BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320L10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 6,726,141 - 6,850,289
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt18
Upstream geneNpbwr1, 4732440D04Rik, Rb1cc1, EG620393, LOC100039302, LOC664946
Downstream geneLOC665015, LOC665027, LOC100039347, LOC435608, Pcmtd1, LOC545302, LOC665063, LOC665069, LOC100039408
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320L10.bB6Ng01-320L10.g
ACCGA110013GA110014
length981943
definitionB6Ng01-320L10.b B6Ng01-320L10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,849,308 - 6,850,289)(6,726,141 - 6,727,083)
sequence
gaattcaagcctgtgaatgccatcacactaaatctaaatattcatgaggc
taataaaaaataaacacttttattatagcacagaaaattaagcccacact
aaagttcatgtgtacttttacatagaggcacatctgcacatgaaatgtgt
gtgcacaccaaaaaggcagtttagctggttgtctataccttttccttaaa
aaaaataaatataaaaaaacttttgaaacaatgcttaactactttacagt
ccctgaaatagacattgcctttactacagcaacttctaaactctgatcca
gttgagattgcaggttgaatttcacgtgtggatgagtgtgagtgcatata
tgtgtgtagactgtgctgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgtct
gtatgtgtgtgtatgtgcatgtgtgtacatgtatgtgtgtgtgtgtaaca
tcctttgtgtcacttgaagttcaagagttttatcaaattgaaactgcctt
atttattagggaagcaaagaccaatgctgccaatattcaaggtaaccact
tagcttggaatagcattttttttttcaggccttctgttttgcattctatt
ccagtcaacccagtaagataaatgctatttcaggggatacggtatctaca
caatttccatttggatgtgtctgtagttgtaagtacaaatctacaccaac
attgtcacttgtatattgtactaacgtgtagcaggaaaagccaagctggt
cccatcaaagcttatttctcattttgggaaagggttgccaactagccaat
atgacttgaaatacaagaagacaaatctgattcacttaaaatgtatgctt
taagcaggcataaataataattcatataattaaatctctgcagccatgtg
gatactatggctgactattttatttaatcatgctatcagtttccgagagc
gctgttgctaacatcctgcagccttttgtga

gaattcaaatgacatcatgtagaaatcagtttgttaacttacagtcctca
cactgaaaatttggtatttgtacagggatatagagatgctttgattatta
ataatcattaataatcatgagagatttataacaaaggttcataatagggt
ctgagagatcagagattaactgtctccttttattttcgacttaaagaact
tttcctgttacaaatgtgtccccagctttcatttcatttaaataatttaa
gactaatacatgtttgtgcagagtatatattacatattgcaattctgtcg
tttttcaaagtaaccagaatttaaaggaaggaaattttatgacaaagatt
aacgttgttttattgatttcaagtgaaatatgtgctttgatttagctaac
ttgaaaaaattataaatgtcatcgcttcaacatgcctttttttttttttg
tgactgggttcatggaaaatggaaagccatctgaaaatggctacacttgc
tccctcgaaattttagtttggggcagagttatgcaaatagtttgctctca
cagtcagtgtaagaacttcatgtctttctatgtgctgaacatttttcacc
tgaatcacctgtgtcataatttctcttcccgtagttgctaatgcttgtac
tgttaatacaagagcacgtttcagaaagcatatagtcatttggttagcat
aactatttcacccccatcctcactgggacagcaaagcatggcaaacttga
ccgaagtctctaagttgcttctctaagaataagactagatagatttactt
aacataaatgtaatttttattattcaaagcaaattatggctgcactctaa
ttaaaaccagagggcatagatcataactgttagtttatgtgaacttattt
ctaccaatattgtatttgacattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_6849308_6850289
seq2: B6Ng01-320L10.b_51_1031 (reverse)

seq1  TCACAAAAG--CACAGGATGTTAGCAAACAGCGCACTCAGAACTTGATAG  48
      |||||||||    |||||||||||| |||||||| ||| |||  ||||||
seq2  TCACAAAAGGCTGCAGGATGTTAGC-AACAGCGCTCTCGGAAACTGATAG  49

seq1  CAATAATTAAATAAAATAGTCAG-CATAGTATTCCACATGGCTGCAGAGA  97
      | || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  C-ATGATTAAATAAAATAGTCAGCCATAGTA-TCCACATGGCTGCAGAGA  97

seq1  TTTAATTAATATGAATTATTTATTTA-GACTGCTTAAAGCATACATTTTA  146
      ||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATT-ATATGAATTA-TTATTTATGCCTGCTTAAAGCATACATTTTA  145

seq1  AGTGAATCAGATTTGTCTTCTTGTTTTTCAAGTCATATTGGCTAGTTGGC  196
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATCAGATTTGTCTTCTTGTATTTCAAGTCATATTGGCTAGTTGGC  195

seq1  AACCCTTTCCCAAAATGAGAAATAAGCTTTGATGGGACCAGCTTGGCTTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTCCCAAAATGAGAAATAAGCTTTGATGGGACCAGCTTGGCTTT  245

seq1  TCCTGCTACACGTTAGTACAATATACAAGTGACAATGTTGGTGTAGATTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTACACGTTAGTACAATATACAAGTGACAATGTTGGTGTAGATTT  295

seq1  GTACTTACAACTACAGACACATCCAAATGGAAATTGTGTAGATACCGTAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTACAACTACAGACACATCCAAATGGAAATTGTGTAGATACCGTAT  345

seq1  CCCCTGAAATAGCATTTATCTTACTGGGTTGACTGGAATAGAATGCAAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGAAATAGCATTTATCTTACTGGGTTGACTGGAATAGAATGCAAAA  395

seq1  CAGAAGGCCTGAAAAAAAAAATGCTATTCCAAGCTAAGTGGTTACCTTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGCCTGAAAAAAAAAATGCTATTCCAAGCTAAGTGGTTACCTTGA  445

seq1  ATATTGGCAGCATTGGTCTTTGCTTCCCTAATAAATAAGGCAGTTTCAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGCAGCATTGGTCTTTGCTTCCCTAATAAATAAGGCAGTTTCAAT  495

seq1  TTGATAAAACTCTTGAACTTCAAGTGACACAAAGGATGTTACACACACAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAAACTCTTGAACTTCAAGTGACACAAAGGATGTTACACACACAC  545

seq1  ACATACATGTACACACATGCACATACACACACATACAGACACATGCACAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGTACACACATGCACATACACACACATACAGACACATGCACAC  595

seq1  ACACACACACACACACAACAGCACAGTCTACACACATATATGCACTCACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACAACAGCACAGTCTACACACATATATGCACTCACA  645

seq1  CTCATCCACACGTGAAATTCAACCTGCAATCTCAACTGGATCAGAGTTTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCACACGTGAAATTCAACCTGCAATCTCAACTGGATCAGAGTTTA  695

seq1  GAAGTTGCTGTAGTAAAGGCAATGTCTATTTCAGGGACTGTAAAGTAGTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGCTGTAGTAAAGGCAATGTCTATTTCAGGGACTGTAAAGTAGTT  745

seq1  AAGCATTGTTTCAAAAGTTTTTTTATATTTATTTTTTTTAAGGAAAAGGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTGTTTCAAAAGTTTTTTTATATTTATTTTTTTTAAGGAAAAGGT  795

seq1  ATAGACAACCAGCTAAACTGCCTTTTTGGTGTGCACACACATTTCATGTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAACCAGCTAAACTGCCTTTTTGGTGTGCACACACATTTCATGTG  845

seq1  CAGATGTGCCTCTATGTAAAAGTACACATGAACTTTAGTGTGGGCTTAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGCCTCTATGTAAAAGTACACATGAACTTTAGTGTGGGCTTAAT  895

seq1  TTTCTGTGCTATAATAAAAGTGTTTATTTTTTATTAGCCTCATGAATATT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGCTATAATAAAAGTGTTTATTTTTTATTAGCCTCATGAATATT  945

seq1  TAGATTTAGTGTGATGGCATTCACAGGCTTGAATTC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTAGTGTGATGGCATTCACAGGCTTGAATTC  981


seq1: chr1_6726141_6727083
seq2: B6Ng01-320L10.g_68_1010

seq1  GAATTCAAATGACATCATGTAGAAATCAGTTTGTTAACTTACAGTCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGACATCATGTAGAAATCAGTTTGTTAACTTACAGTCCTCA  50

seq1  CACTGAAAATTTGGTATTTGTACAGGGATATAGAGATGCTTTGATTATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAAATTTGGTATTTGTACAGGGATATAGAGATGCTTTGATTATTA  100

seq1  ATAATCATTAATAATCATGAGAGATTTATAACAAAGGTTCATAATAGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCATTAATAATCATGAGAGATTTATAACAAAGGTTCATAATAGGGT  150

seq1  CTGAGAGATCAGAGATTAACTGTCTCCTTTTATTTTCGACTTAAAGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGATCAGAGATTAACTGTCTCCTTTTATTTTCGACTTAAAGAACT  200

seq1  TTTCCTGTTACAAATGTGTCCCCAGCTTTCATTTCATTTAAATAATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTTACAAATGTGTCCCCAGCTTTCATTTCATTTAAATAATTTAA  250

seq1  GACTAATACATGTTTGTGCAGAGTATATATTACATATTGCAATTCTGTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATACATGTTTGTGCAGAGTATATATTACATATTGCAATTCTGTCG  300

seq1  TTTTTCAAAGTAACCAGAATTTAAAGGAAGGAAATTTTATGACAAAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAAAGTAACCAGAATTTAAAGGAAGGAAATTTTATGACAAAGATT  350

seq1  AACGTTGTTTTATTGATTTCAAGTGAAATATGTGCTTTGATTTAGCTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTGTTTTATTGATTTCAAGTGAAATATGTGCTTTGATTTAGCTAAC  400

seq1  TTGAAAAAATTATAAATGTCATCGCTTCAACATGCCTTTTTTTTTTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAAATTATAAATGTCATCGCTTCAACATGCCTTTTTTTTTTTTTG  450

seq1  TGACTGGGTTCATGGAAAATGGAAAGCCATCTGAAAATGGCTACACTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGGTTCATGGAAAATGGAAAGCCATCTGAAAATGGCTACACTTGC  500

seq1  TCCCTCGAAATTTTAGTTTGGGGCAGAGTTATGCAAATAGTTTGCTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCGAAATTTTAGTTTGGGGCAGAGTTATGCAAATAGTTTGCTCTCA  550

seq1  CAGTCAGTGTAAGAACTTCATGTCTTTCTATGTGCTGAACATTTTTCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGTGTAAGAACTTCATGTCTTTCTATGTGCTGAACATTTTTCACC  600

seq1  TGAATCACCTGTGTCATAATTTCTCTTCCCGTAGTTGCTAATGCTTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCACCTGTGTCATAATTTCTCTTCCCGTAGTTGCTAATGCTTGTAC  650

seq1  TGTTAATACAAGAGCACGTTTCAGAAAGCATATAGTCATTTGGTTAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATACAAGAGCACGTTTCAGAAAGCATATAGTCATTTGGTTAGCAT  700

seq1  AACTATTTCACCCCCATCCTCACTGGGACAGCAAAGCATGGCAAACTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTCACCCCCATCCTCACTGGGACAGCAAAGCATGGCAAACTTGA  750

seq1  CCGAAGTCTCTAAGTTGCTTCTCTAAGAATAAGACTAGATAGATTTACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGTCTCTAAGTTGCTTCTCTAAGAATAAGACTAGATAGATTTACTT  800

seq1  AACATAAATGTAATTTTTATTATTCAAAGCAAATTATGGCTGCACTCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAATGTAATTTTTATTATTCAAAGCAAATTATGGCTGCACTCTAA  850

seq1  TTAAAACCAGAGGGCATAGATCATAACTGTTAGTTTATGTGAACTTATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACCAGAGGGCATAGATCATAACTGTTAGTTTATGTGAACTTATTT  900

seq1  CTACCAATATTGTATTTGACATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  943
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAATATTGTATTTGACATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  943


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |