctgcctggttggtgatccagtgtcttgagagatctcaaaggtccaggt
tgagactgatcctcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_10139548_10140672
seq2: B6Ng01-318D24.b_48_1181 (reverse)

seq1  CACAGA--GGGTGAA-TGACATGC-AGAGCAGAATGGAGCTAGGTAACTC  46
      ||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||
seq2  CACAGAGTGGGTGAATTGACATGCAAGAGCAGAATGGAGCTAGGGTACTC  50

seq1  AGATCCAATATTTCCTTGGGCAAAAAGCAAACCCATGGTGCA-GATTCTA  95
      |||||| |||||| |   ||| ||| || ||||||||||||| |||||||
seq2  AGATCCCATATTTTCCGTGGCCAAAGGC-AACCCATGGTGCAGGATTCTA  99

seq1  CCCTGTGCAGCGGGGGA-GTACA-CACAGG-AGAGGACCCTCAGTCCTGC  142
      ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGCAGCGGGGGAGGTACACCACAGGAAGAGGACCCTCAGTCCTGC  149

seq1  CATAGACAGGATATCCC--ACAAGTGGTAGGGTATCTAATAGAATCCATA  190
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACAGGATATCCCCACCAAGTGGTAGGGTATCTAATAGAATCCATA  199

seq1  GATCAGTTATGGGACAACTATGAGCCTCTGTGGCAGATACTATAGTTCCC  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTTATGGGACAACTATGAGCCTCTGTGGCAGATACTATAGTTCCC  249

seq1  AAAAGAATATCATGTTGGTATGTAATCTATGTTTTAACTGTAAACAATTA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATATCATGTTGGTATGTAATCTATGTTTTAACTGTAAACAATTA  299

seq1  CTTGAAAAATTTAAGGGCTGTGGAAACAAACAGGTCAGTAGGCACTATCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAAATTTAAGGGCTGTGGAAACAAACAGGTCAGTAGGCACTATCT  349

seq1  TGCTACTGTGGTCTCCTAGGATGAAATTTCAAGGGCTAGGGACTGGAGAG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTGTGGTCTCCTAGGATGAAATTTCAAGGGCTAGGGACTGGAGAG  399

seq1  ATGGGCTGGAGATCCAAAGTGCAGAACCTGGGCTAGATTCCTAGGGTCCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTGGAGATCCAAAGTGCAGAACCTGGGCTAGATTCCTAGGGTCCA  449

seq1  CATAGTGGCTCACAACTATCTGTAACTCAATTTCTAAGGGATCTGACAAC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGGCTCACAACTATCTGTAACTCAATTTCTAAGGGATCTGACAAC  499

seq1  ATTTTGGCCTCTGCGTGTTCCTGTACAATTGTGGAGCACAAAAACTTGCA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGCCTCTGCGTGTTCCTGTACAATTGTGGAGCACAAAAACTTGCA  549

seq1  TAGGCAAATACATATAACACATTCCCATAAACAGACAGACAAATCTTTCT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAATACATATAACACATTCCCATAAACAGACAGACAAATCTTTCT  599

seq1  AAAAATTTCAAGGGCTAGAAAAACAAAGTGAATAGTTATCTTTTTCATGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTTCAAGGGCTAGAAAAACAAAGTGAATAGTTATCTTTTTCATGT  649

seq1  TCATTATGGTAAAATGGAAAAAAACAGAATCAGAGTAAAGCCTACATATT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATGGTAAAATGGAAAAAAACAGAATCAGAGTAAAGCCTACATATT  699

seq1  AGATAAAAATAGTCTCAATAAGAATTATCTGCTTAACCTTCTGGTATCAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAAATAGTCTCAATAAGAATTATCTGCTTAACCTTCTGGTATCAT  749

seq1  CAAGGAAATAAAACATGAGACTCTTATAATGGCTAAAGGACATATTTGTA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAATAAAACATGAGACTCTTATAATGGCTAAAGGACATATTTGTA  799

seq1  ATTGTTTTTTCAAATAATTCTGAGAACCACATGGACAGAGGAAGGGAGTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTTTCAAATAATTCTGAGAACCACATGGACAGAGGAAGGGAGTG  849

seq1  AGGAGAGAGGGGAAGTAGGGGACAAAGCAAAACAGTAAATAACCACAAGC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGGGGAAGTAGGGGACAAAGCAAAACAGTAAATAACCACAAGC  899

seq1  TGTGCCCTGGAGCAACGGGGAGTTAGGCTGGCTAAGTCTGGGAATTCTTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCTGGAGCAACGGGGAGTTAGGCTGGCTAAGTCTGGGAATTCTTC  949

seq1  TTGTAAGGACATGGCTAAGTACCCGTGTCCTAGATATTTAAGTAAAAGAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGGACATGGCTAAGTACCCGTGTCCTAGATATTTAAGTAAAAGAC  999

seq1  TAGTAATAATTCAATTAATGCTGGTCAAGTGTTTTTTATACAACTGTGTA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATAATTCAATTAATGCTGGTCAAGTGTTTTTTATACAACTGTGTA  1049

seq1  AGAAACCAATATATGGGGTTGGGCTATGCACTGAACCACTAGACGCTGCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCAATATATGGGGTTGGGCTATGCACTGAACCACTAGACGCTGCA  1099

seq1  TCCCATAATCTGGCTGCCTCAAAATGAGTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATAATCTGGCTGCCTCAAAATGAGTGAATTC  1134

seq1: chr1_9928066_9929031
seq2: B6Ng01-318D24.g_70_1035

seq1  GAATTCCCAATTGTGAATCAAGTCAAACTTTAAAAATGTTAAGAGAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAATTGTGAATCAAGTCAAACTTTAAAAATGTTAAGAGAAAAG  50

seq1  CCAGGCTACGGTGGCGCACGCCTTTAATCCAGTACTTGGGAGGCAGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTACGGTGGCGCACGCCTTTAATCCAGTACTTGGGAGGCAGAGGC  100

seq1  AGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAG  150

seq1  GACAGCGAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCGAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAA  200

seq1  AAAGAGAAAGAAAATAAAGACTAAAGATCCTGAGTCTTATCTTAAAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAAGAAAATAAAGACTAAAGATCCTGAGTCTTATCTTAAAAAGC  250

seq1  TGATAAAGTCAAAATACAAAATATTGTACAAAGGAAACAAGGCAAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAGTCAAAATACAAAATATTGTACAAAGGAAACAAGGCAAAAAAG  300

seq1  TTACATATATGATATACATACATATATATCATATATGTATATGAGTATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATATATGATATACATACATATATATCATATATGTATATGAGTATAA  350

seq1  ATTGCTAATGGAAAATGGAAAAGTCCATAAATTAGATGGAGAAACAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAATGGAAAATGGAAAAGTCCATAAATTAGATGGAGAAACAAAAA  400

seq1  ACTCCTAAAGTAAAAGATATTGCTTAAAGTGTACAAAAAAAGGGGGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTAAAGTAAAAGATATTGCTTAAAGTGTACAAAAAAAGGGGGAGGA  450

seq1  GACAAAGGACAAGTAATGTTTTTGATTTATTTTACTAAAATTTATTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGGACAAGTAATGTTTTTGATTTATTTTACTAAAATTTATTTATT  500

seq1  TATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTAGACACTCCAGAAGAGGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTAGACACTCCAGAAGAGGCAT  550

seq1  CCAATTTCTTATGGATGGTTGTGAGCCAGCATGTGGTTGCTGGGATTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTCTTATGGATGGTTGTGAGCCAGCATGTGGTTGCTGGGATTTGA  600

seq1  ACTCAGGACCTTTGGAAGAACAGTTGGTGCTCTTAACCCCTGAGCCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGACCTTTGGAAGAACAGTTGGTGCTCTTAACCCCTGAGCCATCT  650

seq1  CACCAGCCCAGATACATTTATTTTAAACTCCAGAATTTAATCCTTTCCCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCCCAGATACATTTATTTTAAACTCCAGAATTTAATCCTTTCCCG  700

seq1  GTCTACCCTCAAACTGTTCCACATCCCATACCTCCTCCCCACCTCCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACCCTCAAACTGTTCCACATCCCATACCTCCTCCCCACCTCCCTGT  750

seq1  CTCAATGAGGATGTCTCCACTCCCCACCCCACCAGACCTCTAAACTCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGAGGATGTCTCCACTCCCCACCCCACCAGACCTCTAAACTCCCT  800

seq1  GGGGCCTCCAGTCTCTTGAAGATTAGGTGCATCTTCTCTGACTAAACCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCTCCAGTCTCTTGAAGATTAGGTGCATCTTCTCTGACTAAACCCA  850

seq1  GACTCAGCAGTCCTCTGCTCTGTGTTGGAGGCCTTATATCAGCTGGTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGCAGTCCTCTGCTCTGTGTTGGAGGCCTTATATCAGCTGGTGTA  900

seq1  TGCTGCCTGGTTGGTGATCCAGTGTCTTGAGAGATCTCAAAGGTCCAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCTGGTTGGTGATCCAGTGTCTTGAGAGATCTCAAAGGTCCAGGT  950

seq1  TGAGACTGATCCTCCT  966
      ||||||||||||||||
seq2  TGAGACTGATCCTCCT  966