BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318P14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 41,017,643 - 41,137,425
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpia-ps1_352.1
Upstream geneMap4k4, Il1r2, Il1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1, Il18rap, Slc9a4, Slc9a2, Mfsd9, Tmem182
Downstream geneLOC100041441, LOC383634
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318P14.bB6Ng01-318P14.g
ACCGA108725GA108726
length1,0491,076
definitionB6Ng01-318P14.b B6Ng01-318P14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,017,643 - 41,018,674)(41,136,349 - 41,137,425)
sequence
gaattcagccattaaacaatgaatataacaagcctagtatgaagtactca
atgcagatcactagacattagaacagattagaaaaactggaggaaaattg
ggcactaggaatatatataagtgagagtactgacaaaattaggaggtatt
tcattatttagaaggaaaacatgggaataatagattgccaagagccaagg
gtctccttcttaaggttagaattaataggaagaaagtgtgcaggcttatc
caactgttttcacactgtcagaggcttgctaatctgtcaacaaaatgtag
ttgcttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgt
ccttttttaatattttaagattcttacagcacatgagcatcaatatatta
ctaaactgtgaagacagagatgcttatattaaatactagaacaacttcaa
taggaagaaatgaggtatagcctatagctataacaagctgtatgagcaga
ggagttcaggaacagagggagggtgacttaagcatgaagcaagcccaggc
taagtaatgtgagaggcccaaggcttctggatagctgcctggatagctgc
ctcaacagacatatgtgtgtttgtgttcaaaggtggaacatctggagcag
gatgtccatgggcagcagaaacaaaatatgaaatgtggaaataatatctg
gattaatagcttattagacaatgtcaaagaaaagacaaaaaaccatgaag
gcaatgcaacaaaaaaacaatcctaacaaaggcacacaggaaaataggag
ctaaacactgaacagatatacagtacaaagtgtctatgatatacgtagtc
attgggtaagtatgttcatatagtacactagtcataatgtgattaatata
tgtttaataataaaatattttatggacccattaatattatttatagatat
attttatatatagatatattttgtagatatatcctaagacatattaagtt
taatattatgctgtatatacctttatatatgattaatatcctagcacat
gaattcattaaatcctgttaggatcaaatgtgccattgattgctatttag
gaatgcttcctgacacaaacaaacttatggatttagccatgagccatcaa
tataatcaattgtgtgcctttccacttctgtttgcatttgttttgggtga
gccacctgtccagttctgaaagtggtattttcaagttgcttgcacattgt
gctcagcttgcctgcagagacctccctgcttgctgccttgtatgttactc
acagatttttgtatttgtattattttattttattttctccaagtgcattt
tcatatgtaaatgggatgatcatctatctgtttcaaatctgggagccttt
taaatcaatacacataatatgttggacataaactagtagagtaaacaaat
aaatcttcaacctagacttttccatatgaggctgctcctcactaagagga
agaacacagccccaggtcacacgagtcgctttgcttcttggtgtatcctc
ttcatttttcagagtttttaggtttaccttgtttggtattaacagtcacc
tgtccttttgtctggtttcatctgcatagtatttgtctctacctttattt
ccaaccacacacgtttattttttggtatacatatttcaacttgtacatgg
ctagatttgttatatgtaacactggccatttctactttctcctttgtcct
tgcatttacttttttttttttttttatcaatttctgtactacgaatgttg
ctgtacccaattaactctactcaattgatcttgatagctcctctgcattc
ctgctacccctatccccgcaatactttatatttctgaatgagagagagac
acacacactcagcctttatatttttatatgccttaaacagctcaatggta
gggccactttttttaccttcatgtggctaatccacctcccgaatattccc
aagttattacttactaaactctatatccatctttggctactgagacctct
tgggcatgaatccccagctcagccatggtggctatggtcctgtctccgca
cgcctcaagtgtaatgtcttctactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_41017643_41018674
seq2: B6Ng01-318P14.b_49_1097

seq1  GAATTCAGCCATTAAACAATGAATATAACAAGCCTAGTATGAAGTACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCATTAAACAATGAATATAACAAGCCTAGTATGAAGTACTCA  50

seq1  ATGCAGATCACTAGACATTAGAACAGATTAGAAAAACTGGAGGAAAATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGATCACTAGACATTAGAACAGATTAGAAAAACTGGAGGAAAATTG  100

seq1  GGCACTAGGAATATATATAAGTGAGAGTACTGACAAAATTAGGAGGTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTAGGAATATATATAAGTGAGAGTACTGACAAAATTAGGAGGTATT  150

seq1  TCATTATTTAGAAGGAAAACATGGGAATAATAGATTGCCAAGAGCCAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTTAGAAGGAAAACATGGGAATAATAGATTGCCAAGAGCCAAGG  200

seq1  GTCTCCTTCTTAAGGTTAGAATTAATAGGAAGAAAGTGTGCAGGCTTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTTCTTAAGGTTAGAATTAATAGGAAGAAAGTGTGCAGGCTTATC  250

seq1  CAACTGTTTTCACACTGTCAGAGGCTTGCTAATCTGTCAACAAAATGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTTTTCACACTGTCAGAGGCTTGCTAATCTGTCAACAAAATGTAG  300

seq1  TTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGT  350

seq1  CCTTTTTTAATATTTTAAGATTCTTACAGCACATGAGCATCAATATATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTTAATATTTTAAGATTCTTACAGCACATGAGCATCAATATATTA  400

seq1  CTAAACTGTGAAGACAGAGATGCTTATATTAAATACTAGAACAACTTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTGTGAAGACAGAGATGCTTATATTAAATACTAGAACAACTTCAA  450

seq1  TAGGAAGAAATGAGGTATAGCCTATAGCTATAACAAGCTGTATGAGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGAAATGAGGTATAGCCTATAGCTATAACAAGCTGTATGAGCAGA  500

seq1  GGAGTTCAGGAACAGAGGGAGGGTGACTTAAGCATGAAGCAAGCCCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCAGGAACAGAGGGAGGGTGACTTAAGCATGAAGCAAGCCCAGGC  550

seq1  TAAGTAATGTGAGAGGCCCAAGGCTTCTGGATAGCTGCCTGGATAGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAATGTGAGAGGCCCAAGGCTTCTGGATAGCTGCCTGGATAGCTGC  600

seq1  CTCAACAGACATATGTGTGTTTGTGTTCAAAGGTGGAACATCTGGAGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGACATATGTGTGTTTGTGTTCAAAGGTGGAACATCTGGAGCAG  650

seq1  GATGTCCATGGGCAGCAGAAACAAAATATGAAATGTGGAAATAATATCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCATGGGCAGCAGAAACAAAATATGAAATGTGGAAATAATATCTG  700

seq1  GATTAATAGCTTATTAGACAATGTCAAAGAAAAGACAAAAAACCATGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATAGCTTATTAGACAATGTCAAAGAAAAGACAAAAAACCATGAAG  750

seq1  GCAATGCAACAAAAAAACAATCCTAACAAAGGCACACAGG-AAATAGGAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCAATGCAACAAAAAAACAATCCTAACAAAGGCACACAGGAAAATAGGAG  800

seq1  CTAAACACTGAACAGATATACAGTACAAAGTGTCTATGATATACGTAGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACTGAACAGATATACAGTACAAAGTGTCTATGATATACGTAGTC  850

seq1  ATT-GGTAAGTATGTTCATATAGTACACTAGTCATAATGTGATTATTATA  898
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTGGGTAAGTATGTTCATATAGTACACTAGTCATAATGTGATTAATATA  900

seq1  TG-TTAATAATAAAATA-TTTATGGA-CCATT-ATA-TATTTATAGATAT  943
      || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||
seq2  TGTTTAATAATAAAATATTTTATGGACCCATTAATATTATTTATAGATAT  950

seq1  A-TTTATATATAGATATA-TTTGTAGATATAT-CTAA-ACATA-TAAGTT  988
      | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||
seq2  ATTTTATATATAGATATATTTTGTAGATATATCCTAAGACATATTAAGTT  1000

seq1  T-ATA-TATG-TGTATATA-CTTTATATATGATT-ATATCTAAGCACAT  1032
      | ||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||
seq2  TAATATTATGCTGTATATACCTTTATATATGATTAATATCCTAGCACAT  1049

seq1: chr1_41136349_41137425
seq2: B6Ng01-318P14.g_67_1142 (reverse)

seq1  GAGTAG-AGACACTACACCTGAGGCGTGCAGAAGACAGAGAACATAGCCA  49
      |||||| ||||| ||||| |||||||||| | |||||| || ||||||||
seq2  GAGTAGAAGACATTACACTTGAGGCGTGC-GGAGACAG-GACCATAGCCA  48

seq1  CCATGCTGGAGCTGGGGA-TCATGGCCCAAGAGGGTCTCAGGTAG-CAAA  97
      |||||   |||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||||
seq2  CCATGGCTGAGCTGGGGATTCAT-GCCCAAGA-GGTCTCA-GTAGCCAAA  95

seq1  GATGGAATATAGAGTTTAGTAAGTAATAACTTGGGAATA-TCGGGAGGTG  146
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATGG-ATATAGAGTTTAGTAAGTAATAACTTGGGAATATTCGGGAGGTG  144

seq1  GATTAGCCACATGAAGGT-AAAAAAGTGGCCCTACCATTGAGCTGTTTAA  195
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGCCACATGAAGGTAAAAAAAGTGGCCCTACCATTGAGCTGTTTAA  194

seq1  GGCATATAAAAATATAAAGGCTGAGTGTGTGTGTCTCTCTCTCATTCAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATAAAAATATAAAGGCTGAGTGTGTGTGTCTCTCTCTCATTCAGA  244

seq1  AATATAAAGTATTGCGGGGATAGGGGTAGCAGGAATGCAGAGGAGCTATC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAGTATTGCGGGGATAGGGGTAGCAGGAATGCAGAGGAGCTATC  294

seq1  AAGATCAATTGAGTAGAGTTAATTGGGTACAGCAACATTCGTAGTACAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAATTGAGTAGAGTTAATTGGGTACAGCAACATTCGTAGTACAGA  344

seq1  AATTGATAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAATGCAAGGACAAAGGAGAAAGTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAATGCAAGGACAAAGGAGAAAGTA  394

seq1  GAAATGGCCAGTGTTACATATAACAAATCTAGCCATGTACAAGTTGAAAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGCCAGTGTTACATATAACAAATCTAGCCATGTACAAGTTGAAAT  444

seq1  ATGTATACCAAAAAATAAACGTGTGTGGTTGGAAATAAAGGTAGAGACAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACCAAAAAATAAACGTGTGTGGTTGGAAATAAAGGTAGAGACAA  494

seq1  ATACTATGCAGATGAAACCAGACAAAAGGACAGGTGACTGTTAATACCAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATGCAGATGAAACCAGACAAAAGGACAGGTGACTGTTAATACCAA  544

seq1  ACAAGGTAAACCTAAAAACTCTGAAAAATGAAGAGGATACACCAAGAAGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTAAACCTAAAAACTCTGAAAAATGAAGAGGATACACCAAGAAGC  594

seq1  AAAGCGACTCGTGTGACCTGGGGCTGTGTTCTTCCTCTTAGTGAGGAGCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGACTCGTGTGACCTGGGGCTGTGTTCTTCCTCTTAGTGAGGAGCA  644

seq1  GCCTCATATGGAAAAGTCTAGGTTGAAGATTTATTTGTTTACTCTACTAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATATGGAAAAGTCTAGGTTGAAGATTTATTTGTTTACTCTACTAG  694

seq1  TTTATGTCCAACATATTATGTGTATTGATTTAAAAGGCTCCCAGATTTGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTCCAACATATTATGTGTATTGATTTAAAAGGCTCCCAGATTTGA  744

seq1  AACAGATAGATGATCATCCCATTTACATATGAAAATGCACTTGGAGAAAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATAGATGATCATCCCATTTACATATGAAAATGCACTTGGAGAAAA  794

seq1  TAAAATAAAATAATACAAATACAAAAATCTGTGAGTAACATACAAGGCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAATAATACAAATACAAAAATCTGTGAGTAACATACAAGGCAG  844

seq1  CAAGCAGGGAGGTCTCTGCAGGCAAGCTGAGCACAATGTGCAAGCAACTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGGGAGGTCTCTGCAGGCAAGCTGAGCACAATGTGCAAGCAACTT  894

seq1  GAAAATACCACTTTCAGAACTGGACAGGTGGCTCACCCAAAACAAATGCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATACCACTTTCAGAACTGGACAGGTGGCTCACCCAAAACAAATGCA  944

seq1  AACAGAAGTGGAAAGGCACACAATTGATTATATTGATGGCTCATGGCTAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGTGGAAAGGCACACAATTGATTATATTGATGGCTCATGGCTAA  994

seq1  ATCCATAAGTTTGTTTGTGTCAGGAAGCATTCCTAAATAGCAATCAATGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAAGTTTGTTTGTGTCAGGAAGCATTCCTAAATAGCAATCAATGG  1044

seq1  CACATTTGATCCTAACAGGATTTAATGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGATCCTAACAGGATTTAATGAATTC  1076