BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319M16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 25,231,061 - 25,331,568
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBai3
Upstream geneCol9a1, Col19a1, LOC100040475, LOC665829, Lmbrd1, 4930472D16Rik, LOC669171
Downstream geneLOC665595
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319M16.bB6Ng01-319M16.g
ACCGA109335GA109336
length1,1591,112
definitionB6Ng01-319M16.b B6Ng01-319M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,330,413 - 25,331,568)(25,231,061 - 25,232,182)
sequence
gaattcttaaataaccccattaaaaatggtttttttttctttttaattag
gtgtatatacagagaggtgaaggtggactgtgagcatgacactctggtac
tcacacggtcgagaagtgagtggcagatctcttggagctatagttttaga
aagttctgagccaccccatggttcacagggaactgaacttaggtcctctc
taagtgtaagtcagtggttctcaacctgtaggttgtggctatcacaggtg
acacataccagatatcctgcatatcagatatttacattataattcatagc
aaaattatagttatgaagtagcaatgaaataactttacggttgtgtgtca
ccacaacatgaaatgtatttaagagtcacatcatcaggaaggtggaacat
cactgttctaatcctatggtgaaactgagaaagactcttacccaaggagc
ataggatatagcattgccgaacatggtgtgactgggttatgcttacctgt
tctttgtaagaaagtgatgacctctctactccccacggggtctttaaata
ttgccatggtgatgctgtgtaagttatatggttgcctcagagccgaagaa
cacctattgctagatattctgactggaggatttttaggttttctgaaact
cttattttcttaatgtttttctagttctttcctcatgaaggccatagttt
gtctgctttagaagaagtagtacatacttcacattccgttcttgttacta
ctttaagggtcttgattgatcaagaacgaacctggaagcgagccacattg
gcttctagatgtggtcccaccagttttattccatatgtgatgataatcaa
atcagctaacctcttcacttcattaaagggattgtagtgctcagaagatc
tgagaccaactggaaagtggtttggcatgtgtggtcctcctcaagggcta
gcaactctcatgtgagtgagtcgagctagcatacagcattacaaagttag
gatgcttaatgtgctgctacatataaggttcctgatacatatcacatact
cacaaagccagctgcctatgtttttacactaatggtgcttgaaaccatga
acttagaaggaatgttgtgtttgtacaacatgaatccgccgaacatggga
ccatactac

gaattcatattcagagggtgcatgtaattaaaaagagccttagctgtggc
atctggggcacctgcatttaactcctgcctctactgtggtactgaccttc
aggaggttcaggttctctgaaaacagttatactgcccgaaatacagggtg
agatttcaacaagtcagcacttggcaagatacctagcttggtgcctacta
caaaatagatcttttgttcttactgtggtatttaatttgagacagggtct
ggtgtagttcacaatggactcaagccaggtagtagtggtgcatgaattta
atcccagtacttgggaggcaggcagatttctgagttcgaggccagcctgg
tctacaaagtgagttccaggatagccagggctatacagagaaaccctgtc
tcagaaaaacaaacaaacaaacaaacctcaaaaaaagaaaaaaaaaaaac
agaatggactcaaatttgtgatatcgctgaggataacctggaatgtctga
tcctcctgcctgcccacttcagttttgagatcaaagcatgcatgactatt
gcaggttatctggtgctagggttatatgctaactgaattacattcccatc
ttcctgaaataatttcttccttgattgtaatttattttcatgataaaagt
tcacattaaaaagtcttccaagcctaaaatctgtataacagatctcagtg
catttggagcctgaagcaattttgcatcctttccctcactctccacccta
tagataagtgttaaagtgctggcaaagaaccatctcagaaattaacacag
gagttccacaagtctggagaagggtgacgaacatgtccacacacatgtga
ctcacataggcacagacttgaaaaatcttcagacttcagacattggggct
aatattaatcataggatggaaagtatgcgtgaatagagtatgcatagata
tacacacttggaaactgctgtttggacgaaagcttcattagatgttatag
ggctttgggtatcaaagacttggcaaatagtaatgaaactgcattgtatt
agcatgcatactagctaacttcatcagagctaaccgagtatctactgata
ttacatatttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_25330413_25331568
seq2: B6Ng01-319M16.b_44_1202 (reverse)

seq1  GTAGTATGGT-CCATGTTTCTGCTGGTTCCAATGTTGTACAAACAC-ACA  48
      |||||||||| ||||| ||| || | |||  ||||||||||||||| |||
seq2  GTAGTATGGTCCCATG-TTCGGCGGATTC--ATGTTGTACAAACACAACA  47

seq1  TCCCTCCTA--GTCATGG-GTCCAGCA-CATAAGTGT-AAAACATTAGCA  93
      | ||| |||   ||||||  || |||| ||| ||||| |||||||  |||
seq2  TTCCTTCTAAGTTCATGGTTTCAAGCACCATTAGTGTAAAAACATAGGCA  97

seq1  GCT-GCTTTGTGAGTATGTGATATGTATCAGGAACCTTATATGTAGCAGC  142
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTTGTGAGTATGTGATATGTATCAGGAACCTTATATGTAGCAGC  147

seq1  ACATTAAAGCATCCTAACTTTGTAATGCTGTTATGCTTAGCTCGACTCAC  192
      ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  ACATT-AAGCATCCTAACTTTGTAATGCTG-TATGC-TAGCTCGACTCAC  194

seq1  TCACATGAGAGTTGCTAGCCCTTGAGGAGGACCACACATGCC-AACCACC  241
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TCACATGAGAGTTGCTAGCCCTTGAGGAGGACCACACATGCCAAACCACT  244

seq1  TTCCAGTTGGTCTCAGATCTTCTGAGCACTACAATCCCTTTAATGAAGTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTGGTCTCAGATCTTCTGAGCACTACAATCCCTTTAATGAAGTG  294

seq1  AAGAGGTTAGCTGATTTGATTATCATCACATATGGAATAAAACTGGTGGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTTAGCTGATTTGATTATCATCACATATGGAATAAAACTGGTGGG  344

seq1  ACCACATCTAGAAGCCAATGTGGCTCGCTTCCAGGTTCGTTCTTGATCAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATCTAGAAGCCAATGTGGCTCGCTTCCAGGTTCGTTCTTGATCAA  394

seq1  TCAAGACCCTTAAAGTAGTAACAAGAACGGAATGTGAAGTATGTACTACT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACCCTTAAAGTAGTAACAAGAACGGAATGTGAAGTATGTACTACT  444

seq1  TCTTCTAAAGCAGACAAACTATGGCCTTCATGAGGAAAGAACTAGAAAAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAAAGCAGACAAACTATGGCCTTCATGAGGAAAGAACTAGAAAAA  494

seq1  CATTAAGAAAATAAGAGTTTCAGAAAACCTAAAAATCCTCCAGTCAGAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGAAAATAAGAGTTTCAGAAAACCTAAAAATCCTCCAGTCAGAAT  544

seq1  ATCTAGCAATAGGTGTTCTTCGGCTCTGAGGCAACCATATAACTTACACA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCAATAGGTGTTCTTCGGCTCTGAGGCAACCATATAACTTACACA  594

seq1  GCATCACCATGGCAATATTTAAAGACCCCGTGGGGAGTAGAGAGGTCATC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCACCATGGCAATATTTAAAGACCCCGTGGGGAGTAGAGAGGTCATC  644

seq1  ACTTTCTTACAAAGAACAGGTAAGCATAACCCAGTCACACCATGTTCGGC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTACAAAGAACAGGTAAGCATAACCCAGTCACACCATGTTCGGC  694

seq1  AATGCTATATCCTATGCTCCTTGGGTAAGAGTCTTTCTCAGTTTCACCAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTATATCCTATGCTCCTTGGGTAAGAGTCTTTCTCAGTTTCACCAT  744

seq1  AGGATTAGAACAGTGATGTTCCACCTTCCTGATGATGTGACTCTTAAATA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAGAACAGTGATGTTCCACCTTCCTGATGATGTGACTCTTAAATA  794

seq1  CATTTCATGTTGTGGTGACACACAACCGTAAAGTTATTTCATTGCTACTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATGTTGTGGTGACACACAACCGTAAAGTTATTTCATTGCTACTT  844

seq1  CATAACTATAATTTTGCTATGAATTATAATGTAAATATCTGATATGCAGG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTATAATTTTGCTATGAATTATAATGTAAATATCTGATATGCAGG  894

seq1  ATATCTGGTATGTGTCACCTGTGATAGCCACAACCTACAGGTTGAGAACC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGGTATGTGTCACCTGTGATAGCCACAACCTACAGGTTGAGAACC  944

seq1  ACTGACTTACACTTAGAGAGGACCTAAGTTCAGTTCCCTGTGAACCATGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTTACACTTAGAGAGGACCTAAGTTCAGTTCCCTGTGAACCATGG  994

seq1  GGTGGCTCAGAACTTTCTAAAACTATAGCTCCAAGAGATCTGCCACTCAC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTCAGAACTTTCTAAAACTATAGCTCCAAGAGATCTGCCACTCAC  1044

seq1  TTCTCGACCGTGTGAGTACCAGAGTGTCATGCTCACAGTCCACCTTCACC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGACCGTGTGAGTACCAGAGTGTCATGCTCACAGTCCACCTTCACC  1094

seq1  TCTCTGTATATACACCTAATTAAAAAGAAAAAAAAACCATTTTTAATGGG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTATATACACCTAATTAAAAAGAAAAAAAAACCATTTTTAATGGG  1144

seq1  GTTATTTAAGAATTC  1156
      |||||||||||||||
seq2  GTTATTTAAGAATTC  1159


seq1: chr1_25231061_25232182
seq2: B6Ng01-319M16.g_68_1179

seq1  GAATTCATATTCAGAGGGTGCATGTAATTAAAAAGAGCCTTAGCTGTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTCAGAGGGTGCATGTAATTAAAAAGAGCCTTAGCTGTGGC  50

seq1  ATCTGGGGCACCTGCATTTAACTCCTGCCTCTACTGTGGTACTGACCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGGCACCTGCATTTAACTCCTGCCTCTACTGTGGTACTGACCTTC  100

seq1  AGGAGGTTCAGGTTCTCTGAAAACAGTTATACTGCCCGAAATACAGGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTTCAGGTTCTCTGAAAACAGTTATACTGCCCGAAATACAGGGTG  150

seq1  AGATTTCAACAAGTCAGCACTTGGCAAGATACCTAGCTTGGTGCCTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCAACAAGTCAGCACTTGGCAAGATACCTAGCTTGGTGCCTACTA  200

seq1  CAAAATAGATCTTTTGTTCTTACTGTGGTATTTAATTTGAGACAGGGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAGATCTTTTGTTCTTACTGTGGTATTTAATTTGAGACAGGGTCT  250

seq1  GGTGTAGTTCACAATGGACTCAAGCCAGGTAGTAGTGGTGCATGAATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGTTCACAATGGACTCAAGCCAGGTAGTAGTGGTGCATGAATTTA  300

seq1  ATCCCAGTACTTGGGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGTACTTGGGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGG  350

seq1  TCTACAAAGTGAGTTCCAGGATAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAAAGTGAGTTCCAGGATAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTC  400

seq1  TCAGAAAAACAAACAAACAAACAAACCTCAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAAACAAACAAACAAACAAACCTCAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAC  450

seq1  AGAATGGACTCAAATTTGTGATATCGCTGAGGATAACCTGGAATGTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGACTCAAATTTGTGATATCGCTGAGGATAACCTGGAATGTCTGA  500

seq1  TCCTCCTGCCTGCCCACTTCAGTTTTGAGATCAAAGCATGCATGACTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGCCTGCCCACTTCAGTTTTGAGATCAAAGCATGCATGACTATT  550

seq1  GCAGGTTATCTGGTGCTAGGGTTATATGCTAACTGAATTACATTCCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTATCTGGTGCTAGGGTTATATGCTAACTGAATTACATTCCCATC  600

seq1  TTCCTGAAATAATTTCTTCCTTGATTGTAATTTATTTTCATGATAAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAAATAATTTCTTCCTTGATTGTAATTTATTTTCATGATAAAAGT  650

seq1  TCACATTAAAAAGTCTTCCAAGCCTAAAATCTGTATAACAGATCTCAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTAAAAAGTCTTCCAAGCCTAAAATCTGTATAACAGATCTCAGTG  700

seq1  CATTTGGAGCCTGAAGCAATTTTGCATCCTTTCCCTCACTCTCCACCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGAGCCTGAAGCAATTTTGCATCCTTTCCCTCACTCTCCACCCTA  750

seq1  TAGATAAGTGTTAAAGTGCTGGCAAAGAACCATCTCAGAAATTAACACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAGTGTTAAAGTGCTGGCAAAGAACCATCTCAGAAATTAACACAG  800

seq1  GAGTTCCACAAGTCTGGAGAAGGGTGACGAACATGTCCACACACATGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCACAAGTCTGGAGAAGGGTGACGAACATGTCCACACACATGTGA  850

seq1  CTCACATAGGCACAGACTTGAAAAATCTTCAGACTTCAGACATTGGGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATAGGCACAGACTTGAAAAATCTTCAGACTTCAGACATTGGGGCT  900

seq1  AATATTAATCATAGGATGGAAAGTATGCGTGAATAGAGTATGCATAGATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAATCATAGGATGGAAAGTATGCGTGAATAGAGTATGCATAGATA  950

seq1  TACACACTTGGAAACTGCTGTTTGGACGAAAGGCTTCATTAGATGTTATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACACACTTGGAAACTGCTGTTTGGACGAAA-GCTTCATTAGATGTTATA  999

seq1  GGGCTTTGGGTATCAAAGACTTTGGCAAATAGTAATGAAAACTGGCATTG  1050
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  GGGCTTTGGGTATCAAAGAC-TTGGCAAATAGTAATG-AAACT-GCATTG  1046

seq1  TATTAGGCATGCATACTAGCCTTAACTTCATCAGGAAGGCTAACAGAGTA  1100
      ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    |||||| |||||
seq2  TATTA-GCATGCATACTAGC--TAACTTCATCAG---AGCTAACCGAGTA  1090

seq1  TCTACTGATATTACATATTTAA  1122
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGATATTACATATTTAA  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |