BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319B15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 46,989,434 - 47,025,544
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC670603, EG227054, LOC100042453, EG212225, Dnahc7b, LOC666855, Slc39a10
Downstream geneEG227061, LOC666869
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319B15.bB6Ng01-319B15.g
ACCGA108821GA108822
length1,109666
definitionB6Ng01-319B15.b B6Ng01-319B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,989,434 - 46,990,549)(47,024,879 - 47,025,544)
sequence
gaattcaaagacttctacatcgatagtctcctaaaccactgaattgaaaa
tgataacaactaaaaaggtcccttgtatttttagcagttccgatggcatg
taaagtgatcaaatgaattaaattaaattttggaagcaaaccttcagatt
cagattagtgcaaatgtctctggggtccagtaaaactataaaggatctaa
aaagactttaaagaataaggtttttgtgattaacactaaattacctaagg
gttggagagaataacagtttatagtctaacaacaaatcaggatatcccat
gtgtgtgaataagctggaggtggggtgggtctgtggggcaggctttgctc
atttttattttctcaagagcacagtagacaacctgtgagatcattaggtg
acaccccacaactggaatcaaaggaagataaagaaaatttatgtgcatca
gtactgacaatttgtctcatttttctaatgacaagccttacaggaaacag
aacctctgatgtctggccttgtctgaaggcatcttagtgtgtgtatgtgt
gcttaacataaggactctactttgactgtgtctctccaatgtcagagata
cttattgtatgctaccatgagaagcctttttgttaagcacactacagctt
tttagtacacctgtttgagtgttcatacttttggacagcttgaaatagta
acaatgagaagccttgcgatacaggaacatgatgtatatagccaaaaatc
actgcttttagtatggaagaaatttcgttgttacagaaaacaaatcagtt
tttgtagctaaagcttatgactgcttgcacattattttcctgatttcctt
ctattcttgtatttgaaatggaaaataaagtctaccctagtatattttct
agaaagtctatgtattgttatttgatctctgctacttattcataagtcac
tcttgcctgaagtgacaatggaaattttgtaatttttcttctattcctca
tactgactacccccatgaagccacagccctctgctttaaattaatacaga
gagcatgtgcctgctgttagcctctgagctacagagagaattcctaggtc
ctgttctgt

gaattctcagattacaagggtgagatccgaatggggcctcagaggtggct
ttacactggactggttcctctctacagttacttgactgccaacagagatt
gagtcagcattgcccacagacaagctttgagcttgttttttgttcccaag
tggacaaaatcgtcttgtggtcttaatctgaccttcagggggtgtttagc
tgtctgggctttggccttgaatttcttcacaagactatctaaaagttatc
ctatctggttttgtcttagaaatcgagattgcatcctcagtgtgttatcc
taatgaaacacaaggcctctcttgttcttttcaaaccatttgtacagacc
atgaaggccattcttcactctgaattattttttattcatccacctttcaa
acttcacaaaataagcattaaatcttacagatatgttagggaacaagatt
tattttatttggtaaacttaatgtaaattatgactattttttaaataacc
taatataaagcataatgagattagtgaaactccatgaccaggctttaaga
cacaaagtaacaatttcaagttaatttttaaaattattttattattacta
ttactattattgttgtctttgcatgtaagtgtgtgtgtatatgtgtgtgt
gagagtgggtatattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_46989434_46990549
seq2: B6Ng01-319B15.b_49_1157

seq1  GAATTCAAAGACTTCTACATCGATAGTCTCCTAAACCACTGAATTGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGACTTCTACATCGATAGTCTCCTAAACCACTGAATTGAAAA  50

seq1  TGATAACAACTAAAAAGGTCCCTTGTATTTTTAGCAGTTCCGATGGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACAACTAAAAAGGTCCCTTGTATTTTTAGCAGTTCCGATGGCATG  100

seq1  TAAAGTGATCAAATGAATTAAATTAAATTTTGGAAGCAAACCTTCAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGATCAAATGAATTAAATTAAATTTTGGAAGCAAACCTTCAGATT  150

seq1  CAGATTAGTGCAAATGTCTCTGGGGTCCAGTAAAACTATAAAGGATCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAGTGCAAATGTCTCTGGGGTCCAGTAAAACTATAAAGGATCTAA  200

seq1  AAAGACTTTAAAGAATAAGGTTTTTGTGATTAACACTAAATTACCTAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTTTAAAGAATAAGGTTTTTGTGATTAACACTAAATTACCTAAGG  250

seq1  GTTGGAGAGAATAACAGTTTATAGTCTAACAACAAATCAGGATATCCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGAGAATAACAGTTTATAGTCTAACAACAAATCAGGATATCCCAT  300

seq1  GTGTATGAATAAGCTGGAGGTGGGGTGGGTCTGTGGGGCAGGCTTTGCTC  350
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGAATAAGCTGGAGGTGGGGTGGGTCTGTGGGGCAGGCTTTGCTC  350

seq1  ATTTTTATTTTCTCAAGAGCACAGTAGACAACCTGTGAGATCATTAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTTTCTCAAGAGCACAGTAGACAACCTGTGAGATCATTAGGTG  400

seq1  ACACCCCACAACTGGAATCAAAGGAAGATAAAGAAAATTTATGTGCATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCACAACTGGAATCAAAGGAAGATAAAGAAAATTTATGTGCATCA  450

seq1  GTACTGACAATTTGTCTCATTTTTCTAATGACAAGCCTTACAGGAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGACAATTTGTCTCATTTTTCTAATGACAAGCCTTACAGGAAACAG  500

seq1  AACCTCTGATGTCTGGCCTTGTCTGAAGGCATCTTAGTGTGTGTATGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGATGTCTGGCCTTGTCTGAAGGCATCTTAGTGTGTGTATGTGT  550

seq1  GCTTAACATAAGGACTCTACTTTGACTGTGTCTCTCCAATGTCAGAGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACATAAGGACTCTACTTTGACTGTGTCTCTCCAATGTCAGAGATA  600

seq1  CTTATTGTATGCTACCATGAGAAGCCTTTTTGTTAAGCACACTACAGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGTATGCTACCATGAGAAGCCTTTTTGTTAAGCACACTACAGCTT  650

seq1  TTTAGTACACCTGTTTGAGTGTTCATACTTTTGGACAGCTTGAAATAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTACACCTGTTTGAGTGTTCATACTTTTGGACAGCTTGAAATAGTA  700

seq1  ACAATGAGAAGCCTTGCGATACAGGAACATGATGTATATAGCCAAAAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAGAAGCCTTGCGATACAGGAACATGATGTATATAGCCAAAAATC  750

seq1  ACTGCTTTTAGTATGGAAGAAATTTCGTTGTTACAGAAAACAAATCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTTAGTATGGAAGAAATTTCGTTGTTACAGAAAACAAATCAGTT  800

seq1  TTTGTAGCTAAAGCTTATGACTGCTTGCACATTATTTTCCTGATTTCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGCTAAAGCTTATGACTGCTTGCACATTATTTTCCTGATTTCCTT  850

seq1  CTATTCTTGTATTTGAAATGGAAAATAAAGTCTACCCTAGTATATTTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTGTATTTGAAATGGAAAATAAAGTCTACCCTAGTATATTTTCT  900

seq1  AGAAAGTCTATGTATTGTTATTTGATCTCTGCTACTTATTCATAAGTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTCTATGTATTGTTATTTGATCTCTGCTACTTATTCATAAGTCAC  950

seq1  TCTTGCCTGAAGTGACAATGG-AATTTTGTAATTTTTC-TCTATTCCTCA  998
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTTGCCTGAAGTGACAATGGAAATTTTGTAATTTTTCTTCTATTCCTCA  1000

seq1  TACTGACTACCCCCATTGAAGCCACAGCCCTCTGCTTTAAATTATAACAA  1048
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |
seq2  TACTGACTACCCCCA-TGAAGCCACAGCCCTCTGCTTTAAATTAATAC-A  1048

seq1  GAGGAAGCAATGGTGCCTGCTGTTAAGGCCTCTGAGCTACAGGAAGAGAA  1098
      |||  ||||   |||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||
seq2  GAG--AGCA--TGTGCCTGCTGTTA--GCCTCTGAGCTACAG--AGAGAA  1090

seq1  TCCTTGGGTCCTG-TCTGT  1116
      | | | ||||||| |||||
seq2  TTCCTAGGTCCTGTTCTGT  1109


seq1: chr1_47024879_47025544
seq2: B6Ng01-319B15.g_65_730 (reverse)

seq1  AAATATACCCACTCTCACACACACATATACACACACACTTACATGCAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACCCACTCTCACACACACATATACACACACACTTACATGCAAAG  50

seq1  ACAACAATAATAGTAATAGTAATAATAAAATAATTTTAAAAATTAACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATAATAGTAATAGTAATAATAAAATAATTTTAAAAATTAACTTG  100

seq1  AAATTGTTACTTTGTGTCTTAAAGCCTGGTCATGGAGTTTCACTAATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTACTTTGTGTCTTAAAGCCTGGTCATGGAGTTTCACTAATCTC  150

seq1  ATTATGCTTTATATTAGGTTATTTAAAAAATAGTCATAATTTACATTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCTTTATATTAGGTTATTTAAAAAATAGTCATAATTTACATTAAG  200

seq1  TTTACCAAATAAAATAAATCTTGTTCCCTAACATATCTGTAAGATTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAAATAAAATAAATCTTGTTCCCTAACATATCTGTAAGATTTAAT  250

seq1  GCTTATTTTGTGAAGTTTGAAAGGTGGATGAATAAAAAATAATTCAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTTTGTGAAGTTTGAAAGGTGGATGAATAAAAAATAATTCAGAGT  300

seq1  GAAGAATGGCCTTCATGGTCTGTACAAATGGTTTGAAAAGAACAAGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATGGCCTTCATGGTCTGTACAAATGGTTTGAAAAGAACAAGAGAG  350

seq1  GCCTTGTGTTTCATTAGGATAACACACTGAGGATGCAATCTCGATTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTGTTTCATTAGGATAACACACTGAGGATGCAATCTCGATTTCTA  400

seq1  AGACAAAACCAGATAGGATAACTTTTAGATAGTCTTGTGAAGAAATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAACCAGATAGGATAACTTTTAGATAGTCTTGTGAAGAAATTCAA  450

seq1  GGCCAAAGCCCAGACAGCTAAACACCCCCTGAAGGTCAGATTAAGACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAAGCCCAGACAGCTAAACACCCCCTGAAGGTCAGATTAAGACCAC  500

seq1  AAGACGATTTTGTCCACTTGGGAACAAAAAACAAGCTCAAAGCTTGTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGATTTTGTCCACTTGGGAACAAAAAACAAGCTCAAAGCTTGTCTG  550

seq1  TGGGCAATGCTGACTCAATCTCTGTTGGCAGTCAAGTAACTGTAGAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAATGCTGACTCAATCTCTGTTGGCAGTCAAGTAACTGTAGAGAGG  600

seq1  AACCAGTCCAGTGTAAAGCCACCTCTGAGGCCCCATTCGGATCTCACCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTCCAGTGTAAAGCCACCTCTGAGGCCCCATTCGGATCTCACCCT  650

seq1  TGTAATCTGAGAATTC  666
      ||||||||||||||||
seq2  TGTAATCTGAGAATTC  666


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |