BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318J08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 142,291,661 - 142,362,070
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnt2
Upstream geneZbtb41, Aspm, F13b, Cfhr1, EG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367, Cfh
Downstream geneEG226472
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318J08.bB6Ng01-318J08.g
ACCGA108435GA108436
length1,0751,048
definitionB6Ng01-318J08.b B6Ng01-318J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,360,998 - 142,362,070)(142,291,661 - 142,292,715)
sequence
gaattcattgtcttacaagacctcaaaaagaattgggaattcaagcaaaa
atatcagctttcaaatatcagcaatttataaagtataaatatattgaatt
taattgattaaaaaatgattatacaatcactacagtgattacatgattgc
aattatattctttacattatttttcgttagaccaagaggcaaacaatata
aaagaattagaatgtatataagcataaatttctaatttgaggacagtcaa
atgaaattgtatattaaaatctatgtaaacatatcattcataataaaata
gaatttctgtacattcgccccttggttaaatgaaaacatatatggattga
tatagataatatagattatttaggtgatataaacagatgaatatttgata
aaaaatagagatgatagagagatagaacgatagattatagatgcatagat
atatagaaaagtagatctacagatagatgatacacagattctactagcct
tggtggtatttttagaatagttacagattcatagatttccttattttcca
tttctaatctgaatcatacttggaatttccaaggaggaaggtgctattgg
cagacgtattgggttcatttcttattacttatgtcactgaacagcttgga
aaattaaatgagaacttggcatcactaaagcacatatagtaatttatcaa
ctaggatgtattacttaaaacatacatctattaacaatgatatcttattt
aaaatcaacacattcttatgcatgtttataactctaatatctacttctaa
gtgacagaatgtttcatatttaaatttaccaattctattattttattatg
tcacaaaccttaatcatcttgagagctaattaaaaatacaaaatctatga
ataaactaaaggcacccattatcacatcccatcttctagcagcacttcta
ataaacaacataataataaattatttaacaaattgttcacctttgttcct
tatttttaattcccattatctgcttccttcttgtaatattttattgtctg
atgtgatttggcaaatgcatacagt

gaattcatttgtcttgaagattgaagctattgtctctcatgggatggaag
aaacagcagtgggtatttaggacagcaagctacattgtatgagagtcaag
aagtaaataacgatggacacatttttctgatttcccatttttctatttat
agattccagtgtcccaatcagagaatgatggtactaagagtggataggtc
ttcccactacacacatgctcagatgccctcttgcagtgatcctagatttt
gaaaattaaccctaaaagatcaagatctacacaatgacagattttaaatg
gtcttgtggttctaaagatgcccataactgtggttgctaccacctaaaat
aacttttacacacttgcttgcttgcacacacacaccttttttcctagaaa
tccttaatactcactgtttctgtctacaatgtctccatgctgaaagaacc
aagaataaagtcaaatagccagggacttggaggttgggcatatttactca
tgcaatttgcaaaatttaactgaatgtgaaactcaactattaagtgagac
caaacaatgatgttagattgttggatcagtcatatattgacagagaaaag
gcattagagagttggagttcataaaaaaaaattagatgaacaagataaag
ctttgagtaaaaggtatacttttaaaattccatagcaaccaagctaggga
aatgaaaatcttatggctaactatcactgcttttcatataaattgggtca
ttagttctcagtttgatcttgcgattcatctccttagataatttagggct
tgaaataatgtagtggcggctggggtgatggcattattaagatatggaga
actgtaagtaccctttcttcagtattgtagtggctggaagcataactgaa
ggatgaaaccaattccttaaaaataacatgaatcttacagaggacccctt
atagtctgtgagacttttactccacatgaattgctagacaatgctgtgtg
attgtatcctatgagttagactctgaacacattgaacctagttatcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_142360998_142362070
seq2: B6Ng01-318J08.b_47_1121 (reverse)

seq1  ACTGTATGCATTTGCCAAAATCACATCAGAC-ATAAAATATTAC-AGAAG  48
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  ACTGTATGCATTTGCC-AAATCACATCAGACAATAAAATATTACAAGAAG  49

seq1  AAACAAGAT-ATGGAATTTTAAAAATAAGGAAC-AAGGTG-ACAATTTTG  95
       ||  |||| |||| |  ||||||||||||||| |||||| |||||||  
seq2  GAAGCAGATAATGGGA-ATTAAAAATAAGGAACAAAGGTGAACAATTTGT  98

seq1  TTAATAATTTAT--ATATGTTGTTTTATTAGAAGTGCTGCTAGAAGATGG  143
      | ||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATTTATTATTATGTTG-TTTATTAGAAGTGCTGCTAGAAGATGG  147

seq1  GATGTTGATAATGGGTGCCTTTAGTTTATTCATAGATTTTGTATTTTTAA  193
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATG-TGATAATGGGTGCCTTTAGTTTATTCATAGATTTTGTATTTTTAA  196

seq1  TTAGCTCTCAAGATGATTAAGGTTTTGTGACATAATAAAATAATAGAATT  243
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCTCAAGATGATTAAGG-TTTGTGACATAATAAAATAATAGAATT  245

seq1  GGTAAATTTAAATATGAAACATTCTGTCACTTAGAAGTAGATATTAGAGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATTTAAATATGAAACATTCTGTCACTTAGAAGTAGATATTAGAGT  295

seq1  TATAAACATGCATAAGAATGTGTTGATTTTAAATAAGATATCATTGTTAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACATGCATAAGAATGTGTTGATTTTAAATAAGATATCATTGTTAA  345

seq1  TAGATGTATGTTTTAAGTAATACATCCTAGTTGATAAATTACTATATGTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTATGTTTTAAGTAATACATCCTAGTTGATAAATTACTATATGTG  395

seq1  CTTTAGTGATGCCAAGTTCTCATTTAATTTTCCAAGCTGTTCAGTGACAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTGATGCCAAGTTCTCATTTAATTTTCCAAGCTGTTCAGTGACAT  445

seq1  AAGTAATAAGAAATGAACCCAATACGTCTGCCAATAGCACCTTCCTCCTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATAAGAAATGAACCCAATACGTCTGCCAATAGCACCTTCCTCCTT  495

seq1  GGAAATTCCAAGTATGATTCAGATTAGAAATGGAAAATAAGGAAATCTAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTCCAAGTATGATTCAGATTAGAAATGGAAAATAAGGAAATCTAT  545

seq1  GAATCTGTAACTATTCTAAAAATACCACCAAGGCTAGTAGAATCTGTGTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGTAACTATTCTAAAAATACCACCAAGGCTAGTAGAATCTGTGTA  595

seq1  TCATCTATCTGTAGATCTACTTTTCTATATATCTATGCATCTATAATCTA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATCTGTAGATCTACTTTTCTATATATCTATGCATCTATAATCTA  645

seq1  TCGTTCTATCTCTCTATCATCTCTATTTTTTATCAAATATTCATCTGTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCTATCTCTCTATCATCTCTATTTTTTATCAAATATTCATCTGTTT  695

seq1  ATATCACCTAAATAATCTATATTATCTATATCAATCCATATATGTTTTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACCTAAATAATCTATATTATCTATATCAATCCATATATGTTTTCA  745

seq1  TTTAACCAAGGGGCGAATGTACAGAAATTCTATTTTATTATGAATGATAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCAAGGGGCGAATGTACAGAAATTCTATTTTATTATGAATGATAT  795

seq1  GTTTACATAGATTTTAATATACAATTTCATTTGACTGTCCTCAAATTAGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATAGATTTTAATATACAATTTCATTTGACTGTCCTCAAATTAGA  845

seq1  AATTTATGCTTATATACATTCTAATTCTTTTATATTGTTTGCCTCTTGGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATGCTTATATACATTCTAATTCTTTTATATTGTTTGCCTCTTGGT  895

seq1  CTAACGAAAAATAATGTAAAGAATATAATTGCAATCATGTAATCACTGTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACGAAAAATAATGTAAAGAATATAATTGCAATCATGTAATCACTGTA  945

seq1  GTGATTGTATAATCATTTTTTAATCAATTAAATTCAATATATTTATACTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGTATAATCATTTTTTAATCAATTAAATTCAATATATTTATACTT  995

seq1  TATAAATTGCTGATATTTGAAAGCTGATATTTTTGCTTGAATTCCCAATT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATTGCTGATATTTGAAAGCTGATATTTTTGCTTGAATTCCCAATT  1045

seq1  CTTTTTGAGGTCTTGTAAGACAATGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGAGGTCTTGTAAGACAATGAATTC  1075


seq1: chr1_142291661_142292715
seq2: B6Ng01-318J08.g_64_1111

seq1  GAATTCATTTGTCTTGAAGATTGAAGCTATTGTCTCTCATGGGATGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGTCTTGAAGATTGAAGCTATTGTCTCTCATGGGATGGAAG  50

seq1  AAACAGCAGTGGGTATTTAGGACAGCAAGCTACATTGTATGAGAGTCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAGTGGGTATTTAGGACAGCAAGCTACATTGTATGAGAGTCAAG  100

seq1  AAGTAAATAACGATGGACACATTTTTCTGATTTCCCATTTTTCTATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATAACGATGGACACATTTTTCTGATTTCCCATTTTTCTATTTAT  150

seq1  AGATTCCAGTGTCCCAATCAGAGAATGATGGTACTAAGAGTGGATAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCAGTGTCCCAATCAGAGAATGATGGTACTAAGAGTGGATAGGTC  200

seq1  TTCCCACTACACACATGCTCAGATGCCCTCTTGCAGTGATCCTAGATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTACACACATGCTCAGATGCCCTCTTGCAGTGATCCTAGATTTT  250

seq1  GAAAATTAACCCTAAAAGATCAAGATCTACACAATGACAGATTTTAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTAACCCTAAAAGATCAAGATCTACACAATGACAGATTTTAAATG  300

seq1  GTCTTGTGGTTCTAAAGATGCCCATAACTGTGGTTGCTACCACCTAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTGGTTCTAAAGATGCCCATAACTGTGGTTGCTACCACCTAAAAT  350

seq1  AACTTTTACACACTTGCTTGCTTGCACACACACACCTTTTTTCCTAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTACACACTTGCTTGCTTGCACACACACACCTTTTTTCCTAGAAA  400

seq1  TCCTTAATACTCACTGTTTCTGTCTACAATGTCTCCATGCTGAAAGAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAATACTCACTGTTTCTGTCTACAATGTCTCCATGCTGAAAGAACC  450

seq1  AAGAATAAAGTCAAATAGCCAGGGACTTGGAGGTTGGGCATATTTACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAAGTCAAATAGCCAGGGACTTGGAGGTTGGGCATATTTACTCA  500

seq1  TGCAATTTGCAAAATTTAACTGAATGTGAAACTCAACTATTAAGTGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTTGCAAAATTTAACTGAATGTGAAACTCAACTATTAAGTGAGAC  550

seq1  CAAACAATGATGTTAGATTGTTGGATCAGTCATATATTGACAGAGAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATGATGTTAGATTGTTGGATCAGTCATATATTGACAGAGAAAAG  600

seq1  GCATTAGAGAGTTGGAGTTCATAAAAAAAAATTAGATGAACAAGATAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGAGAGTTGGAGTTCATAAAAAAAAATTAGATGAACAAGATAAAG  650

seq1  CTTTGAGTAAAAGGTATACTTTTAAAATTCCATAGCAACCAAGCTAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGTAAAAGGTATACTTTTAAAATTCCATAGCAACCAAGCTAGGGA  700

seq1  AATGAAAATCTTATGGCTAACTATCACTGCTTTTCATATAAATTGGGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAATCTTATGGCTAACTATCACTGCTTTTCATATAAATTGGGTCA  750

seq1  TTAGTTCTCAGTTTGATCTTGCGATTCATCTCCTTAGATAATTTAGGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTCTCAGTTTGATCTTGCGATTCATCTCCTTAGATAATTTAGGGCT  800

seq1  TGAAATAATGTAGTGGCGGCTGGGGTGATGGCATTATTAAGATATGGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAATGTAGTGGCGGCTGGGGTGATGGCATTATTAAGATATGGAGA  850

seq1  ACTGTAAGTACCC-TTCTTCAGTATTGTAGTGGCTGGAAGCATAACTGAA  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAGTACCCTTTCTTCAGTATTGTAGTGGCTGGAAGCATAACTGAA  900

seq1  GGATGAAACCAATTCCTTAAAAATAACATGAATCTTACAGAGGACCCCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAAACCAATTCCTTAAAAATAACATGAATCTTACAGAGGACCCCTT  950

seq1  ATAGTCTGTGAGACTTTAACTCCACATGATTGGCTAAGACAAATGGCCTG  999
      ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||| ||||  |||
seq2  ATAGTCTGTGAGACTTTTACTCCACATGAATTGCT-AGAC-AATG--CTG  996

seq1  TGTGAATTGTTATCTATGAGTTAAGACTCCTGAACACATTGAAACTAAAT  1049
      |||| |||||   ||||||||| ||||| |||||||||||||| || | |
seq2  TGTG-ATTGTATCCTATGAGTT-AGACT-CTGAACACATTGAACCT-AGT  1042

seq1  TATCTA  1055
      ||||||
seq2  TATCTA  1048


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |