BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320B20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 61,588,953 - 61,737,319
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3b
Upstream geneRaph1, LOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos, LOC433313, LOC100042566
Downstream geneLOC667592
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320B20.bB6Ng01-320B20.g
ACCGA109570GA109571
length1,0751,149
definitionB6Ng01-320B20.b B6Ng01-320B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,736,241 - 61,737,319)(61,588,953 - 61,590,097)
sequence
gaattctactttgtaattgtccaacttacatataggaaagttattttatt
tttactttattaagtgatcaaagtaaaagtcaactctggaagctggaaag
ctagaaaatgtaaagtccagatcatcaagttgtaaacttgtccctgcctc
agataaccgaaaggaatgcattgagagacagaagccatggctcatacctg
agcctcatttttagcctcacagtcctaactgctggatgctaatgctctga
aaagctagcaatctgcggatagtcagcaaagggctttcttttatccgtag
taataagacacaggaaagtaggtgtgatggatgaggagggcacagcaatc
acttcctttgagtaatcaaaggcaaggaggttcttttgctggaggacata
gacagactttcagcgactgtcccaaacacctttccgtcacacaccttccc
aaagtccccataactccagtgatccagaaagcatgttctgcacaggttcg
ttttagagtcatcccccgacagtcactcatactaataatcagagttagcc
ctactagaaaatggcagcatcaggtaaaaagacgtgagctctaggcccag
ctcccccactgactgggccatctcacacagtctacttgtaggtaaagatg
gtcaaaattgcctgctccagagcttctaacagagatgtttaagaactgaa
atgagtttgccgagcacattcagatgttagccatataatcctatgcaaac
aactaccttcccttgatattcttgggctaacaccagttgcactgctttcc
cctgttgccactgctctgcctggaataaggtaatcatagcatctcagagg
gtgctctcagcagtaaactgtggacaggattgtgtgtattagtcaggact
tatcgtagaggccctcgcttgttctataggattaatgtgtcagatctaga
ccagaaagaatccacctcagctcctgctacagaggaaaattcttccattc
tcagacatgaattgtagagcatgacacagtaccatggaatacatgtctca
tgcacactgtgagccatgccaaaga

gaattccatcactattttatgcaagtggctttgcccagcttaaaccatgg
tgtttgtatctgggctgctttaggggaatgaagaggatccaaggatcccc
atttggctgactttttccatgccccaatgtttcacttgtaagacagaggc
acacaacatcaggtgaaaattgttactattcaatctagtaatctactcga
tccagtcattaatttagaaatcctcctttttgtgcttacattggccacac
tctgtcgtggctgcctcaagggcttatcaccatgctccccccaatgacca
tgtcacatacatgtcacttgctgcaaagaggacattgaattggacaaaat
tagaacaaagaatgaaggctctcatcggaggactacagcactggtgacag
aaaacgagaggaaataaacgggagccagtggcattggagccagacctgaa
ggtgggggatatttgaacctgaaaagatgaagtattcataatgcacagtg
aagagggagcttgatggggtgtttggagggctccagccacagtgcgcatt
tctgtgcatggatgggaaggttgttaactgtccagctttaacatttttga
agagtttatgagaactaaaggcctagattgatagtctagtcccatcgctc
atcagctgtttaaccttgggggaaatactcaaaccctgcatctctgttat
ttctactaaaaaaaggggggggggaattatagtacctaccacagaaatga
gtgaaaaggattcaataaattcatttaccactccatagaatagggcctag
aatatacttggtgcccagtgagtatatttctatacccattctcacagaat
cccatgtagacaagagatcatatgcttcagaatctacgctagagcctggc
agcgttaacagtcacagcaagtctcctgcctcaatattgtaactttgtgt
tttcatccaacagcacagtgggttctcaagtaaggaggaggatgtcacac
ccacacgtacactcacacgccacacctacactccaggactcatcaccacc
tcacgaaccaccacatacactcgcactctacacacacacacacacgttcc
ttgcttaaagacttttagttagacattgggttggtgaacggtcagctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_61736241_61737319
seq2: B6Ng01-320B20.b_46_1120 (reverse)

seq1  TCTTTGGCAT-GCTCACAGTGTGCAATGAGAACATTGTATTCCATGGTAC  49
      |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||
seq2  TCTTTGGCATGGCTCACAGTGTGC-ATGAG-ACA-TGTATTCCATGGTAC  47

seq1  TGTGTCATGCTCCTACAATTCATGTCTGAGAATGGAAGAATTTTCCTCTT  99
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTGTCATGCT-CTACAATTCATGTCTGAGAATGGAAGAATTTTCCTC-T  95

seq1  GTAGCAGGAGCTGAGGTGGATTCTTTCTGGTCTAGATCTGACACATTAAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGGAGCTGAGGTGGATTCTTTCTGGTCTAGATCTGACACATTAAT  145

seq1  CCTATAGAACAAGCGAGGGCCTCTACGATAAGTCCTGACTAATACACACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGAACAAGCGAGGGCCTCTACGATAAGTCCTGACTAATACACACA  195

seq1  ATCCTGTCCACAGTTTACTGCTGAGAGCACCCTCTGAGATGCTATGATTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTCCACAGTTTACTGCTGAGAGCACCCTCTGAGATGCTATGATTA  245

seq1  CCTTATTCCAGGCAGAGCAGTGGCAACAGGGGAAAGCAGTGCAACTGGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTCCAGGCAGAGCAGTGGCAACAGGGGAAAGCAGTGCAACTGGTG  295

seq1  TTAGCCCAAGAATATCAAGGGAAGGTAGTTGTTTGCATAGGATTATATGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCAAGAATATCAAGGGAAGGTAGTTGTTTGCATAGGATTATATGG  345

seq1  CTAACATCTGAATGTGCTCGGCAAACTCATTTCAGTTCTTAAACATCTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATCTGAATGTGCTCGGCAAACTCATTTCAGTTCTTAAACATCTCT  395

seq1  GTTAGAAGCTCTGGAGCAGGCAATTTTGACCATCTTTACCTACAAGTAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAGCTCTGGAGCAGGCAATTTTGACCATCTTTACCTACAAGTAGA  445

seq1  CTGTGTGAGATGGCCCAGTCAGTGGGGGAGCTGGGCCTAGAGCTCACGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGAGATGGCCCAGTCAGTGGGGGAGCTGGGCCTAGAGCTCACGTC  495

seq1  TTTTTACCTGATGCTGCCATTTTCTAGTAGGGCTAACTCTGATTATTAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACCTGATGCTGCCATTTTCTAGTAGGGCTAACTCTGATTATTAGT  545

seq1  ATGAGTGACTGTCGGGGGATGACTCTAAAACGAACCTGTGCAGAACATGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGACTGTCGGGGGATGACTCTAAAACGAACCTGTGCAGAACATGC  595

seq1  TTTCTGGATCACTGGAGTTATGGGGACTTTGGGAAGGTGTGTGACGGAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGATCACTGGAGTTATGGGGACTTTGGGAAGGTGTGTGACGGAAA  645

seq1  GGTGTTTGGGACAGTCGCTGAAAGTCTGTCTATGTCCTCCAGCAAAAGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTGGGACAGTCGCTGAAAGTCTGTCTATGTCCTCCAGCAAAAGAA  695

seq1  CCTCCTTGCCTTTGATTACTCAAAGGAAGTGATTGCTGTGCCCTCCTCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTGCCTTTGATTACTCAAAGGAAGTGATTGCTGTGCCCTCCTCAT  745

seq1  CCATCACACCTACTTTCCTGTGTCTTATTACTACGGATAAAAGAAAGCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACACCTACTTTCCTGTGTCTTATTACTACGGATAAAAGAAAGCCC  795

seq1  TTTGCTGACTATCCGCAGATTGCTAGCTTTTCAGAGCATTAGCATCCAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGACTATCCGCAGATTGCTAGCTTTTCAGAGCATTAGCATCCAGC  845

seq1  AGTTAGGACTGTGAGGCTAAAAATGAGGCTCAGGTATGAGCCATGGCTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGACTGTGAGGCTAAAAATGAGGCTCAGGTATGAGCCATGGCTTC  895

seq1  TGTCTCTCAATGCATTCCTTTCGGTTATCTGAGGCAGGGACAAGTTTACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTCAATGCATTCCTTTCGGTTATCTGAGGCAGGGACAAGTTTACA  945

seq1  ACTTGATGATCTGGACTTTACATTTTCTAGCTTTCCAGCTTCCAGAGTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATGATCTGGACTTTACATTTTCTAGCTTTCCAGCTTCCAGAGTTG  995

seq1  ACTTTTACTTTGATCACTTAATAAAGTAAAAATAAAATAACTTTCCTATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTACTTTGATCACTTAATAAAGTAAAAATAAAATAACTTTCCTATA  1045

seq1  TGTAAGTTGGACAATTACAAAGTAGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTTGGACAATTACAAAGTAGAATTC  1075


seq1: chr1_61588953_61590097
seq2: B6Ng01-320B20.g_66_1214

seq1  GAATTCCATCACTATTTTATGCAAGTGGCTTTGCCCAGCTTAAACCATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCACTATTTTATGCAAGTGGCTTTGCCCAGCTTAAACCATGG  50

seq1  TGTTTGTATCTGGGCTGCTTTAGGGGAATGAAGAGGATCCAAGGATCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTATCTGGGCTGCTTTAGGGGAATGAAGAGGATCCAAGGATCCCC  100

seq1  ATTTGGCTGACTTTTTCCATGCCCCAATGTTTCACTTGTAAGACAGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTGACTTTTTCCATGCCCCAATGTTTCACTTGTAAGACAGAGGC  150

seq1  ACACAACATCAGGTGAAAATTGTTACTATTCAATCTAGTAATCTACTCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACATCAGGTGAAAATTGTTACTATTCAATCTAGTAATCTACTCGA  200

seq1  TCCAGTCATTAATTTAGAAATCCTCCTTTTTGTGCTTACATTGGCCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCATTAATTTAGAAATCCTCCTTTTTGTGCTTACATTGGCCACAC  250

seq1  TCTGTCGTGGCTGCCTCAAGGGCTTATCACCATGCTCCCCCCAATGACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCGTGGCTGCCTCAAGGGCTTATCACCATGCTCCCCCCAATGACCA  300

seq1  TGTCACATACATGTCACTTGCTGCAAAGAGGACATTGAATTGGACAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACATACATGTCACTTGCTGCAAAGAGGACATTGAATTGGACAAAAT  350

seq1  TAGAACAAAGAATGAAGGCTCTCATCGGAGGACTACAGCACTGGTGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAAAGAATGAAGGCTCTCATCGGAGGACTACAGCACTGGTGACAG  400

seq1  AAAACGAGAGGAAATAAACGGGAGCCAGTGGCATTGGAGCCAGACCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGAGAGGAAATAAACGGGAGCCAGTGGCATTGGAGCCAGACCTGAA  450

seq1  GGTGGGGGATATTTGAACCTGAAAAGATGAAGTATTCATAATGCACAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGGATATTTGAACCTGAAAAGATGAAGTATTCATAATGCACAGTG  500

seq1  AAGAGGGAGCTTGATGGGGTGTTTGGAGGGCTCCAGCCACAGTGCGCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAGCTTGATGGGGTGTTTGGAGGGCTCCAGCCACAGTGCGCATT  550

seq1  TCTGTGCATGGATGGGAAGGTTGTTAACTGTCCAGCTTTAACATTTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCATGGATGGGAAGGTTGTTAACTGTCCAGCTTTAACATTTTTGA  600

seq1  AGAGTTTATGAGAACTAAAGGCCTAGATTGATAGTCTAGTCCCATCGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTATGAGAACTAAAGGCCTAGATTGATAGTCTAGTCCCATCGCTC  650

seq1  ATCAGCTGTTTAACCTTGGGGGAAATACTCAAACCCTGCATCTCTGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTGTTTAACCTTGGGGGAAATACTCAAACCCTGCATCTCTGTTAT  700

seq1  TTCTACTAAAAAAAGGGGGGGGGGAATTATAGTACCTACCACAGAAATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTAAAAAAAGGGGGGGGGGAATTATAGTACCTACCACAGAAATGA  750

seq1  GTGAAAAGGATTCAATAAATTCATTTACCACTCCATAGAATAGGGCCTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAGGATTCAATAAATTCATTTACCACTCCATAGAATAGGGCCTAG  800

seq1  AATATACTTGGTGCCCAGTGAGTATATTTCTATACCCATTCTCACAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACTTGGTGCCCAGTGAGTATATTTCTATACCCATTCTCACAGAAT  850

seq1  CCCATGTAGACAAGAGATCATATGCTTCAGAACCTACGCCAGAGCCTGGC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CCCATGTAGACAAGAGATCATATGCTTCAGAATCTACGCTAGAGCCTGGC  900

seq1  AGCGTTAACAGTCACAGCAAGTCTCCTGCCTCAATA-TGTAACTTTGTG-  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  AGCGTTAACAGTCACAGCAAGTCTCCTGCCTCAATATTGTAACTTTGTGT  950

seq1  TTTCATCC-ACAGCACAGT-GGTTCTCAAGTAAGGAGGAGGATGTCACAC  996
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCCAACAGCACAGTGGGTTCTCAAGTAAGGAGGAGGATGTCACAC  1000

seq1  ACACACATACACACACACACACACACACACACACACAGACACA-CAC--A  1043
       ||||| ||||| ||||| | |||||  |||| |   ||| || |||   
seq2  CCACACGTACACTCACACGC-CACACCTACACTCCAGGACTCATCACCAC  1049

seq1  CACACAGACACACACATACACACACACACACACACACACACACACACATC  1093
      | |||  ||   ||||||||| | ||| |  |||||||||||||||| | 
seq2  CTCACGAACCACCACATACACTCGCACTC-TACACACACACACACACGTT  1098

seq1  CCTTTGCTTAAAGACTTTTTAGTTAGTATTTGGGTT-GTGAACTGTCAGC  1142
      || |||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||||| ||||||
seq2  CC-TTGCTTAAAGAC-TTTTAGTTAGACATTGGGTTGGTGAACGGTCAGC  1146

seq1  TAG  1145
      |||
seq2  TAG  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |